En employant un procédé spécial qui réinjecte une certaine humidité à ses documents, Mulder devrait pouvoir récupérer ses dossiers qui ont été détruits dans l'incendie de son bureau il y a plusieurs mois. Ses supérieurs hiérarchiques du FBI, en particulier le nouveau directeur adjoint, Kersh refuse de croir à la théorie de Mulder, selon laquelle des extra-terrestres seraient en train de conquérir la planète. Mulder veut prouver que Scully a été infectée par un virus d'origine extra-terrestre. Mais Dana lui avoue finalement qu'elle n'a pas réussi à identifier le virus...

Une chaîne de télévision diffuse en direct une chasse à l'homme sur les routes du Nevada. La police poursuit un chauffard qui détient un otage. Le véhicule est finalement stoppé par les forces de l'ordre. L'homme, un dénommé Patrick Crumb, est maîtrisé. Mais lorsque les officiers tentent de porter secours à sa passagère, qui s'avère être l'épouse du conducteur, la tête de celle-ci explose sans qu'un coup de feu ne soit tiré... Fox veut enquêter sur l'affaire sans en référer à ses supérieurs. Dana accepte de le suivre et s'arrange pour assister à l'autopsie...

Mulder se rend au Triangle des Bermudes lorsqu'il apprend que le Queen Anne, un luxueux navire anglais disparu pendant la seconde guerre, est réapparu au large de la mer des Sargasses. Mais, sur place, son bateau a coulé et des marins repêchent son corps inanimé. Après avoir repris ses esprits et des forces, Mulder découvre qu'il a voyagé dans le temps pour se retrouver à l'aube de la seconde guerre mondiale...

Mulder entraîne Scully dans le désert du Nevada afin de rencontrer un indicateur qui travaille dans la zone 51. Ce dernier est supposé leur apporter la preuve que des expériences gouvernementales sont menées avec des technologies extra-terrestres. Mais avant qu'ils ne puissent se rendre sur le lieu de rendez-vous, des officiers de la zone 51 leur barrent le chemin et l'agent Morris Fletcher leur ordonne de quitter les lieux au plus vite. Alors que Scully tente de convaincre Mulder de faire demi-tour, un OVNI apparaît, en émettant une importante vague de chaleur, puis disparaît...

Dana Scully écope de deux semaines de suspension non payée pour avoir franchi sans autorisation les limites d'une zone militaire ultra-secrète, la Zone 51. Pendant ce temps, Fox Mulder qui assume toujours contraint et forcé l'identité de Morris Fletcher, est arrêté par les militaires qui sont à la recherche d'un enregistreur de vol. Cette boîte noire est celle du mystérieux appareil qui s'est crashé au-dessus de la nationale 375...

Le soir du réveillon de Noël, Fox Mulder est assis dans sa voiture, devant l'entrée d'un manoir abandonné. Il attend Dana Scully, à qui il a demandé de venir le rejoindre. Mulder prétend guetter les anciens occupants du manoir, décédés la nuit de Noël 1917. Une époque, rappelle Mulder, de souffrance et de désespoir...

Wayne et Laura Weinsider vont bientôt avoir un enfant. Mais l'examen prénatal révèle que leur bébé est atteint d'une étrange malformation de la colonne vertébrale et du crane. Une nuit, Laura fait un horrible cauchemar : un démon la ligote et lui vole son enfant. A son réveil, la jeune femme constate avec horreur que quelqu'un lui a effectivement pris son bébé... Le shérif de la ville, qui n'est autre que le frère de Laura, alerte Spender, l'agent local du FBI. Le rapport finit à la poubelle dans les minutes qui suivent...

À Kroner, au Kansas, aucune averse n'est annoncée dans un futur proche. Pourtant, à la suite d'une dispute avec sa fiancée Sheila, Daryl Mootz prend sa voiture, se retrouve sous une averse de grêle et perd le contrôle de son véhicule. Six mois plus tard, Mulder et Scully se rendent à Kroner afin d'enquêter sur un homme, surnommé le «Roi de la Pluie» et prétendant pouvoir contrôler la météo...

