S和CSM都认为M已经死了，其实他没死，印第安老人为他进行了名为“the blessing way”的治愈仪式，救了他一命。M回来后开始着手调查他爸爸的关系网。S由于牵扯进了M的这件事中，被停职了。一次偶然的机会，她发现自己脖子后面被植入一块电子芯片，却没有任何关于它的记忆。影子政府派人杀S，却误杀了S的姐姐Melissa。S对SKINNER产生了信任危机。

M和S找到一个二战时期为美国政府工作过的纳粹科学家，根据他提供的线索找到了一个已经荒废的矿物开发公司。在那里，秘密地保存着几十年来全美所有接种过天花疫苗的人的医疗档案。M发现自己的档案被做过手脚，而S的档案在最近被更新过。M目击了巨大的UFO升空，S在隐约中看到了little gray man。SKINNER大叔作为谈判筹码的磁带被小克抢走了，跟此事有关的人陆续被灭口，小克也差点死掉，自此他和CSM卯上了。SKINNER大叔最后谈判成功，帮助M和S恢复了公职，此事遂告一段落。

Darren是个本性腼腆的年轻人，是一次雷击事件中唯一的生还者。这次雷击事件中，他的身体发生了变化，自身能发出电流，还能吸引闪电。他疯狂地喜欢自己的老师，他的追求却得不到老师的回应，Darren爆发了……

连环杀人案中的被害人都是算命师，杀人手法非常残酷，也很固定。在警方找不到有效线索时，M和S对提供线索的一个老头儿Clyde产生了兴趣，发现他有通灵的能力，能够看到人死亡时的细节，遂找他协助破案……

死刑犯在临刑前发下毒誓，宣称会死而复生，回来报复冤枉他的5个人。他死后，狱中开始有狱卒离奇死亡，更有知情人放出消息说他生前定下过一份死亡名单……

一个在战争中失去双臂双腿的士兵把自己肉体遭受的痛苦全都归咎于长官们，他在梦中灵魂脱离肉体，四处杀害长官们的家小，却留着那些军官孤独痛苦地活在世上，以感受他的痛苦。M觉察到了这一点，把目标锁定在这个外表看上去不可能的凶手身上……

一个小女孩被绑架了，另一个曾被同一个人绑架过的女子Lucy能感应到她遭遇的一切。M很同情Lucy，认为她和小女孩之间有某种联系，遂要求Lucy协助破案。最后，Lucy代替小女孩死了，自己也得到了心灵上的解脱。

几个正在火车实验室里解剖外星人的日本医生被一群不明身份武装人员杀死，外星人被带走。M从私人手中买到的录像带里看到了解剖实验，追循出处时，发现制作录像带的人已被杀。现场逮到了一个日本人，从他手中掌握的情报，追查到了有关军方打捞到的UFO的线索……另一头，S遇见了一群也曾遭受UFO 劫持的妇女，她们使她回忆起来一些片断，告诉她会面临可怕的病症…… M见到活体外星人被带上火车，他不顾X先生的警告，紧追不舍……

NSA特工杀了火车上的日本医生，和M起了冲突，两人被困在实验车厢里。从他口中，M得知日本人已经研究出了外星人和人类的混种，他之前看到的活体外星人只不过是这个试验的产物。位于麻风病院中的所有试验品已被清理干净。火车上有生化炸弹，M被X先生救出，NSA特工和活体混种消失在大爆炸中

一个男人自认是恶魔门徒，四处寻找和杀害身上会出现圣痕的人，但那些人都是冒牌货。小男孩Kevin身上出现了圣痕，也遭到了那个人的追杀。同时，有人受上帝召唤前来保护Kevin。那个人为Kevin牺牲后，S认为自己是下一个被选中保护Kevin的人。而M自始至终不相信天启这回事。

小镇上蟑螂袭击人，好几个人死了，造成了小镇的恐慌。M在调查中发现了政府设在那里的秘密实验基地，遇见了研究蟑螂的女博士，他对她很有好感，昵称她为Bambi，让S很吃醋……

两个同年同月同日出生的女孩受行星力量的影响，拥有了奇特的能力。两人一心，除掉了很多她们看不顺眼的人。对于这一连串的命案，当地人误信是邪教所为。M从占星师那里知道了有关星象的情况以及对人的影响力，想要制止她们……

