Archiwum X zamknięte. Mulder wyrusza do tajnej bazy w tropikach, by przechwycić pozaziemski sygnał radiowy. Dochodzi do spotkania Muldera z Obcym.

W kanalizacjach grasuje mutant, człowiek-motylica.

Na ekranach elektronicznych urządzeń pojawiają się komendy typu: „zabij, zabij wszystkich”. Komendy okazują się być podświadomością, ożywioną przez tajny rządowy eksperyment.

Giną ludzie. Umierają na coś, czego w zasadzie nie ma. Po prostu, przyśniło im się. Mulder zostaje przydzielony do sprawy, którą prowadzi agent Alex Krycek, który od tej pory staje się jego nowym partnerem. Prowadząc śledztwo, Mulder dostaje tajemniczy telefon od nieznanej osoby, który okazuje się być nowym informatorem, przejmując tym samym rolę Głębokiego Gardła. Tajemniczy mężczyzna przekazuje Mulderowi informacje o tajnym wojskowym projekcie sprzed lat, który dotyczył eksperymentów nad snem, w celu stworzenia super żołnierza.

Tytułowy Duane Barry, były agent FBI, uważa, że kilkanaście lat wcześniej został uprowadzony przez kosmitów. Przebywając w zamkniętym szpitalu psychiatrycznym porywa lekarza, a następnie w biurze podróży przetrzymuje zakładników. Mulder zostaje wezwany, aby prowadzić negocjacje z porywaczem. Barry opowiada agentowi, co zdarzyło się na pokładzie statku kosmicznego. W tym czasie Scully zdobywa zaskakujące informacje na temat przeszłości medycznej Barry’ego. Ostatecznie porywacz trafia w krytycznym stanie do szpitala, gdzie badania wydają się potwierdzać wersję o uprowadzeniu i eksperymentach medycznych. Wydostawszy się ponownie ze szpitala Barry napada na Scully.

Kontynuacja poprzedniego odcinka. Duane Barry porywa Scully. Na miejscu zdarzenia Mulder spotyka się z matką Scully. Mulder, współpracując z Krycekiem, próbuje odnaleźć porywacza kierującego się na miejsce kolejnego spotkania z Obcymi. Krycek, w porozumieniu z Palaczem, skutecznie utrudnia działanie Mulderowi. Pozwala to Barry’emu przekazać kosmitom Scully w zamian za siebie. Po ujęciu przez agentów Duane Barry umiera w niejasnych okolicznościach. Dochodzenie przejmuje wojsko, a Mulder zostaje oskarżony o morderstwo. Mulder oskarża Kryceka, ale ten znika. Skinner jest bezsilny, ale decyduje się reaktywować Archiwum X.

W ramach reaktywowanego Archiwum X Mulder próbuje rozwiązać sprawę szajki seryjnych morderców pozbawiających swoje ofiary krwi. Pierwszy z podejrzanych, wystawiony na działanie promieni słonecznych, umiera w areszcie. Trop prowadzi do podziemnego światka ludzi zafascynowanych wampiryzmem.

Matka Scully i Mulder przygotowują się do symbolicznego pogrzebu agentki. Niespodziewanie Scully odnajduje się w szpitalu, w stanie głębokiej śpiączki. Nie udaje się ustalić jak znalazła się w szpitalu. Zgodnie ze swoim testamentem, agentka nie chce, by jej życie podtrzymywała aparatura. Przy łóżku chorej czuwa, jako medium, Melissa, siostra Dany, oraz tajemnicza siostra Owens. Celem wyjaśnienia stanu chorej, Mulder korzysta z pomocy Samotnych Strzelców, a następnie Pana X, ale nie przynosi to rezultatów. Mulder odnajduje Palacza, próbuje wyciągnąć od niego istotne informacje, ale jest bezsilny. Skinner nie przyjmuje jego rezygnacji z FBI i motywuje go do dalszej pracy w Archiwum X. Zostaje podjęta decyzja o zaprzestaniu podtrzymywania życia agentki. Po odłączeniu urządzeń, agentka przytomnieje.

Mulder i Scully prowadzą śledztwo w sprawie niewytłumaczalnych zdarzeń w wulkanologicznym ośrodku badawczym. Na miejscu okazuje się, że genialny, a jednocześnie chory psychicznie szef ekspedycji, Daniel Trepkos, morduje współpracowników. Jego ofiarą stał się już Erickson, wkrótce ginie Pierce. Pozostali naukowcy – Ludwig, Tanaka i O’Neil – żyją osaczeni w ośrodku badawczym. Mulder podejrzewa, że przyczyną psychozy kierownika ekspedycji jest odkrycie pasożytniczej formy życia opartej na związkach krzemowych, która żyje wewnątrz wulkanu. Jeden z naukowców, Tanaka, umiera zabity przez wzrastającego pasożyta. Pobieżne badanie próbek potwierdza podejrzenia Muldera. Agent w towarzystwie Ludwiga schodzi w głąb wulkanu, gdzie spotyka Trepkosa. Trepkos morduje Ludwiga, w tym czasie Scully próbuje uwolnić się od zarażonej O’Neil. Trepkos schodzi do wnętrza wulkanu z ciałem ukochanej, pozostali przy życiu Mulder i Scully zostają poddani kwarantannie.

