Scully viene ricoverata in ospedale dopo un attacco causato da una visione del futuro che coinvolge William, il figlio avuto qualche anno prima insieme a Mulder. Mulder si propone di investigare, incrociando inavvertitamente percorsi con ex membri del Consorzio, il signor Y e Erika Price, la cui missione è colonizzare l'universo. Walter Skinner viene avvicinato da Monica Reyes e dall'uomo che fuma, che gli offre protezione contro il virus alieno in suo possesso, ma Skinner sembra interessato solo ad aiutare Mulder e Scully. L'uomo che fuma rivela di aver generato William abbinando il suo DNA a quello alieno, e ingravidando Scully.

Mulder e Scully vengono contattati, attraverso lo smartphone di Mulder, dalla coscienza virtuale di Richard Langly, che fa parte di una simulazione dell'NSA progettata per prendere vita quando i partecipanti muoiono. Langly chiede ai suoi amici di porre termine al programma di simulazione, perché al suo interno le entità sono diventate dei veri e propri schiavi digitali al servizio dell'NSA. Mulder scopre che la responsabile del progetto è Erika Price. Mulder cerca di guadagnare un po 'di tempo con le guardie che sono a protezione del progetto, in modo da permettere a Scully di spegnere i server della simulazione. In seguito i due agenti tornano sul luogo accompagnati da una squadra dell'FBI incaricata di svolgere delle indagini sulla questione, ma non troveranno che delle stanze vuote e nessuna traccia delle apparecchiature. Nel finale, i 2 agenti sono nuovamente contattati dalla coscienza di Langly che li prega di eliminare il backup del programma che l' NSA è riuscito a fare prima che Scully spegnesse i server.

Indagando su una serie di omicidi, che sembrano essere stati compiuti dai sosia delle vittime, Mulder e Scully fanno conoscenza di due fratelli: uno (Chucky Poundstone) è il secondino del carcere dove si è consumato l'ultimo omicidio, l'altra (Judy) è una donna ricoverata in un ospedale psichiatrico. Questi giocano telepaticamente a l'impiccato coi nomi delle vittime che, da quel momento, cominciano ad essere perseguitati dai loro sosia (in realtà proiezioni psichiche generate dalle superiori capacità mentali dei fratelli) finché, una volta completato il nome, vengono uccise. Messi alle strette, i due fratelli giocano coi nomi di Scully e Mulder, ma finiscono per litigare così cominciano a giocare coi loro stessi nomi, uccidendosi a vicenda.

Nel parcheggio dell FBI Mulder e Scully vengono avvicinati da Reggie Something, un loro collega che li informa di alcuni esperimenti di oblio collettivo indotto, iniziati negli anni 70 da parte del governo USA e condotti dal Dr. Lui (They in lingua originale). Questi avrebbero lo scopo di eliminare, dalla mente di grandi masse di persone, episodi che il governo riteneva imbarazzanti o, comunque, segreti. Fra questi, il ritrovamento di un alieno su Grenada immediatamente prima dell'operazione Urgent Fury del 1983. Lo stesso Reggie dice di aver collaborato da sempre con Mulder e Scully ma, a causa di questo oblio indotto, i due non si ricorderebbero niente. Mulder viene contattato dal Dr. Lui che nega tutto, nonostante ammetta di aver da sempre lavorato su progetti simili. Reggie viene scoperto essere un dipendente del governo recentemente ricoverato per esaurimento nervoso, per cui viene creduto pazzo e portato via da un'ambulanza. Alla vista dei dottori che portano via il paziente Skinner chiede a Mulder e Scully dove stiano portando Reggie, lasciandoli, quindi, con nuovi dubbi riguardo le sue dichiarazioni.

Dana e Fox sono convocati dal vice-direttore Kersh in merito alla sparizione di Skinner. Indagando i 2 (che temono che il loro superiore si sia alleato con l'uomo che fuma) arrivano in una sperduta cittadina dove vivono alcuni ex commilitoni di Walter ai tempi della guerra del Vietnam. Uno di questi, Kitten, era stato esposto ad un gas sperimentale, diventando un sanguinario soldato. Dopo tremendi esperimenti all'esposizione al gas, continuati anche dopo il congedo, muore in un ospedale psichiatrico. Il figlio, Davei James è deciso a vendicare il padre, attirando in trappole vietcong disseminate nel bosco, tutti quelli che crede responsabili della pazzia del padre, fra cui Skinner. Mulder e Scully salvano Skinner, che gli conferma la sua lealtà nei confronti delle loro indagini (causa che non gli ha permesso di fare carriera all'interno dell' FBI).

In a world of ever-increasing automation and artificial intelligence, Mulder and Scully find themselves targets in a deadly game of cat-and-mouse.

Nel Connecticut un bambino muore, inseguendo, nel bosco, una persona travestita da personaggio dei cartoni animati. Sebbene sembri un omicidio da parte di un maniaco, l'autopsia rivela che le cause della morte sembrano dovute all'attacco di un lupo. Indagando Mulder scopre che il bosco fu teatro di una brutale caccia alle streghe nel XVI secolo, e che gli spiriti maligni che ancora aleggiano nella zona, sono stati richiamati da una strega moderna (compreso il Cerbero che si crede abbia ucciso il bambino). I morti cominciano ad aumentare, Mulder e Scully trovano la strega proprio mentre sta spontaneamente bruciando, mettendo fine all'ondata di violenza.

Indagando su un traffico d'organi, Mulder & Scully si imbattono in una setta al cui comando c'è Barbara Beaumont, attrice di 85 anni che però ne dimostra 30. L'attrice si mantiene giovane bevendo sangue e mangiando organi che, gli adepti della sua setta, gli offrono. A questo si aggiunge un parente di una adepta che cerca vendetta per il rapimento della sorella.

L'episodio si apre ripercorrendo la storia di Jackson Van De Kamp aka William, il figlio di Scully, nato da un esperimento portato avanti dall'uomo che fuma: questo, oltre a tutta una serie di super poteri, possiede la capacità di salvare l'umanità dalla pandemia aliena, di cui Scully ha avuto avvisaglie in sogno. Kersh intima a Skinner di radiare Mulder e Scully, a causa di alcune dichiarazioni rilasciate a Tad O'Malley circa l'epidemia. I 2, in realtà, sono alla ricerca del figlio: sviato da Monica, Mulder arriva ad una base militare in cui è tenuta una navicella aliena. A capo della base vi è Mr. Y, che viene ucciso da Mulder. Rintracciato nuovamente William, Mulder assiste anche all'esplosione dei corpi di Erika Price e dei suoi uomini da parte di William. Skinner e Scully raggiungono Mulder in una fabbrica dove sta inseguendo William che, per non essere raggiunto, si trasforma in Mulder. Skinner uccide Reyes, ma è investito dall'Uomo che fuma rimanendo, apparentemente, anche lui ucciso. L'Uomo che fuma spara a Mulder (William in realtà) che cade in acqua, ma il vero Mulder sopraggiunge e spara a l'Uomo che fuma, uccidendolo. Distrutto per il fatto di aver perso suo figlio, Scully dichiara a Mulder di essere nuovamente incinta, questa volta veramente di Mulder. Nella scena finale si vede William che riappare vivo dalle acque.