FBI-Agent Fox Mulder wird aus dem Krankenhaus entführt. In einer Traumsequenz behauptet der mysteriöse „Raucher“, dass Mulder durch sein besonderes Genmaterial als einziger Mensch gegen die von den Außerirdischen in der Kolonisationsphase geplante Seuche immun ist. Der „Raucher“ entnimmt dem Agenten das Genmaterial und lässt es sich selbst implantieren. Mulder kommt nur mit dem Leben davon, weil ihn Dana Scully im letzten Moment aus dem Forschungslabor herausholt.

Fox Mulder und Dana Scully ermitteln in einem bizarren Mordfall: Ein junger Mann hat ein Loch im Kopf – und ihm fehlt das Gehirn. Eine Spur führt die FBI-Agenten zu einer Hamburger-Kette, in der Derwood Spinks, ein vorbestrafter Mörder, arbeitet. Als Spinks daraufhin nicht mehr zur Arbeit erscheint, scheint der Fall klar. Doch das ist ein Irrtum: Wenig später verschwinden zwei weitere Menschen auf geheimnisvolle Weise – und auf Fox Mulder wartet eine herbe Erfahrung.

Als sich vier ehemalige FBI-Agenten innerhalb eines halben Jahres das Leben nehmen und ihre Leichen anschließend aus den Gräbern verschwinden, recherchieren Mulder und Scully in diesem Fall. Mulder findet heraus, dass die Toten alle zur so genannten Millennium-Gruppe gehörten und bittet daraufhin Frank Black, den einstigen Star-Profiler des FBI, um Hilfe. Black erzählt Mulder von einem Mann, der nur ein Ziel hat: kurz vor dem Millennium das Ende der Welt heraufzubeschwören…

Als in einer Kleinstadt zwei Männer auf außerordentlich gewaltsame Weise ums Leben kommen, nehmen Fox Mulder und Dana Scully die Ermittlungen auf. Wie sich herausstellt, hat Max Harden, der Sohn des Sheriffs, in einer Höhle eine Kraftquelle gefunden, die ihm ungewöhnliche Schnelligkeit verleiht. Er bewegt sich so schnell, dass das menschliche Auge dies nicht mehr wahrnehmen kann. Und nun will sich Max an allen rächen, die ihm einmal Unrecht getan haben.

Als Henry Weems einen Flugzeugabsturz, einen Sturz vom Dach eines Wolkenkratzers und zwei Attentatsversuche überlebt, ist Fox Mulder überzeugt, dass der Mann ein Fall für die X-Akten ist. Gegen die Überzeugung von Dana Scully beginnen die FBI-Agenten zu ermitteln – und kommen einer merkwürdigen Geschichte auf die Spur: Henry braucht 100.000 Dollar, um die rettende Behandlung für seinen Freund Richie bezahlen zu können. Doch Henry hat Mafiaboss Catrona im Nacken.

Der Gefängnispriester Robert Orison hat seine eigene Vorstellung von Gerechtigkeit: Mit Hilfe von Massenhypnose befreit er den Frauenmörder Donald Pfaster, damit er ihn dann selbst im "Auftrag Gottes" richten kann. Doch der Plan schlägt fehl, Pfaster tötet den Priester und entkommt. Danach dringt er in die Wohnung von Scully, die er schon einmal ermorden wollte, ein.

Der „Unglaubliche Maleeni“ alias Herman Pinchbeck war ein Zauberkünstler der Sonderklasse. Nun hat sein Zwillingsbruder Albert Pinchbeck diese Rolle übernommen. Zusammen mit seinem jungen Protegé Billy will er dem psychopathischen Spieler Alvarez seine gerechte Strafe zukommen lassen. Ihr nächstes Ziel, ein sorgenfreies Leben, erstreben die beiden mit nicht ganz astreinen Methoden – weshalb sie es mit Fox Mulder zu tun bekommen, der den besseren Zaubertrick parat hat.

