史卡莉住进了重症加护病房，穆德不惜暴露自己赶去见她。史卡莉劝穆德把杀人的罪责推到自己身上，穆德自然不能接受。在接受委员会问讯时，他选择了沉默。癌人告诉他那个样本里另有玄机，还安排了穆德和她妹妹见面。令穆德震惊的是，萨曼莎称呼癌人“父亲”，而她拒绝接受自己的过去则让穆德万分难过。他从样本中找到了芯片，想用它治愈史卡莉，却遭到了史卡莉家人的一致反对，但史卡莉还是决定试一试。她的哥哥比利十分愤怒，认为穆德所相信的都是虚无缥缈之物，直呼他为“可怜虫”。癌人找到穆德，告诉他克里斯高所说也皆为谎言，他要帮助穆德找到真相，前提是穆德为他工作，遭到了穆德一口回绝。而FBI布瑞文主任也找到穆德，提醒他可以指控斯基纳来洗脱罪名。一瞬间多出这么多“朋友”，令穆德无所适从。正式审讯前夜，他跑到史卡莉床边，强忍泪水……审讯时，穆德一语惊人，他指控布瑞文为幕后黑手，调查局中的内奸。惊慌失措的布瑞文奔回办公室，却即遭灭口。而影子政府同时也对癌人失去了耐心，派狙击手将其击毙。弥留之际，癌人依然紧紧抓着穆德兄妹的照片不肯放手……

本集讲述了孤枪侠与穆德的故事。1989年，联邦通讯调查员拜尔斯、与福瑞奇和兰利受“嫌犯”莫德斯基委托，调查一个女儿失踪的事，其实是莫德斯基在收集真相。孤枪侠入侵了政府电脑，打印出了政府文件，并做出了解读。原来是政府下令监视民众并用仪器改变大家的说法。几个人赶到了仓库，却被几个黑衣人将证据抢了过去，穆德也赶在黑衣人他们之前，却被他们击倒，莫德斯基趁乱顺利逃走。三个人被抓进去，将事情如何告知了探员，幸好恢复了的穆德作证他们三个才放出来。三人路遇莫德斯基，莫德斯基给了贝尔斯一个吻，突然被抓走，三人惊呆。后来三人将事情经过讲给穆德听……

穆史二人开车去调研会，途中遭遇此案。两名勘探员和一名猎手分别遇难，而证词只有他的儿子“看见了红眼睛”，穆德推断出犯人必与“娥人”有关。他们与警长、警察助手一起进丛林去抓犯人，警长和警察助手被犯人分开之后就被一一解决了，两人被迫在从林里呆了一个晚上。第二天史卡莉出去找吃的结果掉进了娥人的洞里，穆德被其中另一个扔了进去，两人在洞里干死了其中一只，最终大部队获得信号前来救援，方才脱险。被救了之后的穆德发现了娥人的历史，得知史卡莉在汽车旅馆收拾，赶忙过去帮助，让她快点离开。两人一离开，床下一张脸露了出来……

这是黑白画风的一集。穆德史卡莉到一个“怪人”四处出没的小镇上去调查，结果碰到了“怪人”，发现他受一个老头保护，而那老头是该镇一个著名科学家的父亲。两人拜访了科学家，却发现了惊天秘密……科学家发现了父亲想帮助“怪人”找到真爱而放他到处乱转，将父亲掐死，而后带着大部队赶回来准备杀掉怪人。怪人含泪将父亲下葬后，躲入自己的地下室小屋，被穆史二人发现。在穆史二人的保护下，怪人说出了真相……

史卡莉来到兄长比利的家中度假，一个神秘的电话打乱了她的安排。她顺着电话找到了打电话的家中，发现这家母亲刚刚去世，而女儿艾米丽长得很相自己的姐姐。史卡莉要求将此案件重新调查，同时要来艾米丽的DNA与姐姐的对比，发现两者极为相像。她开始不停地做梦，关于姐姐的各种记忆……史卡莉怀疑艾米丽就是姐姐的女儿，比利却拿出照片证明不是，而且认为史卡莉因为无法生育而母性泛滥。圣诞节，史卡莉收到了调查局的检查结果，竟发现艾米丽其实是自己的女儿……

