Scully finds her career with the FBI in jeopardy as Mulder is still missing and the Cigarette Smoking Man is pursuing the stolen files. The Navajo elders find Mulder's body in a cave and perform an ancient ceremony to call the spirit back to the empty vessel.

A.D. Skinner and Scully are at a standoff when Mulder bursts in and discovers that Skinner has the digital tape. Reunited, Mulder and Scully travel to a secret vault inside a mine and find an elaborate filing system of medical records which reveals that Mulder's sister may not have been the first choice for abduction. Meanwhile, Skinner deals with the Cigarette-Smoking Man for their safety.

Mulder and Scully investigate a series of human and cattle deaths by lightning and are led to a teenage boy who is the only survivor out of five people recently hit by lightning strikes.

In the midst of a psychic sideshow while on a murder case, Mulder and Scully enlist the help of a man who may have a true psychic ability to foresee how people will die to help the agents catch a man killing fortune tellers.

Nobody takes much notice when a death row inmate vows on the electric chair to come back from the dead and kill five men who have wronged him during his time in prison, until a guard is mysteriously murdered in the former inmate's cell.

A man with a genetic abnormality who must prey on overweight women in order to suck the fatty tissue from their bodies, begins to meet his victims through internet chat rooms.

After a suicide attempt and multiple murders at a military hospital, Mulder and Scully meet a quadruple amputee who has gained the power of astral projection and is taking out his personal frustrations on his commanding officers.

Mulder seeks the help of a woman who he believes has a special connection with a young girl who has recently been kidnapped by the same man who held her captive many years earlier.

Fox e Dana indagano su un video che ritrae l'autopsia di un alieno. Ma l'autore del video è stato ucciso. Scully fa la conoscenza di un gruppo di donne, vittime di rapimenti alieni, che dichiarano di conoscerla. Mulder rintraccia un vagone ferroviario, lo stesso forse dell'autopsia.

Scully trova un centro dove Ishimori avrebbe condotto i suoi esperimenti, ma è già stata fatta pulizia: sono stati freddati degli strani individui deformi. Ishimori è inseguito da Mulder e da un killer, il quale rivela che nel vagone ferroviario c'è una bomba pronta ad esplodere.

In tre anni sono stati uccisi 11 predicatori in Ohio. Ad un bambino iniziano a sanguinare inspiegabilmente le mani. Gli agenti scoprono che il padre anni prima si era barricato in casa col figlio per proteggerlo dal Male.

Mulder segue lo sceriffo di una località dove si sono verificati degli assalti mortali ad opera di alcuni scarafaggi. L'agente si introduce in un centro di ricerche sugli insetti dove viene messo a parte sulla natura particolare degli esperimenti condotti per produrre metano da residui organici.

Tre giovani liceali sono morti per mano, forse, di un gruppo di satanisti. Mulder si convince che gli avvenimenti hanno a che fare con l'imminente congiunzione astrale di Urano, Marte e Mercurio. Ma Scully decide di indagare da sola

Un modello che aveva appena posato per un artista è morto. L'artista è stato arrestato e confessa a Mulder che un demone si era impossessato di lui ed ora si serve di qualcun'altro per soddisfare la sua brama di sangue.

Un mercantile francese localizza un relitto della Seconda Guerra Mondiale. All'interno del velivolo è intrappolato un uomo ancora vivo, vittima di una contaminazione ad opera di un misterioso olio nero. Mulder indaga fino a Hong Kong dove ritrova Krycek ed il misterioso nastro.

Mulder è convinto che nel relitto ci fosse un alieno capace di spostarsi da un corpo all'altro per mezzo dell'olio nero. Un uomo del Sindacato Ombra racconta ad un incredulo Mulder la storia di un UFO caduto durante la guerra. Ma il Fumatore impedisce agli agenti di trovare il velivolo.

Modell viene arrestato all'interno di un supermercato. In seguito riesce a controllare l'autista della macchina nella quale è prigioniero ordinandogli di andare a sbattere contro un grosso camion. Mulder e Scully indagano.

Mulder e Scully indagano sulla scomparsa di un ricercatore del Museo di Storia Naturale di Boston. Secondo l'opinione del suo superiore, l'uomo sarebbe caduto vittima della minaccia dei Secona, una tribù dell'Ecuador, che vuole riavere indietro un teschio sacro.

I due agenti indagano a Chinatown sul decesso di un ragazzo cinese. All'inizio Mulder pensa a dei fantasmi, ma ben presto viene alla luce l'esistenza di una terribile lotteria degli organi. Molti indigenti vendono parti del loro corpo a clienti facoltosi.

Lo scrittore Josè Chung sta scrivendo un libro verità sugli UFO ed interroga Mulder e Scully sulla vicenda di due innamorati, Harold e Chrissy, i quali si sono ritrovati coinvolti in una sequenza di eventi improbabili.

Skinner viene accusato dell'omicidio di una prostituta. Mulder e Scully aiutano il loro superiore e scoprono che costui è in procinto di divorziare. Skinner rivela di soffrire da tempo di disturbi del sonno.

Mulder e Scully indagano sulla sparizione di un biologo avvenuta nei pressi di un lago, dove si dice dimori uno stretto parente del mostro di Loch Ness: Big Blue.

Mulder indaga sul caso di un uomo che ha ucciso per ben 5 volte credendo di trovarsi di fronte sempre la stessa persona. Scully pensa ad una eccessiva esposizione televisiva, mentre Mulder segue la pista della manomissione dei cavi dell'energia elettrica.

Alcuni testimoni di uno scontro a fuoco affermano di aver assistito alla guarigione miracolosa di alcuni feriti per mano di un individuo. La madre di Mulder ha un malore dopo un violento alterco col Fumatore. Il guaritore di nome Jeremiah Smith è inseguito dal cacciatore di taglie alieno.