Mulder erfährt, dass er seit Jahren von der Regierung in die Irre geführt wurde. Kurz darauf entdeckt er, dass er überbewacht wird. In einem Handgemenge tötet er den Beschatter. Bei dem Toten findet Mulder Hinweise, die belegen, dass das FBI in die Sache verwickelt ist.

Scullys Täuschungsmanöver fliegt auf. Mulder muss sich daraufhin in einer öffentlichen Anhörung verantworten. Unterdessen spielt ihm der Raucher neue Informationen zu. Mit ihrer Hilfe kommt Mulder den Drahtziehern des Komplotts innerhalb des FBI auf die Spur.

Mulders Freund Byers verliebt sich in die geheimnisvolle Susanne Modeski, die ihn um Hilfe gegen einen Regierungsbeamten bittet. Auf ihre Bitte hin hackt sich Byers in das Computernetz des Verteidigungsministeriums. Den Informationen entnimmt er, dass Susanne eine vom Militär gesuchte Killerin ist. Fox Mulder ist in offiziellem Auftrag auf der Suche nach ihr. Doch Susannes Freunde haben Beweise für ihre Unschuld – und Beweise für eine Verschwörung der Regierung gegen das Volk.

Als an der Westküste Floridas ein Vermessungsteam spurlos verschwindet, erinnert sich Fox Mulder an eine X-Akte aus dem Jahre 1952: Damals sorgten so genannte Motten-Menschen für Aufregung bei den Behörden. Nun gelingt es Mulder und seiner Kollegin Dana Scully mit Infrarotgeräten, diese Wesen tatsächlich aufzuspüren. Im letzten Moment kann Dana Scully ihren Partner aus einer lebensgefährlichen Situation retten – um kurz darauf eine grausige Entdeckung zu machen.

Als Hommage an die klassischen Frankenstein-Filme produzierte Chris Carter die Episode „Der große Mutato“ in schwarz-weiß: Shaineh Berkowitz behauptet, von einem Monster vergewaltigt worden zu sein. Mulder und Scully entdecken Ähnlichkeit des beschriebenen Monsters mit der Comicfigur „der große Mutato“. Sie treffen auf Dr. Pollidori. Der Gentechniker entpuppt sich als neuzeitlicher Dr. Frankenstein, und das Monster ist das Ergebnis seiner Experimente.

Scully untersucht den Selbstmord von Roberta Sim. Deren Tochter Emily sieht Scullys verstorbener Schwester Melissa verblüffend ähnlich. Eine genetische Untersuchung ergibt tatsächlich eine Übereinstimmung. Scully will das Mädchen adoptieren.

Mulder kommt hinter Emilys Geheimnis: Das Mädchen entstand aus Eizellen, die Scully während ihrer Entführung durch Außerirdische entnommen wurden. Scully bekommt schließlich das Sorgerecht zugesprochen. Da erfährt sie, dass Emily an einer tödlichen Krankheit leidet.

Pusher Robert Modell ist aus dem Gefängnis ausgebrochen. Modell ist gefährlich, denn er besitzt die Fähigkeit, anderen Menschen seinen Willen aufzuzwingen. Mulder und Scully stoßen bald auf die erste Leiche. Es ist Nathan Bowman, der Staatsanwalt im Prozess gegen Modell. Mulder spricht mit dessen Frau Linda – und stößt auf einige Ungereimheiten. Eine Begegnung mit Modell überlebt Mulder nur durch dessen „Gnade“. Mulders Verdacht richtet sich gegen Linda Bowman.

Ein Plantagenbesitzer ist ermordet worden. Mulder und Scully trauen dessen schmächtigen Stiefsohn Bobby die Tat zwar nicht zu, doch Bobby und seine Freundin Lisa verhalten sich verdächtig. Auch Lisas Vater stirbt unter mysteriösen Umständen. Mulder und Scully begegnen Karin Matthews, die Bobby und Lisa psychiatrisch betreut. Karins Vater war vor 20 Jahren auf ebenso merkwürdige Weise ums Leben gekommen – und sein Geist beherrscht sie noch immer…

Scully verbringt ihren Urlaub in Maine. Dort scheinen sich die Aggressionen der Menschen in einem Ausbruch kollektiver Gewalt gegen sich selbst zu richten. Ein Mann hat sich auf grausige Weise erstochen. Die örtliche Polizei und Scully stehen vor einem Rätsel. Um die Witwe Melissa und deren Tochter Polly gibt es Gerüchte. Melissa will sich, ihre Tochter und eine Puppe durch Feuer vernichten. Sie ahnt, dass der Puppe teuflische Kräfte innewohnen – doch die Puppe ist stärker…

Scully und Mulder stoßen auf die Leiche von Donald Gelman. Der berühmte Computer-Pionier wird seit 1979 vermisst. In Gelmans Computer finden die Ermittler die E-Mail-Adresse einer gewissen Invisigoth, bei der es sich um die berühmte Programmiererin Esther Narin handelt. Sie und Gelman haben an der Entwicklung künstlicher Intelligenz gearbeitet. Diese hat sich verselbständigt. Um sie zu vernichten, hatte Gelman ein Programm geschrieben: „Kill Switch“. Der Kampf beginnt.

