ФБР восстанавливает отдел "Секретные материалы", однако отстраняет от работы в нем агентов Малдера и Скалли и передает дела специальным агентам Спендеру и Фоули. Тем временем Курильщик использует телепатические способности похищенного Синдикатом вундеркинда Гибсона для поимки инопланетного существа.

Агент Малдер оказывается в одной машине с вооруженным преступником Патриком Крампом, который приказывает ему вести машину по пустыне Невады в западном направлении на высокой скорости, ни в коем случае не останавливаясь. Остановка или снижение скорости причиняет Крампу страшные головные боли.

Отправившись в Бермудский треугольник на поиски исчезнувшего во время Второй мировой войны круизного лайнера, агент Малдер попадает в зону временной аномалии и оказывается в 1939 году на захваченном нацистами корабле.

При попытке проникнуть в зону 51, Малдер и Скалли становятся свидетелями полета секретного летательного аппарата. Из-за созданной аппаратом временно-пространственной аномалии агент Малдер меняется телами с Моррисом Флетчером - человеком из службы безопасности зоны 51. Пока Малдер пытается выбраться с закрытой территории, Флетчер в его теле занимается вычислением источника утечки информации.

Малдер, находящийся в теле Флетчера, обвиняется руководством зоны 51 в разглашении секретной информации о военных экспериментах. Тем временем, Скалли начинает подозревать, что ее напарник - не тот, за кого себя выдает.

В канун Рождества Малдер привозит Скалли в заброшенный особняк в Мэриленде. По его словам, этот дом населен призраками. Скептически настроенная Скалли вскоре вынуждена поменять своё мнение, лицом к лицу столкнувшись с духами давно погибших влюбленных.

Малдер и Скалли отправляются в город Кронер, штат Канзас, расследовать аномальные погодные явления. Они выясняют, что погода в городе тесно связана с эмоциональным фоном одного из местных жителей.

Замдиректора ФБР Уолтер Скиннер заражен неизвестной науке смертельной болезнью. У Малдера и Скалли есть 24 часа, чтобы найти лекарство и спасти своего бывшего начальника.

Замдиректора Кёрш дает Скалли шанс вернуться к расследованиям значимых дел, разлучив ее с агентом Малдером. Скалли отправляется в Нью-Йорк, чтобы разобраться в сверхъестественной способности местного фотографа прибывать на место преступления как раз вовремя, чтобы заснять последние мгновения жизни умирающих людей.

С возвращением Кассандры Спендер близится начало запланированной колонизации Земли пришельцами. Членам Синдиката предстоит определиться с судьбоносным выбором стороны в битве колонистов и повстанцев, а агентам Малдеру и Спендеру - узнать страшную правду о своем прошлом.

Синдикат достигает апогея в своих планах и сталкивается со своей судьбой. Малдер и Скалли пытаются спасти Кассандру Спендер от предназначенной ей роли в грядущем вторжении инопланетян.

Вернувшиеся к "Секретным материалам" Малдер и Скалли отзываются на просьбу бывшего агента ФБР Дэйлса и отправляются в город Бэдлэнд, штат Флорида, оказавшийся во власти урагана. Им предстоит столкнуться с неизвестным науке хищным организмом, обитающим в воде.

Малдер и Скалли оказываются в ловушке временной петли, снова и снова переживая события одного и того же дня, в котором они оба погибают от взрыва бомбы во время ограбления банка.

В калифорнийском городке Аркадия бесследно пропадают жители. В интересах расследования Малдер и Скалли под видом супружеской пары заселяются в городок и вскоре выясняют, что странная любовь местных жителей к строгому распорядку обусловлена страхом перед неизвестным монстром.

В порту Лос-Анджелеса с грузового судна сбегает редкий красный волк из Азии, убив двух грузчиков. Дикое животное принимается убивать людей, проявляя при этом вполне человеческий интеллект. Малдер обращается к специалисту по волкам - своей подруге по переписке для помощи в расследовании.

Из тюрьмы Стрингер, штат Миссисипи, при странных обстоятельствах сбегает заключенный. При попытке его задержания агенты Малдер и Скалли обнаруживают, что он имеет аномальную способность проходить сквозь твердые электропроводящие предметы.

Скалли заводит случайное знакомство с новым соседом Малдера - молодым писателем Филиппом, к которому начинает испытывать загадочное влечение. Выясняется, что книга, которую пишет Филипп, связана с происходящими в Вашингтоне убийствами, где сердца жертв словно вынимают из грудных клеток без видимых внешних повреждений.

Бывший полицейский Артур Дейлс рассказывает агенту Малдеру историю чернокожего бейсболиста из Розуэлла, который на самом деле оказался инопланетянином, влюбленным в спорт землян.

Одинокие Стрелки убеждают агента Скалли помочь им решить проблему их старой знакомой Сьюзан Модески, жених которой занимается разработкой мощного психотропного препарата для совершения политических убийств.

Малдер и Скалли отправляются в леса Северной Каролины расследовать загадочную гибель семейной пары, от которой за несколько дней остались только лишенные плоти кости. Во время расследования агенты обнаруживают гигантскую колонию галлюциногенных плотоядных грибов.

В Кот-д’Ивуар найден артефакт предположительно неземного происхождения, с написанными на нем символами языка навахо. Агент Скалли обнаруживает, что в артефакте зашифрована информация о происхождении человечества. В это время Малдер испытывает резкое ухудшение психического здоровья и обращается за помощью к агенту Фоули.