Après un terrible cauchemar dans lequel elle a rêvé de Mulder, Scully rejoint les bureaux du FBI. A son arrivée, des agents sont en train de fouiller le bureau de son partenaire. Kersh, qui vient d'être promu directeur, a lancé une véritable chasse à l'homme pour retrouver Mulder. Scully et Skinner apprennent que John Doggett, un agent spécial du FBI, est chargé de mener cette enquête. Entre Scully et Dogett, le courant passe mal : Il ne veut pas entendre parler de leurs théories sur les extraterrestres. De plus elle pense que Doggett l'a mise sous surveillance...

Alors que Doggett tient en joue Mulder, celui-ci se jette volontairement dans le vide du haut d'une falaise. Mais en s'écrasant sur le sol, le corps de Mulder disparaît. Pour Scully, ce n'était pas Mulder mais un "bounty hunter" c'est à dire une personne capable de se transformer en quelqu'un d'autre. Le but de cet individu est de kidnapper Gibson, un enfant capable de lire dans la pensée des autres. Scully pense que cet enfant peut lui apporter des réponses sur le sort de Mulder et lui permettre de le retrouver...

Une série de meurtres étranges vient d'avoir lieu dans une petite ville de l'Idaho, et Scully et Doggett s'y rendent pour mener leur première enquête. Il semblerait qu'une créature, mi-humaine, se jette sur ses victimes qui succombent ensuite à leurs morsures... Les deux agents passent au peigne fin la maison de la dernière victime. Après avoir relevé les empreintes, ils trouvent deux doigts humains, ainsi que d'énormes traces de griffes...

Dans la région désertique de Juab County, dans l'Utah, un auto-stoppeur, Hank Gulatarski, monte à bord d'un bus. Mais peu de temps après, le bus s'arrête et tous les passagers en descendent. Alors qu'il les suit, marchant dans le désert, Hank assiste à une scène d'horreur : sans raison particulière, plusieurs passagers du bus s'en prennent alors à un jeune handicapé et le battent à mort. Quelques temps plus tard, Scully est appelée pour effectuer l'autopsie du jeune homme. Mais une fois sur place, elle se trouve piégée dans le désert...

En 1990, un petit garçon de dix ans, Billy, disparaît alors qu'il jouait dans l'aire de jeux de son école. Lisa, sa mère, n'a pas vu ce qui s'est passé. Dix ans plus tard, Lisa a eu un autre petit garçon, Josh. Un jour, en allant le chercher à l'école, elle est frappée de stupeur en trouvant Billy à l'endroit exact où il avait disparu. Le plus étrange est que le garçon n'a pas vieilli...

Martin Wells se réveille en prison, avec quelques blessures fraîchement suturées sur son visage. Un gardien entre dans sa cellule et le conduit dans un corridor, où il est bientôt entouré par d'autres officiers de la sécurité. Martin, complètement désorienté, reconnaît John Doggett et le supplie de lui expliquer ce qui se passe... Martin est ensuite escorté jusqu'à une camionnette, entourée par une horde de reporters. Il reconnaît alors un autre visage familier : celui d'Al Cawdrey, son beau-père. En un instant, celui-ci sort son revolver et lui tire dessus. Martin s'effondre et peu de temps avant de rendre le dernier souffle, il regarde la montre de l'agent Scully et remarque alors que les aiguilles s'arrêtent, puis qu'elles se mettent à tourner à l'envers...

Doggett et Skinner enquêtent à Pittsburgh, où un massacre a eu lieu. La maison renfermait une secte mise sous surveillance dans le cadre d'une affaire de trafic de drogue. Vingt membres du culte religieux sont retrouvés morts, tous tués d'une blessure au front. Cependant, leur gourou, Anthony Tipet, a disparu. Les corps de Jim Leeds et Angus Stedman, les deux agents chargés de la surveillance, sont également découverts avec la même blessure à la tête...

Carlton Chase se trouve dans une rue à Worcester et cherche désespérément à joindre quelqu'un d'un téléphone public, mais personne ne décroche. Une ombre se dresse devant lui. Il cherche à lui échapper et se rue dans une station de police. Hystérique, il cherche à se saisir de l'arme d'un officier, mais il est rapidement maîtrisé et emmené dans une cellule. Soudain, sa tête explose. Le lendemain matin Scully examine la cellule aux rayons x et détermine que le coup qui a abattu Chase venait de deux étages plus haut. Comment le tueur a pu réussir un coup aussi chanceux ?

