Die FBI-Agenten Fox Mulder und Dana Scully sind den sogenannten X-Akten zugeteilt, Geheimakten über paranormale Phänomene. In ihrem ersten gemeinsamen Fall müssen sie den mysteriösen Tod von vier Jugendlichen klären. Mulder vermutet dabei außerirdische Einflüsse.

Mulder und Scully machen sich auf den Weg zur Ellens Air Force Base, um den mysteriösen Fall eines Testpiloten zu untersuchen der unter seltsamen Umständen verschwunden ist. Während der Untersuchung trifft Mulder auf einen mysteriösen Mann, der "Deep Throat" genannt wird und behauptet, geheime Informationen über seine Untersuchungen des Paranormalen zu haben.

Ein Freund von Scully aus der FBI-Akademie, der nun in der Abteilung für Gewaltverbrechen arbeitet, bittet sie, ihn bei einer Morduntersuchung zu unterstützen. Mulder erkennt, dass dies einer Serie von X-Akten-Fällen ähnelt, die sich alle dreißig Jahre ereignen und schließt sich den Ermittlungen an, um den neuesten Zyklus zu stoppen.

Sektionschef Blevins bringt seine Besorgnis über die Richtung der X-Akten zum Ausdruck. Derweil ist Mulder davon besessen einen Fall zu lösen, der enge Parallelen zu einer Begegnung aufweist, die er als Kind hatte - die Entführung seiner kleinen Schwester Samantha.

Im Umkreis von Atlantic City werden immer wieder Leichen gefunden, die offenbar einem Kannibalen zum Opfer fielen. Die Vorfälle gehen zurück bis ins Jahr 1947. Bei seinen Ermittlungen stößt Mulder auf die Legende vom Teufel von Jersey.

Ein mysteriöser Doppelmord beschäftigt Mulder und Scully. Die Opfer scheinen ohne äußere Gewaltanwendung zu Tode gekommen zu sein, und doch sind ihre Kehlen zerquetscht – von innen! Die Ermittlungen führen zu Lauren Kyte, in deren Nähe gehäuft psychokinetische Phänomene auftreten. Die Befragung der Frau führt zu keinen Erkenntnissen. Als Mulder und Scully wieder in ihren Wagen steigen und abfahren wollen, legt sich plötzlich von selbst der Rückwärtsgang ein.

Der Geschäftsführer einer Computerfirma wurde ermordet. FBI-Agent Lamana bittet seinen Freund Fox Mulder um Hilfe. In der Firma des Opfers macht Mulder eine seltsame Entdeckung: Der Computer, der das gesamte Gebäude überwacht, scheint ein Eigenleben zu entwickeln.

Der Kontakt zu einer Forschungsstation im Norden Alaskas ist abgebrochen. Mulder und Scully sollen nach dem Rechten sehen. In Begleitung von drei Forschern machen sie sich auf den Weg zur Station. Sie finden die Gesuchten nur noch tot vor.

Bei ihren Ermittlungen besuchen Mulder und Scully die Mission Control der NASA. Irgendjemand – oder irgendetwas – scheint den Vorstoß der Menschheit in den Weltraum verhindern zu wollen. Projektleiter Colonel Belt verhält sich äußerst seltsam und wie von einer fremden Macht gesteuert.

Ein unidentifiziertes Flugobjekt stürzt in der Nähe einer Kleinstadt ab. Die Army versucht den Vorfall zu vertuschen und evakuiert die Bevölkerung unter dem Vorwand eines Giftmüllunfalls. Mulder ermittelt auf eigene Faust.

Mulder und Scully untersuchen einen rätselhaften Todesfall. Dem Opfer wurden 75 Prozent seines Blutes entnommen. Kurz darauf erfahren die Agenten von einem ähnlichen Todesfall in Kalifornien. Erstaunlich ist, dass sich die Töchter der beiden Opfer wie Zwillinge ähneln.

