Baltimore. Carl Wormus, un expert en eau, aborde une jolie brune dans un bar. La jeune femme lui propose de le suivre. Soudain, c'est l'accident : elle fonce sur un pont basculant et le véhicule tombe dans le fleuve Pottomac. Sous l'eau, l'homme réussit à détacher sa ceinture de sécurité mais une main l'empêche de remonter à la surface...

Scully assiste officieusement Doggett et Reyes pour découvrir les secrets de la contamination de l'eau. Leur enquête les mène à un vaisseau de la marine marchande, où ont lieu de très étranges expériences...

L'agent Dogget surveille le domicile d'Erwin Lukesh, un meurtrier psychopathe. L'individu est soupçonné de trancher la langue de ses victimes. Reyes sert d'appât devant la boîte aux lettres de Lukesh, celle de l'appartement 4-D. Mais Lukesh, repérant la police, s'engouffre dans la cage d'escalier. Reyes le poursuit avant d'être égorgée. Dogget parvient à appréhender l'assassin quand celui-ci disparaît brutalement...

Des inscriptions identiques à celles qu'avaient découvertes autrefois Mulder et Scully dans un vaisseau spatial en Afrique, sont retrouvées près du corps inconscient d'un motard. Poursuivi par des policiers pour avoir illégalement traversé la frontière entre le Dakota et le Canada, il a terminé sa course dans un ravin. Le FBI enquête, sans en informer le service des affaires non classées...

Au Canada, Zeke Josepho, un ancien officier de l'armée américaine, travaille à déterrer le vaisseau spatial... Pendant ce temps, au quartier général du FBI, Brad Follmer briefe une équipe sur l'enlèvement du bébé de Scully. Il révèle que Doggett est dans le coma. L'agent Comer sur lequel a tiré Scully, est, lui aussi, entre la vie et la mort à l'hôpital...

Dans un immeuble, l'agent Doggett découvre le cadavre d'une femme dissimulée derrière un mur en plâtre. Lors de l'autopsie effectuée par Scully, un étudiant prénommé Hayes lui fait remarquer qu'une victime trouvée deux semaines auparavant a été tuée de la même manière. Doggett et Reyes se lancent alors sur la piste d'un certain Regali. Ce dernier aurait un lien avec le meurtre de Luke, le fils de John.