Die X-Akten sind geschlossen. Mulder und Scully wurden in andere Abteilungen versetzt. Von Senator Matheson bekommt Mulder den Tipp, dass ein Radioteleskop in Puerto Rico eigenartige Signale empfängt. Mulder reist auf eigene Faust dorthin, um der Sache nachzugehen.

In der Kanalisation von Newark wird die halb verweste Leiche eines Mannes gefunden. Der Fall wird Mulder übergeben. Scully stößt bei der Obduktion der Leiche auf einen wurmähnlichen Parasiten.

In der Kleinstadt Fletcher in Pennsylvania drehen unbescholtene Bürger plötzlich durch und begehen Morde. Agent Mulder soll die mysteriösen Vorkommnisse aufklären. Er findet heraus, dass in der Gegend ein gefährliches Pestizid eingesetzt wurde.

Von Mr. X wird Mulder auf den mysteriösen Tod des Wissenschaftlers Dr. Grissom aufmerksam gemacht. Für den Fall erhält er einen neuen Partner: Alex Krycek. Gemeinsam kommen sie einem geheimen medizinischen Projekt der Army auf die Spur.

Mulder wird als Vermittler zu einer Geiselnahme gerufen, bei der sich ein Mann namens Duane Barry in einem Reisebüro verschanzt hat und behauptet, von Außerirdischen kontrolliert zu werden. Mulder geht im Gegensatz zu seinen Kollegen auf die bizarren Behauptungen des Geiselnehmers ein. Als Scully auf einen 150 Jahre alten Fall stößt, der den Schlüssel zu Barrys Verhalten liefern könnte, gerät sie selbst in die Gewalt des Mannes, der aus einer Nervenheilanstalt ausgebrochen ist.

Mulder macht sich zusammen mit dem verhassten Kollegen Krycek auf die Suche nach dem offenbar geistesgestörten Duane Barry, der immer noch Dana Scully in seiner Gewalt hat. Nach einer riskanten Verfolgungsjagd in einer Seilbahn kann er den Flüchtigen stellen, doch er kommt zu spät: Barry behauptet, Scully wäre von Außerirdischen entführt worden. Doch es kommt noch schlimmer: Während einer Verhörpause stirbt Barry plötzlich, und Mulder lüftet das Geheimnis von Krycek.

Allein auf sich gestellt, verfolgt Mulder eine unheimliche Mordserie, die sich durch mehrere Bundesstaaten zieht und immer drei Opfer hintereinander fordert. Die Spur führt in den düsteren „Klub Tepes“, dessen Mitglieder sich für Vampire halten. Bei seinen Ermittlungen stößt Mulder auch auf einen gewissen John, der sich selbst als Sohn einer unheiligen Dreieinigkeit ausgibt. Als John 15 Sekunden lang dem Tageslicht ausgesetzt ist, stirbt er einen qualvollen Verbrennungstod.

Als sowohl Scullys Mutter als auch Mulder die Hoffnung schon aufgeben wollen, dass Dana Scully jemals wieder lebend gesehen wird, taucht sie plötzlich völlig unerwartet in der Intensivstation eines Krankenhauses auf. Doch es besteht kein Grund zur Freude: Vergiftet von einer mutierten Form ihrer eigenen DNS, schwebt sie in höchster Lebensgefahr, und es bleibt Mulder nur wenig Zeit, um ein Gegenmittel zu finden und so die im Koma liegende Kollegin zu retten.

Als der Kontakt zu einer Gruppe von Vulkanologen abbricht, machen sich Mulder und Scully auf den Weg in das Lager der Wissenschaftler. Am Fuße des Vulkans schlägt ihnen eine Welle von Feindseligkeit entgegen, bis sie herausfinden, dass sich die Forscher offenbar mit einer neuen Pilzform infiziert haben, die mitten in der Höllenglut des Vulkans entstanden ist. Gerade als Mulder hinter dieses Geheimnis gekommen ist, gerät Scully in Gefahr, sich selbst auch zu infizieren.

