Ein außerirdischer Killer macht Jagd auf Fox Mulder, doch er und Jeremiah Smith können im letzten Augenblick entkommen. Smith führt Mulder in die Provinz Alberta, wo auf einem riesigen Farmgebiet außerirdische Pflanzen angebaut werden. Die Farmarbeiter sind geklonte Kinder, und Mulder entdeckt unter ihnen seine Schwester Samantha. Wenig später ist der Killer ebenfalls zur Stelle und setzt Mulder außer Gefecht. Mulder findet inzwischen heraus, dass Smith fünf Doppelgänger hat…

Sheriff Taylor bittet das FBI um Unterstützung, als in dem kleinen Nest Home ein vergrabenes Baby gefunden wird, das schwere Missbildungen aufweist. Hauptverdächtig ist die gefürchtete Familie Peacock, die angeblich seit Generationen Inzest praktiziert. Allerdings lebt in der Familie seit zehn Jahren keine Frau mehr. Als die Peacocks Sheriff Taylor und seine Frau ermorden, durchsuchen Fox Mulder und Dana Scully das Haus der Familie – und sie machen eine grauenvolle Entdeckung.

Innerhalb von drei Monaten werden vier junge Schwarze vermisst. Einer von ihnen wird schließlich tot aufgefunden, und seine Leiche sieht wie ein Albino aus. Scully führt den Pigmentverlust des Opfers darauf zurück, dass seine Hirnanhangdrüse durch äußere Einwirkung lahmgelegt wurde. Während sie nach einem Erreger sucht, ermittelt Mulder in anderer Richtung: Er glaubt daran, dass der Geist eines afrikanischen Märchens verantwortlich für die mysteriösen Vorgänge ist…

Diesmal sind Mulder und Scully einem geisteskranken Kidnapper auf der Spur. Dieser hat vor Jahren seinen Vater umgebracht, um seine Schwester vor ihm zu schützen. Nun will er seinen Opfern „helfen“, indem er ihnen durch eine Operation die seelische „Unruhe“ nimmt. Außerdem besitzt er offenbar die Fähigkeit, so genannte Gedankenfotos zu machen. Als Scully das nächste Opfer des Psychopathen wird, gerät sie in höchste Lebensgefahr. Mulder kann sie in letzter Sekunde retten…

In Tennessee lässt sich eine Sekte nieder, die an Reinkarnation glaubt. Der Polizei wird Kindesmissbrauch und illegaler Waffenbesitz gemeldet, worauf Sektenguru Vernon Epheser und andere Mitglieder verhaftet werden. Aus Mangel an Beweisen kommen sie jedoch wieder frei. Mulder fällt etwas auf: Ephesers Frau Melissa scheint an einer Persönlichkeitsspaltung zu leiden. Und nun lässt auch er sich auf den Glauben ein, dass Melissa die Reinkarnation einer anderen Person ist…

Auf der Station für Plastische Chirurgie einer großen Klinik: Ein Patient stirbt unter mysteriösen Umständen. Der Arzt gerät unter Verdacht, während des Fettabsaugens die Kontrolle über sich verloren zu haben. Er gibt dies auch offen zu und behauptet, wie besessen gewesen zu sein. Ein weiterer Fall weckt Mulders Interesse. Er kommt dahinter, dass eine Schwester der Klinik Schwarze Magie praktiziert, und vermutet, dass sie mit dem Fall des besessenen Arztes zu tun hat…

Frohike ist dem hochgefährlichen, mysteriösen Raucher – vermutlich auch der Mörder von J. F. Kennedy und Martin Luther King – auf der Spur. Des Rauchers Steckenpferd ist die Schriftstellerei, doch seine Romane bleiben erfolglos. Schließlich will eine Zeitung eine seiner Geschichten abdrucken. Frohike glaubt, nun an mehr Hintergrundinformationen zu kommen, und informiert Mulder und Scully über seine Kenntnisse. Aber der Raucher weiß längst Bescheid über seine Absichten…

Von Krycek bekommen Mulder und Scully einen Hinweis auf ein außerirdisches Virus. Der Erreger soll in Diplomatengepäck in die USA geschmuggelt werden. Um die Hintergründe aufzuhellen, reist Mulder mit Krycek nach Tunguska in Sibirien.

