Scully, die immer noch unter dem Trauma ihrer Entführung steht, ist überzeugt, dass Mulder noch lebt. Tatsächlich wird der schwer verletzte FBI-Agent von Navajo-Indianern gefunden. Eine weniger erfreuliche Entdeckung muss Scully selbst machen: Sie will mit Hilfe eines Psychotherapeuten die durch die Entführung verursachten Blockaden wieder lösen. Dabei stellt sich jedoch heraus, dass ihr während ihrer Entführung ein winziger Chip in ihren Nacken implantiert wurde…

Wieder vereint, kommen Mulder und Scully einem von den USA gedeckten Naziwissenschaftler auf die Spur, der vor 50 Jahren zusammen mit Mulders Vater an einem streng geheimen Projekt gearbeitet hat. Bei der Durchsicht alter Geheimakten kommt Mulder ein furchtbarer Verdacht, der ein neues Licht auf das Verschwinden seiner Schwester werfen könnte. Er fürchtet, dass seine Schwester damals mit Zustimmung ihres eigenen Vaters von Außerirdischen entführt worden ist…

Obwohl es statistisch beinahe ausgeschlossen ist, werden in einem kleinen Städtchen hintereinander fünf junge Männer vom Blitz getroffen – und nur einer von ihnen überlebt. Mulder vermutet, dass der Überlebende auf geheimnisvolle Weise die Fähigkeit erhalten hat, selbst tödliche Blitze zu erzeugen, doch Scully ist skeptisch. Hat der unwirsche Sheriff Teller etwas mit dem Fall zu tun, der ständig betont, dass er Mulders und Scullys Ermittlungen überflüssig findet?

Gegen Scullys Einwände hilft ein älterer Hellseher den beiden FBI-Agenten bei der Suche nach einem offenbar geistesgestörten Serienkiller – der es ausgerechnet auf Wahrsager abgesehen hat. Nachdem sich seine übernatürlichen Hinweise als überaus hilfreich erweisen, prophezeit der alte Mann seinen eigenen Tod – durch die Hände des Killers. Um dies zu verhindern, quartieren Mulder und Scully den alten Mann in einem Hotel ein und stellen ihn rund um die Uhr unter Polizeischutz…

Ein zum Tode verurteilter Mörder schwört noch auf dem elektrischen Stuhl Rache an allen, die ihn während seiner Haft misshandelt haben. Tatsächlich kommt kurz darauf ein Gefängniswärter unter mysteriösen Umständen ums Leben. Für Mulder und Scully beginnt eine fieberhafte Jagd nach einer „Todesliste“, auf der alle zukünftigen Opfer verzeichnet sein sollen. Der Gefangene Roque behauptet, die Liste zu kennen, will sie aber nur preisgeben, wenn er verlegt wird…

Ein Serienmörder benutzt das Internet als Jagdrevier, um seine zukünftigen Opfer kennen zu lernen. Ungewöhnlich genug, doch als Mulder und Scully recherchieren, stellen sie auch noch fest, dass der Killer eine bizarre Vorliebe für menschliches Fett an den Tag legt. Man stellt nämlich fest, dass sämtliche Opfer kein Fettgewebe mehr haben. Schließlich finden sie in der Wohnung eines Verdächtigen Leichen – und der Mann scheint sein nächstes Opfer schon ausgewählt zu haben…

Der Selbstmordversuch eines Offiziers der US-Army scheitert, weil – so die Worte des Soldaten – eine geheimnisvolle Macht ihn am Sterben gehindert habe. Zuerst schenken Mulder und Scully den seltsamen Behauptungen des Mannes keine große Beachtung, aber das ändert sich schnell, als es zu einer Reihe mysteriöser Todesfälle kommt. Der Soldat Leonard Trimble, der im Golfkrieg Arme und Beine verloren hat, scheint mit den seltsamen Fällen in Verbindung zu stehen…

Während ein 15-jähriges Mädchen entführt wird, bricht eine andere junge Frau an ihrem Arbeitsplatz zusammen – und murmelt dabei genau die Worte, die der Entführer seinem Opfer zuflüsterte. Offenbar besteht zwischen diesem Opfer und der jungen Frau, die vor Jahren selbst Opfer einer brutalen Entführung wurde, eine ebenso spontane wie schicksalhafte Verbindung. Mulder nimmt Kontakt mit ihr auf und hofft auf wichtige Hinweise, während Scully wie immer skeptisch ist…