Mulder i Scully prowadzą śledztwo w sprawie uprowadzeń dzieci w Wisconsin. Nastolatki znajdowane są po kilkunastu godzinach, rozebrane, w szoku, z zaburzeniami pamięci, zatrute dużymi dawkami skopolaminy, z tajemniczym napisem na plecach. Miejscowy szeryf podejrzewa udział członków wegetariańskiej sekty Muzeum Czerwieni z charyzmatycznym przywódcą, byłym lekarzem, Richardem Odinem. Agenci badają inne dziwne wydarzenia w miasteczku: eksperymenty przeprowadzane na bydle rzeźnym, pomieszczenia ukryte za lustrami weneckimi w budynkach miasteczka, wypadek lotniczy małego samolotu. Okazuje się, że lekarz który zginął w katastrofie lotniczej opiekował się wszystkimi uprowadzonymi dziećmi. Przez wiele lat podawał im prawdopodobnie obce DNA wywołując nieprzewidziane efekty, w tym wzrost agresji. Kolejną ofiarą jest Rick, syn szeryfa, zostaje jednak znaleziony martwy. Podejrzany, Gerd Thomas, choć przyznaje się do uprowadzeń dzieci, nie jest winny morderstwa.

W domu starców dochodzi do gwałtu. Ofiara twierdzi, że zgwałcił ją duch.

W małym miasteczku Aubrey dochodzi do morderstw, podobnych do innych, sprzed kilkunastu lat. Treścią odcinka jest pamięć genetyczna.

Bohaterem odcinka jest fetyszysta, który bezcześci zwłoki by zdobyć trofea – włosy i paznokcie zmarłych.

Czterech nauczycieli tworzy sektę, wyznającą kult szatana. Nocą w lesie grupa nastolatków dla zabawy, wykonuje rytuał przyzywający demona, w trakcie którego jedyna osoba ginie w dziwnych okolicznościach. Na miejsce zdarzeń zostają wezwani Mulder i Scully, podczas oględzin spada na nich deszcz żab. W szkole pojawia się tajemnicza nauczycielka biologii pani Paddock, która przybyła w zastępstwie. Mulder dostrzega że w okolicy zaczynają dziać się dziwne rzeczy. Nowo przybyła nauczycielka w sekrecie odprawia dziwne obrzędy, na skutek których jedna z uczennic popełnia samobójstwo. Wyznawcy kultu szatana wyczuwają obecność, tajemniczej siły. Jeden z nich zaczyna wątpić w słuszność swoich dotychczasowych działań, składa zeznania Mulderowi za co zostaje ukarany przez panią Paddock, która zdaje się być diabłem wcielonym w człowieka. Pozostali członkowie sekty postanawiają złożyć w ofierze Muldera i Scully, aby załagodzić gniew demona.

W tym odcinku pojawia się siostra Muldera, Samantha. Na lekarzy poluje mężczyzna, który wbija im szpikulec w podstawę czaszki. Wszyscy mężczyźni byli klonami. Samantha wyjaśnia Mulderowi, że zamordowani lekarze to potomkowie dwóch obcych, którzy pojawili się na Ziemi w latach 40. Od tamtego czasu budują oni kolonie – zaplecze pod inwazje, wierząc że czas ludzi dobiega końca. Łowca który zabija lekarzy ma za zadanie zlikwidować kolonie klonów, ponieważ nie mają oni zgody na przeprowadzanie takich działań.

Kontynuacja poprzedniego odcinka. Podczas próby uwolnienia Scully łowca zabija Samanthę. Mulder dostaje wiadomość, dzięki której odkrywa kolejne klony, które wyglądają jak Samantha. Kobiety proszą Muldera o pomoc w ukryciu przed łowcą pierwszego klona. Wkrótce pojawia się zabójca, obezwładnia Muldera i zabija wszystkie klony. Od swojego informatora Mulder dostaje informacje o lokalizacji statku łowcy, Fox postanawia ruszyć jego śladem. Dociera do opuszczonej łodzi podwodnej. Próbując obezwładnić łowcę strzela do niego zarażając się toksyczną krwią obcego. Na wpół żywy Mulder trafia do wojskowego szpitala, w którym pojawia się agentka Scully. Tylko ona wie jak wyleczyć partnera z tajemniczego wirusa.

Z ZOO znikają zwierzęta, po czym, ni stąd, ni zowąd, pojawiają się w różnych rejonach miasta. Mulder podejrzewa, że pozaziemska cywilizacja podjęła się utrzymania ginących gatunków na naszej planecie.

Mulder i Scully trafiają na statek, który był przez dziesiątki lat toczony przez rdzę. Okazuje się, że agenci trafili na fałdę czasową i nie są zbyt odporni na taką nagłą zmianę czasu.

Ginie cyrkowiec. Mulder początkowo sądzi, że to syrena z Fidżi, lecz prawda jest zupełnie inna i jeszcze bardziej zaskakująca.

Zdarzył się wypadek. Chłopca potrąciła lokomotywa, lecz balon, który trzymał w ręku, unosił się bez ruchu w powietrzu. Podczas jednej z rozmów okazuje się, że starszy brat chłopca miał bliźniaka, który umarł przy porodzie.

Szybko rozprzestrzeniająca się zaraza w więzieniu, w Wirginii.

Pewien naukowiec wytwarza coś w rodzaju czarnej dziury, przemieniając każdego w proch, gdy wejdzie na jego cień.

W pewnym mieście następuje seria zaginięć. Nagle pewna dziewczyna zaczyna chorować na bardzo rzadką chorobę. Agenci w rzece znajdują wygotowane kości wielu zaginionych osób.

W rezerwacie Indian w Navajo, zostaje znaleziony szkielet Obcego. Tymczasem Mulder dostaje od pewnego anarchisty-hakera kasetę z tajnymi danymi Departamentu Obrony nt. kosmitów. Tekst jest jednak zaszyfrowany w języku indiańskim.