Mulder ist überzeugt davon, dass seit Jahren mit Stoffen, die vom Tunguska-Meteor stammen, an hilflosen Menschen experimentiert wird. Mysteriöse Todesfälle in einem Altenheim scheinen seine Vermutung zu bestätigen.

Mulder gelingt es, aufgrund eines Traumes die Leiche eines kleinen Mädchens zu finden. Es handelt sich um das vierzehnte Opfers des Serienmörders John Lee Roche; dieser schneidet jedem seiner Opfer Stoffherzen aus der Kleidung und sammelt sie. Als Mulder feststellt, dass die Sammlung bereits 16 Stoffherzen enthält, und Roche ihm suggeriert, eines seiner Opfer sei Mulders Schwester Samantha, lässt Mulder sich auf ein überaus gefährliches Psychospiel mit Roche ein.

In einem Lager für illegale mexikanische Wanderarbeiter kommt es zu einem Eifersuchtsdrama mit tödlichem Ausgang. Die seltsamen Begleitumstände der Tat rufen Mulder und Scully auf den Plan, die schon bald zu der Überzeugung gelangen, dass hier kein Fall von Blutrache, sondern eine Pilzinfektion aus dem Weltall immer neue Opfer fordert. Die Mexikaner glauben, dass Eladio, einer der Arbeiter, der so genannte „Chupakabra“ ist – jeder, der mit ihm in Berührung kommt, muss sterben…

Ein schreckliches Szenario: Bei einem Autounfall eines Krankenwagens wird der Sanitäter Leonard Betts geköpft! Nach kurzer Zeit verschwindet die Leiche des Mannes aus der Pathologie. Dana Scully glaubt zuerst daran, dass Organdiebe am Werk waren, doch Fox Mulder gelingt es, Betts’ Kopf in einem Mülleimer zu finden. Das Unglaubliche: Auch ohne Körper scheint der Kopf des Sanitäters ein nicht vorstellbares und verblüffendes Eigenleben zu besitzen…

Fox Mulder übergibt Dana Scully einen Fall, der ihm sehr am Herzen liegt: Sie soll in Philadelphia Nachforschungen über einen Exil-Russen anstellen. Dabei lernt die Agentin einen gewissen Ed Jerse kennen – die beiden sind sich gleich sympathisch. Sie lässt sich zu einer Tätowierung überreden, die auch seinen Körper schmückt. Am nächsten Tag erwacht Scully in Eds Bett und zwei Detectives stehen vor der Tür: Ed wurde vermisst gemeldet, und in der Wohnung befinden sich Blutspuren.

Bei Dana Scully wird ein bösartiger Gehirntumor festgestellt, der inoperabel ist. Trotzdem arbeitet sie weiter mit Fox Mulder an dem Fall einer Gruppe von Frauen, die alle behaupten, von Außerirdischen entführt worden zu sein. Einige von ihnen sind inzwischen tot. Mulder und Kurt Crawford gelingt es, sich in das Computersystem des Lombard-Forschungsinstituts zu hacken. Scullys Kollege stößt dort auf Menschenversuche, zu deren Zweck man einst auch Dana Scully missbraucht hat.

Isaac Luria wird wenige Tage vor seiner Hochzeit mit Ariel Weiss ermordet. Das Tatmotiv scheint klar: Antisemitismus. Doch dann wird einer der drei Hauptverdächtigen ermordet. Mulder und Scully kommen sehr schnell dahinter, dass die drei von jemandem angestiftet wurden. Doch sie kommen immer einen Schritt zu spät: Alle Verdächtigen kommen auf mysteriöse Art und Weise ums Leben. Scully ist der Ansicht, dass Ariels Vater Selbstjustiz übt, doch Mulder hat eine andere Theorie.

Nachdem General MacDougal in seinem Dienstfahrzeug Opfer eines Attentats geworden ist, hat das FBI den Auftrag bekommen, hochrangige Militärs zu beschützen. Vom Anführer einer paramilitärischen Gruppe erhält Fox Mulder einen Tipp: Demnach steckt angeblich ein ehemaliger amerikanischer Kriegsgefangener hinter dem Anschlag. Der Mann wird in einem Internierungslager der Armee untergebracht. Doch kurz darauf fällt ein zweiter General einem Attentat zum Opfer.