史卡莉决定领养这个孩子，但是政府以史卡莉工作太忙为由不答应，穆德赶来解释说史卡莉就是孩子的母亲也于事无补。两人一筹莫展之际，突然接到一通电话。两人追踪至孤儿院，发现艾米丽正发着高烧。两人送去急诊，而护士不小心碰了艾米丽脖子后面的绿色伤疤给弄晕了过去。穆德去找其医生卡德朗要说法，卡德朗仓皇逃回秘密据点，却被杀死，而剩下两人化装成卡德朗继续行动。一个卡德朗去给艾米丽注射药物，穆德跟着另一个去了敬老院，却发现装着试验用的胚胎。穆德出来时被刑警抓个正着，那一边卡德朗也过来了，他把刑警打到后幻化成了刑警的模样……艾米丽死后，史卡莉呆坐教堂，穆德前来送行。史卡莉从土中握紧曾送给艾米丽的项链……

穆德以前抓住的囚犯莫德逃出来了，他能控制人的心灵，然而奇怪的是这次一个人都没有死。只除了以前抓莫德时的地方官，他死于大量吞咽蓝油漆，墙上涂写着“猎狐”。穆德认为这些并不是他干的，而是地方官妻子所为，却被认为是被莫德洗了脑……莫德进了避难所，找到了妻子，被斯基纳抓个正着，他将其击伤。而后妻子伪装成护士骗过了穆德，进入病房中送了莫德最后一程。穆德通过护士牌上的地址到了一间废弃的工厂中，受到了蛊惑，最终史卡莉赶到将妻子击毙，原来他俩是双胞胎，脑中都长着瘤，有着一样的能力。

巴比和丽莎的父亲先后去世，死因都很离奇，一个死于食道中塞满泥土，一个死于高空坠落。负责对两个孩子进行心理辅导的医生卡伦把丽莎接到自己家中，却把她关到地下室里，而她阿姨来接她，却被树枝捅死……穆德和史卡莉进行了一番调查，从卡伦父亲的园丁那里得知卡伦父亲虐待卡伦，他的尸体也不翼而飞。穆德认为这一切都是卡伦干的，她获得了自然的力量，并且认为孩子都跟她一样受到了虐待。两人赶到卡伦家里，将丽莎救下，穆德去追卡伦，差点被树捅死。巴比被卡伦抓到，困于土中，穆德赶来救他也被陷入土中，幸好园丁赶到，将卡伦从背后砍死。卡伦的尸体慢慢下沉……

正在度假的史卡莉到了缅因州的一个小镇上，正好碰上了一对母女带着一个娃娃离开超市，而超市里的人们几乎全部双目失明。之后，母亲不断看到将死之人在窗户上的影像，而死人都是拿着工具自杀，母亲意识到这一切都是娃娃搞的鬼，此时她看到了窗户上自己的影像……史卡莉打电话给穆德询问娃娃之事，穆德却一直插科打诨。无奈的史卡莉从老头口中得知了娃娃的来源。此时母亲决意自杀，但她倒汽油后点燃火柴都一一被娃娃吹灭，最后拿起锤头砸向自己，幸好史卡莉及时赶到，将娃娃从女儿手中抢过，塞入微波炉里灼烧。事态最终平息，一个渔民却从水中打捞出已经烧得面目全非的娃娃……

