Mulder ügynök ismét felkeresi Scullyt, mert egy különleges ügyre bukkant. Sveta olyan fiatal lány, akit saját bevallása szerint többször elraboltak a földönkívüliek. A hasa tájékán több mintavételi nyom látható, de Sveta ködös emlékeiben az él, hogy mesterségesen megtermékenyítették, majd kivették belőle a magzatot. Noha törölték az emlékeit, Sveta esküdni mer, hogy nem földönkívüliek, hanem emberek tették ezt vele. Ugyanekkor Ted O'Malley oknyomozó tévériporter a kormány és a hatalom titkait készül leleplezni, mígnem nyom nélkül eltűnik, Sveta pedig nyilvánosan cáfolja mindazt, amit addig állított.

Scully sosem tudja elfelejteni kisfiát, és azt, ami történt vele. Szeretné megtalálni a felelősöket. Egy kutató öngyilkossága kapcsán Scully és Mulder eljutnak egy kórházba, ahol csupa születési rendellenességgel született gyermekkel találkoznak. Scully és Mulder arra gyanakszanak, hogy valaki kísérletezik a magzatokkal.

Egy pár gyilkosság áldozatára bukkan az erdőben. Ugyanakkor a bokrok közül egy emberméretű, pikkelyes, gyíkszerű élőlény rohan feléjük, majd eltűnik az erdőben. Scullyt és Muldert hívják a rejtélyes gyilkossághoz, mert a szemtanúk beszámolója szerint ismeretlen földi élőlényt keresnek. Mulder elindul egy szálon abban a motelban, ahol laknak.

Egy hajléktalanokat kilakoltató tisztviselőt brutálisan meggyilkolnak, szabály szerint széttépik. A nyomozók szerint ember nem képes ilyet tenni. További hasonló gyilkosságok történnek, Scully anyja az intenzívre kerül, ezért ő kezdetben nem vesz részt a nyomozásban. Ám amikor anyja meghal, úgy érzi, dolgoznia kell.

Öngyilkos merényletet hajt végre két muszlim fiatal. Egyikük, rettenetes állapotban, de életben marad. A fiú nem tud beszélni, de Scully és Mulder mindent elkövetnek, hogy kiderítsék, kik állnak a merénylet mögött. Az FBI két másik ügynököt is ráállít az ügyre. Einstein különleges ügynök egyáltalán nem fogékony a megmagyarázhatatlan dolgokra. Mulder ráveszi, hogy hallucinogén gombát szerezzen neki, hogy így kapcsolatba léphessen Shirazzal egy másik dimenzióban. Miller pedig Scullynak segít, hogy EEG segítségével válaszokra leljenek.

Pillanatok alatt szörnyű járvány terjed a világon. Először a katonák betegszenek meg a lépfene vírustól. Mivel az emberiség immunrendszere összeomlik, a korábban kapott vakcinák megbetegítik őket annak a vírusnak a kórokozójával, ami ellen kapták. Scully szerint egy mód van arra, hogy ellenszert készítsenek: a vérében lévő idegen DNS. Einstein nem hisz neki, de mindenben a segítségére van. Előkerül egy arc a múltból. Reyes ügynök felfedi a titkot Scully előtt.