オレゴン州の森で若い女性の変死体が発見された。腰に奇妙な斑点が残っていた他は、これといった外傷はない。続いて第2、第3の死体が発見された。彼らは皆、同じ高校のクラスメートだった。FBIで、通常の捜査で解決できなかった事件“X-ファイル”を専門に担当するモルダー捜査官と、新たに着任したスカリー捜査官がこの奇妙な事件を捜査することになり、現場へと向かった。二人は死体解剖のため、3人目の死者の葬られた墓を掘り起こす。しかしそこから出てきたのは、人間ではなく異様な生物の死体であった。しかもその鼻孔には地球上には存在しない材質の金属片が埋め込まれていた。

メリーランド州ボルチモアのオフィスビルの密室で殺人事件が発生する。被害者は肝臓を素手で抉り取られていた。程なく青年ユジーン・トゥームズが容疑者として逮捕される。1903年から30年おきに全く同種の事件が発生していることを調べたモルダーは、ユジーンが冬眠を繰り返しながら100年以上生きているミュータントで、再び冬眠に入るために人間の肝臓を狙っていると推測する。最初の事件の発生の地であり、ユジーンの生家である廃屋のマンションを探索したモルダーは、古紙で造られた「巣」を発見し確信を深める。しかしユジーンの脅威はスカリーにも迫っていた。

UFO飛来で有名な、アイオワのオカポジー湖で少女が行方不明になった。そして過去のX-ファイルには、少女の母親の名前がこの湖でのUFO目撃者として記録されていた。彼女の家を訪ねたモルダーとスカリーは、少女の弟がテレビのノイズ画面を見ながら、紙に0と1の数字を黙々と書き取る姿を発見した。彼は、テレビから姉のメッセージを受け取っているのだという。捜査の途中、少女の遊び仲間が現れ、失踪の夜少女はボーイフレンドに逢う予定だったと告げる。そして、その男も行方不明になっていた。不審に思ったふたりはふたたび湖へと向かい、この男の死体を発見する。

ニュージャージー州のアトランティック・シティで、人間の歯形がついたホームレスの死体が発見された。モルダーは過去のX-ファイルをひもとき、1947年にもこの地域で同様の事件が起きていたことを知る。200年以上も前からニュージャージー州に伝わる伝説の野人、ジャージー・デビルの仕業なのか？聞き込み捜査を開始したモルダーは、他にもこの野人を目撃したという証言を複数得る。観光都市のイメージダウンを嫌う地元警察による妨害に遭いながら、モルダーはホームレス居住区で張り込みを敢行、ついに、裸同然で素早く走る野人の姿を確認する。しかも、その野人は女だった。

フィラデルフィアでキャッシュ・ディスペンサーを利用しようとした女性が暴漢に襲われた。やがて犯人は路上で死体となって発見されたが、外傷ひとつ無いのに内部から首の骨を砕かれているという不思議な死に方をしていた。捜査を開始したモルダーとスカリーは、キャッシュ・ディスペンサーの防犯カメラに映っていた映像を調べた結果、被害者の女性と犯人以外の、別の人間の人影が横切っているのを発見する。そして、この女性のまわりには、他にもいろいろと不思議な現象が起こっていることが判明し、モルダーは超常現象による事件だと確信する。

バージニア州のハイテク高層ビルで、新任の会長が感電死した。完全な密室での出来事で、手がかりが全くないため、担当捜査官はモルダーに協力を要請してきた。現場を検証したモルダーとスカリーは、そのビルが、コンピューターによる極めて高度な集中管理システムを採用していることを知る。このシステムの開発者である天才科学者で、最近解任されたばかりの前会長を重要参考人として聴取したふたりは、このコンピューターの人工知能が、予想を遥かに越える性能であることを知らされる。事実、このコンピューターはすでに自分の意志を持ち、暴走を始めていたのである。