Mulders alter Bekannter Max Fenig kommt bei einem Flugzeugabsturz ums Leben. Offenbar wurde die Maschine versehentlich von der Air Force abgeschossen. Mulder hat eine eigene Theorie: Er glaubt, dass das eigentliche Ziel der Air Force ein UFO war.

Sharon ist im Besitz eines Objekts, bei dem es sich offenbar um außerirdische Technologie handelt. Sie erzählt Scully, sie habe es ihrem früheren Arbeitgeber gestohlen. Aber das Objekt ist nicht vollständig. Mulder gelingt es, das fehlende Teil zu finden. Während seines Rückflugs nach Washington kommt es zu einem Zwischenfall.

Die beiden Biochemiker Jason Nichols und Lucas Menand streiten gerade über Forschungsergebnisse, als ein alter Mann Lucas’ Tod voraussagt. Die beiden halten den Mann für übergeschnappt. Tatsächlich stirbt Lucas, und Jason wird nun des Mordes verdächtigt. Natürlich glaubt niemand die Geschichte von dem alten Mann – bis auf Special-Agent Fox Mulder. Er und seine Partnerin Dana Scully kommen einem merkwürdigen Wesen aus einer dreißig Jahre entfernten Zukunft auf die Spur.

Als fünf Babys mit einer körperlichen Besonderheit geboren werden, verdächtigt Dana Scully zunächst den gemeinsamen Gynäkologen der Mütter. Doch dann entdeckt Fox Mulder bei Eddie van Blundht, dem Hausmeister des Ärzte-Zentrums, eine auffällige Narbe auf dem Rücken. Die beiden Agenten kommen einer unglaublichen Geschichte auf die Spur: Eddie van Blundht kann das Äußere anderer Personen annehmen. Er überwältigt Mulder, nimmt seine Gestalt an – und macht Dana Scully Avancen.

Um Dana Scullys Leben zu retten, hat Skinner mit dem geheimnisvollen „Raucher“ einen Handel abgeschlossen. Doch dieser scheint sich nicht an die Vereinbarung zu halten. Eine junge Frau stirbt durch Bienenstiche, wobei die Tiere durch eine mysteriöse Substanz angelockt werden. Noch einen anderen Mann hat der „Raucher“ auf dem Gewissen: Detective Ray Thomas. Agent Fox Mulder teilt Skinner dies mit, worauf dieser den Raucher an die noch offene Forderung aus dem Deal erinnert.

Angelo Pintero entdeckt in seiner Bowlingbahn eine Frauenleiche. Als er die Polizei alarmieren will, entdeckt er auf dem Parkplatz eine zweite Leiche – es handelt sich um dieselbe Frau! Sie ist das dritte Opfer einer Mordserie. Fox Mulder nimmt Pinteros Wahrnehmung ernst. Während die Polizei sich schnell auf einen Täter festgelegt hat, sieht Dana Scully die Astralerscheinung des vierten Opfers. Die beiden Agenten kommen einer mörderischen Krankenschwester auf die Spur.

Mulder bittet Scully, ihm in Providence, Rhode Island, behilflich zu sein. Als Scully dort eintrifft, findet sie Mulder völlig verwirrt vor: Er kann sich an nichts erinnern. Als das Ehepaar Amy und David Cassandra tot aufgefunden wird, fällt der Verdacht auf Mulder, doch Dana Scully kann ihn entlasten. Die beiden Agenten kommen dem Arzt Dr. Goldstein auf die Spur, der seine Patienten mit einer seltsamen Droge behandelt. Mulder hatte ihn freiwillig aufgesucht.

Als ein Geologenteam im ewigen Eis eines kanadischen Gletschers den Körper eines Außerirdischen findet, ist sich FBI-Agent Fox Mulder sicher, endlich den Beweis für die Existenz außerirdischen Lebens gefunden zu haben. Als Mulder an der Fundstelle ankommt, sind die Wissenschaftler tot – bis auf einen: Er hat das Massaker überlebt und den Körper des Außerirdischen retten können. Währenddessen lernt Dana Scully einen merkwürdigen Mann kennen, der von ihrer Krankheit weiß.