３日間で女性2人の遺体がアリゾナ州グレンデールにあるアリゾナの公園で発見された。被害者は20代後半の独身女性で金髪、レイプされた後に心臓を撃たれ、祈りのポーズで遺棄されていた。BAUが現地入りした直後、別の公園で新たな被害者が発見された。今度は人妻で薄茶の髪、胃の中からは他人の前歯が発見された。他の被害者からも頭蓋骨の断片などが見つかったことから、犯人は殺す前、被害者に人肉を食べさせていることが分かる。リードは犯人がメスのカマキリだと妄想しているのではないかと推理するが…。

BAUが逮捕した犯人は誤認逮捕であったと判明した。ウォレス・ハインズだと思って逮捕した人物は彼の一卵性双生児の弟、ジェシー・ジェントリーだった。法律事務所の助手をしているジェシーには事務所の代表、マーク・アンダーソンが弁護につき、FBIを訴えると脅す。BAUが捜査を進めるうち、母のカーラが双子の父親に関する情報を隠そうとしていたことがわかる分かる。実の父親が事件解決のカギになるのか…。ひとつの顔、２つの指紋。ねじれて存在する２つの人生が交錯するとき、悲劇の第二幕が始まる。

JFKがダラスで暗殺されて50年。テキサス州ダラスのオフィス街で乱射事件が発生し、接点のない6名が亡くなった。現地に入ったBAUが捜査を進める中、モールに近い給油所で新たな乱射事件が発生した。一見、無差別に撃たれた事件に見えるが、実は標的がいたと判断したBAUは、両現場の被害者の接点を探る。確実に狙えるのは3人目までだと判断したBAUは3人目の被害者である福祉士のアリスについての調査を開始。アリスのメールを復元したところ給油所での被害者レベッカ・シュローダーの名が見つかった。

カンザス州ウィチタで16歳の高校生、サマンサ・ウィルコックスが恋人といた時に襲われ、誘拐された。犯人は仮釈放中の父親エディだ。「失踪して5時間だ。時間との勝負になる」と言った矢先、ホッチは意識を失って倒れ込み、病院に運ばれる。数年前、連続殺人犯のジョージ“リーパー”フォイエットに刺された傷跡が裂けて体内で出血したのだ。一方、現地に入ったBAUのメンバーがサマンサの母親を訪ね、娘が父親と連絡を取っていたことが判明する。大胆な逃亡劇を仕掛ける父と娘には明るい未来が訪れるのか。

ユタ州プロヴォの峡谷で岩の下に埋められていた女性の遺体が発見された。顔が潰され、両腕に裂傷、ノドにやけどがあり、ローブに着替えさせられていた。被害者は24歳の教員グロリアで、高校卒業後に入った宗教グループから最近抜けていたことが判明。その後、現場の周辺からは22歳のユタ大生アビーの遺体が発見され、さらに、犯罪歴のある男性の遺体が公園で発見された。リードは遺体に刻まれた焼き印と同じデザインが中世の家紋にあることを発見し、犯人は魔女狩りのつもりで天罰を下しているのではと推測する。

ボストンで男性3人の絞殺体が発見された。犯人は絞殺具を用い、夜に襲撃、財布を奪っていたが被害額は大金でなく、カードも使用していない。目撃者はいないが、3人目の被害者スコットは友人との電話中に襲われ、1時間後、遺体で発見された。現地に入ったBAUが捜査を進めるうち、犯人は被害者を監視して、特定のタイプを狙っていたのではないかと思われた。やがて犯人があるビルの住人を監視し、住人に悪影響を与えていた関係者を殺していることが判明する。犯人が被害者を狙う基準は一体何なのか…。

イリノイ州シカゴの食堂で16歳の少年ギャヴィン・ロスラーが発砲し3人を射殺したが、たまたま居合わせた非番の警官に射殺された。向かいの防犯カメラに映っていた映像から、彼は約4年前に起きた未解決失踪事件の当事者だったことが判明。ギャビンギャヴィンを食堂まで送っていった運転手はギャビンギャヴィンの失踪後24時間以内に失踪した17歳の少年トレヴァー・マディソンだと分かり、その後彼は路上で車に立てこもり自爆した。

ワシントンD.C.に35年前から住むジョンソン家の裏庭から2体の白骨死体が発見された。夫チャールズは工務店を経営する模範市民で、妻ティナ、息子ライルの3人家族。発見された白骨は2体とも息子ライルと同年代の女性で、性器が切断され、10年前に埋められていた。DNA検査で１人の身元が判明した。ライルの高校の同級生、メアリーアン・ベックだ。BAUが取り調べ中に、さらに新たな白骨死体が発見され、それは３５年前のものだと分かる。次々と発見される白骨が土の中に葬ったはずの秘密を暴いていく。

