En employant un procédé spécial qui réinjecte une certaine humidité à ses documents, Mulder devrait pouvoir récupérer ses dossiers qui ont été détruits dans l'incendie de son bureau il y a plusieurs mois. Ses supérieurs hiérarchiques du FBI, en particulier le nouveau directeur adjoint, Kersh refuse de croir à la théorie de Mulder, selon laquelle des extra-terrestres seraient en train de conquérir la planète. Mulder veut prouver que Scully a été infectée par un virus d'origine extra-terrestre. Mais Dana lui avoue finalement qu'elle n'a pas réussi à identifier le virus...

Une chaîne de télévision diffuse en direct une chasse à l'homme sur les routes du Nevada. La police poursuit un chauffard qui détient un otage. Le véhicule est finalement stoppé par les forces de l'ordre. L'homme, un dénommé Patrick Crumb, est maîtrisé. Mais lorsque les officiers tentent de porter secours à sa passagère, qui s'avère être l'épouse du conducteur, la tête de celle-ci explose sans qu'un coup de feu ne soit tiré... Fox veut enquêter sur l'affaire sans en référer à ses supérieurs. Dana accepte de le suivre et s'arrange pour assister à l'autopsie...

Mulder se rend au Triangle des Bermudes lorsqu'il apprend que le Queen Anne, un luxueux navire anglais disparu pendant la seconde guerre, est réapparu au large de la mer des Sargasses. Mais, sur place, son bateau a coulé et des marins repêchent son corps inanimé. Après avoir repris ses esprits et des forces, Mulder découvre qu'il a voyagé dans le temps pour se retrouver à l'aube de la seconde guerre mondiale...

Mulder entraîne Scully dans le désert du Nevada afin de rencontrer un indicateur qui travaille dans la zone 51. Ce dernier est supposé leur apporter la preuve que des expériences gouvernementales sont menées avec des technologies extra-terrestres. Mais avant qu'ils ne puissent se rendre sur le lieu de rendez-vous, des officiers de la zone 51 leur barrent le chemin et l'agent Morris Fletcher leur ordonne de quitter les lieux au plus vite. Alors que Scully tente de convaincre Mulder de faire demi-tour, un OVNI apparaît, en émettant une importante vague de chaleur, puis disparaît...

Dana Scully écope de deux semaines de suspension non payée pour avoir franchi sans autorisation les limites d'une zone militaire ultra-secrète, la Zone 51. Pendant ce temps, Fox Mulder qui assume toujours contraint et forcé l'identité de Morris Fletcher, est arrêté par les militaires qui sont à la recherche d'un enregistreur de vol. Cette boîte noire est celle du mystérieux appareil qui s'est crashé au-dessus de la nationale 375...

Le soir du réveillon de Noël, Fox Mulder est assis dans sa voiture, devant l'entrée d'un manoir abandonné. Il attend Dana Scully, à qui il a demandé de venir le rejoindre. Mulder prétend guetter les anciens occupants du manoir, décédés la nuit de Noël 1917. Une époque, rappelle Mulder, de souffrance et de désespoir...

Wayne et Laura Weinsider vont bientôt avoir un enfant. Mais l'examen prénatal révèle que leur bébé est atteint d'une étrange malformation de la colonne vertébrale et du crane. Une nuit, Laura fait un horrible cauchemar : un démon la ligote et lui vole son enfant. A son réveil, la jeune femme constate avec horreur que quelqu'un lui a effectivement pris son bébé... Le shérif de la ville, qui n'est autre que le frère de Laura, alerte Spender, l'agent local du FBI. Le rapport finit à la poubelle dans les minutes qui suivent...

À Kroner, au Kansas, aucune averse n'est annoncée dans un futur proche. Pourtant, à la suite d'une dispute avec sa fiancée Sheila, Daryl Mootz prend sa voiture, se retrouve sous une averse de grêle et perd le contrôle de son véhicule. Six mois plus tard, Mulder et Scully se rendent à Kroner afin d'enquêter sur un homme, surnommé le «Roi de la Pluie» et prétendant pouvoir contrôler la météo...

Skinner est conduit aux urgences après un entraînement de boxe. Le malheureux a été complétement sonné lors d'un combat. Le médecin de garde lui préconise de changer de sport et le laisse quitter l'hôpital... Quelques heures plus tard, Skinner est victime d'un second malaise dans son bureau. Il semble qu'il a été empoisonné. Un mystérieux interlocuteur téléphonique lui annonce qu'il n'a plus que 24 heures à vivre. Fox reconstitue l'emploi du temps de Skinner. Il découvre qu'il a rencontré un célèbre biologique le matin-même...

Relégués à des tâches subalternes, Scully et Mulder s'ennuient à longueur de journées. Pourtant, un matin, le directeur-adjoint Kersh appelle Dana et lui propose d'effectuer une mission spéciale en compagnie de l'agent Peyton Ritter. Il s'agit d'enquêter sur un certain Alfred Felling, un photographe de la police dont le comportement intrigue le FBI...

