Scully FBI-os karrierje is veszélybe kerül, mivel Mulder még mindig nem került elő és többen is meg akarják kapni az ellopott iratokat. Közben a Navajok egy barlangban megtalálják Mulder testét és egy ősrégi szertartással életre keltik a lelkét.

Mulder is rájön, hogy Skinner-nél van a keresett szalag. Scully és Mulder újra együtt, egy rejtett pincébe mennek egy bánya mélyére, ahol egy igencsak alaposan kidolgozott rendszerre bukkannak, amely orvosi esetek jegyzékét tartalmazza. A rendszer szerint valószínűleg nem Mulder huga volt az első kiválasztott, akit idegenek raboltak el.

Mulder és Scully egy új ügyön dolgoznak, amelyben villámlások során több ember illetve marha életét vesztette. Egy tinédzser fiú segíthet kideríteni az igazságot, aki a legutóbbi villámlás egyetlen túlélője.

Egy gyilkossági ügy kapcsán Mulder és Scully igénybe veszik egy férfi segítségét, aki előre látja, hogyan halnak meg az emberek. Az ügynökök egy olyan férfit keresnek, aki jövendőmondókat gyilkol.

Egy halálraítélt a villamosszékben azzal fenyegetőzik, hogy visszatér majd a halálból, hogy bosszút álljon öt emberen, akik valamilyen módon rosszat tettek vele a börtönben. A fenyegetést senki nem veszi komolyan, egészen addig, amíg egy börtönőr titokzatos körülmények között életét nem veszti az elhunyt cellájában.

Egy katonai kórházban történt öngyilkossági kísérletet és gyilkosságsorozatot követően Mulder és Scully egy négyszeres amputálttal alálkoznak, aki saját frusztrációját a felügyelőin vezeti le.

Mulder egy nő segítségét kéri egy eltűnési ügyben, aki különleges kapcsolatban állt az eltűnt lánnyal, akit ugyanaz a férfi rabolt el, aki évekkel korábban már fogva tartotta.

Mulder elragadtatva néz végig egy postán rendelt videófilmet, egy állítólagos földönkívüli lény boncolásáról. A felvételeken egy japán orvoscsoport végzi a boncolást. A kazettának azzal van vége, hogy fegyveres katonák jelennek meg a műtőben.

X elmondja Scullynak, hogy a nyakából kioperált chip a kulcs mindahhoz, amire választ keres. Mulder továbbra is kitart az elmélete mellett, hogy Zama az emberek és földönkívüliek keresztezésével létrehozott egy új lényt, amely ellenáll a sugárzásnak és a biológiai fegyvereknek is.

Mulder és Scully egy gyilkost üldöznek, aki olyan emberekre vadászik, akik azt állítják, Jézus Krisztus sebeit hordozzák magukon. Az ügynököknek meg kell védeniük egy fiatal fiút, aki valószínűleg valódi stigmákkal rendelkezik.

Egy kis közösségben kitör a pánik, miután több, gyilkos csótányokhoz köthető halálesetet jelentenek, és kiderül, hogy a kormány titkos rovarkísérleteket végez a környéken.

A bolygók egy egészen ritka állása különös viselkedést vált ki egy kisváros lakosaiból - legfőképp két fiatal lányból, akik évekkel ezelőtt pontosan ugyanebben a pillanatban születtek.

Az FBI hároméves, megfeszített munka eredményeképpen végre pontot tesz egy szörnyű sorozatgyilkosság felderítésére. Letartóztatják a Szovjetunióból bevándorolt, elmeháborodott, hétszeres gyilkost. Néhány nap múlva azonban újabb gyilkosság történik. Muldert bízzák meg, hogy kapcsolódjék be a nyomozásba, amit egykori kiképzőtisztje vezet. A gyilkosságokkal közvetlen kapcsolatba hozható sátánábrázolások egyre jobban befolyásolják Muldert, akinek viselkedése kezd szokatlanná válni.

Egy elveszett második világháborús harci gép után kutató francia mentőhajó egy idegen létformára bukkan, amely fekete olaj formájában jelenik meg, és hatalmas távokat képes megtenni. Mulder Hong Kongba utazik, hogy megtalálja a brókert, aki eladta az információt a franciáknak.