Nora Pearce a perdu son mari, Ray, pendant la guerre du Golfe. Elle pense qu'il est mort des suites d'une exposition à un produit chimique inconnu et se confie à Curtis Delario, un ami de son défunt époux. Mais, lorsque ce dernier rentre chez lui en voiture, il a une apparition de Ray debout au milieu de la route...

De retour d'un voyage en Inde, un américain, Hugh Potocki, est retrouvé mort dans une chambre d'hôtel aux Etats-Unis. Sur place, Scully et Doggett enquêtent et remarquent l'empreinte d'un doigt minuscule près d'une flaque de sang. Le plus étrange réside dans l'autopsie pratiquée par Scully : celle-ci révèle que le décès remonte entre 24 et 36h, certifiant que Potocki est mort en Inde...

Doggett se rend à Squamash, en Pennsylvanie, afin d'enquêter sur un rapport déclarant que Mulder a été aperçu dans la demeure de Paul et Marie Hangemuhl. Quelques mois plus tôt, Mulder avait interrogé Marie dans le cadre d'une affaire. Dans la maison des Hangemuhl, Doggett découvre trois impacts de balles replâtrés dans les murs. Curieuse coïncidence : il trouve un revolver dans lequel il manque trois balles dans l'appartement de Mulder.

Dans le métro de Boston, dans le Massachusetts, un policier en civil tente d'appréhender un gangster. Tous deux se retrouvent face à face, seuls à bord du métro en marche. Mais soudain, le train fait une halte inopinée, en proie à une panne de courant. Plus tard, le policier est retrouvé mort, le corps lacéré à certains endroits...

Au FBI, Doggett présente Duffy Haskell à Scully. L'homme prétend que sa femme, Kath, victime de nombreux enlèvements par les extraterrestres, a été assassinée par les médecins après avoir donné naissance à leur enfant, probablement d'origine extraterrestre. Il semblerait que Kath ait vécu la même histoire que Scully : elle a également contracté un cancer, puis a été guérie...

Dans la région isolée d'Helena, Richie Szalay remarque un OVNI dans le ciel et tente de le suivre en voiture. C'est alors que l'OVNI dépose une personne à terre avant de disparaître. Témoin de la scène, Richie part à la rencontre de celle-ci et découvre une femme nue, qui se révèle être Teresa Hoese, une jeune femme, enlevée la nuit précédant la disparition de Mulder...

L'agent John Dogett est relevé des se fonctions au sein du service des affaires non-classées, trois mois à peine après l'enterrement de Mulder. Mais ce qui est arrivé à Mulder est remis en cause par la découverte du corps de Billy Miles, en état de décomposition. Cette découverte pousse Dogett à exhumer le corps de Mulder. Krycek réapparaît alors soudain, et propose à Skinner de lui fournir le vaccin pour sauver la vie de Fox...

Un homme entre dans la Maison Blanche et se fait mystérieusement tirer dessus tandis qu'il crie qu'il doit avertir le Président que les extra-terrestres vont envahir les Etats-Unis et après avoir remis une disquette portant la mention : "combattre le futur"... Mulder se lance dans l'enquête. Il découvre que la mention portée sur la disquette est un code...

A la Nouvelle Orléans, Jeb Dukes est témoin d'un accident de voiture à la sortie de son travail. Suite à la collision, un des véhicules explose. Un homme en flamme en descend très calmement et se dirige vers Jeb, puis, une fois à sa hauteur, disparaît, comme absorbé par le corps de Jeb. Mais quelques heures plus tard, Jeb se rend armé d'un revolver dans le bâtiment où il travaille, tire sur son supérieur, Gary Garber et sur la responsable des ressources humaines, Roberta Toews...

Une plate-forme pétrolière dans le Nouveau-Mexique est la cible d'une série de meurtres. Mulder ayant été démis de ses fonctions, c'est Dogett que Kersh envoie sur les lieux afin d'enquêter. Mais Dogett réalise très vite que Mulder s'est déjà lancé dans l'affaire. Mulder pense que ces meurtres sont liés à l'huile noire extraterrestre. Ils s'aperçoivent vite tous les deux que tous les membres de l'équipage sont déjà touchés par le virus...