アラスカの研究所で科学者たちが互いに殺し合い、全員が死亡するという事件が起きた。モルダーとスカリーは真相を解明するために、他の科学者たちと現地へ急行。そこには、死んだ科学者たちが採取した25万年前のアイスコアのサンプルと、一匹の犬だけが生き残っていた。まもなく、この犬に噛まれたパイロットが暴れ出し、死亡した。体内からは不気味な幼虫のような生物が摘出された。地球外生命体の可能性があるこの生物が、研究者たちの死亡の原因であることが明らかになり、これを確保しようとするモルダーと、撲滅を主張するスカリーは口論の末互いに銃を向け合った。

スペースシャトル打ち上げが土壇場で中止された2週間後、NASAの女性職員がモルダーに接触してきた。今回の中止には不審な点があり、次回の打ち上げにも不安がつきまとっているという。モルダーとスカリーはヒューストンの宇宙センターに行き、打ち上げの指揮を執るベルト中佐に会う。彼はこの女性職員が言うような不安材料は全くないと言い切るが、スカリーは中佐が何かを知っているような予感を抱く。この中佐は、かつてジェミニ8号で宇宙遊泳した際に、“何か”に遭遇した経験を持っていた。以来彼は、その遭遇の記憶を消し去ることができずに苦しんでいたのである。

ウィスコンシン州で、深夜、山中に巨大な火の玉が出現。駆けつけた森林警備隊員が何者かに襲われ死亡した。同時刻、空軍の宇宙監視センターのレーダーが未確認飛行物体をとらえた。物体は山中に落下した模様。軍は事件を隠蔽するが、現場で回収作業をする兵士たちが謎の存在に襲われていく。調査に向かうモルダーは軍により拘束されそこでUFOによる誘拐経験者のマックスと知り合う。マックスは再び異星人に誘拐されると逃亡するが異星人を捕らえるため軍にも追われる。モルダーはマックスを助けようとするがその眼前でマックスは異星人に誘拐される。

3000マイルも離れたコネチカット州とカリフォルニア州で、同じ日の同じ時刻に、同じ手口の殺人事件が起きた。しかも、このふたりの被害者には、年齢も同じで顔もうりふたつの娘がいたのである。事件の関連性を調査するモルダーとスカリーは、このふたりの少女が体外受精児であり、この受精に関わった女医が遺伝子実験を行っていたことを突き止める。また、ディープ・スロートがもたらした情報によると、アメリカ政府は冷戦時代「リッチフィールド計画」なる極秘プロジェクトを進行させていたらしい。最強の兵士をつくるために、優性遺伝子をかけ合わせる実験を行っていたのだ。

モルダーはスコットランドヤードからやってきた女性刑事から、不可解な放火事件の捜査への協力を依頼された。彼女はオックスフォード時代のモルダーの恋人で、ふたりの親しげな様子にスカリーは興ざめ状態。同じ頃、事件の放火犯から犯行予告を受け取っていた貴族が、英国からボストン郊外に引っ越してきた。しかも、その放火犯は管理人としてこの貴族の家に住み込むことに成功していた。彼は、自分の体から炎を自然発火させることができる不思議な能力を持っていた。ある日、ホテルで行われたパーティーにこの貴族が出席した際に、放火犯は子どもたちがいる部屋に火を放った。

スカリーの父親が急死した。悲しみをこらえ、仕事に取り組むスカリーが新たに直面した事件は、連続誘拐事件。犯人のこれまでの手口から、早く救出しないと被害者が殺害されるのは明白だった。そこへ、死刑執行を1週間後に控えたボックスという死刑囚から、自分の持つ豊能力によって誘拐犯の居場所を教えるとの連絡が入る。彼は、それと引き替えに死刑の中止を要求してきたのだ。ふたりは半信半疑でボックスと面会する。モルダーはこの死刑囚の言葉を真っ向から否定するが、スカリーは、ボックスが両親の結婚式に流れた父の好きな歌を口ずさんだため、この男を無視することができなくなった。

