La oficina de Conducta Profesional se niega a reasignar a Mulder y Scully a los Expedientes X debido a que los agentes Spender y Fowley han tomado sus lugares. Cuando Gibson Praise reaparece y les pide ayuda, Mulder y Scully intentan continuar con su misión, esta vez con menos amigos y acceso que nunca.

Die beiden Spezial-Agenten des FBI, Fox Mulder und Dana Scully, untersuchen zwei mysteriöse Todesfälle. Dabei kommen Mulder und Scully einem geheimnisvollen Wesen auf die Spur, das allem Anschein nach nichtmenschlichen Ursprungs ist. Es scheint sich um einen Außerirdischen zu handeln. Auch der mysteriöse „Raucher“ folgt diesem Wesen. Dazu benutzt er den Jungen Gibson Praise, der aufgrund seiner außergewöhnlichen telepathischen Fähigkeiten zum Schachwunderkind wurde.

Mulder is less than thrilled when an Office of Professional Conduct board refuses to reassign him and Scully to The X-Files and even more so when he learns that Agent Spender and Agent Fowley have become their successors. When Gibson Praise reappears and comes to them for help, Mulder and Scully attempt to continue their quest undercover despite having fewer friends and less access and protection than ever before.

Dopo la distruzione di tutti gli X-Files a opera di un incendio doloso, Mulder e Scully vengono separati e riassegnati a differenti mansioni. A peggiorare le cose le indagini sugli X-files vengono affidate all'agente Spender e all'agente Fowley. Gibson Praise ricompare per chiedere aiuto a Mulder e Scully i quali cercano di continuare la loro inchiesta nonostante le enormi difficoltà che si trovano ad affrontare.

Mulder muku muči s komisijom koja s nevjericom sluša njegove dokaze o postojanju izvanzemaljskog života i istodobno sa Scully lovi smrtonosno biće iz svemira.

ФБР восстанавливает отдел "Секретные материалы", однако отстраняет от работы в нем агентов Малдера и Скалли и передает дела специальным агентам Спендеру и Фоули. Тем временем Курильщик использует телепатические способности похищенного Синдикатом вундеркинда Гибсона для поимки инопланетного существа.

En granskningspanel frågar ut Mulder om hans påståenden om existensen av utomjordingar.

ועדת חקירה בודקת את הטענות של מאלדר לגבי קיומם של חייזרים.

En employant un procédé spécial qui réinjecte une certaine humidité à ses documents, Mulder devrait pouvoir récupérer ses dossiers qui ont été détruits dans l'incendie de son bureau il y a plusieurs mois. Ses supérieurs hiérarchiques du FBI, en particulier le nouveau directeur adjoint, Kersh refuse de croir à la théorie de Mulder, selon laquelle des extra-terrestres seraient en train de conquérir la planète. Mulder veut prouver que Scully a été infectée par un virus d'origine extra-terrestre. Mais Dana lui avoue finalement qu'elle n'a pas réussi à identifier le virus...

Mulder ja Scully saavat jatkaa työtään vain siinä tapauksessa, että pystyvät esittämään tutkimuslautakunnalle todisteita maapallon ulkopuolisen elämän olemassaolosta.

Akcja dzieje się bezpośrednio po wydarzeniach z filmu pełnometrażowego. W Phoenix ginie człowiek którego ciało zostało rozerwane. Palacz wie, że to robota Obcego i szuka go z pomocą Gibsona Praisa. Tymczasem Mulder stara się odzyskać akta Archiwum X, które spłonęły w pożarze, jednak do pracy tam zostają skierowani Diana Fowley i Jeffrey Spender.

Mulder és Scully megjelennek egy bizottság előtt, amely az X-akták újbóli megnyitása ügyében tanácskozik. A tanács egyértelmű és kézzelfogható bizonyítékot szeretne a földönkívüliek létezésére. Mulder megemlíti Scully korábbi betegségét, amelyet egy idegen vírus okozott. Dana azonban nem erősíti ezt meg egyértelműen, ezért a bizottság figyelmezteti őket, találjanak valami más bizonyítékot.

Agenti Mulder a Scullyová pronásledují mimozemskou bytost, která utekla syndikátu.

穆德和史卡莉讲述了他们在南极的冒险（电影《征服未来》），争取恢复X档案，遭到了一致否决。他发现史邦德和戴安娜接替了他们的工作。亚利桑那州发生了一起事件，斯基纳怀疑与穆德搜寻的外星人有关，透露给了穆德。穆德和史卡莉去了核电站但是被拒绝进入，随后发现神童吉布森在他们车里，原来癌人想利用他与“那家伙”的联系找到它，而吉布森偷跑了出来。戴安娜找到穆德，带他进入核电站，而吉布森跟着史卡莉来到医院检查，却被影子政府的人带走。在核电站中，穆德看到了吉布森，一路追踪，到达外星人把所在的地点后却被关在门外，眼睁睁看着它把影子政府的人干掉，回头却面对着戴安娜黑洞洞的枪口……史卡莉告诉穆德，“外星人”的DNA存在于人类的身体里，我们每个人都可能是外星人……

Xファイル課オフィスが焼失して数ヶ月後。モルダーとスカリーは正式に担当を外され、代わってジェフリー・スペンダーとダイアナ・フォーリーがXファイル課に配属された。密かにモルダーらを見守るスキナーは、モルダーにある最新のXファイルを託す。

멀더와 스컬리는 외계인 바이러스에 대해 상부에 보고하고, 엑스파일 부서를 다시 열어줄 것을 요청하지만, 거절당합니다. 또한 스컬리는 실제 자기 눈으로 외계인 바이러스의 성장 과정을 보지 못했기에 멀더만큼 확신을 가지지 못합니다.