Skinner est conduit aux urgences après un entraînement de boxe. Le malheureux a été complétement sonné lors d'un combat. Le médecin de garde lui préconise de changer de sport et le laisse quitter l'hôpital... Quelques heures plus tard, Skinner est victime d'un second malaise dans son bureau. Il semble qu'il a été empoisonné. Un mystérieux interlocuteur téléphonique lui annonce qu'il n'a plus que 24 heures à vivre. Fox reconstitue l'emploi du temps de Skinner. Il découvre qu'il a rencontré un célèbre biologique le matin-même...

Relégués à des tâches subalternes, Scully et Mulder s'ennuient à longueur de journées. Pourtant, un matin, le directeur-adjoint Kersh appelle Dana et lui propose d'effectuer une mission spéciale en compagnie de l'agent Peyton Ritter. Il s'agit d'enquêter sur un certain Alfred Felling, un photographe de la police dont le comportement intrigue le FBI...

Un dépôt ferroviaire à Arlington, Virginie. Le Dr Openshaw pénètre dans un wagon de chemin de fer transformé en bloc opératoire. Il rend visite à Cassandra, une femme qui a subi avec succès plusieurs interventions. Soudain, un «homme sans visage» surgit à la porte du wagon. Muni d'un lance-flammes, il extermine toute l'équipe médicale. Seule Cassandra est épargnée... Le directeur Skinner et l'agent Spender se rendent sur les lieux du drame. Spender est bouleversé. En effet, Cassandra n'est autre que sa mère, mystérieusement enlevée voilà près d'un an. Reprenant peu à peu conscience, Cassandra demande à parler à l'agent Mulder...

Scully et Mulder s'introduisent dans leur ancien bureau afin d'en savoir plus sur la famille Spender. Ils découvrent que l'homme à la cigarette, que le fichier central connaît sous le nom de CGB Spender, n'est autre que le père de l'agent Spender et donc le mari de Cassandra. Mulder sait depuis des années que CGB est la tête des conspirateurs, ces humains qui ont choisi de s'allier avec les extraterrestres. Les aveux de Cassandra lui permettent désormais de prendre toute la mesure du complot qui menace l'existence de la population terrestre...

Arthur Dales, retraité du FBI, convainc Scully et Mulder de le rejoindre en Floride. Tandis qu'un ouragan menace la région, le vieil homme prétend qu'un animal sorti des profondeurs marines aurait déjà massacré une famille entière, les Shipley. Les deux agents se rendent dans la maison des victimes supposées. L'endroit est effectivement désert. Excédée par les «délires» de son partenaire, Scully veut prendre le premier avion pour Washington. Mais l'ouragan en décide autrement...

C'est lundi matin. Pour Mulder, la semaine commence très mal. Son matelas d'eau s'est crevé pendant la nuit ! Son appartement est inondé. Son radio-réveil ne fonctionne plus. Il est en retard pour sa réunion. L'agent arrive enfin au bureau. La réunion a déjà commencé. Mulder raconte sa mésaventure à Scully et file à la banque la plus proche. Tandis que le «malchanceux» fait la queue au guichet, un jeune marginal nommé Bernard pénètre dans la banque avec la ferme intention de réaliser le braquage du siècle...

Mulder et Scully forment un beau couple. Se faisant passer pour Rob et Laura Petri, ils emménagent dans la résidence «Falls of Arcadia», une communauté très fermée où les règles de vie sont strictement surveillées. Les deux agents enquêtent sur l'étrange disparition de plusieurs habitants des lieux. A peine arrivés, les deux fédéraux reçoivent l'aide de tous leurs voisins afin de terminer leur déménagement avant 18 heures...

Los Angeles. Deux marins d'un cargo chinois en provenance de Hong Kong, le Tien Kou, sont retrouvés morts dans la soute. Selon la police, les deux victimes auraient tenté d'ouvrir un conteneur renfermant un animal particulièrement dangereux. Le propriétaire du contenu, un certain Detweiler, semble beaucoup plus affecté par la disparition de son animal qui a été répertorié comme un chien au départ de Hong Kong, que par le décès des deux Chinois...

Une violente tornade s'approche d'un pénitencier du Mississippi. Coupable d'avoir agressé l'un de ses camarades de détention, Pinker Rawls est conduit de force au «mitard», une cabane de bois construite au milieu de la cour. La tornade détruit tout sur son passage. Le «mitard» vole en éclats. Rawls est déclaré mort bien que les gardiens ne parviennent pas à retrouver son corps. Le responsable de la prison, lui non plus, n'a pas survécu aux éléments déchaînés. Le malheureux a été coupé en deux par un mystérieux agresseur...

