La Dra. Scully recibe la misión de vigilar las actividades del Agente Fox Mulder y decidir si su trabajo tiene valor para el FBI. El la lleva para investigar el asesinato de varios compañeros de clase de una escuela secundaria en Oregon quienes el cree han sido parte de un experimento hecho por extraterrestres.

Mulder y Scully se dirigen a la Base Aerea Ellens en Idaho, a pesar de las advertencias de gente poderosa y misteriosa. La investigación se inicia con la desaparición de un piloto de pruebas y conduce a una posible implicación de militares que posiblemente estan experimentando con OVNIs.

La hija adolescente de una mujer que dice haber visto un OVNI cuando niña, ha desaparecido cuando estaba en un campamento. Las sospechas indican que hay extraterrestres involucrados. Pero la clave para resolver el misterio podría ser el hijo de esta mujer en vez de la desaparecida hija.

El descubrimiento de un cuerpo humano canibalizado en New Jersey State Park envia a Mulder y Scully a Atlantic City. A pesar de en cubrimientos policiales obvios, Mulder continua su investigación de lo que podria ser un vínculo faltante en la evolución humana. Mientras tanto, Scully va a la fiesta de cumpleaños de su ahijado, que la conduce a reflexionar acerca de sus planes sociales futuros.

Cuando dos cadaveres muy inusuales aparecen en Philadelphia, Mulder y Scully son requeridos para que los investiguen. La investigación conduce a una secretaria cuyo jefe recientemente se suicidó y una fuerza extraña parece protegerla.

Investigando la electrocutación del CEO de una compañia de computadoras, el antiguo compañero de Mulder pide ayuda para este caso. Con el consejo de Garganta Profunda, Mulder y Scully deben detener al asesino, todo mientras peleándose entre el departamento de defensa y el edificio mismo.

Cuando la última transmisión de el Proyecto Nuclear Polo Artico es la de un científico desquiciado diciendo “No somos quienes somos,” Mulder y Scully se hacen parte de un equipo de investigación que es enviado al lugar en Alaska. Cuando llegan, descubren que el descubrimiento de un parásito extraterrestre podría significar peligro para ellos tambien.

Despues que el lanzamiento de un transbordador espacial es abortado y se encuentra evidencia de un sabotaje bizarro, un trabajador de la NASA le pide a Mulder y Scully que se den una vuelta. Mientras tanto, el ex-astronauta que esta a cargo de la misión esta aparentemente embrujado por algo que encontró durante una caminata espacial en una misión previa.

Mulder pone en riesgo el futuro de los Expedientes X cuando se dirige al lugar donde se ha estrellado un ovni que rápidamente es cubierto por los militares.

Cuando dos padres en lados diferentes del país son inexplicablemente asesinados de la misma forma en el mismo momento, Mulder y Scully son avisados para investigarlo. Cuando descubren que las hijas de ambos son gemelas idénticas de ocho años, se dan cuenta de que ocurre algo aún más extraño.

Una antigua novia de Oxford de Mulder le pide que la ayude en un caso internacional que involucra la muerte inexplicable de varios dignatarios británicos y encuentran a un asesino que puede producir fuego con sus propias manos.

Scully tiene un acercamiento con los fenómenos paranormales cuando su padre recién fallecido se le aparece en una visión. Mientras, Mulder se vuelve escéptico cuando un condenado a muerte al que ayudó a enviar a prisión dice poder ver el futuro y le ofrece a los agentes llevarlos hasta un asesino en serie.

Mulder y Scully investigan una serie de asesinatos donde el sospechoso parece ser tanto hombre como mujer. Su investigación los lleva a un pequeño pueblo en Steveston (Massachusetts), donde un grupo de menonitas llamado Kindred ha establecido un asentamiento en los bosques.

Cuando el agente especial Jack Willis recibe un disparo durante el robo de un banco, la agente Scully intenta por todos los medios salvarle la vida mientras el ladrón del banco, Warren Dupre, muere en el hospital. Después, el agente Willis comienza a mostrar un raro comportamiento parecido al de Dupre.

Mulder se convierte en el objetivo de alguien de su pasado, John Barnett, un asesino y ladrón de joyerías que Mulder envió a prisión al poco tiempo de entrar al FBI. El único problema es que Barnett murió hace cuatro años.

Mulder y Scully reciben información de Garganta Profunda sobre un ovni que fue derribado en Irak y ha sido transportado en secreto a los Estados Unidos.

Un joven que tiene el poder de curar a la gente con sólo tocarla, comienza a cuestionar su don cuando la gente comienza a morir después de que supuestamente los haya curado.

Mulder y Scully viajan a una reserva de Nativos Americanos para investigar la muerte de un nativo que fue confundido por un animal salvaje y tal vez sea el legendario Manitou, un hombre que puede convertirse en una bestia.

Cuando un grupo de leñadores del Bosque Nacional del Estado de Washington desaparece de la misma forma que desapareció otro grupo hace 50 años. Mulder y Scully acuden a investigarlo y terminan atrapados en una cabaña rodeados de insectos sumamente peligrosos que sólo atacan en la más absoluta oscuridad.

Eugene Tooms, detenido por Mulder y Scully (capítulo Squeeze (1x03)), es liberado del instituto mental y Mulder se involucra personalmente para asegurarse de que sea atrapado antes de conseguir el último hígado humano que necesita para una hibernación de otros 30 años.

Después de que un detective y su antiguo compañero mueran en circunstancias inexplicables, se sospecha que los incidentes están relacionados con una niña que presenció ambas muertes y que Mulder cree que tal vez sea la reencarnación de un policía asesinado por sus colegas.

Cuando ocurre una serie de asesinatos en un grupo de científicos que trabajan en tecnología de propulsión avanzada, Mulder y Scully son enviados a investigar. Toda la evidencia parece apuntar al portero Roland, que sufre un retraso mental.

Siguiendo un escueto dato de Garganta Profunda, Mulder y Scully descubren un proyecto secreto del Gobierno bajo el nombre en clave "Control de Pureza", y encuentran a los sujetos de prueba del proyecto. Mulder es secuestrado y Scully tiene que acudir a Garganta Profunda para rescatarlo. Al final, el informante muere para salvar a Mulder y los Expedientes X son cancelados.