一个画家用残酷的手法杀了好几个人，还一直疯狂地画魔鬼画像。被抓后，他辩解说魔鬼缠上了他，控制他杀人，他画魔鬼像是为了驱魔。在他被关押期间，又发生了手法一致的杀人案。S怀疑他有共犯，M却有点相信他，并试图亲自找到魔鬼……

打捞船从北大西洋中找到一艘二战时期的飞机，意外地把黑油从尘封已久的深海中带到了陆上。黑油有控制人类的能力，并能在不同宿主之间自由转移。M直觉地认为打捞船找到的东西与UFO有关，追查的过程中，开始注意到黑油的存在。他一路追到了香港，遇见了老对头小克。最后黑油转移到了小克身上。SKINNER因为违背上级指示继续帮S追查MELISSA一案被CSM的杀手枪伤

CSM的人仍在追踪小克，想夺回磁带（详见2×25、3×01、3×02这几集）。被黑油附身的小克摆脱M后，带着磁带主动找到了CSM，作为交换条件，要求回到政府藏匿打捞上来的UFO处。S抓到了杀MELISSA和打伤SKINNER的杀手，他说出了小克的动向，M和S由此追到了UFO存放地，可惜在离其只有一步之遥时被赶了出来。黑油回到了UFO中，小克被遗弃在1013号门之后……

外号叫PUSHER的人在患脑癌后，有了控制别人行为的能力。被控制者虽然保有自己的思维，却会在他的明示和暗示下做他想让他们做的事情。每次作案后他都以游戏的心态给警方留下线索。M在侦破中的超群表现让PUSHER最后选中了他做对手，M在他精神力量的控制下，跟他玩起了赌命游戏……

考古队挖到了被土著人奉为神明的女巫阿玛鲁骨灰坛，不顾土著人的警告，将其带回了文明世界，存放在博物馆内。“骚扰阿玛鲁的人灵魂会被美洲虎吞噬”，古老的力量不希望被打扰，与此有关的人都被未知力量杀死了。M和S发现杀人的是博物馆内N多猫。最后，阿玛鲁骨灰坛被送回了原处。

唐人街里一个地下组织用高额奖金为诱饵，骗取人们参与到博命的赌博中，摘取他们的器官牟取暴利。如果有妨碍他们的人，都用残酷的方法除去。协助M和S调查此事的亚裔探员也与地下组织有染……

一个作家为了创作以UFO绑架为题材的小说，找到了S，听她讲述了一个关于这个的真实案例。有关一对约会中被绑架的年轻人、目击的卡车司机、发现外星人尸体的少年、黑衣人、假冒外星人的空军飞行员、以及用催眠的方法篡改被劫持者记忆的军方……

Skinner遭遇婚姻危机，郁闷中的他和酒吧里来搭讪的女人有了一夜情。未料到这个女人是妓女，死在了他的床上。种种迹象表明Skinner极有可能是凶手，而他也因自己所患的睡眠紊乱症怀疑自己，不做任何辩驳。从一开始，M就不相信是Skinner干的。和S一起的调查中，发现果然另有隐情，此事是为了让Skinner蒙羞继而削弱他们的力量而蓄意嫁祸的……

某地传说有湖怪出没，M对那里的几起失踪案件特别感兴趣，带着S赶去调查。调查过程中，还在接二连三地死人，连S的狗狗也难逃一劫。最后，M终于跟传说中的湖怪面对面了……

某地区发生了好几起杀人案，看上去凶手似乎都患有妄想症。M和S发现当地的有线电视信号中被加入了能引发人们产生幻觉的信号。S也受到了这种暗示信号的影响，开始怀疑M。M因为是红绿色盲而未受影响。最后，M发现这有时政府的一项实验。

神奇的老伯伯Jeremiah Smith用手掌就能治伤，行善之后就消失无踪了。M和S查了同全美有好几个名字长相都一模一样的Jeremiah Smith。CSM似乎知道Jeremiah Smith的来历，绑走了他，他却消失在看完的严密关押之地。正当他找到M和S之际，一路追杀Jeremiah Smith的赏金猎人出现了……M的妈妈和CSM是旧识，在M家的湖边小屋秘密见面。M的妈妈中风了，M根据她给的线索，在湖边小屋发现了很久以前藏着的用来杀死混种的武器——一把尖锥。而这把尖锥可以用来杀死Jeremiah Smith……