Mulder et Scully enquêtent sur un meurtre d'un genre totalement inédit. Le cœur de la victime a disparu mais la police n'a révélé aucune trace d'incision, aucune empreinte. Mulder penche pour la thèse de la chirurgie mentale. Scully veut du concret. Quelques jours plus tard, un nouveau meurtre est signalé. Fox se rend immédiatement sur les lieux...

Mulder passe son samedi après-midi au bureau, plongé dans la lecture des journaux de l'année 1947. Dans un article consacré au base-ball, Fox apprend que son vieil ami Arthur Dales, le précurseur des affaires classées du FBI, était policier à Roswell. Mulder se présente au domicile d'Arthur Dales. Il tombe nez à nez avec un inconnu qui prétend être le frère de l'ancien agent du FBI...

Les trois bandits solitaires sont à Las Vegas pour affaires. Ils tentent d'assister à une convention des industriels de l'armement. Se faisant passer pour un responsable d'une société d'équipements aéronautiques, Byers a réussi à s'introduire dans une partie privée de poker. Son subterfuge est rapidement découvert par Grant Ellis, l'un des joueurs. Byers est évacué manu militari...

Deux squelettes étrangement enlacés viennent d'être retrouvés dans la région de la Montagne Brune, en Caroline du Nord. Les premières expertises médicales prouvent qu'il s'agirait des restes de Wallace et Angela Schiff, un couple qui a disparu voilà moins d'une semaine. C'en est assez pour intéresser Mulder et Scully...

Sur une plage de Côte d'Ivoire, le scientifique Solomon Merkmallen découvre, fiché dans un rocher, un fragment d'une tablette métallique sur laquelle sont inscrits des symboles ésotériques. De retour à son bureau, il rapproche sa découverte d'un autre fragment, en tout point similaire. Soudain, animé d'une fulgurante énergie, l'objet, projeté dans les airs, va se ficher dans une bible...

Scully étudie une photographie du vaisseau spatial extraterrestre découvert dans une baie de Côte d'Ivoire. Le métal comporte des idéogrammes Navajo semblables à ceux inscrits sur les autres artefacts concernant la Genèse humaine. Scully réfléchit au moyen de guérir les maux de tête de Mulder, désormais interné dans un hôpital psychiatrique...

Mulder souffre toujours de délires chroniques à l'hôpital : il rêve que l'Homme à la Cigarette vient le guérir et lui annonce qu'il est son père. Pendant ce temps, Kritschgau veut obliger Scully à lui accorder un accès total à ses recherches sur le vaisseau spatial extraterrestre...

En Californie, un jeune homme affamé veut se faire servir, dans un fast-food, le Lucky Boy. Bien que le fast-food soit fermé, le jeune homme insiste. Il finit par sortir de sa voiture et est happé par un monstre. Mulder et Scully arrivent trois jours plus tard sur les lieux. Ils ont retrouvé le cadavre du client dans un bassin, avec un badge du Lucky Boy. Un des employés du fast-food, Derwood Spinks, n'a plus son badge. En recherchant des preuves, les agents découvrent que le cerveau de la victime a été légèrement modifié...

Mulder et Scully enquêtent sur des profanations de tombes et des exhumations de corps somme toutes banales dans l'état de Floride. Cependant, le profanateur pourrait bien être un des membres du groupe Millennium connu pour sa pratique religieuse et ésotérique et qui aurait le pouvoir de transformer tout homme en zombie.Aidés par un ancien membre,il tentent d'élucider cette singulière affaire...

Un policier a été sauvagement assommé alors qu'il faisait sa ronde dans les bois.Tony, un jeune adolescent de 16 ans, est vite présumé coupable de ce meurtre, mais il refuse d'avouer qu'il était accompagné de deux de ses amis sur les lieux, dont un jeune adolescent rebelle qui aurait le don de se déplacer plus vite que la lumière, et qui pourrait ainsi tuer à sa guise sans que personne ne le voit...