Scully est en congé maternité. Mulder ayant été officiellement démis de ses fonctions au sein des affaires non-classés, Dogett se voit attribuer un nouveau partenaire : l'agent Leyla Harrison, une ancienne du service comptable qui a toujours voulu travailler aux affaires non-classées. Ils enquêtent sur un meurtre dont le suspect pourrait bien être une créature d'origine paranormale...

La mère de Scully souhaite engager une nurse avant l'arrivée du bébé. Mais celle qu'elle a choisie a un comportement bien étrange. Pendant ce temps, Billy Miles, l'adolescent qui avait été enlevé à la même période que Mulder, s'attaque à un laboratoire spécialisé en recherche génétique. Mulder et Doggett tentent de l'arrêter mais Billy est doté d'une force surhumaine...

Monica Reyes est chargée de protéger Scully et le bébé à naître. Elle l'emmène se cacher dans une ville fantôme. Mulder, Dogett et Skinner se demandent pourquoi Billy Miles cherche à récupérer le bébé de Scully. Krycek pense que la nouvelle race alien est destinée à repeupler la terre. Les extraterrestres finissent par retrouver Scully...

Baltimore. Carl Wormus, un expert en eau, aborde une jolie brune dans un bar. La jeune femme lui propose de le suivre. Soudain, c'est l'accident : elle fonce sur un pont basculant et le véhicule tombe dans le fleuve Pottomac. Sous l'eau, l'homme réussit à détacher sa ceinture de sécurité mais une main l'empêche de remonter à la surface...

Scully assiste officieusement Doggett et Reyes pour découvrir les secrets de la contamination de l'eau. Leur enquête les mène à un vaisseau de la marine marchande, où ont lieu de très étranges expériences...

Un couple est trouvé mort dans sa cuisine ; il s'agirait d'un double suicide. Rien ne semble étrange. Et rien n'indique un phénomène surnaturel. Si ce n'est le jeu de scrabble sur la table de la cuisine : au centre est composé le mot «daemonicus», qui signifie «satan», «possédé par le démon»... Dogger et Reyes enquêtent... Pendant ce temps, Dana Scully donne des cours de pathologie médico-légale à l'école du FBI de Quantico...

L'agent Dogget surveille le domicile d'Erwin Lukesh, un meurtrier psychopathe. L'individu est soupçonné de trancher la langue de ses victimes. Reyes sert d'appât devant la boîte aux lettres de Lukesh, celle de l'appartement 4-D. Mais Lukesh, repérant la police, s'engouffre dans la cage d'escalier. Reyes le poursuit avant d'être égorgée. Dogget parvient à appréhender l'assassin quand celui-ci disparaît brutalement...

Un adolescent meurt alors qu'il exécute une cascade pour une émission de télévision à sensation diffusée sur une chaîne locale. Mais le médecin légiste est incapable de déterminer la cause de la mort et fait donc appel à Doggett et Monica. Lors de l'examen du corps, ces derniers voient le cadavre s'agiter et des mouches sortir d'un des yeux de l'adolescent défunt !

Scully découvre que Mulder lui a transmis un message via internet. Il y exprime son désir de la revoir. Plus tard, Doggett et Reyes informent Scully que quelqu'un, en possession d'informations concernant le programme des «Super Soldats», a tenté d'entrer en contact avec Mulder, le seul qui serait, selon cette mystérieuse source, capable de découvrir la vérité...

Allongé dans le hall d'un immeuble abandonné, Dogget est réveillé lorsqu'un drogué lui vole une de ses chaussures. S'en suit une poursuite au cours de laquelle Dogget remarque qu'à l'extérieur, tous les écriteaux sont en Espagnol. Il réussit enfin à l'intercepter quand la police survient. Dogget tente d'expliquer qu'il s'agit là de sa chaussure. Reconnaissant l'accent américain, le policier demande à Dogett son passeport, ce qu'il n'a plus sur lui. Aussi, quand l'agent lui demande son nom, il ne s'en souvient plus...

L'agent Reyes explique à Doggett et Scully les détails du meurtre de Victor Dale qui a été retrouvé... sans peau ! Une mutilation qui fut réalisée alors qu'il était encore vivant ! Le défunt avait eu des visions de sa mort, et de celles d'autres personnes pareillement dépouillées. Scully accepte d'aider Reyes, bien qu'elle estime que cette investigation ne relève pas des dossiers «non classés». En enquêtant, Dana découvre un lien avec une autre affaire, qui date des années 60...

