Dana Scully különleges ügynök, orvos és a virginiai FBI akadémia oktatója, utasítást kap, hogy jelentkezzen Washingtonban, Scott Blevins aligazgatónál. Blevins beosztja Scullyt nyomozónak az X-aktáknak csúfolt projektbe, a titokzatos és megoldatlan FBI ügyek temetőjébe, amely esetek valamiféleképp kapcsolatban állnak a természetfeletti jelenségekkel. Scully parancsot kap, hogy lépjen kapcsolatba Fox Mulder ügynökkel, akinek szinte rögeszméjévé vált a mások által már szinte elfeledett akták kivizsgálása. Mulder éppen egy különleges gyilkossági ügyben nyomoz.

Mulder és Scully Robert Budahas alezredes, katonai berepülő pilóta, különös eltűnésének ügyében kezd nyomozást. Mulder feltételezi, hogy Budahas ugyanúgy járt, ahogy az a hat másik pilóta, akiknek az Ellens légitámaszponton veszett nyoma, miközben egy kísérleti repülőgépen végeztek próbarepüléseket. Muldert egy titokzatos férfi, a magát Deep Throat-nak (Mély Torok) nevező személy keresi fel és azt tanácsolja az ügynöknek, hogy felejtse el ezt az esetet. De Mulder és Scully nem hallgat a figyelmeztetésre és felkeresik Budahas feleségét, aki elmeséli férje utóbbi időben megváltozott magatartását, különös bőrkiütéseit és szokatlanul heves elzárkózását a munkájáról való beszélgetéstől.

Tom Colton FBI ügynök Scully segítségét kéri egy gyilkosságsorozat felderítésében, amelyet véleménye szerint egy sorozatgyilkos követ el. Az áldozatok mindegyike biztonságosan bezárt helyen halt meg, és mindegyiküknek kitépték a máját. Colton nemtetszése ellenére Mulder is csatlakozik a nyomozáshoz. A férfi különös, elnyúlt ujjlenyomatot talál a legutóbbi gyilkosság színhelyén, egy szigorú biztonsági rendszerekkel védett szobában. Mulder kapcsolatba hozza a gyilkosságokat a 30 évenként előforduló, hasonló esetekből álló bűntényekkel, amelyek 1903-ban kezdődtek és minden alkalommal öt áldozatot követeltek, akiknek hiányzott a mája.

Az Okobogee-tó partján rejtélyes fénysugár ereszkedik le a magasból. A tizenéves Ruby Morris eltűnik a hálózsákjából, mialatt öccse, Kevin hisztérikusan kiabálva hívja segítségül a lakókocsiban alvó anyjukat. Mulder azt követően kezd nyomozni, hogy Ruby Morris eltűnése megjelenik a szenzációhajhász lapokban. Scully és Blevins párhuzamot lát az eset és Mulder gyermekkori élménye között, amikor a húgát állítólag elrabolták a földönkívüliek. Mulder szerint az Okobogee-tó gyakori színhelye az UFO-k felbukkanásának.

Mulder és Scully egy hajléktalan, Roger Crockett brutális meggyilkolásának ügyében nyomoz, akit Atlantic City erdős külvárosában öltek meg és testét félig megették. Mulder azt feltételezi, hogy az ügy kapcsolatban áll egy 1947-es gyilkossággal, amikor egy autóst támadtak meg és ették meg a holttestét. Az ügynökök Atlantic City-be utaznak, és a hullaházban kezdenek nyomozni. Itt vitába keverednek Thompson nyomozóval, a helyi detektívvel. Mulder ezután saját szakállára folytatja a nyomozást.

Egy titokzatos kormányügynökség véleményt kér Muldertől és Scullytól két nemrégen talált holttesttel kapcsolatban. A jelek szerint az áldozatok torkát belülről zúzta össze valami, külső sérülésnek nyoma sincs a nyakukon. Amikor a hivatalnokok megtagadják a további információk átadását az esettel kapcsolatban, Mulder is bezárkózik és nem tesz említést egy hasonló jelenséggel foglalkozó X-aktáról. Később bevallja Scullynak, hogy létezik egy ilyen akta, amely a pszichokinetikus úton történő gyilkolással kapcsolatos. A két ügynök maga kezd nyomozni az ügyben és eljutnak Philadelphiába.