Chicago, Illinois. Un groupe de gangsters auquel appartient Joseph Cutrona, joue au poker dans une salle privée. Un homme, connu sous le nom de Henry Weems, se démarque des autres : même s'il semble totalement stupide, il réussit à battre les quatre rois de Joseph Cutrona et gagne plus de cent mille dollars. Bien décidé à lui faire payer sa trop grande chance, Joseph Cutrona envoie trois hommes, Angelo, Sal et Lou, s'occuper d'Henry. Ils montent sur les toits et poussent Henry dans le vide. Miraculeusement, après avoir descendu plus de trente étages, Henry réussi à s'agripper et échappe de peu à une mort certaine...

Mulder et Scully se rendent dans le pénitencier de Marion, dans l'Illinois, car plusieurs détenus se sont fait la belle, avec l'aide d'un prêtre... Scully se sent tout particulièrement affectée par cette affaire, car Donnie Pfaster, l'un des fugitifs, un nécro-fétichiste condamné à perpétuité pour crimes sexuels sadiques, a tenté d'abuser d'elle cinq ans plus tôt...

Mulder et Scully se rendent à Los Angeles pour enquêter sur la mort mystérieuse d'un magicien, Maleeni, dont la tête s'est détachée du corps. Parmi ses tours les plus spectaculaires, Maleeni était capable de faire un tour complet avec sa tête, tour qu'il avait d'ailleurs réalisé le soir de sa mort et qui fut filmé par un spectateur...

Les agents enquêtent lorsqu'un homme appartenant à une église, utilisant des serpents venimeux pour tester la droiture de ses adeptes, meurt après avoir été mordu plusieurs fois par des serpents...

Bud LaPierre vit avec sa femme Billie et leur fille Amber Lynn à Sacramento, en Californie. Un soir, alors qu'il regarde la télévision, Bud entend un bruit suspect dans la maison. En inspectant les chambres, il surprend sa femme en train d'écrire une demande de rançon. Déconcerté, il s'inquiète pour sa fille qui pourtant dort sagement. Mais une fois sorti de la chambre, la porte claque brusquement, l'empêchant de rentrer dans la pièce. Lorsqu'il réussit à la rouvrir, Amber Lynn a mystérieusement disparu...

Mulder, Scully et Skinner ont arrêté un tueur en série, Ed Truelove, après avoir découvert plusieurs tombes d'enfants dans les bois près de sa maison. Une expertise médico-légale minutieuse révèle que ni Amber Lynn , ni la sœur de Mulder ne font partie des victimes...

A Los Angeles, le shérif-adjoint Keith Wetzel est filmé par l'équipe de la série télévisée C.O.P.S, lors d'une intervention dans le quartier de Willow Park, où un "monstre" semble rôder. De retour chez lui, Wetzel entend des bruits derrière sa maison et part se réfugier dans sa voiture avec l'équipe. Mais le véhicule est retourné par une force invisible. Venu enquêter, Mulder songe à un loup-garou...

Les inventeurs d'un nouveau jeu vidéo en décor réel se trouvent confrontés à des morts de joueurs bien véridiques, provoquées par une tueuse virtuelle et parasite. Mulder et Scully sont alors appelés sur l'enquête sur demande des Lone Gunmen, qui participent financièrement au projet de l'entreprise FPS. Mulder, fan de ce type de jeux vidéo, doit alors intervenir en live et se retrouve projeté dans le décor du jeu afin d'affronter Maitreya, la créature féminine parasite.

Dans une petite ville de Californie, le Dr Robert Wieder vient d'être nommé Docteur de l'année. De retour chez lui, il retrouve sa famille : sa femme, Nan, sa fille de 16 ans, Lucy, et le père de Nan, le Dr Irving Thalbro. Alors qu'il s'apprête à aller dormir, le Dr Thalbro remarque un visage formé par de la terre, sur ses draps. Ne sachant quoi faire, il secoue ses draps. Il sent alors une présence dans sa chambre. Il se retrouve face à un homme étrange avec des cicatrices effrayantes...

Une famille américaine, dont le fils, Jason, est atteint d'un grave cancer, refuse que son enfant soit soigné par conviction religieuse. Or, l'enfant se remet miraculeusement et affirme que ce sont des anges qui sont venus le guérir, une nuit, dans son lit. Scully et Mulder se saisissent alors de ce dossier. L'homme à la cigarette interpelle Scully et lui révèle qu'elle est en train de mourir...