Mulder und Scully untersuchen in Chaney, Texas, die völlig blutleere Leiche eines Urlaubers. Mulder vermutet dahinter einen Vampir. Als es einen zweiten Toten dieser Art gibt und man Chloralhydrat findet, fällt Scullys Verdacht auf den Pizzajungen Ronnie. Das nächste Opfer soll Mulder sein, aber dieser tötet Ronnie nach alter Vampirjäger-Sitte: mit einem Pfahl ins Herz. Zu ihrem Grausen müssen Mulder und Scully feststellen, dass ganz Chaney von Vampiren bewohnt ist.

Scully überlebt das Flammeninferno am Staudamm in Pennsylvania ganz knapp. Nur unter Hypnose kann sie die Katastrophe rekonstruieren: Vermutlich waren es augenlose Aliens, die die Leute in Brand setzten. Plötzlich tauchte ein Raumschiff auf und tötete diese Wesen. Dann schwebte Cassandra Spender aus ihrem Rollstuhl in das Ufo. Doch Mulder ist skeptisch – zwischen ihm und Scully kommt es zu ernsten Spannungen. Doch dann beobachtet er selbst eine Aktion der Außerirdischen.

Im Jahr 1990: Mulder steht ganz am Anfang seiner Karriere beim FBI, die X-Akten sind noch kein Thema für ihn. Durch einen merkwürdigen Umstand stößt er auf den Ex-FBI-Agenten Dales. Dieser wollte zur Zeit der McCarthy-Ära ein Verbrechen aufklären, an dem sich Mulders Vater offenbar mitschuldig gemacht hatte. Dales entdeckte damals, dass ahnungslose Kollegen im Außenministerium durch so genannte Xenontransplantationen zu Monstern und Mördern wurden.

Marty Glenn wird blutverschmiert neben der Leiche eines Drogendealers gefunden. Weil sie blind ist, traut ihr keiner, trotz aller Indizien, den Mord zu. Kurz darauf zeigt sie sich selbst des Mordes an dem Dealer an. Doch Mulder findet heraus, dass Martys Mutter vor Jahren von ihrem Vater auf die gleiche Weise umgebracht wurde. Seit ihrer Blindheit sieht Marty mit den Augen ihres Vaters. Mulder hofft, so auf die Spur des Täters zu kommen. Doch Marty will selbst Rache nehmen.

Scully kümmert sich um die Familie Kernof, die auf mysteriöse Weise ihre an den Rollstuhl gefesselte Adoptivtochter Dara verloren hat. Sie erfährt, dass diese kurz vor ihrem Tod auf einmal laufen konnte und dass ihre verkohlte Leiche in Gebetshaltung gefunden wurde. Die Todesursache ist immer noch nicht erwiesen. Mulder findet heraus, dass Dara ein Vierling war. Kurz darauf stirbt eine zweite Schwester, und Scully hat Visionen, in denen ihr ein Seraph erscheint…

Mulder agiert undercover bei einer Miliz, den „New Spartans“, um die Festnahme des Gruppenleiters zu ermöglichen. Kurz darauf wird er von der Gruppe zu einem Banküberfall mitgenommen. Doch es geht in erster Linie nicht darum, Geld zu erbeuten, sondern die restlichen Geldvorräte der Bank mit einem tödlichen Gift zu besprühen. Mulder steckt plötzlich mitten in einem lebensgefährlichen Machtkampf zwischen den beiden führenden Köpfen der Miliz.

Agent Mulder überprüft eine Anzeige. In der Firma „VinylRight“ soll ein Monster sein Unwesen treiben. Der Angestellte Gary Lambert nimmt ihn und Mitarbeiter der Firma als Geiseln, weil er die Öffentlichkeit über das Monster informieren will. Das Gebäude wird gestürmt und Gary dabei erschossen. Als Mulder Garys Angaben weiterverfolgt, wird er für verrückt erklärt. In einer Klinik ans Bett gefesselt, ist er plötzlich selbst dem Monster ausgeliefert – doch Scully kann ihn retten…

Bei einem Schachturnier in Vancouver wird der russische Schachspieler Anatol Klevinol in dem Augenblick erschossen, als er von seinem zwölfjährigen Gegner Gibson Praise schachmatt gesetzt wird. Mulder entdeckt, dass das Attentat eigentlich dem jungen Schachgenie gegolten hatte. Doch wer könnte Interesse daran haben, ein Wunderkind zu töten? Mulder und Scully versuchen, an die Hintermänner zu kommen. Da bricht ein Feuer in ihrem Büro aus, dem alle X-Akten zum Opfer fallen.