Muldert és Scullyt az egyik társuk, Jerry Lamana keresi fel, akit felfüggesztettek állásából, mert nem megfelelően vezetett egy fontos nyomozást. Lamana elmondja, hogy Benjamin Drake, az Eurisko vállalat alkalmazottjának meggyilkolásának ügyében nyomozott. Drake-t halálos áramütés érte egy ismeretlen személy által felállított csapdából, aki feltehetőleg jól ismerte a az Eurisko központi vezérlő rendszerét. Lamana a két ügynökre bízza az ügyet.

Mulder és Scully megnéz egy videófilmet, amelyet két geofizikus készített az Arktiszon folyó projektje során. Feladatuk az volt, hogy fúrjanak le egész mélyre és hozzanak fel olyan talajmintákat, amelyek abból a korból származnak, amikor ott még melegebb volt az éghajlat. Ám valami félresikerült és a két tudós öngyilkos lett. Mulder és Scully elindul, hogy kiderítse mi is történt.

Michelle Generoo, az űrsikló program irányítóközpontjának munkatársa titokban találkozik a két ügynökkel. Mutat nekik egy röntgenfelvételt az űrsikló egy részéről, amelyet szerinte valaki megrongált. A felvételek eredete ismeretlen, akárcsak az, hogy miként volt képes bárki is megrongálni a siklót. A kilövést az utolsó pillanatban fújták le, amikor a szelepek meghibásodtak és a katasztrófa már majdnem bekövetkezett. A NASA egyszerű mechanikus hibának nyilvánította az esetet és nem szándékos szabotázsnak, de Generoo másképp gondolja. Mulder és Scully felkeresi az űrprogram vezetőjét, Marcus Aurelis Belt alezredest, azt az asztronautát, aki az Apollo 8-cal repült annak idején. Belt bizton állítja, hogy nem történhetett szándékos rongálás ilyen szigorú biztonsági körülmények között. Amikor a következő kilövés után az űrsikló pályára áll, megtörténik a katasztrófa. Generoo, akinek a férje az egyik űrhajós odafent, azonnal visszaindul az irányítóközpontba. Útközben sűrű ködbe kerül, amelyből egy rémisztő kinézetű arc jelenik meg a kocsija előtt és a nő elveszti uralmát az autó felett.

Calvin Henderson ezredest értesítik, hogy az Űrmegfigyelő Központ radarján egy azonosítatlan objektumot észleltek, amely letért a pályájáról és a wisconsini Townsend városa mellett lezuhant. A kormányszervek hivatalosan karanténövezetnek nyilvánították a katasztrófa színhelyét, mérgező vegyi anyagok szivárgására hivatkozva. Mulder titokban belopódzik a lezárt területre és fényképeket készít a kékes fénnyel izzó roncsokról. Felfedezik azonban a behatolását és Henderson letartóztatja. Muldert Scully felügyelete alá helyezik. A meghallgatáson Mulder egy esélyt kér, hogy bebizonyíthassa, Townsend mellett egy UFO zuhant le.

Amikor két édesapát az ország két távoli pontjában megmagyarázhatatlan módon, ugyanabban az időben, ugyanazon a módon gyilkolnak meg, Mulder és Scully rájönnek, hogy 8 éves lányaik tökéletes hasonmások, ikrek, akiket a Litchfield-i kísérlet folytatásaként hoztak létre. A kísérlet lényege, hogy több fiú és lány ikerpárt teremtettek, akiket Ádámnak illetve Évának neveztek el, és akik különleges erővel és intelligenciával rendelkeznek azonban hajlamosak a pszichotikus viselkedésre.