Dans une ville apparemment tranquille, une jeune femme a été victime de l'agression d'une créature ressemblant à un corbeau. Les agents Mulder et Scully sont à la recherche d'une mystérieuse femme qui serait la dernière personne à avoir vu six prostituées peu de temps avant leur disparition. Ils sont aussitôt saisis de cette affaire...

Tandis que Scully attend les résultats d'une autopsie, Mulder enquête sur le phénomène des "crop circles" : des traces circulaires observées dans des champs en Angleterre. A l'hôpital, l'agent Scully reconnaît par hasard l'un des patients : il s'agit du docteur Waterston, une ancienne liaison. Celui-ci lui confie ne s'être jamais remis de leur rupture... En sortant de l'hôpital, au volant de sa voiture, une femme évite à Scully une collision avec un camion. Plus tard, Colleen Azur, une jeune femme rencontrée par hasard à l'hôpital, transmet à Scully les documents concernant les "crop circles", ceux-là même que recherchait Mulder...

En Caroline du Nord, Skinner a pour mission de veiller sur le Dr Jim Scobie et sa femme Joan. Jim est retrouvé mort, le corps ravagé par des insectes. Skinner demande de l'aide aux agents Mulder et Scully. Il leur apprend que Jim Scobie travaillait en tant que biochimiste dans une firme de tabac, l'entreprise Morley...

Lors d'une réunion dans les bureaux du FBI, Mulder, Scully et Skinner discutent d'une affaire : une bombe a explosé dans la crypte de l'église du cardinal O'Fallon, un homme pressenti pour devenir le premier pape américain. Un réalisateur de cinéma assiste à la réunion et prend des notes. Wayne Fetterman, un vieil ami de Skinner, est en effet en train de travailler sur un film traitant du FBI ; il veut juste quelques tuyaux pour son scénario...

A Kansas City, deux sœurs missionnaires qui ont l'air d'être jumelles frappent à la porte d'une maison. L'habitante, Betty Templeton, leur répond qu'elle vient juste d'emménager et referme aussitôt sa porte. Les jumelles se présentent à une autre maison dont l'habitante, qui ressemble comme deux gouttes d'eau à Betty, annonce également qu'elle vient d'emménager et leur claque la porte au nez. Les deux femmes commencent alors à se battre, pour une raison inexplicable...

Mulder et Scully font la connaissance de Jay, propriétaire de garages à louer dont la bouche à littéralement disparu. Lors de sa rencontre avec les deux agents, il leur explique que sa mésaventure lui est arrivée alors qu'il faisait des remontrances à l'un de ses employés, Anson, qui a souhaité ne plus jamais l'entendre parler. Après quelques recherches, Mulder en vient à la conclusion qu'une Jinniyah, un esprit ou démon féminin du folklore du Moyen Orient plus connu sous le nom de génie, est responsable de ces dégâts...

Sept ans après leur rencontre, Mulder et Scully repartent en Oregon, sur les lieux de leur première enquête, et mènent une investigation sur les disparitions étranges d'anciens abductés. Ils se mettent ainsi dans une situation peu confortable, refusant de plier aux avertissements de leur hiérarchie, qui menace de fermer le bureau des affaires non classées pour son activité trop onéreuse...

Après un terrible cauchemar dans lequel elle a rêvé de Mulder, Scully rejoint les bureaux du FBI. A son arrivée, des agents sont en train de fouiller le bureau de son partenaire. Kersh, qui vient d'être promu directeur, a lancé une véritable chasse à l'homme pour retrouver Mulder. Scully et Skinner apprennent que John Doggett, un agent spécial du FBI, est chargé de mener cette enquête. Entre Scully et Dogett, le courant passe mal : Il ne veut pas entendre parler de leurs théories sur les extraterrestres. De plus elle pense que Doggett l'a mise sous surveillance...

Alors que Doggett tient en joue Mulder, celui-ci se jette volontairement dans le vide du haut d'une falaise. Mais en s'écrasant sur le sol, le corps de Mulder disparaît. Pour Scully, ce n'était pas Mulder mais un "bounty hunter" c'est à dire une personne capable de se transformer en quelqu'un d'autre. Le but de cet individu est de kidnapper Gibson, un enfant capable de lire dans la pensée des autres. Scully pense que cet enfant peut lui apporter des réponses sur le sort de Mulder et lui permettre de le retrouver...

