ในขณะที่สกัลลี่กำลังสุ่มเสี่ยงจะโดนปลดจากเอฟบีไอ การตามหาตัวเจ้าหน้าที่มัลเดอร์ที่หายตัวไปก็เริ่มต้นขึ้น

ในขณะที่ทีมจู่โจมของรัฐบาลกำลังใกล้เข้ามาถึงตัวเจ้าหน้าที่ทั้งสอง มัลเดอร์ก็ออกค้นหาเบาะแสความเชื่อมโยงระหว่างพ่อของเขากับโครงการลับ

ทีมเจ้าหน้าที่สืบสวนการตายของคนหนุ่มสาวหลายคนที่โดนฟ้าผ่าในเมืองเล็กๆ เมืองเดียวกัน

ผู้ชายคนหนึ่งที่มีพลังจิตช่วยเหลือทีมเจ้าหน้าที่ตามล่าฆาตกร

นักโทษคนหนึ่งโดนประหารด้วยเก้าอี้ไฟฟ้า แต่ศัตรูของเขากลับเริ่มเสียชีวิตไปทีละคน

ผู้พิการที่ขาและแขนขาดทั้งสองข้างตกเป็นผู้ต้องสงสัยหลักในคดีฆาตกรรมต่อเนื่องสุดประหลาด

ผู้หญิงคนหนึ่งเชื่อมโยงทางจิตกับวัยรุ่นที่ถูกชายโรคจิตจับตัวไป

วิดีโอชันสูตรศพมนุษย์ต่างดาวและการฆาตกรรมทูตชาวญี่ปุ่นเป็นแรงผลักดันให้มัลเดอร์ตามหาสัตว์ประหลาดตัวหนึ่งบนรถไฟ ส่วนสกัลลี่ได้เจอกับคนกลุ่มหนึ่งที่เปิดเผยข้อมูลเกี่ยวกับการหายตัวไปของเธอ

เมื่อมัลเดอร์ติดอยู่บนรถไฟที่มีระเบิดติดตั้งอยู่ สกัลลี่จึงออกค้นหาความจริงว่ารัฐบาลเกี่ยวข้องกับการทดลองลับอย่างไร

Mulder and Scully swap roles as they pursue a man killing priests that claim to have the wounds of Christ. The agents find and must protect a young boy who may be a real stigmatic. While Scully's faith draws her close to the boy, Mulder is convinced of another explanation.

Widespread panic is caused in a small community after numerous deaths are linked to killer cockroaches, and a government agricultural agency is discovered to have set up a secret experiment involving insects.

A rare planetary alignment causes strange behavior in the residents of a small town, but particularly in two teenage girls who were born at the exact same moment on that date. While investigating the strange occurrences Mulder's interest in the local female detective makes Scully jealous.

A serial killer is captured after a three year manhunt, and he claims an evil spirit is responsible for the crimes. When the killings continue as he sits in jail, Mulder's battle with a former colleague gets more heated when he suggests that something more paranormal may be involved.

A French salvage ship searching for a lost WWII fighter plane unknowingly surfaces an alien which appears in the form of black oil and has the ability to jump hosts. Mulder heads to Hong Kong to investigate the salvage broker who sold the information to the French and he encounters Krycek, who has been selling information from the MJ documents. As Mulder prepares to take Krycek back to the US, the alien makes its way to Hong Kong and takes control of Krycek.

Mulder pursues Krycek (unaware of the alien that has taken over his body) to get back the DAT tape containing the MJ documents. Meanwhile, the shooting of A.D. Skinner uncovers evidence that could lead Scully to her sister's murderer.

Mulder and Scully are asked to help in a case involving Robert Patrick Modell, a murderer possessing the psychic ability to force his will onto people. Due to a brain tumor that is slowly killing him, he is searching for a "worthy adversary" and forces Mulder into a battle of mind over matter.

The unearthing of an ancient Ecuadorian Amaru urn and its removal to America despite protests leads to a series of deaths linked to a shaman spirit released by the urn.

Mulder, Scully and a local Chinese American cop investigate deaths of several Chinese men found to be missing vital internal organs. The clues lead them to a deadly secret lottery run by the Triads in San Francisco's Chinatown district. The game is free to play but losing will cost you more than an arm and a leg.

A alien abduction of two teenagers with endless versions of the same story prompts a science-fiction novelist to to write a book about the incident; however, nobody involved with the investigation can tell him the full story with any accuracy.

During a one-night-stand in the midst of his divorce, A.D. Skinner becomes a murder suspect, and Mulder and Scully return the many favors that he has done for them by analyzing evidence that someone doesn't want uncovered to prove his innocence.

Mulder and Scully investigate a series of disappearances and attacks around a lake where Mulder believes that the local legend about a lake monster may be all too real. Frustrated Scully insightfully confronts Mulder about the futility of their work on the X-Files.

Mulder and Scully investigate a series of murders linked to a mysterious device that alters television signals causing paranoid hallucinations. One of them falls victim to it.

After his mother suffers a stroke under strange circumstances, Mulder searches for a strange, benevolent alien man that possesses miraculous healing powers. With the help from Mr. X, he learns about the involvement of the Cigarette-Smoking Man and uncovers some secrets kept by his parents.