Un dépôt ferroviaire à Arlington, Virginie. Le Dr Openshaw pénètre dans un wagon de chemin de fer transformé en bloc opératoire. Il rend visite à Cassandra, une femme qui a subi avec succès plusieurs interventions. Soudain, un «homme sans visage» surgit à la porte du wagon. Muni d'un lance-flammes, il extermine toute l'équipe médicale. Seule Cassandra est épargnée... Le directeur Skinner et l'agent Spender se rendent sur les lieux du drame. Spender est bouleversé. En effet, Cassandra n'est autre que sa mère, mystérieusement enlevée voilà près d'un an. Reprenant peu à peu conscience, Cassandra demande à parler à l'agent Mulder...

Scully et Mulder s'introduisent dans leur ancien bureau afin d'en savoir plus sur la famille Spender. Ils découvrent que l'homme à la cigarette, que le fichier central connaît sous le nom de CGB Spender, n'est autre que le père de l'agent Spender et donc le mari de Cassandra. Mulder sait depuis des années que CGB est la tête des conspirateurs, ces humains qui ont choisi de s'allier avec les extraterrestres. Les aveux de Cassandra lui permettent désormais de prendre toute la mesure du complot qui menace l'existence de la population terrestre...

Arthur Dales, retraité du FBI, convainc Scully et Mulder de le rejoindre en Floride. Tandis qu'un ouragan menace la région, le vieil homme prétend qu'un animal sorti des profondeurs marines aurait déjà massacré une famille entière, les Shipley. Les deux agents se rendent dans la maison des victimes supposées. L'endroit est effectivement désert. Excédée par les «délires» de son partenaire, Scully veut prendre le premier avion pour Washington. Mais l'ouragan en décide autrement...

C'est lundi matin. Pour Mulder, la semaine commence très mal. Son matelas d'eau s'est crevé pendant la nuit ! Son appartement est inondé. Son radio-réveil ne fonctionne plus. Il est en retard pour sa réunion. L'agent arrive enfin au bureau. La réunion a déjà commencé. Mulder raconte sa mésaventure à Scully et file à la banque la plus proche. Tandis que le «malchanceux» fait la queue au guichet, un jeune marginal nommé Bernard pénètre dans la banque avec la ferme intention de réaliser le braquage du siècle...

Mulder et Scully forment un beau couple. Se faisant passer pour Rob et Laura Petri, ils emménagent dans la résidence «Falls of Arcadia», une communauté très fermée où les règles de vie sont strictement surveillées. Les deux agents enquêtent sur l'étrange disparition de plusieurs habitants des lieux. A peine arrivés, les deux fédéraux reçoivent l'aide de tous leurs voisins afin de terminer leur déménagement avant 18 heures...

Une violente tornade s'approche d'un pénitencier du Mississippi. Coupable d'avoir agressé l'un de ses camarades de détention, Pinker Rawls est conduit de force au «mitard», une cabane de bois construite au milieu de la cour. La tornade détruit tout sur son passage. Le «mitard» vole en éclats. Rawls est déclaré mort bien que les gardiens ne parviennent pas à retrouver son corps. Le responsable de la prison, lui non plus, n'a pas survécu aux éléments déchaînés. Le malheureux a été coupé en deux par un mystérieux agresseur...

Mulder et Scully enquêtent sur un meurtre d'un genre totalement inédit. Le cœur de la victime a disparu mais la police n'a révélé aucune trace d'incision, aucune empreinte. Mulder penche pour la thèse de la chirurgie mentale. Scully veut du concret. Quelques jours plus tard, un nouveau meurtre est signalé. Fox se rend immédiatement sur les lieux...

Mulder passe son samedi après-midi au bureau, plongé dans la lecture des journaux de l'année 1947. Dans un article consacré au base-ball, Fox apprend que son vieil ami Arthur Dales, le précurseur des affaires classées du FBI, était policier à Roswell. Mulder se présente au domicile d'Arthur Dales. Il tombe nez à nez avec un inconnu qui prétend être le frère de l'ancien agent du FBI...

Les trois bandits solitaires sont à Las Vegas pour affaires. Ils tentent d'assister à une convention des industriels de l'armement. Se faisant passer pour un responsable d'une société d'équipements aéronautiques, Byers a réussi à s'introduire dans une partie privée de poker. Son subterfuge est rapidement découvert par Grant Ellis, l'un des joueurs. Byers est évacué manu militari...

Deux squelettes étrangement enlacés viennent d'être retrouvés dans la région de la Montagne Brune, en Caroline du Nord. Les premières expertises médicales prouvent qu'il s'agirait des restes de Wallace et Angela Schiff, un couple qui a disparu voilà moins d'une semaine. C'en est assez pour intéresser Mulder et Scully...

Sur une plage de Côte d'Ivoire, le scientifique Solomon Merkmallen découvre, fiché dans un rocher, un fragment d'une tablette métallique sur laquelle sont inscrits des symboles ésotériques. De retour à son bureau, il rapproche sa découverte d'un autre fragment, en tout point similaire. Soudain, animé d'une fulgurante énergie, l'objet, projeté dans les airs, va se ficher dans une bible...