一伙毒贩在餐馆里发生枪战致死，一起死去的还有网络工程师吉尔曼，穆德从他的电脑中翻出一张光碟。从他的邮箱里穆德知道了和他联系的爱思特的地址，他们刚把爱思特带出了她的住宅，那里随后就被锁定之后爆炸了。爱思特跟他们解释一切都是人工智能搞的鬼，她跟大卫将记忆和意识注入到人工智能中，而吉尔曼反对并且试图扭转这一局势，但被人工智能消灭掉了，而那张光碟就是干掉人工智能的钥匙。随后，穆德在三剑客的帮助下找到了人工智能的老巢，却被它控制，进入了幻境。史卡莉与爱思特经历了一场险情之后也进入了人工智能的老巢，史卡莉救出了穆德，而爱思特插入了光盘，让两人先走。穆史二人刚一离开，身后突然爆炸……然而事情远未结束，三剑客的电脑上留有“Bite Me”的话语，与此同时内布拉斯加，人工智能正在工作……

这是十分搞笑的一集，穆德收到了达拉斯有吸血鬼的传闻，便兴高采烈拉着史卡莉奔去。碰到一个帅哥警长，史卡莉顿时迈不动步了。穆德和警长去了墓地，把尸体留给了史卡莉验。忙了好一阵，史卡莉只发现了披萨里的麻醉剂，就回房休息。不久穆德回来了，顺便告诉史卡莉有一具新尸体要验，史卡莉万分不情愿地去了。穆德吃完送过来的披萨后立即中招，幸好史卡莉警觉返回，吸血鬼夺门而逃。穆德追上去，将其刺死，然而史卡莉紧随其后，扒下了他的假牙……两人对事情的看法各执一词，正在此时，吸血鬼的尸体不见了。两人回去调查，却发现全镇人都是吸血鬼……第二天两人醒来，小镇已经人去镇空。

俄罗斯某地被大火侵蚀，唯一目击了全程的少年被俄罗斯人克里切克控制，玛丽塔赶过去但是晚了一步，而少年被灌入了黑油……另一边，穆德已经完全不相信外星人的存在，甚至X病人卡珊卓现身说法也未能改变。而卡珊卓是调查局史邦德的母亲，史邦德拜托史卡莉不要去探访卡珊卓。而影子政府也为事态震惊，他们收到了克里切克的电话，后者以少年为要挟索要全部实验数据。正犹豫间，史卡兰山也发生了大火事件。与此同时，克里切克和玛丽塔搞在了一起，玛丽塔趁机把少年带出来，联系了穆德，穆德赶到时她已经失踪了……史卡莉听从了召唤，去了桥上，这是一个几百人的聚会，卡珊卓和少年都在。突然，大火燃了起来……

大火终于扑灭了，史卡莉还活着但是严重脱水，史邦德因为他的母亲不见了而大发雷霆，另一边影子政府也找到了被黑油侵袭的玛丽塔，带回治疗。他们从克里切克手里拿来了疫苗，同时感觉战争要爆发了……穆德带史卡莉去做了催眠治疗，史卡莉回忆起了卡珊卓被带上飞船的情景。然而穆德还是无法相信，史邦德也提醒史卡莉，她跟穆德在一起，潜意识里也相信了外星人。这时克里切克找到了穆德，他告诉穆德，这一切都是外星叛党做的，他们企图烧死试验品以此来阻止外星人入侵。有一个叛军被抓了起来，他们必须帮助叛军，否则地球就没救了。将信将疑的穆德带着史卡莉闯入了空军基地，随后又只身跟上装囚犯的卡车，撞见了处决叛军的外星人被叛军追杀……

这依然是充满回忆的一集。1990年，史卡在家袭击了警长被杀，临死时喊出“穆德”。穆德怀疑跟父亲有关，于是找到了前调查局的戴尔，戴尔讲起了往事……1952年，他们以gong chan dang的罪名逮捕了史卡，而在听说他畏罪自尽后，戴尔到他家门口思考怎么告诉他的家人，却看到了史卡，差点死于史卡“口中”。这是穆德的父亲找到戴尔，告诉他史卡是被冤枉的，政府让他变成了怪物，之后史卡开始四处复仇，而戴尔就是目标之一。与此同时戴尔的搭档被杀，检察官警告他要三缄其口。然而戴尔并未听从，他解剖了尸体，发现有蜘蛛寄生在尸体食道中。检察官找到戴尔，让他去引史卡上钩，他不得已而去，被史卡抓住后将史卡铐在栏杆上后逃生。最终，穆德的父亲放了史卡一条生路……