Ausgerechnet im Herzen des amerikanischen Rinderzuchtgebietes schlägt eine radikale Sekte aus Vegetariern, die sich „Die Kirche des Roten Museums“ nennt, die örtlichen Jugendlichen in ihren Bann. Als ein paar der Kinder spurlos verschwinden, stoßen Mulder und Scully auf ein kompliziertes Labyrinth von Fanatismus, Gewalt und Lügen. Einige Hinweise lassen die beiden darauf schließen, dass die Jugendlichen für Experimente mit außerirdischer DNS missbraucht wurden.

Die Krankenschwester eines Heimes für Alzheimer-Patienten verklagt den Staat, weil sie angeblich von einem Unsichtbaren vergewaltigt wurde. Mulder und Scully finden heraus, dass die Patienten des Heims äußerst agil sind, was offenbar auf ein neuartiges Heilmittel zurückzuführen ist, das ihnen verabreicht wurde. Welche Rolle spielen dabei die „magischen Pilze“, die den alten Leuten von einem malaiischen Pfleger gegeben wurden? Dann stirbt ein Patient auf mysteriöse Weise.

Die Kleinstadtpolizistin B. J. Morrow findet die Knochen eines seit 50 Jahren vermissten FBI-Agenten, der vor seinem Verschwinden eine rätselhafte Mordserie untersuchte. Mulder und Scully werden in ein Netz aus Traum und Realität verwickelt, als es plötzlich wieder zu einem Aufflammen ähnlicher Morde kommt. Der damals als Mörder verurteilte John Cokely ist seit 1993 wieder auf freiem Fuß. Doch der heute 77-Jährige kommt als Täter der gegenwärtigen Morde kaum in Frage.

Ein Fall von Leichenschändung führt Mulder und Scully nach Minneapolis, weil der dortige Agent glaubt, es mit dem Werk von Außerirdischen zu tun zu haben. Die beiden müssen jedoch feststellen, dass menschliche Täter oft viel erschreckender sein können als überirdische Mächte. Sie finden heraus, dass es sich bei dem Täter um einen extremen Fetischisten handelt und fürchten, dass er sich bald nicht mehr mit Leichenschändung „begnügen“ wird, sondern selbst morden könnte.

In einer Kleinstadt wird die verstümmelte Leiche eines Mannes gefunden, der möglicherweise das Opfer einer Teufelssekte wurde. Selbst Mulder macht sich diesmal über den Aberglauben der Stadtbewohner lustig, doch als die beiden FBI-Agenten den Fall schon zu den Akten legen wollen, regnet es plötzlich Kröten. Mulder und Scully finden heraus, dass es in der Stadt einige wohlhabende Bürger gibt, die einem satanischen Kult huldigen und vor nichts zurückschrecken.

Drei identisch aussehende Ärzte werden in unterschiedlichen Städten umgebracht. Von ihren Leichen werden keinerlei Überreste gefunden. Mulder und Scully finden heraus, dass es sich um Klone handelte, die einst von den Sowjets eingeschleust wurden.

Scully wird von einem Außerirdischen als Geisel genommen. Sie soll gegen Mulders Schwester Samantha ausgetauscht werden. Gemeinsam mit Skinner will Mulder den Außerirdischen während des Austausches töten. Doch der Plan schlägt fehl.

Als ein Straßenarbeiter zerquetscht aufgefunden wird, schreibt man einem aus dem örtlichen Zoo entflohenen Elefanten die Schuld zu. Allerdings hat niemand am Tatort einen Elefanten gesehen, und als Mulder und Scully die Ermittlungen aufnehmen, häufen sich die tödlichen Überfälle von unsichtbaren „Phantomtieren“. Schließlich findet man die Leichen der Tiere, die die Angriffe verübt haben, viele Kilometer weit vom Tatort entfernt – und stellt fest, dass sie alle schwanger waren.