Angliában egy előkelő, idősödő férfi hirtelen lángokra gyúl, miközben házának kertjében a kocsija felé gyalogol. Minden próbálkozása ellenére sem tudja eloltani a tüzet és elevenen elég. Muldert és Scullyt Phoebe Greene, a Scotland Yard nyomozónője, Mulder korábbi osztálytársa és szeretője keresi fel. Beszámol a különös halálesetről és hozzáteszi, hogy nem ez az egyetlen ilyen baleset a brit arisztokrácia körében. A két FBI ügynök felajánlja segítségét angol kollégájuknak. Mulder szerint pirokinézisről lehet szó, ami azt jelenti, hogy valaki képes tüzet gyújtani pusztán a gondolatai erejével. Beatty képtelenségnek tartja az elképzelést. Mulder bevallja Scullynak, hogy nagyon fél a tűztől, mégis elvállalja a nyomozást, amelyhez nem kéri Scully segítségét.

Scully telefonhívást kap anyjától, Margarettől, hogy apja koszorúér-repedésben elhunyt. Pillanatokkal a hívás előtt Dana édesapja szellemszerű alakját látta felbukkanni a szobájában. Scully a munkájába temetkezik, hogy minél kevésbé eméssze apja halála. Felkelti az érdeklődését egy eset: egy fiatal párt raboltak el az egyik egyetem közelében. Hasonló emberrablás történt pontosan egy évvel ezelőtt is egy másik egyetem környezetében. A holttesteket később megtalálták és a nyomozás szerint az áldozatokat megkínozták haláluk előtt. Az egyetlen nyom az ügyben egy bizonyos Luther Lee Boggs, akit Észak-Karolinában egy héten belül gázkamrában kivégeznek. Boggs azt állítja, tudja ki a sorozatgyilkos és igazolásként pontosan leír egy karkötőt, amelyet az egyik korábbi áldozat viselt. A férfi azt állítja, mindezt parapszichológiai képességeivel tudta meg. Alkut ajánl: segít a rendőrségnek, ha megkegyelmeznek neki.

Egy szexuális indíttatású gyilkosság-sorozat elkövetője egyszerre tűnik nőnek és férfinak. A nyomozás egy különös közösség tagjaihoz vezeti Scully-t és Muldert, akik valószínűleg eredetileg idegenek voltak.

Jack Willis FBI ügynököt és Warren Dupre bankrablót ugyanabban az időben lövik le egy rablási kísérlet során. Amikor Willis-t újraélesztik, Dupre meghal. Miután Willis-t kiengedik a kórházból, meglehetősen furcsán kezd viselkedni, így Mulder arra gyanakszik, hogy Dupre tért vissza Willis testében.

Muldert zaklatja valaki a múltjából: John Barnett bűnöző, akit egykor Mulder juttatott rács mögé és aki most visszatért, hogy bosszút álljon. Scully és Mulder rájönnek, hogy Barnett egy kísérletnek köszönheti szabadulását, amelyben egy orvos az öregedés titkait kutatta.

Mulder és Scully egy reagani UFO észlelés ügyében nyomoznak. Kihallgatnak egy Ranheim nevű kamionsofőrt, aki azt állítja, hogy rálőtt egy titokzatos repülő objektumra. Ranheim azonban később megváltoztatja elbeszélése néhány részletét, ami arra készteti Muldert, hogy gyanakodni kezdjen, a férfi kevesebbet mond el, mint amennyit valójában tud. Ugyanakkor felfigyelnek arra is, hogy Ranheim az Öböl-háborúban járt katonáknál előforduló betegség tüneteit mutatja, holott állítása szerint sosem járt Irakban.

Egy fiatal férfi képes az embereket kézrátétellel meggyógyítani. Azonban kételkedni kezd az erejében, miután az emberek akiket meg akart gyógyítani, sorra meghalnak.