Mulder nem tudja, hogy Kryzek testét átvette egy idegen, és rá akarja venni, hogy szerezze vissza az MJ dokumentumokat tartalmazó szalagot. Közben, Skinner halála olyan bizonyítékokra derít fényt, amelyek elvezethetik Scully-t húga gyilkosához.

Robert Modell, a Törtető beismeri bűnrészességét tizennégy gyilkosságban, mégis szabad, mert mindegyik esetét öngyilkosságként könyvelték el. Az FBI azonban továbbra is figyeli, és amikor be akarják vinni, az autót vezető seriffhelyettest telepatikus úton arra kényszeríti, hogy belerohanjon egy kamionba, majd utolsó erejével megszabadítsa Modellt a bilincseitől. Mulder és Scully az indíték keresése és Modell előéletének feltárása közben rájönnek, hogy egy mániákus kisember becsvágya a magyarázat. Modell egyenrangú ellenfelet akar magának és Muldert választja.

Az Ecuadorban élő secona indiánok egyik sámánjának a csontjait a bostoni Természettudományi Múzeumba szállítják, az ásatások amerikai összekötőjének, Alonso Bilacnak a tiltakozó levele ellenére. A seconák hite szerint, ugyanis ha megbolygatják elődeik maradványait, akkor átok sújtja mindazokat, akik ezt nem akadályozták meg. Muldert és Scullyt a múzeum munkatársainak titokzatos haláleseteihez hívják. Az eseteket összekapcsoló egyetlen bizonyíték, hogy patkányokat találnak a helyszínen.

San Francisco kínai negyedében javában zajlik a Mohó Kísértetek Fesztiválja, miközben a rendőrség a második elevenen elégetett holttestre bukkan. A boncolás során Scully megállapítja, hogy a halál beállta előtt jóval korábban eltávolították az egyik áldozat több szervét is, ami arra tereli a gyanút, hogy tiltott kereskedés folyik emberi szervekkel. A kínai közösség egyik bűnszövetkezete arra specializálódott, hogy kihasználva a friss bevándorlók keserves anyagi helyzetét, szerencsejátéknak álcázva ingyen hozzájut az emberi szervekhez, majd jó pénzért eladja.

José Chung, az ünnepelt író legújabb regényéhez, amely az űrlények látogatásáról szólna, Scully segítségét kéri egy friss ufó-eset kapcsán. Két szerelmes kamasz autóját állítják meg az ufók, de bárkit kérdeznek az esetről, mindenki más történetet ad elő. Mulder vizsgálódásai pedig a hadsereg titkos akcióira terelik a figyelmet.

Skinner igazgatóhelyettes felesége tizenhét évi házasság után beadja a válókeresetet, ám a férj ezt nem akarja elfogadni. Egy bárban megismerkedik egy nővel, néhány ital után kivesznek egy szállodai szobát és reggel Skinner arra ébred, hogy a nő halott. Bár minden jel Skinner bűnösségét látszik alátámasztani, Mulder és Scully nem hiszik, hogy főnökük gyilkos lenne.

Mulder és Scully egy tó környékén történő támadások és eltűnések körülményeire próbálnak fényt deríteni. Mulder szerint igaz a helyi legenda a tóban élő tengeri szörnyről.

Miután egy férfi megöl három embert és a saját feleségét, mert összetévesztette őket egy kegyetlen közelkeleti diktátorral, Scully és Mulder különleges jelekre bukkannak a televízióban, amelyek valóra váltják az emberek legnagyobb félelmeit bármilyen formában.

Egy forgalmas arlingtoni gyorsétkezdében Galen, a zavarodott férfi, lövöldözni kezd a vendégekre. Egy rendőr viszonozza a tüzet és súlyosan megsebesíti Galent. Ekkor egy kedves mosolyú ember lép elő és tenyerét Galen sérülésére helyezi. hamarosan a seb begyógyul. Mire Mulder és Scully a helyszínre érkeznek teljes a káosz, mert a mentősök egyetlen sebesültet sem találnak, mindenki meggyógyult. Tovább nehezíti a helyzetet, hogy a titokzatos jótevő nyomtalanul eltűnt a színhelyről.