Ein junger Mann stirbt an zahlreichen Klapperschlangenbissen – zu einer Zeit, in der Schlangen ihren Winterschlaf halten. Da zudem keine Schlange gefunden wird, werden Fox Mulder und Dana Scully an den Tatort gerufen. Schon bald verdächtigen sie Enoch O’Connor, das Oberhaupt einer örtlichen fundamentalistischen Kirche, den Mann mit Schlangen getötet zu haben. Zudem soll er seine eigene Tochter geschwängert haben – und nun will er an ihr einen Exorzismus vornehmen.

Eine Familie wird von seltsamen Visionen heimgesucht. Als auf mysteriöse Weise die Tochter direkt unter den Augen ihrer Eltern verschwindet, geht FBI-Agent Fox Mulder der Sache nach. Er entdeckt unheimliche Übereinstimmungen zwischen diesem Fall und der vermutlichen Entführung seiner Schwester durch Aliens vor mehr als 25 Jahren. Er ist überzeugt, diesmal dem Geheimnis auf die Spur zu kommen. Doch dann erleben Dana Scully, Fox Mulder und Chef Skinner eine Überraschung…

FBI-Agent Fox Mulder sieht ein, dass er sich endlich den Dämonen aus seiner Vergangenheit und Gegenwart stellen muss. Auch sucht er nach wie vor nach einer Erklärung für die Entführung seiner Schwester Samantha. Er trifft den Hellseher Harold Piller, der schon mehrfach in Fällen von verschwundenen Kindern mitgearbeitet hatte. Piller weiß über Samantha Bescheid. Während sich die beiden zu einem Gräberfeld begeben, findet Dana Scully im Haus von Mulders Mutter rätselhafte Hinweise.

Im Willow Park von Los Angeles bei Vollmond: Deputy Wetzel erlebt einen Albtraum, als er von etwas Unheimlichem angegriffen wird. Während Sergeant Duthie am Verstand ihres Kollegen zweifelt, ist Fox Mulder überzeugt, dass ein Werwolf sein Unwesen treibt. Als in dieser Nacht ein Polizeimitarbeiter, eine Prostituierte und eine Gerichtsmedizinerin durch ihren schlimmsten Albtraum sterben, ist Mulder überzeugt, dass sich das Wesen von den Todesängsten seiner Opfer ernährt.

Die Videospiel-Produktionsfirma „First Person Shooter“ hat eine Weltneuheit zu bieten: Es handelt sich um ein Computerspiel, in das der Spieler persönlich eindringen kann, um in den virtuellen Welten die Bösewichter im direkten Kampf zu eliminieren. Bei einem Probelauf wird ein Spieler ganz real getötet. Fox Mulder und Dana Scully übernehmen den Fall. Es stellt sich heraus, dass eine nicht vorgesehene virtuelle Kriegerin in das Spiel gekommen ist – und Maitreya tötet gnadenlos.

Der Arzt Dr. Robert Wieder findet seinen Schwiegervater Dr. Thalbro erhängt und mit durchgeschnittener Kehle auf. Wenig später wird Dr. Wieders Ehefrau Nan von einer äußerst seltenen Krankheit befallen. Fox Mulder ist davon überzeugt, dass sich jemand mittels Schwarzer Magie an dem Arzt rächen will. Nach längerer Suche in den Krankenhausakten stößt Dr. Wieder auf den Fall einer Patientin, die er nicht hatte retten können. Deren Vater will sich nun an dem Arzt rächen.

Fox Mulder und Dana Scully untersuchen den Fall einer angeblichen Wunderheilung eines krebskranken Jungen in Virginia. Scully besucht den Jungen und entdeckt, dass dieser offenbar mit dem gleichen Chip, den auch sie im Nacken trägt, geheilt wurde. Danach trifft sie den geheimnisvollen Raucher, der ihr das ultimative Heilmittel für alle menschlichen Krankheiten anbietet, wenn sie sich mit ihm auf eine Reise begibt. Scully willigt ein – und erlebt eine böse Überraschung.

