События продолжаются после шокирующего финала 10 сезона. Малдер и Скалли узнают, что они не единственные, кто отчаянно ищет своего давно потерянного сына, Уильяма. Судьба всего мира может зависеть от этого.

Старый друг обращается к Малдеру и Скалли, казалось бы, невозможным способом, открывая страшную тайну.

Поток смертей, в которых жертвы страдали от собственных двойников, приводит Малдера и Скалли к паре близнецов, играющих в опасную игру.

Исследуя идею эффекта Манделы, в которой большие группы людей помнят альтернативную историю, Малдер и Скалли узнают, как, возможно, могли возникнуть "Секретные материалы".

Когда пара девочек-подростков нападают друг на друга, каждая из которых считает другую монстром, Малдер и Скалли обнаруживают, что их расследование может привести к их давно потерянному сыну, Уильяму.

Скиннер выходит из себя, когда события из его прошлого возвращаются и преследуют его. Когда Малдер и Скалли пытаются найти его, их растущее недоверие к нему достигает своего пика.

В мире постоянно растущей автоматизации и искусственного интеллекта, Малдер и Скалли оказываются мишенями в смертельной игре в кошки-мышки.

Малдер и Скалли расследуют жестокое нападение животного на маленького мальчика в Коннектикуте, подозревая, что в этом могут быть замешаны темные силы.

Расследуя кражу человеческих органов, Малдер и Скалли раскрывают таинственный культ, использующий жуткие ритуалы.

Малдер и Скалли стремятся найти сбежавшего Уильяма, в то время как Курильщик готов привести в действие свой окончательный план.