セントルイスで10歳のアンディが誘拐された。被害者宅には2週間前から “やっつけてやる”という男の子の声でいたずら電話が何度もあり、誘拐発覚直後には“僕がやったんだよ”という電話がかかってきた。リードは15年前のメンフィスで起こった未解決事件に似ていることに気付く。現地に急いだBAUが15年前の誘拐事件で記録されたテープをアンディの母に聞かせた結果、犯人の声が15年前の電話の声と全く同じ声だということが判明する。過去の世界から犯行を告白する謎の少年が、今夜もベルを鳴らす。

ブレイクの故郷カンザスシティで50歳のモリソンがジョギング中に殴り殺された。1年前に起こった殺人事件と同一犯だと考えたブレイクの父親は、引退した身分だが娘にBAUの捜査協力を要請してきた。地元警察で殺人課の刑事をしているブレイクの弟スコットは２つの殺人事件は無関係だと感じているが、仕方なく協力することに。ブレイクが1年前の事件の第１発見者である犠牲者の父親から真実を聞き出すと、今回の事件との関連性が判明する。引退した老刑事のカンが、かすかな真実のかけらを集め、驚くべき真相へと導く。

2004年、カリフォルニア州FBIサンノゼ支局。ブラック・クイーンの異名を取る指折りのハッカーであるガルシアがFBIに捕まり、ホッチから刑務所かFBIの情報分析官になるかの選択を迫られていた。ガルシアがBAUに入った頃、サム・ラッセルが8件の殺人罪で逮捕された。彼の処刑が2週間後に迫ったある日、司法省とサンノゼ警察がハッキングの被害を受けた。BAUがラッセルの有罪判決を再検証することになり、ガルシアもチームと一緒に現地に向かう。10年を経て明かされる甘く苦い記憶とは？

ロッシのベトナム時代の上官、ハリソン・スコットから“君の親切に感謝を込めて”というメッセージと共に、ロッシの自宅に高価な銃が届けられた。スコットが退役軍人支援施設で立ち直ろうとしている時にすることではないと心配したロッシは、休暇を取ってロサンゼルスに向かう。一方、BAUのチームは大量殺人が発生したクリーブランドへ。犯人は90分間に場所を変え4人を射殺した。被害者は老人を恐喝していたギャング、ひったくり強盗の高校生という犯罪者ばかり。犯罪者をその場で殺し続ける謎の犯人の存在は善か悪か。

JJとクルーズ部長が突然失踪した。BAUのメンバーたちはJJが国務省に異動していた頃、極秘任務に就いていたことを知る。この失踪事件で司法省、国防総省、国務省が大慌てだということは、救出が優先されない可能性があるため、チームがなんとしても2人を救出するしか方法はない。リードとガルシアは国家機密区分情報施設に行き、極秘任務について調べるうち、JJがストラウス部長、クルーズと一緒に、中東にいる写真を発見した。誰も知らなかった空白の過去が埋まるとき、過酷な運命の歯車が回り始める。

ペンシルベニア州ピッツバーグで48時間に2件の殺人事件が発生。被害者たちは絞殺後、下着姿でシャワーカーテンに包まれ、ハイウェーで遺棄されていた。捜索願が出ないような女性たちを狙った犯行で、遺体にレイプの跡はない。捜査を進めるうち、犯人は男女の２人組で何らかの恋愛関係があり、殺人は彼らの前戯ではないかと思われた。BAUの依頼で地元警察が似た手口の未解決事件を探したところ、犯人は夫婦で１９９４年から最低１３人を殺害していたことが判明。そんな中、初めて男性の遺体が発見された。

ミシシッピ州ハッティズバーグでギャビーという名の少女が失踪した。母親のケイトから一人娘のギャビーを預かった従妹のスーが、夜更けの駐車場に車を止め、眠っていたギャビーを車に残して店で買い物をしていた数分の間に、ギャビーは車から姿を消してしまったのだ。現地に飛んだBAUはわずかな隙を狙った犯行であることから、計画的なものだと推理し、統計的に見てケイトの元夫ダグが容疑者として浮かび上がった。無事に救出するには24時間以内に見つける必要がある。少女の命を救う24時間の闘いが始まる。

リードの故郷ラスベガスの乾ききった砂漠で発見された2体の女性水死体。鈍的外傷と手足首に擦過傷があることから、生前、監禁されていたと思われた。ＢＡＵは早速ラスベガスに現地入りする。防犯カメラの映像から１人目の被害者の身元が判明し、一緒にいた男の身元を最優先で調べていた矢先、その男の遺体が街町の中で発見された。そんな中、女性の肺にあった水から被害者は洪水調整用の地下トンネルにいたことが判明。華やいだ雑踏に被害者の最後の叫びはかき消された。命を手玉に取る戦慄のマジックショーが幕を開ける。

