Mulder Ostelhoffal szemben találja magát, aki el akar égetni egy papírt, amin telefonhívások adatai szerepelnek. Mulder kénytelen lelőni, mert az életére tör. Scully-val közösen arra jutnak, hogy valaki az FBI-tól próbálja őket félrevezetni. Mulder azt javasolja, hogy ezúttal próbálják meg ők becsapni a rejtélyes ismeretleneket és így derítsék ki az igazságot. Így Scully Ostelhoff holttestét Fox Mulderként azonosítja, s mivel mindenki azt hiszi, öngyilkos lett, Mulder folytathatja a nyomozást. Mulder felfedez egy helységet, ahol megtalálja mindazokat az összegyűjtött UFO bizonyítékokat, amelyeket az évek során Scully és ő szerzett meg, de titokzatos módon eltűntek.

Scully kórházba került, eszméletlen és a lélegeztetőgép tartja életben. Mikor magához tér, elmondja Muldernek, hogy szerinte Skinner az áruló. Danának beültetnek egy chipet, mert a Cigarettázó Férfi szerint attól meggyógyulhat. Mulder találkozik a hugával, ám ő azt hiszi, a Cigarettázó Férfi az apja. Mulder szerint Blevins az áruló, ezért ellene vall bár nincs bizonyítéka.

1989-ben, egy speciális rendőrkommandó rajtaüt egy raktárépületen, ahol megtalálják Mulder meztelen testét. Munch felügyelő hallgatja ki Byerst az esetről, s elmondja, hogy a nyilvánvalóan véres tűzharc nyomai és egy FBI ügynök jelenléte ellenére, nem sokat tud az esetről. Annyira emlékezett Mulderrel kapcsolatban, hogy váratlanul azonban felbukkant és mindenkit le akart tartóztatni. Úgy emlékszik, egy lövöldözés közben szétlőtték a gáztartályokat és azok tartalma Mulderre ömlött.

Két geodéta végez felméréseket Észak-Floridában, s egy különös, vörös szemű teremtménnyel találkoznak. Kisvártatva támadás éri őket. Louis, a 12 éves kisfiú rémülten meséli, hogy egy vörösen izzó szemű láthatatlan lény üldözte őt, de csak Mulder hisz neki. Egy infravörös keresővel Jeff Glaser technikus segítségével Mulder, Scully és Fazekas, szörnyvadászatra indulnak. Két lényt is találnak az erdőben, akik csellel szétválasztják a csapatot. Mulder tüzet nyit rájuk, de Glaser eltűnik.

Indiana államban Shaineh Berkowitz egy rémisztő, Frankestein-szerű figurát talál a konyhájában. Shanieh fia, Izzy azt állítja, szokta látni ezt a lényt, sőt, azt is tudja róla, hogy szereti a mogyoróvajas szendvicset, így azzal próbálják magukhoz csalogatni. A lény meg is jelenik és Mulderék üldözőbe veszik, ám sikerül eltűnnie előlük. Mulder később összetalálkozik egy öregemberrel, aki elmondja, hogy az igazi szörny az ő fia, Dr. Francis Pollidori. Mulderék megkeresik Pollidorit, aki beszél nekik genetikai kutatásairól. Ám míg ő nincs otthon, valaki fóliával befedi a házat, és megtámadja feleségét, Elizabeth-et.

Scully édesanyjával elutazik a karácsonyi ünnepekre, ám ekkor furcsa telefonhívást kap. A női hang a telefonban nagyon hasonlít elhunyt nővére, Melissa hangjára. Scully lenyomoztatja a hívást, de mire a címre ér, már csak a helyszínelőket találja ott. Kiderül, hogy az elhunyt Roberta Sim kislánya, Emily, lehet, hogy Melissa gyermeke, ugyanis DNS-ük 60 százalékban megegyezik.

Scully meglepve veszi tudomásul, hogy a genetikai jelentések szerint ő lenne a hároméves Emily Sim édesanyja. Scully megkéri Muldert, hogy legyen jelen az örökbefogadási meghallgatáson, mint tanú. Fox szerint Emily valamiféle tudományos kísérlet során született, s véleménye szerint mindent meg fognak tenni azért, hogy Dana ne fogadhassa örökbe Emilyt. Emily kisvártatva megbetegszik, és Scully mindent megtesz, hogy megmentse őt.

Mulder és Scully Robert Modell próbálják megtalálni, miután megszökött a börtönből, s aki egyébként Pusher álnéven fut.

Polly Turner és édesanyja bevásárolni indulnak, ám egészen furcsa rémisztő dolog történik velük. Pollynak rossz érzése támad, és figyelmezteti anyját, hogy menjenek el a boltól. Édesanyja az üvegen tükröződve meglátja a férfit, akinek egyik szeméből egy kés áll ki. A kijárat felé közeledve az emberek saját szemüket karmolják össze, s a férfi, akit az üvegajtón látott, öngyilkos lesz. Bonsaint seriff szerint az anya, Melissa boszorkány. Arról is beszámol, hogy volt egy kellemetlen incidens Polly és az óvodai felügyelőnő között. Az óvónő bántalmazta a kislányt, mire valami erő a földre taszította. Bonsaint szerint nem a kislány lökte el.

