Mulder e Scully tornano a Bellefleur, che fu teatro della loro prima indagine, dove si stanno verificando nuove e misteriose sparizioni. Billy Miles è convinto che tutto sia collegato agli eventi di 7 anni prima. Krycek e Covarrubias uccidono il Fumatore, mentre Mulder viene rapito da un'astronave.

Mulder e Scully ricevono la visita di un uomo che sembrerebbe caduto vittima di un incantesimo. Autore della magia è un genio nato nel 16° secolo, il quale offre a Mulder l'opportunità di vedere esauditi tre dei suoi desideri.

Due donne di Kansas City provocano, ogni volta che si incontrano, strani movimenti atmosferici ed aggressività. Mulder e Scully scoprono che si tratta di due donne nate per inseminazione artificiale da donne diverse ma dallo stesso sperma. Ed ora sono per giunta rivali in amore.

Sta per essere realizzato un film su Mulder e Scully, così lo sceneggiatore segue i due agenti dell'FBI mentre questi indagano sull'omicidio avvenuto dentro la cripta di una chiesa.

La Morley ha avviato delle ricerche per migliorare geneticamente il tabacco in modo da ottenere sigarette innocue per la salute, ma tre volontari sono morti in seguito alla formazione nei loro polmoni di un numero spropositato di larve di insetti.

Una serie di circostanze casuali porta Scully a confrontarsi con l'ipotesi di una mente superiore che regola tutte le cose. Il ritorno di un uomo del passato e l'incontro con una studiosa di filosofie orientali l'aiuteranno ad osservare i fatti che le stanno sconvolgendo la vita.

Mulder indaga sulla morte di due donne diverse. In entrambi gli scenari del crimine erano presenti dei corvi ed una strana creatura provvista di affilatissimi artigli. Le due donne avevano una relazione con lo sceriffo locale, così Fox sospetta della moglie di questi.

Dopo che un bambino di 11 anni è miracolosamente guarito dal cancro, Scully viene contattata dal Fumatore che la convince a seguirlo in un viaggio alla fine del quale l'uomo entrerà in possesso di una cura per tutte le malattie umane.

Mulder e Scully indagano sull'omicidio di un medico. Sul luogo del delitto, accanto al cadavere compare una scritta vergata col sangue: theef. I due agenti dell'FBI si mettono sulle tracce di un uomo che starebbe agendo per vendetta servendosi di alcuni vecchi riti magici.

Un uomo è stato ucciso durante una battaglia virtuale con un videogame. L'assassino è una bellissima donna che non sarebbe dovuta comparire nel gioco. Mulder e Scully si occupano del caso insieme ai tre di Pistolero Solitario.

Mentre indagano su un omicidio, Mulder e Scully sono costretti a seguire i poliziotti del turno di notte, i quali a loro volta sono costantemente seguiti dalle telecamere dello show televisivo "Cops".

Mulder e Scully vengono avvicinati da un sensitivo che afferma di essere sicuro che Samantha e Amber siano vive. I due agenti scoprono che Samantha fu rapita dal Fumatore che la tenne prigioniera in una base militare. Alla fine Fox ha una visione inerente alcuni bambini, tra cui la sorella morta.

Mulder e Scully indagano sulla scomparsa di una bambina. La madre ha vergato su un foglio una strana richiesta che termina con un riferimento a Babbo Natale. Mulder decide di occuparsi del caso, poiché gli ricorda quello della sorella.

Un giovane è morto dopo essere stato aggredito da più di un centinaio di serpenti. Mulder e Scully sono convinti che dietro l'omicidio ci sia O'Connor, il leader di una chiesa che propugna l'esperienza del tocco dei serpenti per stabilire la virtuosità o meno dei suoi fedeli.

Mulder e Scully indagano sulla morte di Maleeni, un mago che aveva fatto, in presenza di molti testimoni, il trucco della testa che compie un giro completo su sé stessa. I due detective incontrano La Fange, un altro prestigiatore.

Il Reverendo Orison è un prelato che svolge l'incarico di cappellano in un carcere, dal quale un giorno evade Donnie Pfaster, un detenuto arrestato 5 anni prima da Mulder e Scully. Il criminale è deciso a riprendere la catena di delitti che lo aveva portato in prigione.

Un uomo cade dal 30° piano senza riportare alcuna ferita, così Mulder si convince che costui è letteralmente perseguitato dalla fortuna. L'uomo infatti riesce infatti a sfuggire ad un attentato grazie ad una serie fortuita di circostanze davvero improbabili.

Mulder e Scully indagano sull'omicidio di un agente di Polizia. L'unico sospettato del crimine ha raccontato una strana storia: il vero omicida avrebbe agito in pochi secondi, così velocemente da non poter essere individuato dall'occhio umano.

La scomparsa di un cadavere appena sepolto conduce i due agenti dell'FBI sulle tracce di un negromante, il quale vuole far avverare una profezia inerente la fine del mondo. E sulle tracce del disciolto Gruppo Millennium.

I due agenti si occupano di un efferato omicidio avvenuto in un fast food. Alla vittima è stato asportato il cervello. Mulder si convince della colpevolezza di Rob, che è in realtà un mutante predatore, tormentato da una insaziabile fame di cervelli umani.

Scully aggredisce verbalmente Skinner e costui dichiara di essersi compromesso. Il Fumatore rapisce Mulder, con l'aiuto di Fowley. Kritschgau è convinto che la malattia di Fox sia il risultato della precedente esposizione al virus del cancro nero. Krycek aggredisce Skinner.

L'attività cerebrale di Mulder sta subendo un'accelerazione inspiegabile ed i medici sono impotenti. Lo studio di Scully sullo scafo dell'UFO fa emergere una verità: si tratta di una mappa genetica. Skinner contatta Michael Kritschgau, il quale inietta a Mulder una sostanza.