バウンティ・ハンターに追われるジェレマイア・スミスを助けたモルダーは、スミスから重大なことを聞く。米国政府が恐るべき”覇権”加計画を進めているというのだ。

ペンシルベニアの小さな田舎町で発見された生後間もない幼児の死体が発見された。しかしその体は、所々に遺伝的な奇形が見られていた。調査に訪れたモルダーとスカリーは地元の保安官の協力のもと捜査を行う中、町の外れにある世間とは隔絶して自給自足の生活をしているある一家を発見する。彼らは遥か昔から近親婚を繰り返してきており、自分の血筋を絶やさない為に奇形のない子孫を生もうとしていたのであった。そして自分達の身を守る為、彼らは凶行へと走る。

フィラデルフィアで、3ヶ月間に4人の黒人男性が失踪。発見された遺体は髪、肌、瞳の色が脱色し、白人のようになっていた。

ミシガン州で一組の男女が襲われ、男性は死亡、女性は行方不明となる。失踪の直前、女性は薬局でパスポート用の写真を撮影していた。

力ルト教団「七つ星寺院」で、児童虐待と銃器の不法所持が行なわれているとの内部告発の電話があった。密告者は男性の声で”シドニー”と名乗った。

病院の美容外科で、手術中に外科医が患者を惨殺する事件が起こった。スカリーは、過密な医療スケジュールと睡眠薬の過剰な服用が原因だと判断。モルダーは殺人現場に奇妙な印が残されているのに注目した。

モルダーとスカリーはローン・ガンメンのオフィスを訪れていた。フロヒックが肺ガン男の過去を突き止めたというのだ。彼らの会話を向かいのビルの空部屋で盗聴する肺ガン男。

極右テロ組織の情報を得たモルダーたちは、逮捕に成功。一派の中には行方不明だったクライチェックの姿があった。

モルダーが許可なく奪った外交郵袋の件で、スキナーは窮地に立たされた。スキナーにモルダーの行き先を間いつめられ、スカリーもモルダーを庇う限界を感じ始める。

以前モルダーが逮捕に協力した少女連続殺人犯、ジョン・リー・ローチは、被害者の服の心臓部分をハート型に切り抜く癖があった。

力リフォルニア州サンウォーキン・ヴァレーにはメキシコからの不法入国者が作る季節労働者の町があった。その付近の荒野で若い女性の変死事件が発生した。

病院へ患者を輸送する途中の救急車が交通事故を起こし、車両後部に乗っていた救急隊員と患者が死亡した。救急隊員のレナード・ベッツは、頭部と胴体が切断された状態で見つかる。

フィラデルフィアで証券会社に勤めるエド・ジャースは妻との間に2人の子供をもうけていたが、離婚が確定して心が沈んでいた。彼ははずみで入ったタトゥー・パーラーで刺青を施す。

精密検査の結果、スカリーの副鼻腔付近に悪性の腫瘍が確認された。腫瘍は増殖を続ければやがて脳に達し、彼女の命を奪うだろう。病の原因と治療法を探るため、モルダーとスカリーはアレンタウンに向かう。

べトナム戦没者追悼式の日、軍の高官が公用車で移動中に射殺された。車から銃痕は発見されず、運転手からも硝煙反応は出なかった。しかも他に同乗者もなく、犯行現場は不可解な密室状態にあった。

乗客乗員134名を乗せた旅客機549便が、ニューヨーク州上空高度2万9干フィートを飛行中、なんらかのトラブルに遭遇し、墜落した。管制塔との交信記録と回収されたフライトレコーダーによれば、事故発生時間は午後7時52分であった。

549便の墜落には、記録には残っていない第2、第3の機体が関係していた。うち一機は軍の戦闘機であることが確認された。戦闘機は第3の機体を撃墜するために付近の空軍基地から飛びたち、第3の機体を撃墜する。

ある雨の夜、マサチューセッツエ科大学の研究生、メナンドが大学付近の路上でバスに礫かれて即死した。バスの運転手は一緒にいたニコルスがメナンドをバスの前に突き飛ばしたと証言した。

”猿の赤ん坊、小さな町を侵略！”タブロイド紙は、ある町で起こった怪現象をそう書き立てた。その町では3ヵ月間に、唇部に尻尾の生えた新生児が5人も誕生しているというのである。

ヴァージニア州にある宅急便配送センターの化粧室で、女性の変死事件が発生。しかし事件証拠は執勘な隠蔽工作によって、モルダーの前から次々と消し去られてしまう。

ワシントンのある地区で、3件の殺人事件が発生した。被害者がいずれも似たタイプの女性であること、殺害方法が同じこと、事件の発生場所が極めて限定されることから、警察は同一犯の連続殺人と見て捜査を開始した。

ある朝目覚めたモルダーは、全く見覚えのないモーテルの一室にいた。彼のシャツには血痕が付着しており、銃からは弾が2発発射されていたが、何があったのかモルダーは全く記憶がない。

カナダで地形の測量をしていたチームが、山中で氷結している地球外生命体らしき物を確認した。報告を受けたモルダーは、さっそく行動を開始する。