Akcja dzieje się bezpośrednio po wydarzeniach z filmu pełnometrażowego. W Phoenix ginie człowiek którego ciało zostało rozerwane. Palacz wie, że to robota Obcego i szuka go z pomocą Gibsona Praisa. Tymczasem Mulder stara się odzyskać akta Archiwum X, które spłonęły w pożarze, jednak do pracy tam zostają skierowani Diana Fowley i Jeffrey Spender.

W Nevadzie pan Crump wiezie swoją żonę z szaleńczą prędkością. Kiedy zatrzymuje ich policja, żona Crumpa umiera na skutek rozerwania głowy. Samemu Crumpowi też to grozi, więc porywa Muldera i każe mu jechać na zachód. Jedyne co może go uratować, to przekłucie ucha środkowego.

Mulder trafia na statek „Królowa Anna”, który zaginął w czasie drugiej wojny światowej na obszarze Trójkąta Bermudzkiego. Jednak czas na tym okręcie się zatrzymał i wciąż jest tam wrzesień 1939 roku.

Mulder i Scully jadą do Nevady w celu spotkania się z informatorem, który ma im przekazać informacje nt. Strefy 51. W drodze jednak, zostają zatrzymani przez Morrisa Fletchera, z organizacji Majestic. W trakcie spotkania dochodzi do przelotu UFO, skutkiem czego, Mulder i Fletcher zamieniają się ciałami.

Kontynuacja poprzedniego odcinka. Mulder zostaje aresztowany. Scully w pewnym momencie orientuje się kim jest jej partner. Stara się pomóc Mulderowi, za co zostaje dyscyplinarnie zwolniona z FBI. Tymczasem przybywa ofiar tych zamian. Scully zauważa również, że to zjawisko zaczyna się cofać.

W Wigilię, Mulder zabiera Scully do Maryland, do domu, w którym straszy. Dokonano w nim kiedyś podwójnego morderstwa – kochankowie zabili się nawzajem. Para agentów znajduje pod podłogą dwa trupy. Były one ubrane tak samo jak oni.

Młoda matka zostaje oskarżona o morderstwo swojego nowo narodzonego dziecka. Jednak ona twierdzi, że przyśniło jej się jak demon porywa noworodka.

W małym miasteczku, w Kansas, Mulder i Scully prowadzą śledztwo w zagadkowej sprawie. Otóż pewien człowiek jest tam uważany za zaklinacza deszczu. Wszystkiemu zaś towarzyszą perturbacje uczuciowe bohaterów.

Do szpitala zostaje przyjęty dyrektor Skinner, z ciężkimi objawami – we wszystkich jego żyłach są zakrzepy, które grożą zawałem. Scully stara się mu pomóc i czuwa przy jego łóżku. Mulder za to stara się wyjaśnić co spowodowało u przełożonego taki stan. Okazuje się, że ma to związek z ustawą 819, dotyczącą nanotechnologii.

Scully dostaje od Kersha ostatnią szansę i zostaje przydzielona do agenta Paytona Rittera. Ma mu pomóc w rozpracowaniu sprawy fotografa, który, dziwnym zbiegiem okoliczności, zawsze jest pierwszy na miejscu zbrodni. W tajemnicy przed innymi, w sprawie pomaga jej również Mulder.

FBI odnajduje Cassandrę Spender, która była operowana przez lekarzy, którzy spłonęli. Ona koniecznie chce się widzieć z Mulderem. Mówi jemu i Scully, że jest pierwszą hybrydą człowieka z Obcym. Palacz spotyka się z członkami Syndykatu i mówi o zbliżającej się inwazji. Jeffrey Spender dostaje kolejne polecenie od ojca i doprowadza do zwolnienia Muldera i Scully. Palacz prosi o pomoc Dianę Fowley, natomiast Cassandra twierdzi, że Mulder musi ją zabić by uratować świat.

Kontynuacja poprzedniego odcinka. Mulder nie mógł zabić Cassandry. W chwili gdy chciał to zrobić, Diana Fowley poddała jego, ją i Scully, kwarantannie i przewiozła do ośrodka. Mulder spotkał tam Maritę Covarrubias. Wkrótce potem, Palacz wyjawia mu prawdę o Obcych i o kolonizacji. Jednak zamiast Obcych, pojawiają się Rebelianci i zabijają wszystkich członków Syndykatu i ich rodziny, a także Cassandrę. Jedynie Palacz przeżył i udał się do Jeffreya by go zabić.

Na Florydzie szaleje huragan. W małym miasteczku zostaje zamordowane kilka osób. Ich ciała zostały wessane do kanalizacji przez nieznanego pasożyta. Gdy Mulder i Scully przybywają, huragan przybiera na sile i drogi stają się nieprzejezdne. Agenci zostają uwięzieni.

W tym odcinku świat wpada w pętlę czasową i ten sam dzień (poniedziałek) powtarza się cały czas. Tego dnia Mulder i Scully idą do banku, by zrealizować czek. Bank zostaje opanowany przez terrorystę, który wszystkich zabija. Tylko jedna kobieta widzi powtarzające się wydarzenia i próbuje je powstrzymać.

W Kalifornii, na pewnym idyllicznym osiedlu dochodzi do serii zaginięć. Mulder i Scully mają za zadanie zinfiltrować mieszkańców podając się za nowożeńców – Roba i Laurę Petrie.

W więzieniu, w czasie tornada, groźny przestępca – Pinker – zabija strażnika i ucieka. Okazuje się, że może on przenikać przez ściany, a teraz szuka swojej byłej dziewczyny, która urodziła jego dziecko.

Następuje seria morderstw, w których ofiary mają usuwane serca. Okazuje się, że sąsiad Muldera jest pisarzem, który opisuje właśnie te morderstwa. Scully jest nim zafascynowana.

Mulder interesuje się sprawą z 1947 roku, kiedy to młody oficer, Arthur Dales, zostaje zobligowany do ochrony czarnoskórego baseballisty. Gracz ten jest wielką nadzieją Czarnych na grę w zawodowej lidze, lecz polują na niego członkowie Ku Klux Klanu.

Drugi odcinek poświęcony Samotnym Strzelcom. Kontynuacja wątków przedstawionych w odcinku 100. Po dziesięciu latach od konferencji w Baltimore, gdzie się poznali, przyjeżdżają na kolejną konferencję do Las Vegas, w poszukiwaniu Susanne Modeski – miłości Byersa. Kiedy ją tam znajdują, Byers zaczyna podejrzewać, że poddano ją praniu mózgu.

W Karolinie Północnej Mulder i Scully znajdują szkielety małżeństwa. Wszystko wskazuje na to, że zostali strawieni przez organiczną substancję, o składzie podobnym do soków trawiennych. Oboje agentów ma jednak potem dziwne halucynacje.

W Wybrzeżu Kości Słoniowej znalezione zostają starożytne artefakty, zawierające litery w zaszyfrowanym języku. Badający to doktorzy zostają zabici, więc w sprawę angażują się Mulder i Scully. Okazuje się, że tajemnicze znaki są w języku Indian Navajo, więc agenci zwracają się o pomoc do Alberta Hosteena, który jest jednak ciężko chory na raka. Mulder cierpi na straszliwe bóle głowy z powodu tych tabliczek i ląduje w szpitalu psychiatrycznym.