ウィスコンシン州ミルウォーキー近くの森で、全身を噛まれて捨てられた男性２人と女性１人の遺体が発見された。犯人はウィルスウイルスを動物から手に入れ、被害者を恐水病に感染させていた。恐水病は、症状が進むと凶暴になって錯乱状態に陥り、発病症すればほぼ、死亡する。ガルシアは国内での感染を調べ、15年前に弟を恐水病で亡くした兄がミルウォーキー在住だと突き止める。そんな時、口を泡で一杯にした女がコーヒー店の客を襲い、徒歩で逃走していると連絡が入る。現場に向かったＢＡＵが発見したのは行方不明者のリズだった。

メイナード・グローヴ精神医療施設に入院しているダリアを訪れたモーガン。1年前に医学生だった彼女は連続殺人犯の元から、ただ１人逃げ延びた女性だった。彼女が裁判で証言できるかどうかを判断する査定に来たモーガンは、強いショックで失った彼女の記憶をひとつずつ呼び覚ましていく…。１年前、ニューヨーク州ハミルトンで、３人の遺体が発見され、３人目の被害者は牧草地でカカシのように張り付けてあった。ＢＡＵは犯人には強迫性障害の共犯者がいると推理していた。そんな時４人目の被害者ダリアが生きて発見された。

ウェストヴァージニア州ホイーリング郊外で有刺鉄線を使った２件の惨殺事件が発生。１人目の被害者リーの容疑者ハワードが２件目の被害者になったことで、ＢＡＵは現地に入り２人の友人と家族を調べることに。現地の警察によると２人は憎み合い、リーはハワード家の全員に対し接近禁止令を求めていたことが判明。調査を進めるうち、ハワード家とリー家の両家は禁酒法の時代から密売ライバルとなり、一族全員を巻き込む抗争を引き起こしていた。対立する２つの家の間で家族が交互に殺されていく。最後に残るのは誰なのか。

メンフィスで４８時間のうちに５９歳のマイケル、２３歳のトレヴァー、２１歳のクリスティの全員3人が深夜に駐車場から拉致された。クリスティの友達人デビーは襲われただけで拉致されなかったため、犯人はブタのマスクをしていてスタンガンを使っていることが分かった。現地に向かったＢＡＵが捜査を進めていくうち、州立大学の“ブタパーティー”が被害者の共通点であることが判明。そんな時、拉致されていたトレヴァーが塩酸を飲まされ、棒状のもので肛門を突き刺されて発見された。真実は仮面の下の悲しい瞳の中に…。

カリフォルニア州ロングビーチ警察の留置場で、３８歳のウェイン・キャンベルが死亡した。彼は手書きの余命宣告を受け取り、誰かに殺されると警察に訴え、わざと逮捕されたのだ。死因はヒ素による毒殺だった。数日前にも同じメッセージを受け取った女性が亡くなり、遺体を掘り起こすとヒ素が検出された。ＢＡＵが現地へ向かう途中に余命宣告を受けた３人目の被害者が発見され、彼の胸には年齢と同じ長さの麻ヒモが置かれていた。犯人の手で区切られた命の期限。いずれ死へ向かう運命の歯車を何故早めようとしたのか。

テキサスで保安官をしているクルーズ部長の友人から相談があり、BAUが捜査を受けることになった。11ヵ月の間に娼婦が２人と客引きが１人、背中を切りつけられたあと後頭部を撃たれて殺された。旋条痕の検査で銃が一致し、同一犯が３人を殺人したことが判明。最初の被害者ルーカスの背中の傷は５本、２人目のハンナは９本、３人目のアビゲイルは９本と数も増え、傷も深くなっていた。BAUが足を踏み入れた町街は、まるで強い磁石のように善と悪が引き寄せあう、いびつな場所だった。そこに待ち受けるのは…。

突然の銃撃戦が始まり、逃走した牧師のミルズはデレクが倒した。リードは首に被弾し、瀕死の状態で病院に運ばれる。クルーズの友人である保安官は犠牲になった。モーガンは保安官を狙った最初の1発目を撃ったのはミルズではなく、現場にいた真犯人だと気付く。さらに保安官を撃ったのは高音を出す警察関係の弾で、モーガンとリードは確かにその音を聞いたと言う。真実を暴こうとするBAUの捜査を阻もうとする地元の保安官補たち。誰が味方で誰が敵なのか、もう誰も信じられない。悪意に満ちたこの町街で捜査は難航する。