Mulder i Skuli udružuju snage ponovo, nakon što im pristupi medijski tajkun sa novim dokazima o zavjeri, uskoro upoznaju $vetu koja tvrdi da je otimaju vanzemaljci, Mulder uskoro saznaje da je sve laž i da iza otmica vanzemaljaca stoje ljudi koji imaju vanzemaljsku tehnologiju.

Mutacije i razne genetske bolesti koje pogađaju djecu odvode Muldera i Skuli do genetske laboratorije pod vodstvom misterioznog doktora, Mulder upoznaje Kajla koji ima nadnaravne sposobnosti i koji traži sestru zvanu Moli, uskoro Kajl pronalazi Moli a njihovo udruživanje potiče katastrofu.

Dok se Mulder dosađuje u svojoj kancelariji pregledavajući stare slučajeve, upada Skuli i upoznaje ga sa novim slučajem, gdje nepoznati ubica ostavlja leševe za sobom.Mulder i Skuli uskoro upoznaju šejpšiftera koji se mjenja iz guštera u čovjeka i obratno.Dok traje potraga za gušterolikim čudovištem Mulder spoznaje da Čudovište i nije čudovište već sasvim bezazlen lik, dok je pravi ubica još napolju.

Mulder i Skuli istražuju misteriozne smrti i ubicu koji svoje žrtve kida u djelove i postaje urbana legenda među beskućnicima koji ga nazivaju đubretar, istragu nakratko prekida poziv gdje Skuli saznaje da joj je majka u bolnici.Mulder istražuje misteriju đubretara i saznaje da je ubica nekako povezan sa anonimnim kiparom koji ih navodi na put prema urbanoj legendi koja nanovo ubija svoje žrtve.

Mulder i Skuli istražuju teroristički napad, zajedno sa agentima Ajnštajn i Milerom, istraga ih vodi do preživjelog teroriste gdje posebnim metodama pokušavaju da saznaju što više od umirućeg teroriste koji je u komi.Mulder uzima psiho supstancu u pokušaju da komunicira sa teroristom u komi.

Agent Mulder je nestao i niko nema pojma gdje je.Skuli saznaje da počinje globalna epidemija raznih bolesti i saznaje da su u to umješane vlade mnogih zemalja kojima manipuliraju tajne organizacije koje posjeduju vanzemaljsku tehnologiju.Agenti Skuli, Ajnštajn i Miler pokušavaju da pronađu lijek, kao i agenta Muldera.Bolesti sve više uzimaju maha i čini se da je kraj svijeta neminovan.