Mulder és Scully megjelennek egy bizottság előtt, amely az X-akták újbóli megnyitása ügyében tanácskozik. A tanács egyértelmű és kézzelfogható bizonyítékot szeretne a földönkívüliek létezésére. Mulder megemlíti Scully korábbi betegségét, amelyet egy idegen vírus okozott. Dana azonban nem erősíti ezt meg egyértelműen, ezért a bizottság figyelmezteti őket, találjanak valami más bizonyítékot.

Mulder egy autóba kényszerül egy férfivel, akinek súlyos állapota csak úgy kezelhető, ha egyfolytában nagy sebességgel nyugat felé hajtanak. Miközben Scully megpróbál rájönni a jelenség okára és a megoldást keresi, Mulder és a férfi egyre közelebb kerülnek az óceánhoz.

Egy kegyetlen vihar kapja el a Sargasso-tengeren hajózó Mulder ügynököt és Fox a vízbe zuhan. Nem sokkal később barátságtalan tengerészek húzzák ki a tengerből. Amikor Mulder ismét régi önmaga lesz, felfedezi, hogy a Queen Anne fedélzetén van, egy angol luxushajón, amely a II. Világháborúban nyomtalanul eltűnt. A hajón utazó atomtudós egy nővel van, aki kísértetiesen hasonlít Dana Scully ügynökre. Mulder vele szövetkezik, hogy fordítsa vissza a hajót és ezzel segítsen megmenteni a jövőt. Ezalatt a Magányos Harcosok felkeresik Scullyt az FBI központban és értesítik Mulder eltűnéséről. Dana Skinnerhez fordul, hogy segítsen a Haditengerészet műholdjaival megkeresni Muldert.

Mulder elcipeli magával Scullyt a nevadai sivatag belsejébe, hogy ott találkozzanak egy titokzatos informátorral, aki a híres 51-es körzetben dolgozik, és bizonyítékokat akar átadni Muldernek a kormány és a földönkívüliek kapcsolatáról. Mielőtt azonban létrejönne a találkozó, Mulderékat feltartóztatja egy járőr és azonnal visszaparancsolja őket. Éppen vitatkoznak, amikor egy fényes ufó száguld el felettük, erős hősugárzást kibocsátva magából. Ez a furcsa hőhullám nem várt eredményt hoz: felcseréli Mulder és az intézkedő tiszt, Morris Fletcher személyiségét. Azonban mindenki más számára észrevehetetlen a változás.

...(az előző rész folytatása) a még mindig a Feketeruhás Férfi (Morris) testében tartózkodó Mulder ügynöknek sikerül elkerülnie a felelősségre vonást, mert az átadni kívánt bizonyítékról kiderül, hogy hamis. Az 51-es körzetben arra következtetésre jutnak, hogy Mulder meg akarta tréfálni az FBI-t és nem indítanak eljárást ellene. Ennek ellenére a Feketeruhások szeretnék megtalálni a lezuhant repülőgép valódi fekete dobozát. Mulder azt hazudja, hogy nála van és vissza fogja adni. Eközben Scully egyre gyanakvóbb Morris-al szemben. Danát felfüggesztik és Morris meghívja őt a lakására (Mulderhez természetesen) egy vacsorára. Danának rögtön szemet szúr a nagy rend a szobákban, ami Mulderre egyáltalán nem jellemző. Végül Scully előadja a lélekcseréről szóló elméletet, amit Morris kedvetlenül ugyan, de elismer. Ám arról fogalma sincs, hogy miként lehetne visszacsinálni az egészet.

Karácsony estéje. Mulder egy szellemjárta házba csalja Scullyt, ahol állítólag egy kísértet-házaspár lakik. A bejárati ajtó váratlanul becsapódik és bezáródik mögöttük, csapdába ejtve ezzel a két ügynököt. Mulder szerint a szellemek tették mindezt, Scully azonban nem hisz ebben és inkább a pszichológiai oldaláról közelíti meg a dolgot. Dana szerint az ember haláltól való félelme jeleníti meg a szellemeket. A további különös jelenségek csak erősítik Fox magabiztosságát a kísértetekkel kapcsolatban, míg Dana azt feltételezi, hogy valakik vannak a házban és azok tréfálkoznak velük.