女性と一緒にホテルにチェックインした男が死体で発見された。女性の身元を探るべく防犯カメラの映像を調べると退室したのは男の姿だった。さらに被害者の体から、通常の何百倍もの濃度のフェロモンが検出、事件は超常現象の匂いを漂わせ始める。モルダーとスカリーは、現場に残されていた粘土をヒントに、現代文明を拒絶し、郊外で集団生活を営む宗教団体の集落を訪れる。表向きには友好的だった教徒たちだったが、夜になると納屋の奥で不思議な儀式が催され、不気味さは否が応でも高まってくる。そして儀式の最中、死んだ男が女として生き返るのをモルダーは目撃した。“Gender Bender”は自動車追突事故の加害者の俗称（フェンダーを曲げるので）“Fender Bender”をもじったもので日本語で「おかまを掘る」と言われる通り性的な仄めかしも読み取れる。クライチェック役のニコラス・リーが端役で出演。この回での演技が評価され、後にクライチェック役に抜擢される。

銀行強盗逮捕のため、密告情報を得たスカリーはかつての同僚ウィリス捜査官とともに張り込んだ。撃ち合いの結果、強盗のデュプリは死亡、ウィリスは瀕死の重傷を負って病院へと運ばれる。まもなく息を引き取ったウィリスに、スカリーは電気ショックによる蘇生措置を施した。奇跡的に息を吹き返したウィリスだったが、となりのベッドにいたデュプリの霊魂が憑依してしまう。やがて捜査の現場に戻ってきたウィリス（＝デュプリ）は、スカリーを伴い、デュプリの妻であり強盗の共犯者であるルーラを逮捕しに向かう。そこでウィリスが銃を向けたのは、ルーラではなく、スカリーだった。

かつてモルダーが検挙し、4年前に獄死したはずの連続殺人犯バーネットから、復讐を誓う挑戦状が届いた。筆跡鑑定の結果、間違いなく本人の字であり、しかも48時間以内に書かれたものであった。バーネットの消息を追ううちに、モルダーは刑務所で遺伝子操作の実験をしていた医師の存在を突き止める。この医師は、早老症の治療を研究するうちに、人間を若返らせることに成功したのだという。そして、その実験台にバーネットが使われたのであった。復讐に燃えるバーネットは、モルダーの元の同僚を殺害し、今度はスカリーを標的に選んでいた。モルダーは一計を案じる。

ローン・ガンメン初登場エピソード。E.B.Eとは地球外生命体（Extraterrestrial Biological Entity）のこと。軍がUFOを撃墜する。現場近くに出くわしたトラック運転手が何か知っているとにらんだモルダーは行動を開始した。宇宙人にまつわる陰謀の核心に触れたエピソード。イラク上空に出現したUFOをイラク空軍が撃墜。NATOが回収した残骸と異星人を、米軍がトラックで移送しているらしい。情報を得たモルダーとスカリーは、トラックの運転手に接触するが、何の情報も得られない。積み荷の行方を追うモルダーに、ディープ・スロートが新たなUFO飛来の情報と写真をもたらした。しかし、スカリーの冷静な分析で、その写真は偽物であることが判明モルダーはディープ・スロートに偽の情報を流した意図を説明しろと迫る。異星人の存在を裏付ける物的証拠に遭遇する千載一遇のチャンスに巡り会ったモルダーは、とうとう、積み荷の最終目的地へたどり着く。

不治の病を治すといわれ、救世主としてあがめられる少年サミュエルが、最近治療を施した少女が死亡してしまった。この出来事にショックを受けたサミュエルが姿を消す一方で、かねてからサミュエル一派に反感を抱いていた保安官が、彼らを殺人罪で告訴しようと、モルダーらに捜査を依頼する。やがてサミュエルは逮捕されるが、モルダーは彼が自分の妹サマンサのことを言い当てたことに驚き、サミュエルの力は本物だと確信する。法廷では無罪になったサミュエルだが、彼の治療を受けに来た車椅子の少女に手をかざしたとたん、またもや少女が死亡してしまい、再び留置されてしまった。