Montana állam egyik magányos farmján egy farkasszerű teremtmény támad Jim Parker-re és fiára, Lyle-re. A sötét és viharos éjszakában Jim rálő a lényre és megöli. Ám amikor megvizsgálja a tetemet, nem egy állatot lát, hanem Joseph Goodensnake-t, egy indiánt. Mulder meggyőzi Scullyt, hogy segítsen neki ebben az ügyben, amely sokkal inkább tragikus balesetnek tűnik, semmint természetfölötti eseménynek.

Mulder és Scully 30 favágó eltűnésének ügyében nyomoz, akiknek Washington állam erdeiben veszett nyoma. A vizsgálatban segítségükre van Larry Moore, a Szövetségi Erdőgazdálkodási Szolgálat tagja és Steve Humpreys, a fakitermelő vállalat egyik dolgozója. Moore és Humpreys azt feltételezik, hogy a favágók valamelyik militarista beállítottságú környezetvédő szervezet, az ún. eco-terroristák, áldozatai lettek, akik szinte hadjáratot kezdtek a fakitermelés ellen Észak-Amerika erdőségeiben.

A felügyelő-bizottság újravizsgálja Eugene Tooms, a különös képességekkel rendelkező sorozatgyilkos esetét. Mulder hiába bizonygatja a férfi furcsa biológiai elváltozásait, testének megnyúlását, az emberi máj iránti étvágyát, a bizottság szabadlábra helyezi Tooms-t, aki Mulder szerint ismét gyilkolni fog, ha alkalma lesz rá. Mulder állandóan megfigyelés alatt tartja, mialatt Scully bizonyítékokat keres a korábbi gyilkosságokra. Csakhamar talál is egy holttestet, melynek csontjain Tooms foglenyomatai találhatóak.

Lazard nyomozó egy elveszett nyolcéves kislányra bukkan egy áruház előtt. Beviszi a rendőrőrsre, ahol Barbla detektív veszi gondjaiba. A kislány kikérdezése közben Barbla váratlanul kiesik az ablakon és szörnyethal. Lazard szerint Barbla egyedül volt a szobában a lánnyal, ám Michelle, a kislány azt állítja, hogy egy másik férfi is jelen volt a kikérdezésekor. Az ismeretlenről adott leírás ráillik egy 9 évvel ezelőtt elhunyt rendőrtisztre, Charlie Morris-ra. Mulder arra a következtetésre jut, hogy Michelle Charlie Morris reinkarnációja és most bosszút áll azokon, akik felelősek a haláláért.

Mulder és Scully Dr. Ronald Surnow mérnök halálának ügyében folytat vizsgálatot, akinek kollégái, Dr. Keats és Dr. Nolette elmondják, hogy negyedik társuk, Arthur Gamble, nem sokkal ezelőtt autóbalesetben halt meg. Kihallgatják a labor értelmi fogyatékos takarítófiúját, Roland Fullert, aki a baleset időpontjában az épületben tartózkodott. Megtalálják Gamble mélyhűtött és még funkcióképes agyát. Megdöbbenve veszik tudomásul, hogy Arthur Gamble és Roland Fuller egypetéjű ikrek. Mulder feltételezi, hogy az ikerpár között valamiféle mentális kapcsolat áll fenn és Gamble a túlvilágról üzeneteket küld testvérének.

Mulder rejtélyes tippet kap egy férfira vonatkozóan, akit a rendőrség hiába próbált elfogni egy autós üldözés során. Az illetőt meglőtték, belezuhant egy tóba és az órákig tartó mentőakció ellenére sem találták meg holttestét. Mulder felfedezi, hogy valaki a gyanúsított kocsiját ábrázoló fényképet kicserélte egy másik autó képével. Az igazi jármű Dr. Berube tulajdona, akinek holttestét megtalálják. A rendőrség sikertelenül lezárja a vízbe esett férfi tetemének keresését és elhagyja a helyszínt. Ekkor az üldözött férfi kiemelkedik a vízből, nyakán kopoltyúszerű kinövésekkel, melyek lehetővé tették számára, hogy végig a felszín alatt várakozzon.