Wayne és Laura Weinsider egy egyszerű amerikai házaspár, akik épp gyermekáldás előtt állnak. Amikor azonban az ultrahangos vizsgálat kimutatja, hogy a születendő gyermeknek fejlődési rendellenességei vannak, Wayne-t nagyon felkavarja a dolog. Aznap éjjel a nőnek rémálma van egy démonról, aki eljön, hogy ellopja a gyerekét. Amikor felébred, rémülten tapasztalja, hogy az álom valóság volt és a magzat tényleg eltűnt a testéből.

A Kansas állambeli Kroner városát három hónapja szárazság sújtja. Éppen Valentin nap van és Sheila Fontaine barátját, Darryl Mootz-ot várja. A férfi meg is érkezik és dühösen felelősségre vonja a lányt, amiért az mindenkinek elhíresztelte közelgő ( és egyenlőre még titokban tartott ) eljegyzésük hírét. Darryl kiviharzik a házból, magára hagyva a síró Sheilát az ajándékba hozott csokoládéval. Nem sokkal ezután Darryl autója egy jégesőbe keveredik és autója totálkáros lesz.

Egy súlyos állapotban lévő férfit visznek be az egyik kórházba. Az egyik orvos odaszól a nővérnek, hogy hívja fel Scully ügynököt, mert a beteg az FBI ügynök. Azt hihetnénk, hogy a haldokló férfi Fox Mulder, de nem így van... a beteg Walter Skinner aligazgató.

Scully és Mulder mindenféle unalmas rutinmunkákat kap feladatul. Váratlanul Kersh aligazgató új partnerhez osztja be Danát, Peyton Ritter ügynök mellé, New Yorkba. Ritter régi bűnügyek helyszínén készült fényképeket elemzett és furcsa összeférhetetlenségre lett figyelmes. Feltételezése szerint a fotós, Alfred Fellig, valamiféleképpen érintett a gyilkosságok elkövetésében. Az ügynök elmélete az, hogy Fellig elköveti a bűntetteket, fényképeket készít, majd mint hivatásos fényképész a rendőrségnek is készít felvételeket, amelyekbe belekeveri az általa korábban készített képeket is. Innen eredhet a képek esetenkénti furcsa sorrendje.

Egy arlingtoni pályaudvar raktárudvarában, egy sebészorvos bekíséri Dr. Openshaw-t egy vasúti kocsiba, amelyben egy felszerelt műtőszoba van. Openshaw odamegy a műtőasztalhoz, amelyen egy beteg fekszik. A sebész gratulál Openshaw-nak, hogy a 25 éve folytatott munkája végre eredményt hozott. A sebész ezután távozik, de a kocsiajtóban felbukkan az Arcnélküli Ember és felgyújtja őt egy fémrúddal. Az orvoscsoport többi tagja, akik egy furgonban várakoznak a közelben, hasonló sorsra jutnak. Az Arcnélküli ezután belép a vasúti kocsiba és végez Openshaw-al is. Ekkor láthatjuk, hogy ki is fekszik a műtőasztalon... az eszméletlen Cassandra Spender.

Mulder már éppen meghúzná a ravaszt, amikor a lakás ajtaját betörik és ügynökök rontanak be. Muldert, Scullyt és Cassandrát őrizetbe veszik. A Fort Marlene támaszpont karantén-övezetében Diana Fowley ügynök segít védőruhába öltözni Muldernek és Scullynak, mivel Cassandra egy rendkívül fertőző vírusos megbetegedést kapott el, és ezért izolálták. Scully gyanakvóvá válik és szerinte inkább csak tovább akarják folytatni a megkezdett kísérleteket. Mulder azonban azon a véleményen van, hogy a kísérletnek már vége, hiszen Cassandra egy tökéletes ember-földönkívüli hibrid. Cassandra tudta ezt és ezért akarta, hogy Fox végezzen vele, mert így az idegenek nem kezdhettek volna hozzá a Föld benépesítéséhez.

Mulder és Scully egy viziszörny legendája miatt Floridába utazik. Scully nem igazán érez kedvet a maradásra és miután megtekintették a házat, ahol a szörny állítólag megölte a Shipley családot, kéri Muldert, hogy utazzanak vissza Washingtonba. Ám egy hurrikán eléri a térséget, ezért lezárják a repteret és a kivezető utakat.