Une série de meurtres étranges vient d'avoir lieu dans une petite ville de l'Idaho, et Scully et Doggett s'y rendent pour mener leur première enquête. Il semblerait qu'une créature, mi-humaine, se jette sur ses victimes qui succombent ensuite à leurs morsures... Les deux agents passent au peigne fin la maison de la dernière victime. Après avoir relevé les empreintes, ils trouvent deux doigts humains, ainsi que d'énormes traces de griffes...

Dans la région désertique de Juab County, dans l'Utah, un auto-stoppeur, Hank Gulatarski, monte à bord d'un bus. Mais peu de temps après, le bus s'arrête et tous les passagers en descendent. Alors qu'il les suit, marchant dans le désert, Hank assiste à une scène d'horreur : sans raison particulière, plusieurs passagers du bus s'en prennent alors à un jeune handicapé et le battent à mort. Quelques temps plus tard, Scully est appelée pour effectuer l'autopsie du jeune homme. Mais une fois sur place, elle se trouve piégée dans le désert...

En 1990, un petit garçon de dix ans, Billy, disparaît alors qu'il jouait dans l'aire de jeux de son école. Lisa, sa mère, n'a pas vu ce qui s'est passé. Dix ans plus tard, Lisa a eu un autre petit garçon, Josh. Un jour, en allant le chercher à l'école, elle est frappée de stupeur en trouvant Billy à l'endroit exact où il avait disparu. Le plus étrange est que le garçon n'a pas vieilli...

Martin Wells se réveille en prison, avec quelques blessures fraîchement suturées sur son visage. Un gardien entre dans sa cellule et le conduit dans un corridor, où il est bientôt entouré par d'autres officiers de la sécurité. Martin, complètement désorienté, reconnaît John Doggett et le supplie de lui expliquer ce qui se passe... Martin est ensuite escorté jusqu'à une camionnette, entourée par une horde de reporters. Il reconnaît alors un autre visage familier : celui d'Al Cawdrey, son beau-père. En un instant, celui-ci sort son revolver et lui tire dessus. Martin s'effondre et peu de temps avant de rendre le dernier souffle, il regarde la montre de l'agent Scully et remarque alors que les aiguilles s'arrêtent, puis qu'elles se mettent à tourner à l'envers...

Doggett et Skinner enquêtent à Pittsburgh, où un massacre a eu lieu. La maison renfermait une secte mise sous surveillance dans le cadre d'une affaire de trafic de drogue. Vingt membres du culte religieux sont retrouvés morts, tous tués d'une blessure au front. Cependant, leur gourou, Anthony Tipet, a disparu. Les corps de Jim Leeds et Angus Stedman, les deux agents chargés de la surveillance, sont également découverts avec la même blessure à la tête...

Carlton Chase se trouve dans une rue à Worcester et cherche désespérément à joindre quelqu'un d'un téléphone public, mais personne ne décroche. Une ombre se dresse devant lui. Il cherche à lui échapper et se rue dans une station de police. Hystérique, il cherche à se saisir de l'arme d'un officier, mais il est rapidement maîtrisé et emmené dans une cellule. Soudain, sa tête explose. Le lendemain matin Scully examine la cellule aux rayons x et détermine que le coup qui a abattu Chase venait de deux étages plus haut. Comment le tueur a pu réussir un coup aussi chanceux ?

Nora Pearce a perdu son mari, Ray, pendant la guerre du Golfe. Elle pense qu'il est mort des suites d'une exposition à un produit chimique inconnu et se confie à Curtis Delario, un ami de son défunt époux. Mais, lorsque ce dernier rentre chez lui en voiture, il a une apparition de Ray debout au milieu de la route...

De retour d'un voyage en Inde, un américain, Hugh Potocki, est retrouvé mort dans une chambre d'hôtel aux Etats-Unis. Sur place, Scully et Doggett enquêtent et remarquent l'empreinte d'un doigt minuscule près d'une flaque de sang. Le plus étrange réside dans l'autopsie pratiquée par Scully : celle-ci révèle que le décès remonte entre 24 et 36h, certifiant que Potocki est mort en Inde...

