«Секретні матеріали» закрито, Скаллі призначили викладачем в Академії ФБР, а Малдер виконує чорну роботу зі спостереження та прослушки. Після зустрічі з сенатором Метісоном, одним із його таємних друзів, що підтримують роботу над «Секретними матеріалами», Малдер не слухається наказів та їде на супутникову станцію в Пуерто-Рико до іоносферної обсерваторії Аресібо, на якій незрозумілим чином відновилася робота обладнання і це може надати докази контакту з позаземним життям.

Помічник директора Скіннер посилає Малдера дослідити тіло, яке змило в каналізацію Нью-Джерсі з океану. Малдер вважає, що це доручення є ще одною спробою Скіннера покарати та принизити його, але, за визнанням самого Скіннера, справа, що він доручив розслідувати Малдеру, має відношення до «Секретних матеріалів».

Малдер виявляє, що декілька насильницьких смертей у невеликій фермерській громаді пов’язані зі знищенням цифрових пристроїв. Він вважає, що людей спонукають до вбивства використовуючи цифрове обладнання для передачі підсвідомих повідомлень .

Малдер неохоче приймає нового напарника, агента Алекса Крайчека, з яким йому доведеться розслідувати смерть кількох солдатів з підрозділу «Зелених беретів», які брали участь в експерименті з позбавлення сну під час війни у В'єтнамі.

Малдера залучають до операції зі звільнення заручників, яких захопив Дуейн Беррі, колишній агент ФБР, який стверджує, що його раніше викрадали інопланетяни, і він хоче повернутися на місце викрадення з кимось, кого інопланетяни заберуть замість нього. На жаль, зрештою Дуейн Беррі обирає Скаллі.

Малдер дізнається, що Скаллі викрав Дуейн Баррі. Він ризикує викликати гнів свого начальства та роздратування агента Крайчека, коли намагається зробити все можливе, щоб знайти її. Тим часом Крайчек доповідає Курцю про діяльність Малдера.

Малдер повернувся до роботи над «Секретними матеріалами». Вперше йому доводиться це робити самому, розслідуючи серію вампірських вбивств у Лос-Анджелесі. Під час розслідування він закохується в жінку, яка може бути головним підозрюваним.

Скаллі таємничим чином з’являється у вашингтонській лікарні, жива, але в комі. Малдеру доводиться боротися, щоб зберегти їй життя та дізнатися, що з нею сталося і хто це зробив. Тим часом Скаллі веде власну особисту боротьбу, вирішуючи, залишитися їй в світі живих чи піти до світу мертвих.

Малдер і Скаллі, нарешті возз’єднавшись, прямують до діючого вулкана, де проводяться геологічні дослідження. Вони знаходять смертоносну форму життя, яка може вижити в спекотному кратері та вбиває вчених, щоб ті її не виявили.

Під час розслідування зв’язку між викраденням кількох підлітків і сільським релігійним культом, Малдер і Скаллі розкривають таємний експеримент, що проводять на дітях за допомогою чужорідної ДНК «Контролю чистоти» з «Колби Ерленмейера». Це приводить Малдера до «Людини-з-короткою-стрижкою", вбивці Бездонної горлянки, колишнього інформатора Малдера.

Малдер і Скаллі виявляють дивні випадки в будинку для літніх людей, коли на одну з медсестер нападає невидима сила. За її словами - це один з 90-річних мешканців.

Жінка детектив таємничим чином виявляє останки агента ФБР, який зник у 1940-х роках під час розслідування справи про вбивство, подібної до тієї, якою зараз займається вона. Малдер і Скаллі вважають, що первинний вбивця передав свою генетичну схильність до насильства своєму онукові.

Працівник моргу, який отримує відчуття збудження та задоволення від збирання волосся та нігтів у мертвих, починає сам вбивати, щоб отримати нові екземпляри для своєї колекції та націлюється на Скаллі.

Відбулося ритуальне вбивство підлітка в маленькому містечку. Це призвело до того, що Малдер і Скаллі вплуталися в таємну окультну діяльність, якою займалися члени ассоціації батьків-вчителів місцевої школи, та замінили вчителя з дивними здібностями.

Після того, як Малдеру електронною поштою надсилають некрологи чотирьох однакових чоловіків, з агентами зв’язується таємний агент ЦРУ, який розповідає їм про мисливця за головами, якого відправили знищити колонію клонів. Тим часом Малдера відволікає раптова повторна поява його сестри Саманти.

Інопланетний мисливець за головами викрадає Скаллі та хоче обміняти її на сестру Малдера, яка, як виявляється, сама є клоном. Після того, як обмін йде не за планом, і Малдер дізнається правду про Саманту, він вистежує мисливця за головами до його корабля, похованого в арктичних льодах, і вимагає розповісти, де знаходиться його справжня сестра.

У маленькому містечку в Айдахо людину вбиває невидимий слон. Розслідування Малдера щодо місцевого зоопарку, його власників і місцевої групи захисту тварин відкриває докази підступних експериментів інопланетян.

Коли половина екіпажу корабля ВМС залишає свій човен у рятувальному плоту і через 18 годин їх рятують, вони виглядають приблизно на 60 років старшими, ніж вони повинні бути. Малдер припускає, що корабель потрапив у часову аномалію, яка прискорює їхнє старіння.

Малдер і Скаллі вирушають до Гібсонтона (штат Флорида) - міста, побудованого й населеного артистами цирку та розважальних шоу. Вони розслідують смерть Джеральда Глейзбрука - «Людини-алігатора». У пошуках слідів вбивці, агенти стикаються з багатьма дивними персонажами, включаючи місцевого шерифа, який колись був відомий як Джим Джим - «Хлопчик із Собачим обличчям».

Агенти проводять розслідування, коли в родині молодого хлопця стається низка трагічних випадків.

Коли хвороба, схожа на чуму, вбиває десять чоловіків у в’язниці суворого режиму, Скаллі намагається потрапити на карантин і з’ясувати причину та походження зараження, а Малдер і група маршалів США вистежують двох втікачів, які можуть бути заражені.

Експеримент із темною матерією випадково перетворює тінь вченого на смертоносну зброю, яка може розірвати на молекули людину, якщо її торкнутися.

Після кількох зникнень у маленькому містечку, Малдер і Скаллі проводять розслідування і знаходять у річці сотні людських кісток. Вони дізнаються, що чоловік, який стоїть за головним джерелом багатства міста - заводом з переробки курятини, знайшов спосіб продовжити своє життя за допомогою канібалізму.

Малдер отримує зашифрований комп’ютерний диск, що містить секретні файли міністерства оборони про позаземне життя, і стає об'єктом переслідування. Скаллі відводить його до родини навахо, яка розкопала поховану таємницю, що може розшифрувати диск.