モンタナ州のインディアンに伝わる伝説の獣「マニトゥ」が甦る。モンタナの牧場で家畜の殺害事件が多発していた。ある夜、見回りしていた牧場主が襲いかかる獣を射殺。ところが死体はインディアンの青年のものだった。捜査を開始したモルダーは、現場で奇妙な足跡と抜け殻のようなものを発見。スカリーも遺体の青年の犬歯が異常に発達しているのを発見した。モルダーは今回の事件が、1946年、当時のフーバーFBI長官によって作成された、X-ファイル第1号事件に酷似していることに気づいた。この地域では度々野獣が出てきては人間を襲っているらしい。そして、次の犠牲者が出てしまった。現場にはまたも野獣の爪が落ちていた。劇中、初代FBI長官エドガー・フーバーが関わった「X-ファイル」第1号について言及される。

ワシントン州オリンピック国立公園の山中で、森林伐採の作業員30名が忽然と姿を消した。FBIは、森林伐採に強硬に反対する環境テロリストの仕業とみて、捜査を開始する。捜査を担当したモルダーは早速、スカリーと森林警備隊を連れ現地に向かう。そこでモルダー達は、繭に包まれ干からびた男の死体を発見する。それは作業員の死体であり、樹齢数百年の古木が伐採されたことにより出現した古代虫の仕業だった。

モルダーはユジーンを逮捕することに成功した。だがユジーンは数ヵ月後の再審理で保護観察付きの釈放を言い渡される。自由の身となったユジーンは、冬眠に必要な残りの肝臓を狙い、再び動き出す。そしてモルダーとスカリーは二手に分かれ捜査を続行し、ユジーンを追い詰める。スキナー副長官の初登場エピソード。

ニューヨーク州バッファローの街角で、迷子の少女が保護された。ところが、身元を聞き出そうと質問していた刑事が、取り調べ室の窓を破って転落死。室内にはふたりきりだったはずなのに、少女はもう一人の男がいたという。少女の証言をもとに作成したモンタージュは、かつて同じ警察署に勤め、9年前に殺された刑事にそっくりだった。モルダーたちが、転落死した刑事と似顔絵の刑事の関係を洗っていると、またもや不審な死亡事故が起きた。バスが、ドアにマフラーを挟んだまま走行、首を絞められて男が死んだのである。そして、そのバスの車内には、少女の姿があった。

ジェットエンジンの風洞実験が行われている研究室で、実験中に科学者が死亡した。現場にいたのは、IQ70にも満たない知的障害者の清掃員ローランドのみ。翌日、今度は違う科学者が殺され、数年前に死亡した天才科学者アーサー・グレーブル博士のコンピューター・ファイルが開かれていた。実はアーサーとローランドは双子の兄弟だったのである。アーサーの脳は来るべき脳移植の時代に備え、冷凍保存されていた。アーサーの脳は生きていて、ローランドの体を操り、エンジンの研究と邪魔者の殺人を行っていたのだ。双子は遺伝子の組み合わせが等しいため、霊的な絆が強いと言う。日本の地上波では未放映。

オープニングのスローガンは「TRUST NO ONE（誰も信じるな）」。これは作中のディープ・スロートの遺言。警察と激しいカーチェイスの末、海に飛び込んだ男の傷口からは、緑色の体液が流れていた。男が乗っていた車の持ち主は、ベルービ博士という遺伝子研究の専門家であった。モルダーらは博士を訪ねるが、博士は事実関係を否定した直後に死亡してしまう。スカリーは博士の研究室から押収したフラスコの中身を分析するが、それは地球上には存在しない細菌だった。一方、ベルービ博士の背後関係を洗うモルダーは、とある倉庫にたどり着き、水槽の中で生息する奇妙な人間を発見する。しかし、翌日にはすべての証拠は隠滅されており、ディープ・スロートが政府筋の仕業であることをほのめかす。