Mulder bestellt sich für ein paar Dollar das offensichtlich gefälschte Video der angeblichen Autopsie an einem Außerirdischen. Doch das Videoband erweist sich als äußerst brisantes Material, denn als Mulder den Hersteller des Videos aufsucht, findet er diesen tot auf. Am Tatort hält sich ein Verdächtiger auf, den er festnimmt. Es handelt sich um einen japanischen Diplomaten, der kurze Zeit darauf selbst umgebracht wird. Und nun ist Mulder der Hauptverdächtige…

Mulder dringt in einen Eisenbahnwagon ein, in dem angeblich Versuche an Außerirdischen vorgenommen werden. Scully, die inzwischen auf eigene Faust recherchiert hat, muss herausfinden, dass die Wahrheit wieder einmal viel furchtbarer ist als Mulders UFO-Fantasien. Nicht an Außerirdischen, sondern an Menschen wurden Versuche gemacht, und zwar an den Überlebenden einer ehemaligen Lepra-Kolonie. Scully bleibt kaum noch Zeit, um ihren Partner aus der rollenden Zeitbombe zu retten…

Als ein kleiner Junge aus der Provinz blutende Wunden an den Händen aufweist – so genannte Stigmata – ist es diesmal die religiöse Scully, die an das Wirken übernatürlicher Kräfte glaubt. Doch alle „Glaubensstreitigkeiten“ zwischen Scully und dem skeptischen Mulder sind vergessen, als der Junge Gefahr läuft, das Opfer eines religiös motivierten Serienmörders zu werden. Die Beschäftigung mit den Wahnideen des Geschäftsmannes ändert auch Scullys Einstellung zu ihrem Glauben…

Während Mulders Wohnung desinfiziert wird, gönnt sich Mulder ein paar Tage Urlaub – und wird prompt mit mehreren Todesfällen konfrontiert, bei denen die Opfer angeblich von Kakerlaken getötet wurden. Er bespricht sich mit Scully, die dies schlichtweg für unmöglich hält. Doch dann entdeckt Mulder ein Metallskelett, das exakt dem einer Kakerlake entspricht. Haben außerirdische Wesen einen kakerlakenartigen Roboter hergestellt, der für die Todesfälle verantwortlich ist?

Detective Angela White bittet Mulder und Scully um Hilfe bei ihren Ermittlungen: Sie sollen ihr bei der Aufklärung mehrerer Morde in einer Kleinstadt helfen, in der angeblich schon drei Jugendliche einem Satanskult zum Opfer gefallen sind. Doch selbst einige rätselhafte Phänomene können Scully nicht vom Wirken übernatürlicher Mächte überzeugen. Schließlich erkennt auch Mulder, dass hinter den Vorfällen etwas viel Gefährlicheres steckt als mitternächtliche Teufelsbeschwörungen…

Die Verhaftung eines Massenmörders ändert nichts an der Fortführung einer grauenhaften Reihe von Morden. Mulder wird von seinem ehemaligen Mentor zur Aufklärung des Falles hinzugezogen. Als der inhaftierte Mörder behauptet, vom Teufel besessen zu sein und Mulder ihm glaubt, nehmen die Spannungen zwischen Lehrer und Schüler zu. Dennoch versetzt sich Mulder immer stärker in die Psyche des Mörders und glaubt schließlich selbst, den Einfluss des Bösen zu spüren…

Nach der fehlgeschlagenen Bergung eines abgestürzten Jagdflugzeuges aus dem Zweiten Weltkrieg im Pazifik wird die gesamte Besatzung der „Piper Maru“ mit Strahlungsverbrennungen ins Krankenhaus eingeliefert – bis auf den unverletzten Taucher des Schiffes. Als Mulder ihn befragen will, findet er den Mann in seinem Appartement in einer seltsamen Öllache liegen – ohne jede Erinnerung. Mulder hat wieder einmal seine eigene Theorie über den Auftrag der Besatzung…