Des inscriptions identiques à celles qu'avaient découvertes autrefois Mulder et Scully dans un vaisseau spatial en Afrique, sont retrouvées près du corps inconscient d'un motard. Poursuivi par des policiers pour avoir illégalement traversé la frontière entre le Dakota et le Canada, il a terminé sa course dans un ravin. Le FBI enquête, sans en informer le service des affaires non classées...

Au Canada, Zeke Josepho, un ancien officier de l'armée américaine, travaille à déterrer le vaisseau spatial... Pendant ce temps, au quartier général du FBI, Brad Follmer briefe une équipe sur l'enlèvement du bébé de Scully. Il révèle que Doggett est dans le coma. L'agent Comer sur lequel a tiré Scully, est, lui aussi, entre la vie et la mort à l'hôpital...

Monica Reyes dépose Doggett à son domicile. Sur le chemin du retour, elle est victime d'un accident de la route qui nécessite son hospitalisation. Lorsque le médecin approche une lampe de ses yeux, elle se réveille, mais dans une chambre totalement différente. Elle se trouve seule et l'établissement semble désert...

Surnommé le «tueur au tournevis», Bob Fassel, qui a passé treize ans derrière les barreaux pour avoir tué sept personnes, est innocenté par des tests génétiques. Doggett, qui avait contribué à son arrestation, quand il était policier à Brooklyn, est hors de lui...

Une femme blonde est découverte morte dans les toilettes d'un casino... Monica Reyes demande à Scully si elle adhère à la doctrine selon laquelle l'univers se réduit à une simple équation, la «Théorie du Tout». Scully affiche son scepticisme avant de découvrir que Monica tente de résoudre certains meurtres en ayant recours à la numérologie...

Tommy Conlon, un jeune garçon, entend un mystérieux bruit sous son lit et croit voir un reflet dans le miroir de sa chambre. Son père, ne le croit pas et ferme la porte, laissant son fils hurler à l'aide... A Quantico, l'agent Harrison, du FBI, montre à Scully la photographie d'une femme qui s'est poignardée. Le fils de celle-ci n'est autre Tommy. Il affirme que c'est un monstre qui a tué sa mère...

Sur un luxueux bateau ancré dans les Caraïbes, Morris Fletcher courtise une jeune femme lorsque, soudain, le bruit d'un moteur se fait entendre. Trois Bahamiens montent à bord, enlèvent la fille, et arrosent le pont d'essence. Le yacht explose. Morris est sauvé par des gardes-côtes, qui exigent la présence de Doggett et de Reyes...

Un couple de fermiers s'apprête à adopter un enfant prénommé William... Pendant ce temps, un inconnu, entré par effraction dans le bureau de Dogget, tente de dérober des documents. L'agent du FBI parvient à maîtriser le voleur. Ce dernier, surnommé le Respirateur, prétend alors être une victime de la conspiration des extraterrestres et connaître Mulder...

Dans un immeuble, l'agent Doggett découvre le cadavre d'une femme dissimulée derrière un mur en plâtre. Lors de l'autopsie effectuée par Scully, un étudiant prénommé Hayes lui fait remarquer qu'une victime trouvée deux semaines auparavant a été tuée de la même manière. Doggett et Reyes se lancent alors sur la piste d'un certain Regali. Ce dernier aurait un lien avec le meurtre de Luke, le fils de John.

En Californie, deux jeunes, Blake et Mike, visitent une maison qui, selon Blake, aurait servi de décor pour une série des années 70. Blake tombe nez à nez avec deux personnages de la série...

Mulder arrive en hélicoptère au Mount Weather Complex dans un bâtiment du gouvernement. Alors que tout le monde est guidé vers l'intérieur, Mulder parvient à s'échapper...

Mulder pénètre dans une zone sécurisée. Sur un ordinateur, il découvre une information capitale. Mais avant qu'il ait pu faire quoi que ce soit, Knowle Rohrer le trouve. Les deux hommes se battent. Mulder ne doit son salut qu'à l'intervention de Krycek...

Tad O'Malley, expert des théories du complot, tente de convaincre Mulder et Scully que de nouvelles preuves d'enlèvements par des extra-terrestres ont été cachées. Des années après l’effondrement de leur couple, les anciens agents spéciaux sont donc amenés à retravailler ensemble...