一名毒贩死于汽车旅馆，而一个盲女格伦在犯罪现场被发现。这个傲娇的盲女起初并不认罪，而穆德也相信犯人不是她，但问不出来是谁。格伦无罪释放。第二起命案被发现了，格伦投案自首，她将命案的前后过程描述的极为详尽，被判处服刑。穆德来找她，认为她能通过犯人的眼中看到命案发生的过程，并试图保护犯人，而那犯人正是她的父亲。格伦答应帮助调查，却给了穆德史卡莉假的地址，自己把警长打晕，把父亲引来，一枪杀死了他。

两个小姑娘接连死去，双眼烧毁，双膝跪地，状若祈祷。史卡莉受神父之托前去调查，穆德认为这件事跟格雷戈里神父有关，格雷戈里矢口否认，还给史卡莉留下了别有深意的话。史卡莉在验尸时仿佛看到了女儿艾米丽，同时得知女孩有四个，她们都是六指。穆德发现了死去的第三个姑娘，在现场抓获格雷戈里，后者在看守所里离奇死亡，同时史卡莉看到了四面天使。她去找神父，神父告诉她四面天使跟凡间女生下四个孩子，都是六指，她们都是堕落天使，所以四面天使要把她们收回去。史卡莉得知第四个孩子的下落，赶了过去，想在天使手中救下她，却恍惚中看到艾米丽的身影，于是放手让她走向光明……

在一场抓捕使用毒素的恐怖分子哈利过程中，穆德故意放虎归山的行为令史卡莉十分怀疑。正当她准备刨根问底时，总检察官告诉他，穆德准备去当卧底。与此同时，穆德正接受考验，受尽折磨。回来后，史卡莉帮他包扎伤口，殊不知两人的对话都被另一名恐怖分子布里姆听了去。恐怖分子通过穆德了解到银行的作息，带穆德去抢银行，将毒素散布在剩下的钱中。随后布里姆拆穿穆德，顺便把哈利赶下台，然后却又放了穆德。穆德赶紧赶往银行，发现史卡莉已在那边，她是通过穆德受伤的手指辨认出来他的。史卡莉告诉他毒素是政府开发出来的，穆德感到自己被利用了，质问总检察官时，他却不置可否。另一边，哈利的车方向盘上涂上了毒素，死于非命……

在芝加哥瓦纳公司上班的盖里最近感到不对，在他眼中他们上司变成怪兽，把很多人都变成了僵尸。于是他端起步枪，挟持众人，准备在电视上公诸于众。虽然在穆德的干预下，盖里被击毙，但事情显然没有那么简单。穆德也开始看到变成怪兽的上司，但是史卡莉不相信，穆德只好自己去检验。他尾随怪兽到下属的家中，亲眼看到他把下属变成僵尸。但斯基纳误解了他，把他关到了病房中绑了起来。史卡莉验尸发现尸体已经死亡好一段时间了，而脖颈后面有虫子噬咬的痕迹，赶忙去找穆德，正好碰上怪兽准备袭击穆德，将其救下。怪兽和变成僵尸的人都不知其踪，此案只好就此罢休。在密苏里，怪兽又出现了……

一名俄国棋手在比赛时候被击毙，穆德通过录像带看出凶手的目标本是他的对手——神童吉布森。这孩子能“听”到别人的思维，因此影子政府十分重视也害怕他的能力，甚至专门从加拿大把癌人弄了回来。穆德的前女友回来参与调查，与穆德相谈甚欢，史卡莉大为恼火。而穆德对负责此案的史邦德探员三番五次的阻碍极为不满。史卡莉和前女友负责保护孩子的安全，前女友不幸中弹，孩子被癌人带走。最终，癌人把X档案付之一炬，并且告诉史邦德他是史邦德的父亲……