В то время, как Скалли исследует инопланетный артефакт в Африке, Уолтер Скиннер и Майкл Кричго пытаются спасти Малдера, запертого в психиатрической клинике.

Курильщик похищает Малдера из психиатрической клиники, чтобы использовать в своих целях. Скиннер и Скалли с помощью Майкла Кричго пытаются разыскать и спасти Малдера.

Малдер и Скалли отправляются в Коста-Месу, штат Калифорния, для расследования жестокого убийства ночного посетителя придорожного кафе. Им предстоит столкнуться с мутантом-каннибалом, испытывающим опустошающее чувство голода.

Малдер и СКалли противостоят тайной организации "Тысячелетие", верящей в скорый конец света и занимающейся воскрешением мертвецов. Агенты ФБР обращаются за помощью к бывшему коллеге Фрэнку Блэку, ранее имевшему дело с этой организацией.

В Питтсфилде, штат Виргиния, агенты Малдер и Скалли сталкиваются с группой подростков, получивших аномальную способность ускорять свои движения до недоступной человеческому глазу скорости.

Агенты Малдер и Скалли отправляются в Чикаго для расследования дела Генри Уимза - самого везучего человека в мире, за которым охотится местная мафия.

Из тюрьмы в штате Иллинойс сбегает маньяк-фетишист Донни Пфэстер. Ранее имевшие с ним дело Малдер и Скалли берутся вновь поймать преступника. В организации его побега они подозревают священника Орисона, владеющего техникой гипноза.

Городок Блессинг, штат Теннесси, сотрясает череда ритуальных убийств. Явившиеся для расследования агенты Малдер и Скалли сталкиваются с Церковью Бога Знамений и Чудес.

Малдер и Скалли ведут дело о похищении маленькой девочки в Сакраменто, штат Калифорния. Несмотря на то, что улики указывают на причастность серийного маньяка, Малдер фанатично верит в версию об инопланетянах. Во время этого расследования он переживает большую личную потерю.

С помощью экстрасенса Гарольда Пиллера агент Малдер приходит к пониманию того, что ему пора прекратить поиски сестры.

В ходе расследования странных убийств в Уиллоу-парк Малдер и Скалли встречаются со съемочной группой реалити-шоу "Cops". Малдер, считавший, что они охотятся за оборотнем, выясняет, что монстр питается страхом смерти.

Одинокие Стрелки вызывают Малдера и Скалли в штаб-квартиру видеоигровой компании для расследования гибели игрока во время бета-тестирования новейшей компьютерной игры, моделирующей виртуальную реальность.

Скалли и Малдер расследуют дело врача-хирурга Ирвина Тэлбро, семье которого угрожает неизвестный человек. Агенты подозревают, что в деле замешано черное колдовство.

Курильщик предлагает Скалли отправиться вместе с ним в путешествие на автомобиле через всю страну для поисков лекарства от всех болезней. Главное его условие - Малдер не должен ничего знать о поездке.

Агент Малдер отправляется в городок Бетани, штат Вермонт, для расследования жестокого убийства местной жительницы. Во время расследования он выясняет, что в деле замешаны силы потустороннего мира.

Серия совпадений приводит Скалли к доктору Дэниэлу Уотерстону, женатому мужчине, с которым у неё был роман в медицинском колледже. Когда тот впадает в кому, она отбрасывает свои предрассудки и прибегает к альтернативной медицине для его спасения.

Уолтер Скиннер обеспечивает защиту свидетелю в деле против табачной компании «Morley», но тот погибает при таинственных обстоятельствах. Вызванные на помощь Малдер и Скалли вскоре обнаруживают, что новая марка сигарет хранит страшный секрет.

Уэйн Федерман, голливудский продюсер и приятель Уолтера Скиннера по колледжу, решает снять фильм на основе работы Малдера и Скалли. Агенты вынуждены терпеть кинодела, путающегося под ногами во время расследования.

Загадочная волна насилия поразила Канзас-Сити. Расследующие обстоятельства дела Малдер и Скалли обнаруживают, что всему виной две женщины, похожие друг на друга как две капли воды. Дело осложняется тем, что они обладают мощной психокинетической силой, и влюблены в одного и того же мужчину.

За помощью в ФБР обращается житель Сент-Луиса, у которого паранормальным образом исчез рот. Расследую странное дело, Малдер и Скалли встречаются с женщиной-джинном - древним могущественным духом, исполняющим желания.

Малдер и Скалли возвращаются на место своего первого расследования, где по рассказам очевидцев упала летающая тарелка. У Скалли ухудшается здоровье и она отстраняется от дела. Оставшийся в одиночестве Малдер еще не подозревает, что именно он является главной целью для похищения инопланетянами.