Ein amerikanisches Kriegsschiff verschwindet vor der Küste Norwegens. Das einzig überlebende Besatzungsmitglied sieht aus, als wäre er 90 Jahre alt – obwohl der Mann laut seinen Papieren gerade einmal 28 ist. Mulder vermutet, dass auf dem Schiff mit so genannten „Wurmlöchern“ experimentiert worden ist, in denen Zeit und Raum manipuliert werden. Gemeinsam mit Scully macht er sich auf die Suche nach dem verschwunden Schiff – und findet es in gespenstischem Zustand.

In Gibsonton in Florida wird ein missgebildeter Zirkusdarsteller ermordet. Die Todesart passt zu einer Mordserie, die das ganze Land in Atem hält. Fox Mulder und Dana Scully untersuchen den Fall. Die beiden FBI-Agenten haben schon bald einen konkreten Verdacht: Der ehemalige Zirkusartist Lanny gesteht, dass sein Zwillingsbruder Leonard es schafft, seinen Wirtskörper zu verlassen. Mulder vermutet, dass Leonard auf seinen „Reisen“ einen neuen Bruder sucht.

Mulder und Scully versuchen den Tod eines zweijährigen Jungen aufzuklären, der ohne ersichtlichen Grund auf die Schienen einer Vergnügungspark-Eisenbahn gelaufen ist und überrollt wurde. Ein paar zufällig gemachte Fotos zeigen, dass der Junge einem Luftballon nachgelaufen war, der sich gegen die Windrichtung bewegt hatte. Als Mulder und Scully die Familie des toten Jungen verhören, erscheint ihnen die rumänische Großmutter, die sie dort kennen lernen, nicht ganz geheuer.

Mulder und Scully beteiligen sich an der Suche nach zwei entflohenen Sträflingen. Als sie dabei mit Truppen der Nationalgarde und Entseuchungskommandos konfrontiert werden, kommen sie einer Verschwörung auf die Spur, bei der in dem Gefängnis mit Wissen der Regierung Seuchenexperimente durchgeführt wurden. Die Regierung tut alles, um dies zu vertuschen, und Mulder und Scully brauchen die Entflohenen lebend, um ihren Verdacht zu beweisen.

Eine ihrer ehemaligen Studentinnen bittet Scully bei einer Reihe von Vermisstenfällen um Hilfe. Alle vermissten Personen scheinen sich in Luft aufgelöst zu haben – bis auf einen dunklen Brandfleck auf dem Fußboden. Als Hauptverdächtiger kristallisiert sich ein Wissenschaftler heraus, der kurz zuvor einen Unfall in einem Teilchenbeschleuniger hatte und nun selbst zur Gefahr für alle geworden ist, die sich in seine Nähe begeben. Doch auch er ist in Gefahr, weil er verfolgt wird.

In einer kleinen Stadt in Arkansas verschwindet ein Bundesbeamter. Als Mulder und Scully die Ermittlungen aufnehmen, stoßen sie auf eine statistisch fast ausgeschlossene Häufung der Creutzfeld-Jakob-Krankheit. Den beiden kommt der Verdacht, dass die Verbreitung dieser Krankheit etwas mit den Essgewohnheiten in der kleinen Ortschaft zu tun haben muss – doch noch ahnen sie nicht das entsetzliche Gehemnis, das dahinter steckt: Die Einwohner des Ortes sind Kannibalen.

Ein Computerhacker spielt Mulder Geheiminformationen des Pentagons zu, die dem FBI-Agenten die Möglichkeit geben könnten, alle menschlich-außerirdischen Verschwörungen aufdecken zu können. Es handelt sich um ein verschlüsseltes Dokument, das in der Sprache der Navajo-Indianer verfasst ist. Doch ein weltweites „Konsortium“ ist zu allem bereit, um seine Machenschaften im Dunkeln zu halten. Mulder scheint seine Suche nach der Wahrheit mit dem Leben bezahlen zu müssen.