Kábítószer-kereskedők névtelen telefont kapnak, amely tájékoztatja őket egy áruló búvóhelyéről. Két rendőrbíró is névtelen tippet kap egy kolumbiai szökevény hollétéről. Csakhogy a két cím azonos, ugyanoda csalják őket, ahol aztán lövöldözés kerekedik. Mulderék nézik át a maradványokat. Mulder elcsen egy laptopot, melyben érdekes információkra bukkan. A nyomok egy raktárhoz vezetnek, ahova Mulder és Scully el is mennek, ám ott támadás éri őket.

Texasban megcsonkított szarvasmarhákat találnak. Egy itt nyaraló férfi, Mr. Funt kísértetiesen hasonló módon halt meg, de a nyakán két kicsiny szúrásnyomot találnak. Scully végzi a boncolást. Véleménye szerint valaki elkábította Funt-ot, majd fecskendővel leszívta a vérét, vámpírok látszatát keltve. Mulder azonban közli társával, hogy újabb áldozat is van.

Kazahsztánban két fiatal fiú ufót látott, és szaladnak is haza elújságolni a hírt. Ám útközben egy tisztásra érnek, ahol több autó is lángol. Az egyik autóból előmászik egy égő ember. Mulder egy előadáson vesz részt, ahol a résztvevők egy X páciensnek nevezett nő állítólagos eltérítéséről beszélgetve azt állítják, hogy az asszonyt földönkívüliek rabolták el. Mulder szerint az eltérítések és a hadsereg között van valami kapcsolat.

A gátnál rengeteg szénné égett holttestet találnak. Skinner az orvosi sátorba küldi Muldert, ahol Dana fekszik. Amikor Scully magához tér, elmondja Muldernek, hogy sajnos semmire sem emlékszik abból, ami a hídon történt. Spender ügynök közli Mulderrel, hogy édesanyja, Cassandra, eltűnt, nincs az áldozatok között.

1990-ben egy serif egy ócska házat próbál kilakoltatni, amikor is találnak egy holttestet. Úgy fest, mintha eltávolították volna a belső szerveit. Miközben vizsgálódnak, valaki megtámadja őket, így kénytelenek lelőni. A haldokló támadó csak egy nevet ismételget: "Mulder... Mulder".

A huszonéves Marty Glenn éppen a lakásában járkál, amikor furcsa látomása támad. Egy borotvával felfegyverkezett gyilkost lát, amint az éppen egy fürdőkádnál álló férfit támad meg. Kevéssel később a rendőrség kiszáll egy helyszínre, ahol egy gyilkosság történt. Az áldozat a fürdőszoba padlóján fekszik, a függöny mögött pedig Marty áll, véres szivaccsal a kezében. Amikor a rendőrök megbilincselik a nőt, akkor veszik észre, hogy az vak.

McCue atya, a Scully család lelkipásztora, megkereszteli a 16 éves Dara Kernof-ot, aki gyengeelméjű és ráadásul tolókocsiban él. Később, az éjszaka folyamán, iszonyú vihar tör ki. Dara valahogyan a saját lábára áll és kimegy a házból. Apja, Lance, felfedezi, hogy lánya eltűnt és kiszalad a ház elé. Megpillantja Darát az út közepén, amint égbenyújtott karral térdel egy sötét alak előtt. Hirtelen fényesség támad és körbeöleli a két figurát. Mire Lance odaér a lányához, az már halott és szemei eltűntek, mintha csak kiégették volna őket. A sötét alak sehol sem látható.

Skinner, Scully, Mulder és tucatnyi más FBI ügynök egy nagyszabású elfogási akcióban vesznek részt Washingtonban. A céljuk: letartóztatni Jacob Haley-t, egy terrorizmussal vádolt akciócsoport tagját. Skinner és Scully egy megfigyelő autóból követik az eseményeket, míg Mulder és a többiek lassan közelítve becserkészik Haleyt.

Gary Lambert az Illinois állambeli Oak Brookban dolgozik, mint műanyaglemezek eladásával foglalkozó telemarketinges. A felszínen Gary egy nyugodt, kiegyensúlyozott átlagember. Ám legbelül szilárdan meg van győződve arról, hogy főnöke egy gonosz szörny, aki az alkalmazottakat élőholtakká változtatja. Az egyik nap Skinner aligazgató az irodájába rendeli Muldert és Scullyt. Elmondja, hogy a vállalat, ahol Gary is dolgozik, fenyegető tartalmú üzenetet kapott. A cég szeretné, ha kivizsgálnák a titokzatos bejelentő kilétét és megakadályoznák az üzenetben foglalt fenyegetések bekövetkeztét.

Egy hatalmas sportcsarnokban két profi sakkozó küzd egymás ellen, egy orosz versenyző és egy 12 éves amerikai kisfiú, Gibson Praise. Fent a magasban, a szervíz-folyosókon, egy bérgyilkos készülődik és célba veszi a kisfiút. Az, amikor mattot ad, feláll, majd visszaül. A lövés eldörren és az orosz sakkozó holtan terül el a földön.