モルダーは死んではいなかった。スカリーがモルダーの死体だと証言したのは別の男の死体だったのだ。モルダーは前の晩、自宅の隣室で自分を見張っていた男を発見し、銃撃戦の末に倒していた。

スカリーが倒れたと知りモルダーは病院に駆けつけた。スカリーの癌は悪化しており、このままでは助からない。FBIはモルダーに、なぜスカリーが嘘をついてまで君の生存を隠したのかと問いつめる。

1989年5月。連邦通信委員会の職員J・F・バイヤースは、仕事でコンピューターの見本市に参加していた。そこで彼はホリーと名乗る謎めいた女性と出会う。

シャイナ・パーコウィッツはある夜、腫物だらけで口が2つある醜い怪物が家に侵入してくるのを目撃し、それきり意識を失った。3日後に目が覚めると彼女はなんと妊娠していた。

クリスマス休暇に母と共に兄夫妻の住むサンディエゴを訪れたスカリー。彼女の元に、突然「彼女を助けて」という電話がかかってきた。その声は死んだ姉のメリッサに似ていた。

DNA検査の結果、エミリーは遺伝的にメリッサではなくスカリー自身の娘であることが判明した。エミリーは重度の遺伝病にかかっており、このままでは長く生きられない。彼女はある製薬会社の遺伝子治療を受けさせられていた。

ロートン刑務所病院棟に収容されていたロバート・モデールが脱走した。彼はかつて”プッシャー”と呼ばれ、他人を暗示にかけて自殺に追いやるという特殊な方法で、10人以上の人間を殺害した重犯罪人だった。

果樹園を営む農夫のフィル・リッチが変死を遂げた。彼はある夜、義理の息子ボビーとの口論の末、ボビーを追って家を飛び出し、それきり生きて帰ってこなかった。彼の遺体は直立状態で地中に埋まり、胃の中からは5キロもの土が見つかった。

週末に休暇を取って旅に出たスカリーは、偶然通りかかったスーパーから血だらけの老人が出てくるのを目撃した。スーパーの中では店員や客が錯乱して目分の身を傷つけており、店の奥では精肉係の男が肉切ナイフで死亡しているのが発見される。

ワシントンD.C.のメトロ食堂で驚官と麻薬密売人の間で銃撃戦があった。警官も密売人も何者かによって電話でおびき出されたらしく、この事件は仕組まれたものである可能性が高い。

モルダーとスカリーは、とある小さな田舎町で起きた奇妙な事件を調査するためにテキサス州に向かう。そこでは牛や人間が体中の血液を何者かに吸い取られ死亡する事件が相次いでいた。

マサチューセッツ大学での地球外生命体の存在についての公開討論会に出席したモルダーは、今までの主張を翻しUFOや宇宙人の存在を全面否定した。

スカイランド・マウンテンに続きラスキン・ダムでも放火による大量殺裁が起こった。現場に居合わせた力サンドラは行方不明、スカリーはかろうじて生還するが事件の記憶を失っていた。

1990年。若きモルダーはある猟奇事件の犯人の情報を求め元FBI捜査官デールズの元を訪れていた。先週スカーという男が職務質問に訪れた警官を襲い、逆に射殺された。

あるモーテルの一室で惨殺死体が発見された。現場にはカーテンに隠れるようにして一人の女性が。彼女の手は血まみれだった。女性の名はマーテル・グレン、前科者で被害者から麻薬を買っていた疑いがある。

復活祭前の日曜日、教会を訪れたスカリーは顔見知りの神父から相談を持ちかけられた。ある信者にプロの捜査官として会ってくれないかというのだ。

FBIとCIAの合同チームは極右テロ集団の有力メンバー、ヘイリーを逮捕するために大がかりな作戦を決行したが、土壇場で失敗した。スカリーは逃走するヘイリーを追ったモルダーが、わざとヘイリーを逃がしたのではないかと疑う。

外装会社ビニールライトのシカゴ支社に奇妙なテープが送り付けられる。テープの声の主は社内に邪悪な怪物が潜んでいると告発していた。

力ナダのバンクーバーで行なわれたチェスの世界トーナメント決勝でロシアのチェスプレイヤーが狙撃された。FBIは暗殺者の身柄を拘束し、事件の背景を探る。