Fox Mulder soll das Verschwinden Martha Crittendons untersuchen. Einige Indizien deuten daraufhin, dass Martha mit der Geisterwelt Kontakt hatte. Als wenig später Marthas Leiche gefunden wird, verdächtigt man zunächst ihren Mann. Doch bald gibt es eine neue Spur: Fox Mulder ist überzeugt, dass eine eifersüchtige Ehefrau einen Dämon gerufen hat, um ihre Rivalin zu bestrafen. Wenig später hat Mulder eine erschreckende Begegnung mit dieser Frau, die sich in ein Monster verwandelt.

Mulder muss allein nach England fliegen, um das vorhergesagte Auftreten neuer Kornkreise zu beobachten, weil Scully keine Lust hat. Diese trifft durch einen Zufall ihren ehemaligen Lehrer und Geliebten Dr. Daniel Waterston wieder, der schwer krank ist. Um dem Mann das Leben zu retten, bittet Scully einen taoistischen Heiler um Hilfe. Dessen Wirken ist erfolgreich, worauf Waterston an eine gemeinsame Zukunft mit Dana Scully denkt. Doch Scullys Herz gehört jetzt Fox Mulder.

Dr. Scobie stirbt vor seiner Aussage gegen den Tabakkonzern „Morley Tobacco“ auf unerklärliche Weise. Wenig später gibt es ein zweites Opfer, und Mulder und Scully finden am Tatort und in der Leiche einen Schwarm Käfer. Wie sich herausstellt, hat der Konzern einen neuen Tabak entwickelt, der einen gentechnisch veränderten Käfer hervorgebracht hat. Dieser legt seine Eier beim Inhalieren im Körper ab. Als auch Mulder davon betroffen ist, scheint es keine Rettung mehr zu geben.

Fox Mulder und Dana Scully untersuchen einen Bombenanschlag auf die Krypta der St. Christ’s Church in Washington. Dabei werden sie von einem Drehbuchautor aus Hollywood, Wayne Federman, begleitet. Die FBI-Agenten entdecken die Leiche von Micah Hoffman, der in den 60er Jahren die Leitfigur der Gegenkultur gewesen war. Als Scully die Leiche obduziert, scheint diese sich zunächst als Zombie zu entpuppen. Doch als dann Hoffman quicklebendig wieder auftaucht, eskaliert die Situation.

In Kansas City tauchen zwei Frauen auf, die bis ins letzte Detail identisch sind. Wo sie gesehen werden, brechen urplötzlich fürchterliche Schlägereien aus: Als sich zwei Missionare krankenhausreif prügeln, untersuchen zwei FBI-Agenten den Fall – und fangen dann selbst eine Schlägerei an. Fox Mulder und Dana Scully stellen fest, dass es noch ein solches Zwillingspaar gibt – und wenig später geraten auch die beiden Agenten in eine Massenschlägerei, die es in sich hat.

Mulder und Scully ermitteln in einem merkwürdigen Fall: Dem Möbelladenbesitzer Gilmore ist der Mund zugewachsen, als sich sein Angestellter Anson Stokes gewünscht hat, er solle den Mund halten. Doch anstatt Anson Stokes bekommen die Agenten nur dessen Bruder Leslie zu Gesicht. Wie sich herausstellt, ist Anson nicht nur unsichtbar, sondern auch noch tot. Als man seine Leiche findet, macht Scully sie mit einem Puder sichtbar und stößt auf eine mysteriöse Vorgeschichte.

In Bellefleur, Oregon ist ein außerirdisches Raumschiff abgestürzt, was Detective Miles, der den Fall untersucht, entschieden dementiert. Doch Miles’ Sohn Billy, der vor sieben Jahren von Außerirdischen entführt worden war, alarmiert Fox Mulder und Dana Scully. Die beiden Agenten finden eindeutige Hinweise darauf, dass in Bellefleur Außerirdische am Werk sind. Während Billy eine schmerzliche Entdeckung machen muss, gerät auch Fox Mulder in die Gewalt der Außerirdischen.