Doggett se rend à Squamash, en Pennsylvanie, afin d'enquêter sur un rapport déclarant que Mulder a été aperçu dans la demeure de Paul et Marie Hangemuhl. Quelques mois plus tôt, Mulder avait interrogé Marie dans le cadre d'une affaire. Dans la maison des Hangemuhl, Doggett découvre trois impacts de balles replâtrés dans les murs. Curieuse coïncidence : il trouve un revolver dans lequel il manque trois balles dans l'appartement de Mulder.

Dans le métro de Boston, dans le Massachusetts, un policier en civil tente d'appréhender un gangster. Tous deux se retrouvent face à face, seuls à bord du métro en marche. Mais soudain, le train fait une halte inopinée, en proie à une panne de courant. Plus tard, le policier est retrouvé mort, le corps lacéré à certains endroits...

Au FBI, Doggett présente Duffy Haskell à Scully. L'homme prétend que sa femme, Kath, victime de nombreux enlèvements par les extraterrestres, a été assassinée par les médecins après avoir donné naissance à leur enfant, probablement d'origine extraterrestre. Il semblerait que Kath ait vécu la même histoire que Scully : elle a également contracté un cancer, puis a été guérie...

Dans la région isolée d'Helena, Richie Szalay remarque un OVNI dans le ciel et tente de le suivre en voiture. C'est alors que l'OVNI dépose une personne à terre avant de disparaître. Témoin de la scène, Richie part à la rencontre de celle-ci et découvre une femme nue, qui se révèle être Teresa Hoese, une jeune femme, enlevée la nuit précédant la disparition de Mulder...

L'agent John Dogett est relevé des se fonctions au sein du service des affaires non-classées, trois mois à peine après l'enterrement de Mulder. Mais ce qui est arrivé à Mulder est remis en cause par la découverte du corps de Billy Miles, en état de décomposition. Cette découverte pousse Dogett à exhumer le corps de Mulder. Krycek réapparaît alors soudain, et propose à Skinner de lui fournir le vaccin pour sauver la vie de Fox...

Un homme entre dans la Maison Blanche et se fait mystérieusement tirer dessus tandis qu'il crie qu'il doit avertir le Président que les extra-terrestres vont envahir les Etats-Unis et après avoir remis une disquette portant la mention : "combattre le futur"... Mulder se lance dans l'enquête. Il découvre que la mention portée sur la disquette est un code...

A la Nouvelle Orléans, Jeb Dukes est témoin d'un accident de voiture à la sortie de son travail. Suite à la collision, un des véhicules explose. Un homme en flamme en descend très calmement et se dirige vers Jeb, puis, une fois à sa hauteur, disparaît, comme absorbé par le corps de Jeb. Mais quelques heures plus tard, Jeb se rend armé d'un revolver dans le bâtiment où il travaille, tire sur son supérieur, Gary Garber et sur la responsable des ressources humaines, Roberta Toews...

Une plate-forme pétrolière dans le Nouveau-Mexique est la cible d'une série de meurtres. Mulder ayant été démis de ses fonctions, c'est Dogett que Kersh envoie sur les lieux afin d'enquêter. Mais Dogett réalise très vite que Mulder s'est déjà lancé dans l'affaire. Mulder pense que ces meurtres sont liés à l'huile noire extraterrestre. Ils s'aperçoivent vite tous les deux que tous les membres de l'équipage sont déjà touchés par le virus...

Scully est en congé maternité. Mulder ayant été officiellement démis de ses fonctions au sein des affaires non-classés, Dogett se voit attribuer un nouveau partenaire : l'agent Leyla Harrison, une ancienne du service comptable qui a toujours voulu travailler aux affaires non-classées. Ils enquêtent sur un meurtre dont le suspect pourrait bien être une créature d'origine paranormale...

La mère de Scully souhaite engager une nurse avant l'arrivée du bébé. Mais celle qu'elle a choisie a un comportement bien étrange. Pendant ce temps, Billy Miles, l'adolescent qui avait été enlevé à la même période que Mulder, s'attaque à un laboratoire spécialisé en recherche génétique. Mulder et Doggett tentent de l'arrêter mais Billy est doté d'une force surhumaine...

Monica Reyes est chargée de protéger Scully et le bébé à naître. Elle l'emmène se cacher dans une ville fantôme. Mulder, Dogett et Skinner se demandent pourquoi Billy Miles cherche à récupérer le bébé de Scully. Krycek pense que la nouvelle race alien est destinée à repeupler la terre. Les extraterrestres finissent par retrouver Scully...