A Puerto Ricó-i Arecibo, Ionoszféra megfigyelőállomás poros, pókhálós műszaki berendezései hirtelen, minden látható erőtől függetlenül, bekapcsolódnak. Mulder egy ideje bűnözők lehallgatásával foglalatoskodik, mivel elrendelték az X-Akták mellől, és társát, Scullyt is eltávolították az ügyosztályról, aki újból az FBI virginiai akadémiáján tanít. Mivel Muldert nem engedik az X-akták közelébe, kissé szkeptikussá vált saját emlékeivel és hitével szemben.

Mulder-t egy szokványosnak tűnő esethez küldik, amelyben egy férfi halálának okát kell kiderítenie, akinek a testét a New Jersey-i csatornában találták meg. Mulder először úgy gondolja, büntetésből bízták meg a nyomozással, azonban hamarosan kiderül, hogy az ügy egy valódi X-aktát rejt.

Egy kis vidéki közösség tagjait sorozatosan meggyilkolják. A halálesetek digitális készülékek működéséhez köthetőek, ezért Mulder úgy gondolja, az embereket a digitális jelekbe rejtett üzenetek utasítják az erőszakos gyilkosságok elkövetésére.

Mulder vonakodva fogadja el új partnerét, Alex Krycek ügynököt. Együtt kezdik meg a nyomozást új ügyükön, miután több olyan katona is életét veszti, akik egykor a vietnami háború alatt álmatlansági kísérletekben vettek részt.

Muldert egy túszejtő akció helyszínére hívják, amelyben Duane Barry egykori FBI ügynök is részt vesz. Barry-t egykor idegenek rabolták el, és vissza akar térni a helyszínre valakivel, akit az idegenek elvihetnek helyette. Sajnos Barry, Scully-t választja.

Amikor Mulder rájön, hogy Barry elrabolta Scully-t, felettesei parancsa ellenére utána indul, hogy bármi áron megtalálja. Közben Kryzek beárulja Muldert.

Mulder visszatér az X-aktákhoz, és első alkalommal nyomoz egyedül. Los Angelesben vámpírgyilkosságra utaló gyilkosságsorozat történik, Mulder-t azonban a nyomozás során behálózza az első számú gyanúsított.

Scully rejtélyes módon megjelenik egy washingtoni kórházban. Életben van, azonban kómába esett. Mulder harcol Scully életéért, hiszen csak tőle tudhatja meg, mi történt vele. Közben Scully személyes harcot vív önmagával, hogy visszatérjen e a másik világba.

Miközben Mulder és Scully egy vidéki vallásos közösség és egy emberrablás sorozat közötti kapcsolatot keresik, rájönnek, hogy az eltűnt fiatalokon idegenek DNSével kísérleteznek.

Mulder és Scully furcsa dolgokra derítenek fényt, miután egy idősek otthonában dolgozó nővért megtámad egy láthatatlan erő.

Egy detektív egy gyilkossági ügy során rátalál egy 1940-ben eltűnt FBI ügynök maradványaira. Mulder és Scully úgy gondolják, hogy az eredeti gyilkos átörökítette erőszakra hajlamos génjeit az unokájára.

Egyre több olyan holttestre bukkannak az egyik temetőben, amelyeket kiástak és rejtélyes okokból megcsonkítottak. Mulderék attól tartanak, hogy az elkövető vagy elkövetők hamarosan nem fogják beérni a hullákkal, és elkezdenek élő emberekre vadászni.

Egy vidéki kisváros temetőjében két fiú egy fekete mágusok által használt fatuskónál imádkozik. Mindezt eleinte csak viccnek szánták, de aztán megidéztek egy olyan hatalmas erőt, amely az egyiküket meg is öli. Már a nyomozás kezdetén kiderül, hogy nem egy szokványos halálesettel állnak szemben Scullyék.

Miközben Mulder és Scully egy menekülttáborban történt gyilkosságsorozatra próbálnak fényt deríteni, belekeverednek a táborvezető és egy Voodoo pap között zajló titkos háborúba.

Miután Mulder megkapja négy teljesen egyforma férfi gyászjelentését, felveszi vele a kapcsolatot egy rejtélyes CIA ügynök, aki szerint egy férfi megpróbálja megakadályozni a klónok elterjedését a világon.

A vadász elrabolja Scully-t, és el akarja cserélni Mulder testvérére, akiről kiderül, hogy egy klón. Miután az üzlet meghiusul és Mulder rájön, hogy Samantha csak egy klón, felkeresi a vadászt.

Mulder és Scully egy állatkertben nyomoznak, ahol láthatatlan állatok támadnak váratlanul a gondozókra.

Mulder információt kap egy amerikai hadihajó, az U.S.S. Ardent eltűnéséről. Egy kanadai teherhajó ugyan felvett tizennyolc menekültet, de csak az egyikük, Richard Harper hadnagy maradt életben közülük. Harpert katonai kórházba szállították és szigorú őrizetben tartják. Scully bebocsájtást nyer a kórházba és meglepve tapasztalja, hogy a 28 éves tiszt százéves öregembernek néz ki. Mulder beszámol Scullynak a Philadelphia-kísérletről, amelyet a II. világháborúban az Egyesült Államok kormánya végzett abból a célból, hogy a radarok számára láthatatlanná tegye a hajókat.

Mulder és Scully a floridai Gibsontonba utaznak, hogy felderítsék Jerald Glazebrook halálának körülményeit. A gyilkos keresése során a két ügynök több bizarr jelenséggel is szembekerül.

Egy csecsemő halálának gyanus körülményei egy román ördögűző rituáléhoz vezetik Muldert és Scully-t.

Miután egy pestishez hasonló betegség 10 ember halálát okozza egy szigorúan örzött börtönben, Scully megpróbál bejutni a karanténba, hogy kiderítse, honnan ered a fertőzés. Közben Mulder két fegyenc keresésére indul, akik valószínűleg hordozzák a vírust.

Egy sötét kísérlet véletlenül igazi halálos fegyverré változtatja egy tudós árnyékát, amely érintés által képes tiszta energiává változtatni az emberi testet.

Miután egy kisvárosban számos eltűnést jelentenek, Mulder és Scully többszáz emberi csontot talál a folyóban. Rájönnek, hogy a csirkefeldolgozó üzem vezetője kannibalizmus révén képes meghosszabbítani az életét.

Miután Mulder hozzájut az eredeti és vágatlan MJ dokumentumokhoz, amelyek igazolják, hogy a kormány tud a földönkívüliek létezéséről, veszélybe kerül az élete.