Enquanto a agente Scully enfrenta uma possível demissão por parte do FBI, prepara-se uma caçada para encontrar o agente Mulder, que está desaparecido. Scully, a pesar de tudo, tenta descobrir sua localização, convencida de que ainda está vivo.

Mulder retorna enquanto a caçada ainda está em andamento. Guiados por uma velha fotografia de seu pai e um grupo de científicos, os agentes descobrem mais do que podem imaginar em um antigo depósito de West Virginia. A verdade pode ser mortal.

Enquanto o subdiretor Skinner está no hospital, Mulder descobre mais pistas sobre os segredos do governo envolvendo uma entidade alienígena e uma aeronave afundada da segunda guerra mundial. Scully persegue o homem que assassinou sua irmã.