Mulder und Scully verstricken sich immer tiefer in die Affäre um das französische Bergungsschiff „Piper Maru“ und das mysteriöse Wrack auf dem Meeresgrund. Schon längst glaubt Mulder nicht mehr an den vermeintlichen Auftrag der Besatzung, ein abgestürztes Jagdflugzeug aus dem Zweiten Weltkrieg bergen zu sollen. Eine geheimnisvolle Organisation schreckt vor keinem Mittel zurück, um zu vertuschen, was da in Wahrheit vor fast 50 Jahren auf der Erde gestrandet ist…

Bei Ausgrabungen in Ecuador findet ein Wissenschaftlerteam eine Urne, in der die Gebeine einer heiligen Frau der Secona-Indianer aufbewahrt werden. Gegen den Willen der Indianer wird die Urne in ein Museum gebracht – und schon wenig später kommen mehrere Teilnehmer der Expedition auf rätselhafte Weise ums Leben. Haben Mulder und Scully es mit einem Fluch zu tun? Mulder ist wieder einmal nur allzu bereit, daran zu glauben, während Scully sich nicht darauf einlassen will…

In Chinatown häufen sich die Fälle, in denen Chinesen bei lebendigem Leib in einem Krematoriumsofen verbrannt werden. Als Mulder und Scully diesen „Unglücksfällen“ nachgehen, stoßen sie nicht nur auf magische Schriftzeichen, sondern auch auf einen besonders bizarren Fall von illegalem Organhandel. Bei den Ermittlungen steht ihnen Detective Glen Chao von der Polizei in San Francisco zur Seite, doch sie werden den Verdacht nicht los, dass er selbst in die Sache verstrickt ist…

Der Autor José Chung soll ein Buch über Entführungen durch Außerirdische schreiben. Klar, dass er dabei unweigerlich an Mulder und Scully gerät. Tatsächlich bearbeiten die beiden gerade einen Fall, bei dem zwei Jugendliche behaupten, von Kette rauchenden Aliens entführt worden zu sein. Bald wird den dreien klar, dass es sich bei den „Aliens“ damals um verkleidete Air Force-Piloten gehandelt haben muss. Doch dann kommen sie doch noch auf die Spur von Außerirdischen…

Walter Skinner, der Vorgesetzte von Mulder und Scully, lernt in einer Bar eine Frau kennen und nimmt sie mit in sein Hotelzimmer. Am nächsten Morgen wacht er neben der Leiche der Unbekannten auf. Hat er sie unter dem Einfluss eines Albtraums unwissentlich ermordet? Mulder und Scully versuchen, die Unschuld ihres Chefs zu beweisen, doch dieser zeigt sich dabei wenig kooperativ. Bald erfahren sie, dass er seit Jahren von immer demselben Abltraum heimgesucht wird…

Mulder und Scully reisen nach Georgia an den Lake Heuvelman, weil dort in letzter Zeit viele Menschen auf unerklärliche Weise verschwunden sind. Die Einheimischen behaupten, dass die Verschwundenen wahrscheinlich Opfer eines prähistorischen Seeungeheuers geworden sind. Scully glaubt das genauso wenig wie der örtliche Sheriff und der Naturwissenschaftler Dr. Faraday. Bei einer nächtlichen Bootsfahrt machen Scully und Mulder dann Bekanntschaft mit dem Untier.

Zwei scheinbar unmotivierte Morde führen Mulder und Scully in die amerikanische Provinz. Die selbst völlig fassungslosen Täter behaupten, in ihren Opfern ganz andere Personen gesehen zu haben. Mulder findet heraus, dass der Fernseher im Haus eines der Verdächtigen manipuliert wurde und möglicherweise unterschwellige Botschaften ausgestrahlt hat. Scully hat sich unterdessen einige Videos aus dem Besitz der Täter angesehen und verdächtigt plötzlich Mulder, übergelaufen zu sein…

Nach einer Schießerei heilt ein mysteriöser Mann alle Verletzten durch Handauflegen. Das ruft Mulder und Scully auf den Plan, aber auch Mr. X und eine geheimnisvolle Gestalt, die als „der Raucher“ bekannt ist. Die Agenten tappen zunächst im Dunkeln. Plötzlich wird Mulders Mutter mit einem Schlaganfall ins Krankenhaus eingeliefert. Sie und „der Raucher“ haben eine geheimnisvolle Beziehung, und Mulder erkennt, dass sie ihm wichtige Informationen vorenthält…