Mulder et Scully tentent de découvrir les raisons du suicide d'un scientifique du département de la Défense. L'homme travaillait pour le Dr Augustus Goldman, un scientifique qui conduisait des expériences génétiques extrêmes, créant ainsi des individus aux capacités hors du commun…

Alors que Mulder s'interroge sur le sens qu'il veut donner à sa vie, un nouveau dossier se présente. Deux témoins affirment avoir vu une créature étrange attaquer violemment un garde-chasse dans les bois. Les autorités locales trouvent trois autres victimes à proximité, dont les corps sont mutilés de la même manière. Parallèlement, Scully doit se rendre en urgence au chevet de sa mère malade.

A Philadelphie, Mulder et Scully partent enquêter sur l'assassinat d'un fonctionnaire. D'après les premiers indices, il semble peu évident que ce crime ait été commis par un être humain. En parallèle, Scully doit faire face à une affaire personnelle : sa mère vient d'être admise dans un hôpital de Washington et elle est dans le coma. Cette situation plonge Scully dans son passé et fait remonter des souvenirs douloureux...

Au Texas, deux hommes se font exploser dans une galerie d'art. L'un survit. Il se trouve dans le coma. Mulder et Scully sont contactés par les agents Miller et Einstein pour enquêter sur ce cas. Ils pensent qu'on peut encore communiquer avec le survivant. Ils se rendent au Texas pour tenter une expérience sur l'esprit du terroriste.

L'enquête menée conjointement par Scully, Mulder et Tad O'Malley a des conséquences plus graves que prévu. Plusieurs personnes tombent gravement malades dans tous les Etats-Unis. Tandis que Scully tente d'en identifier la cause, Mulder se retrouve confronté à l'individu qu'il soupçonne d'être derrière cette affaire.

Scully a sombré dans le coma et son activité cérébrale déconcerte les neurologues. Quand elle reprend conscience, elle prévient Mulder et Skinner : l'Homme à la cigarette est encore en vie, plus influent que jamais, et William pourrait être la clé pour l’arrêter.

Mulder et Scully sont contactés par un double numérique de Richard Langly, mort physiquement depuis 2002. Rapidement, une force militaire armée arrive pour les arrêter et personne, pas même Skinner, ne semble avoir l'autorité de les retenir.

Mulder a vent d'une affaire classée X : une vague de suicides touche une petite ville, et toutes les victimes se sont dites harcelées par leurs doubles. Scully se montre comme toujours sceptique mais intéressée par une femme schizophrène qui semble avoir un lien particulier avec son jumeau, tous deux liés aux morts.

Mulder est contacté par un homme inconnu qui clame connaître la conspiration ultime : il serait possible de manipuler les souvenirs du peuple et le gouvernement aurait réussi à faire en sorte que l'informateur n'existe plus, lui et ses souvenirs. Scully pense que l’inconnu va trop loin dans les théories, Mulder croit à l'effet Mandela, mais l'inconnu a des preuves troublantes.

Deux jeunes femmes se sont retrouvées sur l'épave d'une péniche à la poursuite d'une légende urbaine, mais prises de visions horrifiques, elles ont manqué de s'entretuer. Scully est prise d'une vision étrange au réveil, semblable à celle des deux jeunes femmes, qui connaissent Jackson Van de Kamp, le nom d'adoption de William Mulder.

Walter Skinner a disparu et le directeur Kersh, bien qu’appréciant peu les deux agents, ordonne à Mulder et Scully de le retrouver. Des indices chez leur supérieur les amène à Mud Lick, où vivent plusieurs anciens combattants du bataillon de Skinner pendant la guerre du Viet Nam, dont certains auraient été exposés à un gaz hallucinogène développé par l'armée américaine.

Dans un futur alternatif où les drones gèrent toutes les tâches du quotidien, Mulder et Scully voient peu à peu les choses dérailler pendant une soirée dans un restaurant de sushis.

La mort brutale d'un garçon de 6 ans en forêt amène Mulder et Scully dans le village d'Eastwood au Connecticut. La police est à cran, le père de la victime étant un policier, et si Scully recherche un tueur humain, Mulder s'intéresse au passé de la ville et à la chasse aux sorcières qu'elle a connu.

Alors qu'ils enquêtent sur un trafic d'organes humains dans New York, Mulder et Scully sont confrontés à un culte organisant des rituels macabres.

La course contre la montre est lancée pour Mulder et Scully afin de retrouver sain et sauf William mais L'Homme à la cigarette n'a pas dit son dernier mot et compte bien utiliser tous les moyens pour le retrouver lui aussi ...