Dopo la distruzione di tutti gli X-Files a opera di un incendio doloso, Mulder e Scully vengono separati e riassegnati a differenti mansioni. A peggiorare le cose le indagini sugli X-files vengono affidate all'agente Spender e all'agente Fowley. Gibson Praise ricompare per chiedere aiuto a Mulder e Scully i quali cercano di continuare la loro inchiesta nonostante le enormi difficoltà che si trovano ad affrontare.

Mulder è intrappolato in un'auto con un uomo che soffre di un grave disturbo all'orecchio che riesce a lenire soltanto guidando molto velocemente in direzione ovest. Mentre Scully cerca disperatamente di trovare una cura, Mulder e il suo rapitore si avvicinano sempre di più all'oceano.

Mulder si reca nel Triangolo del Bermuda quando viene a sapere che la Queen Anne, una nave Britannica scomparsa durante la Seconda Guerra Mondiale, è riapparsa nel bel mezzo del Mar dei Sargassi. La barca di Mulder incorre in una tempesta e lui è costretto a gettarsi in mare; è recuperato dai marinai della Queen Anne che è caduta sotto il controllo dei nazisti. I tedeschi sono in cerca dell'uomo che nel futuro costruirà la bomba atomica. Mulder cerca di convincere l'equipaggio che sono approdati nel futuro, ma in realtà è lui che è tornato indietro nel passato. Anche in quest'epoca distante nel tempo, Mulder si trova circondato da nemici, ma per fortuna troverà anche una persona amica di cui fidarsi.

Mulder viene sbattuto in cella nell'Area 51, ma è rilasciato non appena si scopre che la scatola nera in suo possesso era fasulla. Scully finalmente realizza che il Mulder che ha sotto gli occhi non è il suo partner e torna nel Nevada con l'impostore come prigioniero. Nel frattempo il meccanismo che ha causato tutto il fenomeno sta tornando indietro come una sorta di elastico. Forse questa è l'unica occasione per rimettere le cose nel giusto ordine.

Mulder convince Scully a esaminare una casa "infestata" che ogni anno, alla vigilia di Natale, manifesta le sue entità. All'interno della casa i due vengono separati da ogni sorta di trabocchetti e intrappolati dai fantasmi dei due amanti che in origine stipularono un patto d'amore suicida. I due vecchi spettri cercano di convincere Mulder e Scully a uccidersi a vicenda.

Una coppia scopre che il feto del loro bambino ha delle strane protusioni sul cranio, di notte la donna si sveglia in preda a un orribile incubo in cui un demone infuocato le "ruba" il bambino, solo per ritrovarsi in una realtà ancora più terrificante. L'agente Spender non prende neanche in considerazione l'ipotesi di occuparsi del caso, mentre Mulder decide di indagare per scoprire la verità.

Degli strani fenomeni metereologici si abbattono su una piccola cittadina destando l'interesse di Mulder. L'agente speciale crede che dietro i bizzarri avvenimenti ci sia un uomo che si occupa delle previsioni del tempo, innamorato segretamente di una sua collega. I suoi sentimenti si riflettono sulle condizioni climatiche e quando la donna fa gli occhi dolci all'agente Mulder la cittadina deve fronteggiare la minaccia di un tornado.

Skinner si sente male dopo un allenamento. In ospedale riceve una telefonata che gli annuncia di avere un solo giorno di vita. A tramare nell'ombra c'è Krycek che si assicura la lealtà del vicedirettore, mentre Mulder scopre un intrigo politico.

Scully investiga su un fotografo free lance della scientifica. i cui soggetti sembrano essere stati ritratti prima dell'arrivo della Polizia. Mulder scopre che il fotografo incriminato è nato 150 anni fa e sembra essere ossessionato dalla ricerca della morte.

Spender chiede a Mulder di collaborare ad una indagine. Fox scopre che il Fumatore è il padre di Jeffrey e l'ex-marito di Cassandra. La donna ha appena fatto ritorno dal suo misterioso "viaggio".

Il Fumatore rivela a Mulder la verità circa il patto siglato con gli alieni e dei tentativi da parte del Sindacato di evitare la colonizzazione attraverso la creazione di ibridi umano-alieni. Jeffrey tradisce il padre e questi lo uccide. La colonizzazione è vicina!

Arthur Dales convince Mulder ad occuparsi del caso in Florida riguardante alcune dicerie su un mostro marino che colpirebbe in una zona che al momento è sotto gli effetti devastanti di una violenta tempesta.

I due agenti dell'FBI sono coinvolti in una rapina in banca, quando Mulder capisce di essere rimasto intrappolato in una sorta di anello temporale che continua a ripetere gli eventi fino a quando questi non prenderanno la giusta piega.

In una piccola ed esclusiva comunità di perfetti si sono verificate alcune misteriose sparizioni. Responsabile di queste ultime sembra essere una creatura che vive nelle viscere della terra.

Nel porto di San Pedro in California un cane comincia ad uccidere ed a cibarsi di persone umane. Mulder decide di chiedere aiuto ad una esperta conosciuta via Internet.

Un condannato riesce a fuggire miracolosamente da una prigione durante un tornado. Mulder e Scully scoprono il segreto del malvivente: costui, durante l'evento atmosferico, avrebbe sviluppato la capacità di attraversare i muri.

I due agenti dell'FBI indagano su due strani omicidi: in entrambi i casi le vittime sono state private del loro cuore. Mentre viene ritrovata una terza vittima si fa vivo uno scrittore, vicino di casa di Mulder, che dice di poter descrivere in dettaglio tutti i delitti.

Mulder incontra il fratello di Arthur Dales che gli racconta una singolare storia avvenuta a Roswell negli Anni 40. Incaricato di proteggere un giocatore di baseball di colore, Dales aveva scoperto che questi era in realtà un alieno.

I tre di Pistolero Solitario coinvolgono Scully in una indagine su un nuovo prodotto chimico chiamato "l'assassino". La situazione si complica quando Byers ritrova Susanne Modeski.

Il ritrovamento di due scheletri abbracciati in una zona rurale innesca una nuova indagine. Mulder è convinto dell'azione degli alieni, mentre Scully indaga su una sostanza ritrovata sugli scheletri. Poi Mulder sparisce e viene rinvenuto uno scheletro che risulta essere il suo.

Un manufatto trovato in Costa d'Avorio arriva negli USA, ma lo studioso che lo aveva trasportato viene ucciso. Sul manufatto vi è una incisione che Scully pensa essere Navajo. Alcuni disturbi mentali conducono Mulder letteralmente alla pazzia, mentre Scully individua i resti di un UFO.