Hétfő reggel van, és Fox Mulder napja nagyon rosszul indul. A vízágya kilyukadt és a víz kifolyt. A folyadék beleömlött az ébresztőórába, ami nem működött, és ennek következtében Mulder elkésett egy megbeszélésről. Hirtelen ismét hétfő reggel van, Mulder felébred és a vízágya kifolyt. Minden kezdődik elölről és a bank felrobbanásával végződik. A nap eseményei újra és újra megismétlődnek, csekély eltéréssel. Ez senkinek sem tűnik fel, de Mulder felfigyel valamire: Bernard barátnője, Pam, minden esetben figyelmezteti őt, hogy ne menjen a bankba.

Isten hozta Árkádiában, az ország legjobbnak minősített kolóniáján! Sajnos az elmúlt hét évben három házaspár is eltűnt megmagyarázhatatlan körülmények között. Az ügy felderítése érdekében Mulder és Scully házaspárnak adják ki magukat és beköltöznek a lakótelepre.

Egy Los Angelesbe tartó kínai teherszállító hajó, a Tien Kou fedélzetén, két matróz belopakodik a raktérbe, hogy megvizsgáljanak egy furcsa konténert. Az egyikük ütögetni kezdi a dobozt és ezzel éktelen haragra gerjeszti a belsejében szállított állatot. Olyannyira felidegesítik ezzel a teremtményt, hogy az végez magával... legalábbis a matrózok ezt hiszik.

Srtinger, Mississippi állam. Egy fegyházban két rab, Rawls és Whaley, sietősen bedeszkázza a cellák ablakát a közelgő vihar elől. A két férfi összeszólalkozik, és amikor az őr nem figyel oda, Rawl egy szöggel megsebesíti társát. Rawlot a felügyelő, Robert Fellowes, elé viszik, aki azzal bünteti, hogy bezáratja a "dobozba". Ahogy a szél egyre erősebb és az ég elsötétedik, Rawl könyörögni kezd, hogy eresszék ki. Ám senki sem hallgat rá. Amikor a vihar elvonul, az őr észreveszi, hogy a "dobozt" szétrombolta a vihar. Jelentést akar tenni az esetről a felügyelőnek, akit meg is talál az irodájában... kettészelve.

Dana Scully éppen Fox Mulder lakására tart, hogy megbeszéljenek egy gyilkossági ügyet, amikor a nő összetalálkozik társa új szomszédjával, Phillip Padgett-el. Padgett egy furcsa ember: egy író, aki a saját álomvilágában él. A két ügynök hosszasan társalog a különös bűntényekről és Mulder, szokásához híven, képtelen teóriával áll elő. Eszerint a gyilkos egy pszicho-sebész.

Mulder találkozik Arthur Dales ügynök bátyjával (akit szintén Arthur-nak hívnak), s a férfi egy történetet mond el egy tehetséges fekete baseball játékosról 1940-ből , aki valószínűsithetően egy földönkívüli lény.

Egy fiatal házaspár, Angie és Wallace Schiff, egy erdei túra után visszaérkeznek a motelszobájukba. Angie zuhanyozni megy, de ekkor a zuhanyfülke plexi fala hirtelen megolvad, és folyni kezd, majd amilyen váratlanul kezdődött, olyan hamar minden normálissá is válik. Angie a fáradtságának tudja be az egészet. Pillanatokkal ezután azonban egy sötét helyen találja magát, szemét és száját az a massza borítja, ami a fülke falain is folyt. Angie hallucinációit leküzdve kimegy a férjéhez és félénken hozzábújik. Kevéssel ezután csontvázaikat az erdőben fedezik fel...

Két tudósnak a birtokába kerül olyan Afrikából származó tárgy, melyek egy különleges puzzle-nak darabjai. Ezek azt igazolhatják, hogy az állati élet eredete nem a Földhöz kötődik, hanem egy másik bolygóról való származást bizonyíthatnak. Amikor az egyik tudóst megyilkolják és a puzzle darabokat is ellopják, Mulder és Scully nyomozásba kezdenek. Mulder különös neurológiai fájdalmait az ellopott tárgyak okozzák.