La caccia a un killer metodico porta la squadra in Arizona alla ricerca di un soggetto ignoto in costante evoluzione. Nel primo episodio della nona stagione, il team ritiene che Hotch sia in lizza per il posto di nuovo capo dell'unità.

Mentre la squadra stringe il cerchio sul sospettato degli omicidi rituali in Arizona, un singolare collegamento con la famiglia del soggetto ignoto potrebbe condurre il team ad arrestare il sospettato.

Quando un cecchino colpisce Dallas, la squadra indaga per capire se l'imminente anniversario dell'assassinio di Kennedy sia motivo di emulazione o se il criminale sia guidato da un altro intento.

La squadra incontra il nuovo capo di sezione, Mateo Cruz, che, all'insaputa di tutti, ha lavorato a lungo con JJ. Cruz entra nel team mentre nelle strade di Baltimora si dà la caccia a un soggetto che rende le vittime incapaci di comunicare.

Hotch è stato accoltellato da George Foyet, conosciuto come il Mietitore. Le sue condizioni si aggravano e, mentre lotta fra la vita e la morte, ha delle visioni sulla sua ultima moglie, Haley. Intanto, la squadra ricerca una teenager scomparsa.

Quando la squadra indaga sulle vittime di alcuni omicidi rituali nello Utah, gli indizi la portano a credere che il killer possa subire il fascino dei processi alle streghe di Salem. Garcia si prepara a festeggiare la giornata dei morti.

A Boston si verifica una serie di omicidi per strangolamento. La squadra cerca un soggetto ignoto a cui piaccia conservare dei ricordi delle vittime, e il team si chiede se un legame esistente fra i cadaveri possa condurli al colpevole.

Quando dei ragazzini scomparsi vengono sospettati di una serie di omicidi di massa a Chicago, la squadra cerca di scoprire dove si trovino per trovare il movente dei delitti.

Quando nel cortile di una casa in Virginia vengono ritrovati degli scheletri, la squadra concentra l'indagine sulla famiglia che vi abita, scoprendo segreti che affondano le proprie radici nelle antiche divisioni razziali del sud.

Quando un ragazzino sparisce dalla sua casa di St. Louis, la squadra torna a indagare su un vecchio caso irrisolto molto simile per cercare di smascherare il soggetto ignoto.

La squadra è convocata a Kansas City per indagare su una serie di omicidi. Blake rivede suo padre, un capitano di polizia in pensione, e suo fratello, un detective, e l'incontro è carico di tensioni. Dovranno lavorare insieme per risolvere il caso.

Quando la squadra si reca a San Jose per indagare su una serie di delitti, Garcia scava nel suo passato di hacker e risente una vecchia fiamma per aiutare il team con il caso.

Mentre la squadra è alla ricerca di un giustiziere a piede libero a Cleveland, Rossi si preoccupa quando il suo ex sergente della Marina scompare. Pertanto, si dirige verso Los Angeles per trovarlo.

Quando JJ viene rapita, la squadra indaga sul periodo da lei trascorso al Dipartimento di Stato per trovare degli indizi sulla sua scomparsa e scoprire una missione segreta che mette a rischio la sua vita. Il team chiede aiuto a Prentiss.

Quando la squadra indaga su degli omicidi vicino Pittsburgh, il team ricerca una coppia di killer che lavora insieme. Garcia e Morgan parlano dei loro progetti per festeggiare San Valentino con i rispettivi partner.

Quando in Mississippi scompare una bambina di quattro anni che stava da un parente, la squadra scopre delle sorprendenti verità mentre si affanna a trovare la piccola e a portarla a casa sana e salva.

Nel deserto di Las Vegas vengono ritrovati dei corpi affogati misteriosamente, e la squadra cerca di capire la vera causa e il movente degli omicidi.

Mentre la squadra fa il bilancio di un'indagine su degli insoliti accoltellamenti nello Stato di New York, la visita di Morgan a uno dei sopravvissuti agli attacchi potrebbe sollevare ulteriori domande a cui il team non ha ancora fornito risposta.

Quando vengono trovate due vittime in una remota comunità del West Virginia, la squadra svela una lunga faida fra due famiglie e deve capire quale delle due potrebbe essere responsabile delle morti.

Una serie di rapimenti mirati fa sì che la squadra ricerchi dei punti in comune fra gli scomparsi e un movente che conduca al responsabile. Savannah comunica a Morgan la sua frustrazione in merito ai numerosi viaggi che deve affrontare.

Quando in California vengono trovati dei cadaveri avvelenati, delle minacce di morte scritte a mano spingono la squadra a cercare un criminale appassionato di mitologia greca. Hotch non sa se partecipare alla giornata di orientamento di Jack.

La squadra viene chiamata in Texas per indagare sull'omicidio di alcune prostitute. Nella prima parte del finale della nona stagione, il team si immerge nelle indagini, ma potrebbe correre dei seri rischi.

La squadra continua a indagare sugli omicidi in Texas e gli indizi svelano una rete di corruzione che potrebbe costituire il movente. La vita di un membro del team è in grave pericolo in questo ultimo episodio del finale della nona stagione.