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继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但这一季却出现了她的孩子——艾蜜莉。这一季的制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。

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Příhody zvláštních agentů FBI Foxe Muldera a Dany Scullyové, kteří vyšetřují Akta X: okrajové, nevyřešené případy týkající se paranormálních jevů. Mulder věří v existenci mimozemšťanů a paranormálních jevů, zatímco skeptička Scullyová je pověřena vědeckými analýzami Mulderových objevů, které vyvracejí Mulderovu práci a vracejí ho tak k hlavním případům.

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Even as Scully’s genetically altered DNA brings her closer to the brink of death, government agent Michael Kritschgau helps Mulder in the search for a cure, partly to atone for his own involvement with perpetrating the alien hoax. Scully’s DNA comes into play once again when she discovers she is the mother of a little girl named Emily, an incident that could only be related to her abduction years earlier. But in the end it is a young boy named Gibson Praise whose body may contain genetic proof of man’s relationship to an alien race — and who may hold the key to unlocking the mysteries of the X-Files.

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Sur le point de mettre fin à ses jours dans son appartement, Mulder reçoit un coup de téléphone de Michael Kritschgau qui lui dit qu’ils sont sur écoute. Grâce à lui, Mulder découvre qu’il est effectivement surveillé et parvient à retrouver l’agent du gouvernement qui le surveillait depuis quatre ans et le tue d’une balle dans la tête. Mulder se rend alors chez Scully et lui explique ce qui s’est passé. Il l’informe aussi qu’il a des preuves qui pourraient impliquer quelqu’un de très haut placé au sein du FBI. Il lui montre un relevé téléphonique où sont répertoriés dix-sept coups de téléphone venant du Bureau. Les agents se rendent alors compte qu’ils n’ont été que des pions dans cette conspiration. Mulder suggère d’élaborer un mensonge en faisant croire à sa mort.

Selbst als Scullys genetisch veränderte DNA sie an den Rand des Todes bringt, hilft der Regierungsagent Michael Kritschgau Mulder bei der Suche nach einem Heilmittel, auch um seine eigene Beteiligung an der Entführung der Außerirdischen zu sühnen. Scullys DNA kommt wieder einmal ins Spiel, als sie entdeckt, dass sie die Mutter eines kleinen Mädchens namens Emily ist, ein Vorfall, der nur mit ihrer Entführung Jahre zuvor zusammenhängen kann. Doch am Ende ist es ein Junge namens Gibson Praise, dessen Körper den genetischen Beweis für die Verwandtschaft des Menschen mit einer außerirdischen Rasse enthalten könnte - und der vielleicht den Schlüssel zur Entschlüsselung der Geheimnisse der X-Akten in der Hand hält.

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Dopo che Scully lo ha aiutato a simulare la propria morte, Mulder si introduce nel Pentagono per procurarsi una boccetta metalica contenente un chip che potrebbe rivelarsi la cura per il cancro di Scully. Scully crea un legame con Cassandra Spender, la quale dice di essere stata rapita più volte dagli alieni.

DNAが遺伝子操作されたため死の危機に瀕したスカリー。モルダーは彼女のために治療薬を捜し、その手助けをするのが政府側のエージェント、マイケル・クリッチガウだった。エイリアンが存在した証拠のねつ造に加担したクリッチガウはその罪滅ぼしとして協力を申し出たのだ。スカリーがエミリーという少女の母親であり、それが数年前にアブダクトされた事件と関わり合いがあることを突き止めた時、彼女のDNAは再び活動を開始する。

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Los casos deben esperar. Dana Scully se encuentra en un estado casi terminal. Tras la abducción por parte de los extraterrestres, se le ha detectado un cáncer a la forense. Su compañero, el doctor Fox Mulder ahora tiene una sola misión: conseguir una cura para Scully.

Llegando a crear una identidad falsa, Mulder está dispuesto a hacer lo necesario para salvar la vida de su amiga en un viaje que le dará más detalles sobre la relación entre el FBI y el Sindicato; y que, de nuevo, probará su fe inquebrantable en lo paranormal.

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