Dosjei X su službeno zatvoreni, a agenti razdvojeni. Mulder istodobno s vojskom saznaje da su u Puerto Ricu na videu snimljeni izvanzemaljci.

Mulder odlazi u New Jersey gdje istražuje smrt nekolicine ljudi s neobičnim ugrizima. Scully autopsijom otkriva parazita. Uskoro Mulder je za petama genetskom mutantu koji vreba u gradskoj kanalizaciji.

Kada miroljubivi stanovnici malog predgrađa u Virginiji polude i počinju ubijati, Mulder posumnja da im podsvijest hrane kompjutorskim slikama.

Mulder dobiva novoga partnera. Zajedno su na tragu tajnog vojnog pokusa nespavanja koji se izvodio u Vijetnamu.

Bivši agent FBI-a Duane Barry uzeo je taoce, ali tvrdi da je on otet. Mulder po cijenu vlastita života spašava taoce. Scully kopa po podacima bivšeg agenta FBI-a te on otima i nju.

Mulder traži Barryja kako bi spasio Scully. Skinner ponovno otvara Dosjee X kad sazna da netko u FBI-u nastoji zataškati podatke koje je Mulder otkrio.

Mulder odlazi u Hollywood gdje istražuje seriju vampirskih ubojstava. Upoznaje egzotičnu ljepoticu koja je, na žalost, osumnjičena.

Scully je u bolnici u komi. Mulder pokušava ubrzati njezino ozdravljenje suprotstavljajući se Pušaču.

Mulder i Scully istražuju tajanstveni nestanak znanstvene ekipe koja je radila na rubu vulkana u Oregonu.

Mulder i Scully istražuju nestanak i ponovnu pojavu skupine tinejdžera u jednom američkom gradiću.

Medicinska sestra iz staračkog doma tvrdi da su je napale nadnaravne sile. Mulder i Scully otkrivaju zlokobnu silu koja zrači iz staraca u domu.

U Aubreyu u Teksasu Mulder i Scully istražuju smrt povezanu sa serijskim ubojicom iz prošlosti.

Radnik u mrtvačnici ima morbidan hobi - skuplja pramenove kose i nokte preminulih. Kako bi povećao svoju kolekciju, počinje ubijati, a za oko mu zapne agentica Scully...

Leš dječaka iz New Hampshirea ritualno je izložen. Scully i Mulder otkrivaju vještičju zajednicu.

U izbjegličkom logoru u Sjevernoj Karolini Scully i Mulder otkrivaju da se zapovjednik logora bori s vudu svećenikom. Ovo je najbolje ocijenjena epizoda u prve dvije sezone.

Mulder i Scully istražuju umorstva identičnih ljudi. Vraća se Mulderova sestra Samantha. Ali, je li to ona?

Uz veliki osobni rizik Mulder pokušava spasiti Scully. Potraga za sestrom odvodi ga još bliže smrti.

Iz zoološkog vrta nestaju životinje i Mulder sumnja da su umiješani izvanzemaljci. Scully smatra kako u tome prste imaju borci za prava životinja.

Mulder i Scully zajedno stare na američkom razaraču "Argent".

Trag posut rasparanim leševima vodi FBI-a do grada naseljenog bivšim cirkuskim čudovištima.

Praznovjerna rumunjska baka uvjerena je da je njezin unuk obuzet zlom i odgovoran za smrt brata.

Mulder i Scully pomažu u hvatanju dvojice zatvorenika. Hara opasna zaraza, a vlada zna više nego što priznaje.

Nestanci u tvornici pilića u malom gradu na jugu prikrivaju neobičan slučaj kanibalizma.

Mulder dolazi u posjed dokumenata tajne grupe MJ-12, gdje se otkriva zavjera u koju je umješana i vlada, Mulderovi neprijatelji niču kao gljive, prijeti mu hapšenje a možda i smrt.