멀더와 스컬리는 지금까지의 모든 믿음이 사라지자 절망합니다. 스컬리는 여기에 굴하지 않고 반격을 준비합니다. 자신이 걸린 암과 얼음속에서 나온 물질을 조사하는데 스키너는 이러한 스컬리에게 멀더의 죽음에 대해 의구심을 가지면서 스컬리에게 제동을 걸려 합니다.

멀더는 진퇴양난에 빠지고, 수많은 적이 모두 친구라며 멀더에게 회유와 협박을 해 옵니다. 이러한 혼란속에서 멀더는 누가 자신의 편인지, 그리고 어떻게 해야 여기서 벗어날 수 있는지 선택해야 합니다.

1989년 볼티모어. 평범하게만 살던 공무원 바이어스와 두명의 해커 프로하이크와 랭글리는 정부의 음모를 밝히겠다는 모데스키 박사를 만납니다. 전혀 엉뚱한 일로 만나서 하는 수 없이 도와주는데, 연방수사관 폭스 멀더가 끼여들면서 사건은 복잡해집니다.

멀더는 연방수사국 정기총회를 빠지고 싶은 마음에 지나가던 마을에서 생긴 실종사건을 담당하는데 오히려 이들이 진퇴양난에 빠지고 맙니다.

한 과부가 멀더에게 얼토당토않은 편지를 보내고, 멀더와 스컬리는 인디아나주의 한 작은 마을로 갑니다. 이전부터 마을에는 무타토mutato라는 땅콩버터를 좋아하는 괴물이 살고 있다는 소문이 퍼져 있었는데, 멀더와 스컬리는 잘 하면 이 마을이 뜨겠다 싶은 마을 사람들 때문에 난감한 상황에 부딪칩니다.

크리스마스 휴가를 온 스컬리는 도저히 자신에게 일어날 수 없는 소원을 빌고, 그 대답처럼 죽은 언니 멜리사가 말을 걸어옵니다. 한 여자의 자살사건을 조사하면서 그 집 딸인 에밀리를 알게 되는데 스컬리는 에밀리가 자기 언니 멜리사의 딸이 아닌가 의심합니다.

멀더는 에밀리에게 집착하는 스컬리를 안스러워하면서 같이 사건을 수사합니다. 스컬리는 에밀리를 입양하려 하지만 난관은 너무도 많고, 에밀리는 여려 합병증에 시달립니다.

멀더와 스컬리가 체포했던 푸셔가 깨어나 병원에서 탈출합니다. 푸셔의 능력을 모르는 사람들은 단순하게 이 사건을 생각하지만, 푸셔는 절대 만만한 상대가 아닙니다.

신경쇠약이 있는 소년이 의붓아버지와 싸우고 과수원으로 도망갑니다. 그곳에서 아버지는 처참하게 죽고, 소년은 혐의를 받습니다. 그러나 그 마을에서 또다른 유형의 사건이 발생합니다.

스컬리가 휴가를 간 조그만 마을에서 사건이 연달아 일어납니다. 스컬리는 그 사건들을 '인형'이 저지른다는 생각을 가지게 되고, 멀더에게 연락합니다. 그러나 전화를 먼저 끊으려고 서로서로 아웅다웅 하는 버릇은 절대 남 못주는데...

익명의 전화로 인해 총격전이 일어납니다. 이 사건에 인터넷 개발자가 관여된 것이 드러나고, 그가 개발한 프로그램의 정체를 밝히는 과정에서 멀더는 위험에 처하게 됩니다.

러시아와 미국에서 외계인에게 납치되었던 경험이 있던 사람들이 집단으로 사망하는 사건이 벌어지는데, 스컬리는 이 사건이 막연하나마 자신의 납치사건과 관련이 있다고 생각합니다.

멀더는 자기가 퇴행최면술로 기억한 것을 믿지 못하듯이 스컬리가 퇴행해낸 기억 역시 믿으려 하지 않습니다. 그리고 권력협회의 일원들은 러시아에서 개발한 백신이 효과가 있는지 없는지 알아보려합니다.

1990년, 한 노인이 시체 옆에서 '멀더'라는 말을 남기고 죽습니다. 멀더는 이 사건이 38년전의 엑스파일 사건임을 알게 되고, 엑스파일 부서에 관심을 보이기 시작합니다.

한 여자가 살인현장에서 붙잡힙니다. 그런데 마티라는 이 여자는 장님이었고, 도저히 살인을 할 수 없는 상황임에도 모든 정황을 자세히 알고 있습니다.

장애가 있는 소녀가 세례를 받고 나서 걸을 수 있게 됩니다. 그러나 소녀는 끔찍하게 실명한 채 죽고 맙니다. 신 앞에서도 나약하지만, 악마 앞에서도 나약한 인간의 모습을 보면서 스컬리는 사건을 해결해야 합니다.

연방 수사국 팀은 치명적인 약물을 이용하는 테러리스트 집단을 조사하게 됩니다. 그런데 멀더는 수색 중에 용의자를 놓치는가 하면 여러 가지로 비딱하게 행동합니다. 스컬리는 여러 가지 근거로 멀더가 그 테러리스트 집단과 모종의 관계가 있을지도 모른다는 의심을 하게 되고, 그 의심은 차차 사실로 드러납니다.

익명의 메시지가 어떤 상사가 괴물이라는 주장을 회사 각처에 뿌리고 다닙니다. 처음엔 심드렁하던 멀더는 점점 그 메시지에 동조하며 광기에 빠집니다.

한 천재소년과 체스 경기를 하던 러시아 사람이 죽고, 멀더는 이것이 엑스파일 사건과 관련이 있음을 알게 됩니다. 이전 동료였던 다이아나 파울리가 다시 참가하게 되고, 스펜더 요원은 멀더와 같이 일한다는 것 자체를 탐탁치 않아합니다.