Scully è a conoscenza del fatto che Mulder ha inscenato il proprio suicidio per indagare su quanto asserito da Kritschgau. Inoltre Dana inizia a diffidare di Skinner. Mulder entra nel Pentagono e trova una fialetta che potrebbe contenere la cura per la malattia di Scully.

Scully ha una nuova crisi e Mulder ha uno scontro con il fratello di lei, Bill. Mulder si incontra col Fumatore che, allo scopo di instaurare un buon rapporto col rivale, gli fa incontrare Samantha. In seguito il Fumatore viene colpito da un sicario. Scully si riprende.

1989. Mulder indaga sull'esplosione di un laboratorio dell'FBI e la morte di quattro persone. Per la prima volta la sua strada incrocia quella di tre bizzarri individui, che diverranno poi membri di "Pistolero Solitario".

Mulder e Scully indagano sulla morte di due topografi assaliti ed uccisi e sulla scomparsa di un uomo. Durante la notte "qualcosa" si introduce nell'abitazione del cacciatore scomparso, spaventando la moglie ed il figlio.

Una donna viene aggredita in casa da un individuo deforme. Mulder e Scully indagano e scoprono che 18 anni prima un'altra donna era stata aggredita ed in seguito al tragico evento era rimasta incinta.

Scully riceve una telefonata da "Melissa" e si reca in una casa dove una madre si è appena tolta la vita. La donna incontra Emily, la figlia della donna suicida, e non può fare a meno di notare la somiglianza tra la piccola e Melissa. In seguito Dana scopre che la piccola Emily è sua figlia.

Scully scopre che Emily era stata adottata e che è tuttora coinvolta in un programma sperimentale finanziato da una industria farmaceutica. Il padre di Emily confessa l'omicidio della moglie. Emily sta male, mentre Mulder scopre un nuovo laboratorio segreto. Emily peggiora e muore.

Modell evade ed inizia a vendicarsi di tutti quelli che lo hanno fatto condannare nel 1996. L'uomo inoltre ha un tumore al cervello che sta degenerando. Mulder scopre l'esistenza di una sorella gemella di Modell.

Dopo un litigio di famiglia un ragazzo vede il proprio padre sparire nelle viscere della terra. Il giovane è subito accusato dell'omicidio e solo Mulder è convinto della sua innocenza ed indaga su una psicologa che ha in cura alcuni giovani del posto.

La tranquillità di una famiglia del New England è sconvolta dalla presenza di una bambola che esorta la sua piccola proprietaria a compiere le più atroci nefandezze solo per il gusto del divertimento. NOTA: l'episodio è stato scritto dallo scrittore horror Stephen King.

Una sparatoria in un locale di Washington porta Mulder e Scully a scoprire un sistema di intelligenza artificiale che ora sta manovrando un satellite della difesa. Per Mulder inizia una vera e propria odissea artificiale.

Cassandra, una donna rapita molte volte, si dice convinta di una prossima chiamata da parte degli alieni. Anche Scully sente di essere attirata in un luogo preciso. Mulder ha idee diverse, mentre Krycek torna negli USA per consegnare al Sindacato un giovane sovietico.

Il Fumatore è ancora vivo e detta legge da una casa sperduta fra le montagne. Scully è scampata ad un attacco di una nuova fazione aliena. Jeffrey Spender, figlio di Cassandra ed agente dell'FBI riceve una misteriosa lettera dal Fumatore. Mulder insegue un camion che trasporta un alieno.

1990. Dales, ex-agente dell'FBI, racconta a Mulder di alcuni eventi accaduti negli Anni 50 quando egli era impegnato nella caccia alle spie naziste e si era invece trovato coinvolto in un complotto governativo.

Mulder e Scully indagano su un omicidio che sembra essere stato commesso da una donna cieca, ma Fox non è convinto che le cose siano proprio andate in questo modo.

La morte di una giovane handicappata porta Scully ad incontrare un prete che le chiede aiuto. Ma l'agente federale scopre la verità sconcertante su di un angelo caduto che sta cercando la donna con la quale ha messo al mondo un figlio.

Durante l'indagine su alcuni paramilitari dediti al terrorismo, Scully comincia a temere per lo strano comportamento del suo collega. Nel frattempo il gruppo si prepara a scatenare una guerra biologica.

Mulder e Scully assistono impotenti ai vaneggiamenti di un uomo che sostiene che il suo datore di lavoro è un mostro ed è pronto a fare qualsiasi cosa per sostenere questa sua tesi.

Gibson Praise, un bimbo prodigio, sfugge ad un attentato. Mulder e Scully scoprono che il piccolo è dotato di capacità telepatiche. Krycek ed il Sindacato vogliono il piccolo. Nel frattempo Fox e Dana collaborano con Diana Fowley. Ma l'indagine si rivela un fiasco.