De afdeling X-files is opgedoekt en Mulder heeft het bijna opgegeven om "de waarheid" te achterhalen. Dit verandert nadat een oud-politicus hem informatie geeft over een verlaten SETI-site in Puerto Rico.

Een kleine gemeenschap van boeren wordt plots agressief en gevaarlijk nadat op het berichtvenster van hun huishoudtoestellen instructies verschenen om te moorden.

Mulder vindt in zijn krant een audiocassette. Op de tape heeft iemand een tekst ingesproken: een wetenschapper werd gedood door vuur ondanks er geen enkel bewijs of aanwijzing is dat het lichaam brandwonden heeft. Scully wordt tijdelijk vervangen door Krycek.

Voormalig FBI-agent Duane Barry ontsnapt uit een psychiatrische instelling. Nu houdt hij enkele mensen gegijzeld in een reisbureau. Mulder en Krycek worden ter plaatse gestuurd voor de onderhandelingen, zeker omdat de man beweert ooit te zijn ontvoerd door een ufo.

Mulder vindt op zijn antwoordapparaat een bericht van Scully met de melding dat ze wordt aangevallen. Mulder is er zeker van dat Duane Barry de dader is en haast zich naar het huis van Scully. Duane heeft Scully ontvoerd en wil haar opofferen voor de buitenaardse wezens.

Walter Skinner heropent de afdeling X-Files, maar Mulder heeft het moeilijk nu Scully spoorloos is. Mulder onderzoekt de zaak van een moordenaarstrio dat het bloed van hun slachtoffers drinkt.

Op onverklaarbare wijze duikt Scully in comateuze toestand op in een ziekenhuis. Mulder onderzoekt wat er met haar is gebeurd.

Een robot ontworpen voor vulkanisch onderzoek geeft aan een nieuwe levensvorm te hebben gevonden. Deze levensvorm lijkt de dood te hebben veroorzaakt van een onderzoeker.

In de wouden van Wisconsin worden enkele tieners met enkel ondergoed gevonden. In hun rug is de tekst "He Is One" ingekerfd. Mulder en Scully starten een onderzoek in dit gebied dat gekend is voor hun vleesindustrie. Al snel stuiten ze op een mysterieuze clan van vegetariërs.

In Massachusetts wordt een verpleegster verkracht en geslagen. Het incident krijgt een X-file stempel omdat de verpleegster beweert dat haar aanvaller onzichtbaar was. Scully en Mulder ontdekken heel wat vreemde geheimen over de verpleeginstelling en de bewoners.

Het lichaam van een FBI-agent, die in de jaren 1940 verdween toen hij een moordzaak onderzocht, wordt gevonden. De manier waarop hij werd vermoord, is identiek aan een recente moord. Mulder en Scully zijn van mening dat de moordenaar uit 1940 zijn kwaadaardigheid genetisch heeft doorgegeven.

In Minneapolis graaft iemand lijken op en verwijdert ledematen. Mulder en Scully worden ingeschakeld nadat de lokale politie denkt dat dit het werk van aliens is.

In New Hampshire voeren enkele tieners een ritueel uit om zich stoer voor te doen. Onverwacht leidt dit tot de moord en verminking van een van de deelnemers. Mulder en Scully onderzoeken de zaak en het blijkt dat in het betreffende dorp aanbidders leven van een bepaalde sekte die zelf schrik hebben van een mysterieuze kracht.

Soldaat Jack McAlpin crasht met zijn wagen tegen een boom, nadat hij die ochtend al twee keer hallucineerde, en sterft. Op de boom staat een voodoo-teken. Twee weken eerder kwam een andere soldaat om het leven en vond men eenzelfde teken. Beide soldaten werkten in een opvangcentrum voor vluchtelingen uit Haïti.

Een onderzoeksteam redde een piloot uit een vliegtuig. Nadat de piloot uit het ziekenhuis wordt ontslagen, start hij met het moorden van dokters die werken in abortusklinieken. Saillant detail: al deze vermoorde dokters zien er zo goed als identiek uit.

Mulder krijgt bericht dat Scully werd ontvoerd door een buitenaardse premiejager in ruil voor Mulder zijn zus Samantha. Mulder vraagt Skinner om hem te helpen in de ruil en een val op te zetten.

De dood van een bouwvakker en de bijhorende vernieling van allerhande voorwerpen kan alleen maar verklaard worden door een ontsnapping van een olifant uit de lokale zoo. Echter, geen enkele getuige heeft dergelijk dier gezien en de dierentuin, waar nog nooit een dier is geboren, mist geen beesten.

Een groep overlevenden, afkomstig van een Amerikaanse oorlogsboot, wordt in een reddingssloep gevonden. Mulder merkt op dat de bemanning op enkele dagen tijd tientallen jaren is verouderd. Hij en Scully reizen naar Noorwegen waar een lokale visser hen brengt naar de coördinaten waar het schip het laatst werd gespot.

Rondom Gibsonton in Florida wordt een reeks van rituele moorden gepleegd die onderling geen verband lijken te hebben. Het laatste slachtoffer is de "Alligator Man", een van de vele freaks in de omgeving.

Na het nemen van een foto sterft een tweejarige jongen. Deze dood wordt toegeschreven aan een supernatuurlijk incident wat de aandacht van Mulder trekt. Niet veel later sterft een ander familielid waarop de grootmoeder wil dat Roemeense ritualisten het huis vrijmaken van de aanwezige kwaadaardige krachten.

In een gevangenis sterven meerdere mannen aan een ongekende ziekte. Terwijl Scully vat tracht te krijgen op de oorzaak van de ziekte, gaat Mulder op zoek naar twee ontsnapte personen die de ziekte mogelijk verder verspreiden.

Een klasgenote van Scully vraagt haar en Mulder om te helpen in een zaak van plotse verdwijningen met heel weinig aanknopingspunten. Omdat op elke plaats brandsporen zijn, denkt Mulder aan spontane menselijke zelfontbranding, maar verandert van mening nadat hij Dr. Banton, een onderzoeker gespecialiseerd in zwarte materie, ontmoet die schrik heeft van zijn eigen schaduw.

Mulder en Scully worden naar Arkansas gestuurd naar aanleiding van een vermiste pluimvee-inspecteur. Een medewerkster in een kippenkwekerij wordt plots gek en pleegt zelfmoord. Eerder gaf zij aan dat de dorpsinwoners letterlijk zijn wat ze eten.

Via "The Lone Gunmen" komt Mulder in contact met een hacker die uiterst geheime staatsinformatie heeft kunnen downloaden. De bestanden zijn geëncrypteerd in de Navajo-indianentaal en kunnen enkel ontcijferd worden door een hacker die dergelijke taal spreekt. Zo komen ze in contact met Cigarette Smoking Man.