Mientras Scully viaja a África para poder descifrar el significado de los símbolos de una nave enterrada en una playa de Costa de Marfil, Mulder padece de una frenética actividad cerebral. Logra darle un mensaje a Skinner quien encuentra a Kritschgau y juntos tratan de entender qué le sucede a Mulder antes de que sea demasiado tarde.

Scully busca desesperadamente la manera de ayudar a su enfermo compañero sin tener nadie a quien recurrir, mientras los sueños de un Mulder catatónico le llevan lejos de los Expedientes X, donde cree encontrar una vida mejor.

Mulder y Scully llegan a un restaurante para investigar el asesinato en el que el criminal había absorbido el cerebro de la víctima a través de un agujero en el cráneo. No tardarán en encontrarse con Rob Roberts, el principal sospechoso.

Skinner le habla a Mulder y Scully del ouroboro, la serpiente que se muerde la cola del Grupo Millennium, antiguos agentes del FBI que ya no trabajan allí. Las pistas le conducrirán a Frank Black, un agente que les introducirá en una siniestra investigación relacionada con el final del milenio, necromancia, el final de los tiempos.

Scully investiga la muerte de un oficial de policía a manos de un asesino 'invisible' en Pittsfield, Virginia, en un bosque que parece ocultar poderes especiales. Las pesquisas de Mulder y Scully apuntan a dos jóvenes del lugar.

Mulder y Scully se quedan atrapados en la teoría de Rube Goldberg cuando conocen a Henry Weems, que quizás sea el hombre más afortunado del mundo, salvo porque los que le rodean no tienen tanta suerte.

El Reverendo Orison espera salvar el alma de Donnie Pfaster ayudándole a escapar de prisión. Su equivocación queda clara cuando Donnie trata de encontrar a su última víctima: Scully.

Cuando un mago realiza un truco donde parece dar la vuelta a su cabeza y es encontrado decapitado en su camioneta, Mulder y Scully piensan que fue asesinado por un intrincado plan elaborado por otros dos magos para robar un banco.

Diversos "pecadores" empiezan a ser asesinados por serpientes, pero Mulder y Scully dudan que se trate de un caso de castigo Divino.

Una niña desaparece de su casa y Mulder pide el caso a pesar de no ser un Expediente X. Cuando logra convencer a los padres de la niña de que su hija será encontrada viva, Scully teme que se involucra demasiado debido a la abducción de su hermana.

Después de arrestar al asesino de Amber-Lynn LaPierre y descubrir una tumba común con los cadáveres de docenas de niños desaparecidos, un hombre acude a Mulder diciendo tener visiones de otras víctimas que no fueron enterradas allí. A pesar de las objeciones de Scully, lleva a Mulder a un viaje que le revelará lo que le sucedió a su hermana.

Un oficial de policía de los Los Ángeles que estaba siendo grabado para el programa COPS es atacado por un monstruo y Mulder y Scully investigan el caso. Scully es reacia a aparecer en la televisión nacional pero a Mulder le agrada la publicidad.

Los Pistoleros Solitarios llaman a Mulder y Scully para que acudan a un laboratorio de desarrollo de realidad virtual cuando descubren que uno de los creadores fue asesinado dentro del videojuego y el único indicio es la imagen de una mujer. Mulder entra al juego para combatir a la mujer pero Scully deberá hacer lo mismo para salvarle.

El Fumador le ofrece a Scully la cura para todas las enfermedades si viaja con él, pero con una condición: Mulder no debe saber nada.

Cuando Mulder investiga el caso de un desaparecido y su única pista es un cuervo amenazante, aprende a disfrutar de las comodidades del hogar de un monstruo mientras Scully debe ayudarle en una situación incómoda.

Una serie de coincidencias llevan a Scully a un hombre casado con quien tuvo un romance en la Facultad de Medicina pero tuvo que dejarlo por su familia.

Cuando un empleado de Morley Tobacco Co. es asesinado, Mulder sospecha que los insectos encontrados en la escena del crimen estaban en sus pulmones y que entraron a través del humo de los cigarillos.

Mulder y Scully acuden al estreno de una película donde son los protagonistas y acaban disgustados por el resultado. Recuerdan como 18 meses antes fueron acompañados por un productor de Hollywood mientras investigaban un caso relacionado con "La Vasija de Lázaro", una vasija bíblica en la que parecen estar grabadas las palabras que dijo Jesucristo al resucitar a Lázaro.

Mulder y Scully se cruzan en el camino de dos mujeres idénticas que se han perseguido por 17 de los Estados Unidos durante tres años causando caos y destrucción a su paso.

Mulder y Scully descrubren una genio que, después de 500 años de conceder deseos, llega a la conclusión de que la humanidad no ha mejorado en vanidad y egoísmo como siempre y sabotea los deseos que concede si no son suficientemente "específicos".

Mulder y Scully regresan al lugar de su primer caso en los Expedientes X para investigar una nave que se estrelló en el bosque. El Fumador arregla todo para que Alex Krycek salga de prisión y pueda ponerse en contacto con los extraterrestres y reconstruir "El Proyecto".