Mulder ist sofort Feuer und Flamme, als eine alte Studienfreundin – mittlerweile eine Beamtin von Scotland Yard – ihn um seine dienstliche Hilfe bittet: Ein englischer Diplomat wird durch einen Attentäter bedroht, der offensichtlich mit reiner Gedankenkraft tödliche Brände erzeugen kann. Bald fliegen die Funken – in jeder Beziehung.

Mulder und Scully suchen nach zwei entführten Studenten. Ein ähnlicher Fall hatte sich bereits ein Jahr zuvor ereignet. Der verurteilte Mörder Luther Lee Boggs behauptet, auf telepathischem Weg erfahren zu haben, wo sich die Opfer befinden.

Mulder und Scully untersuchen eine rätselhafte Mordserie: Die Opfer starben jedes Mal nach einer leidenschaftlichen Liebesnacht ohne äußere Gewalteinwirkung. Die Spur führt zu den Kindred, einer asketischen Sekte in einem kleinen Dorf in Massachusetts.

Scully hilft ihrem ehemaligen Lehrer Jack Willis bei der Festnahme eines Bankräuberduos. Es kommt zur Schießerei. Bankräuber Dupre und Willis werden erschossen. Im Krankenhaus gelingt es den Ärzten, Willis zu reanimieren. Doch der ist von da an völlig verändert.

Mulder und Scully untersuchen eine rätselhafte Mordserie. Alle Indizien weisen auf einen gewissen John Barnett als Täter hin. Doch der ist angeblich vor vier Jahren gestorben. Die Spur führt zu einem Arzt, der verbotene Experimente an Gefangenen durchführte.

Mulder und Scully werden auf einen militärischen Schwertransport aufmerksam, der quer durch die USA fährt. An der Route des Transports kommt es zu zahlreichen UFO-Beobachtungen. Als Mulder ermitteln will, stößt er auf eine Mauer des Schweigens.

Der Fall eines Wunderheilers beschäftigt Mulder und Scully: Samuel Hartley kann angeblich durch Handauflegen Kranke heilen. Er soll sogar schon Tote wieder zum Leben erweckt haben. Doch in letzter Zeit starben drei Menschen, nachdem er sie berührt hatte.

Der Rancher Jim Parker wird nachts von einem wilden Tier angegriffen. Als Jim den Angreifer erschießt, muss er feststellen, dass er einen Indianer getötet hat. Mulder erfährt, dass in der Gegend bereits ähnliche Überfälle passierten und nimmt Ermittlungen auf.

In den Wäldern Oregons ist eine Gruppe von Holzfällern spurlos verschwunden. Die Polizei verdächtigt zwei radikale Umweltschützer. Mulder stößt auf einen Fall aus dem Jahr 1934. Auch damals verschwanden Holzfäller spurlos.

Eugene Victor Tooms, der mehrere Menschen ermordet und ihnen die Leber entnommen hatte, wird auf Bewährung freigelassen. Mulder glaubt, dass Tooms sich bald ein neues Oper suchen wird. Gegen die Anordnung seiner Vorgesetzten will Mulder den Killer überwachen.

Ein Polizist stürzt aus einem Fenster und stirbt. Die neunjährige Michelle Bishop war Zeuge des Vorfalls. Zunächst glauben alle an Selbstmord. Als ein weiterer Polizist auf merkwürdige Weise umkommt und wieder Michelle Zeugin war, wird Mulder hellhörig.

Zwei Wissenschaftler werden bei rätselhaften Unfällen in ihrem Labor getötet. Der einzige Zeuge war jedes Mal der autistische Roland. Mulder vermutet einen Zusammenhang mit dem Tod des Forschers Arthur Grable, der kurz zuvor bei einem Autounfall starb.

Der Mann mit der tiefen Stimme macht Mulder auf den Fall eines ertrunkenen Flüchtigen aufmerksam. Zunächst scheint daran nichts besonderes zu sein. Dann findet Mulder Hinweise auf geheime Experimente mit außerirdischer DNA.