В квартире агента Малдера найден мужской труп с обезображенным выстрелом лицом. Агент Скалли опознает в погибшем своего напарника. Случившееся с агентом Малдером каким-то образом связано с секретными проектами Министерства обороны США.

Болезнь Скалли резко обостряется и она оказывается при смерти. Чтобы спасти ее, агенту Малдеру придется пойти на сотрудничество со своим злейшим врагом - Курильщиком. Тем временем, агенты влияния Синдиката внутри управления ФБР пытаются убрать мешающего им Скиннера.

В 1989 году, до открытия отдела "Секретных материалов" молодой агент Малдер занимается делом экстремистки Сьюзанн Модески, похитившей важные государственные секреты, что приводит его в Балтимор, где он знакомится с "Одинокими стрелками".

Агенты Малдер и Скалли расследуют нападения на людей в национальном заповеднике Апалачикола в штате Флорида. Их противником оказываются загадочные лесные существа, умеющие становиться практически невидимыми.

Малдер и Скалли отправляются в странный городок Альбион, штат Индиана, где местная жительница заявила об изнасиловании ее неким чудовищем. По прибытии на место агенты ФБР выясняют, что местный учёный проводит сомнительные генетические эксперименты с живыми существами.

Проводя рождественские праздники со своими родными в Сан-Диего, агент Скалли получает загадочный телефонный звонок, который приводит ее в дом, в котором было совершено самоубийство женщины. Эмили - маленькая приемная дочь погибшей сильно напоминает Скалли ее собственную умершую сестру Мелиссу.

За маленькой Эмили начинается настоящая охота с целью сокрытия следов проводимых над ней экспериментов. Агент Скалли встает на защиту девочки, в то время как Малдер пытается выяснить обстоятельства появления ее на свет.

Из тюрьмы сбегает опасный преступник Роберт Моделл по кличке "толкач", обладающий невероятным умением заставлять людей выполнять все, что он захочет. Агенты Малдер и Скалли задействованы в поисках беглеца в качестве экспертов, когда-то уже задерживавших его.

Агенты Малдер и Скалли расследуют дело о странной гибели мужчины в городе Коатс-Гроув, штат Мичиган. В причастности к смерти подозревается приемный сын погибшего.

Расследуя гангстерскую перестрелку в небольшой вашингтонской кофейне, в ходе которой случайно погиб компьютерный гений, Малдер и Скалли сталкиваются с сверхразвитым искусственным интеллектом, грозящим вырваться из-под контроля.

Во время расследования случаев предполагаемого вампиризма в городке Чейни, штат Техас, агент Малдер убивает осиновым колом подозреваемого подростка. Чтобы избежать обвинения в убийстве, Малдер и Скалли, излагая друг другу разные варианты одного дела, пытаются восстановить общую картину событий, приведших к убийству.

В Казахстане заживо сгорают несколько десятков людей, а единственного выжившего забирает в секретный лагерь Алекс Крайчек. То же самое вскоре происходит на горе Скайленд, где ранее была похищена Скалли. В это время Малдер и Скалли встречаются с Кассандрой Спендер, заявляющей, что когда-то похищавшие ее инопланетяне вскоре вновь "призовут" ее.

Скалли подвергает себя сеансу регрессивного гипноза, чтобы вспомнить произошедшее на плотине Раскин в Пенсильвании, где были сожжены заживо несколько десятков людей, ожидавших прибытия инопланетян. Между тем, Синдикат испытывает на зараженной "черным маслом" Марите Коваррубиас произведенную в России вакцину.

Незадолго до начала своей службы в "Секретных материалах" Фокс Малдер встречается с бывшим агентом ФБР Артуром Дейлсом, который рассказывает ему свою теорию заговора о событиях далекого 1952 года, в которых были замешаны отец агента Малдера и секретные правительственные эксперименты над американскими солдатами.

В Вилмингтоне, штат Делавэр, по подозрению в убийстве наркодилера задержана слепая девушка. Прибывшие разобраться в обстоятельствах дела агенты Малдер и Скалли сталкиваются с феноменом: девушка паранормальным образом связана с убийцей и способна видеть мир его глазами.

Скалли и Малдер ведут расследование таинственной гибели девочки-инвалида, у которой неизвестным способом при смерти выгорели глаза. Выясняется, что у девочки есть три сестры-близняшки, которым также грозит смертельная опасность - за их души ведет борьбу сам дьявол.

Совместная операция ФБР и ЦРУ по задержанию опасного террориста провалена: преступнику удалось бежать. Скалли начинает подозревать Малдера в том, что он специально отпустил террориста, так как сотрудничает с экстремистской антиправительственной организацией, задумавшей крупномасштабное применение новейшего биологического оружия на территории США.

Один из сотрудников компании "Вайнил Райт" в Оак-Брук, штат Иллинойс, подозревает своего начальника в том, что тот является насекомоподобным монстром, обращающим своих подчиненных в зомби. Он начинает анонимно угрожать компании вооруженной акции. Для предотвращения теракта ФБР внедряет в компанию своего человека - агента Малдера.

Во время международного шахматного турнира в Ванкувере снайперской пулей убит российский гроссмейстер Анатолий Клебанов. Вопреки мнению ведущего дело агента Спендера, Малдер предполагает, что настоящей целью стрелка был юный американский шахматист-вундеркинд Гибсон Прэйс, обладающий способностью читать мысли. Чтобы добраться до мальчика, Синдикат прибегает к услугам Курильщика. На этот раз под угрозой существования оказывается сам отдел "Секретные материалы".