BAUに新たな女性捜査官アレックス・ブレイクが着任した。彼女はリードと同じく博士号を持ち、大学で教授として教えつつ、支局で捜査をするというエリートだ。そんな中、新たな事件が発生した。テキサス州のブラウン矯正施設で発作を起こした受刑者を搬送中、転落事故を起こした救急車から受刑者が逃走。殺された刑務官の口が糸で縫いつけられていることから、犯人は“サイレンサー（沈黙させる人）”か、彼の模倣犯だと考えられた。遺体の口の中には“向こう側から見る”というメモが押し込まれていたが…。

カリフォルニア州サンディエゴでブレンダが突然襲われ、それから数時間後、ロサンゼルスで2人目の被害者マークが同じ手口で殺害された。現場は約200キロ離れており、被害者2人に面識はない。検視の結果、ブレンダは死後に引きずられ、マークは生きたまま引きずられたことが分かり、使った車が違うことから犯人は2人組の可能性が出てきた。調査を進めていくうちに、被害者たちには前科があることが分かり、犯人は女性の2人組で、凶悪犯を処罰するために殺しているのではと推測された。

カンザスシティでヤマダ家が5日前に失踪した。両親と長女が射殺され遺体で発見されたが、末の息子、スコットだけが行方不明のままだった。さらに別の家族、アクリン家が消えたとBAUに連絡が入り、チームは現地に向かう。その頃、ヤマダ家と同じ家族構成のアクリン家の両親と娘は人里離れた一軒家に閉じ込められ、息子は犯人から家族を助けるチャンスを3回与えられていた。拉致された2家族はホームページやSNSで家族を紹介し、理想の完璧な家族に見えたが、もろく崩れやすい家族でもあった。

1週間で2人の被害者を昏睡させ右脚を切断する事件がニューメキシコで発生した。1人目の被害者は切断中に死亡し、2人目の被害者トニーはモーテルで発見され一命を取り留めた。ロッシはトニーの記憶をよみがえらせ、誰かの車庫にいたことを思い出させた。そんな中、3人目の被害者が病院にたどり着いた。彼の右脚は切断され、他人の脚が移植されていた。脚に使われたインプラントから犯人は車庫に医療設備を備えた医療関係者ではないかと推測された。一方リードは、ある謎の女性と連絡を取っていた。

オレゴン州のラグランデで相次ぐ失踪事件。男性4人が車を運転したまま消えてしまった。4人目の被害者テリーは拉致現場で嘔吐しており、汚物検査の結果、大量のメラトニンを摂取し、強い眠気に誘われたことが判明。間もなくテリーの遺体が川で発見され、遺体の状態から犯人は女性と判断された。また犯人は健康意識の高い男性を選んで拉致し、理想の繁殖相手を選んでいるとBAUは推測した。だが、犯人が次に狙ったのは妊婦で、母親と子供は生かし、子宮から胎盤を取り出していた。犯人の目的は？

フロリダ州マイアミの路地で娼婦のアマンダが殴られ窒息死した。１か月前に6匹の犬を同様に殺した犯人とDNAが一致したがデータベースにはない。連続殺人に発展すると見たBAUは現地に飛ぶ。報道直後に新たな娼婦の遺体が見つかるが、手口が激変し、若さや衝動性が見られないことからBAUはチームによる犯行と推測した。さらに新たな娼婦の遺体が発見され、手口をあわせたことから経験のある大人が若者に殺しの作法を教授しているのではと思われた。若者に与えられた禁断のレッスンとは？

サンタモニカの桟橋で丸焦げになった３体の死体が見つかった。被害者の1人は2か月前にサンタモニカに来たミネソタ出身のリンジーだと判明する。検視の結果、3体とも燃やされる前に死んでいたことがわかった。リンジーがいたホームレスのシェルターを訪れたロッシは偶然、ベトナム戦争時代の上官だったスコット軍曹と再会する。犯人はホームレスを狙い、火や漂白剤を使い被害者を非人格化していることが判明。犯人を目撃したスコット軍曹はロッシの認知面接を受け、犯人につながる情報を提供した。

ヴァージニア州にあるセントラル高校のスクールバスがハイジャックされた。乗っていたのは生徒24人と運転手と監視員。BAUは校内に捜査本部を置き、ケヴィンも駆り出された。最初にバスの運転手の遺体が発見され、次にバスの車両が見つかり、その近くで14人の生徒が発見されるが、残り10人は犯人たちに連れ去られ、電流首輪を付けられたという。その状況を考えた時ロッシは、あるテレビゲームに酷似していることに気付く。現実と虚構が交錯するもうひとつの世界で、命を懸けたリアルゲームが始まる。

シアトルで刺殺事件が発生し、2日間で2人の被害者が出た。殺人現場には“悪を聞き、悪を見る”というメッセージが赤ペンキで書かれていた。被害者のひとりシンシアのアパートからバリー･フリンの自己啓発セミナーのチケットが見つかり、BAUはフリンを疑うが、フリン本人が犯人に拉致されてしまった。犯人はフリンに愛されているという妄想を持つ信奉者ではと推測されたが、ＢＡＵはフリンを無事救出できるのか。一方、英国大使館で行われる勲章授与式でスピーチを頼まれたデレクには行きたくない理由があった。

3日前アリゾナ州ウィンズローの路上で、箱詰めになった遺体が見つかった。金髪の男性被害者は髪を黒く染められ、半分に折り曲げられ手製の木箱に入れられていた。昨日、被害者が拉致された現場近くで男女のカップルが消え、今朝、男性の遺体が同じ状態で発見されBAUに連絡が入った。捜査を進めていくうち、犯人は被害者を生きたまま吊るし、全身の関節を外していることが判明。その状況からリードは犯人が被害者を人間マリオネットにしているのではと推理した。犯人は人形遣いなのか。

アラバマ州にある教会で女性が殺害された。その2日前、ミシシッピの森で男性がノミで頭を打たれて殺され、現場には大量のウジ虫が放たれていた。処刑方法が同じで現場が近接しているためBAUが現場に向かうことに。さらにフロリダ州で女性の被害者が殺害され、犯人は被害者たちを違う名前で呼んでいたことが分かった。犯行の手口から犯人は、25年前に死んだ連続殺人犯ラッセル・スミスになろうとしていると思われたが、捜査を進めるうち、輪廻を信じていることも推測され･･･。

リードが公衆電話で連絡を取っていた遺伝子学者の恋人メイヴが失踪した。彼女を拉致したストーカーはアダム・ワースと名乗り“ツークツワンク”とリードにメッセージを伝えた。“ツークツワンク”はチェス用語でチェックメイトを避けられない状況のこと。恋人のこととなると頭がまったく働かないリードはチームに助けを求めた。メイヴの両親からの情報で、彼女にボビー・パットナムという婚約者がいたことがわかり、リードは動揺を隠せない。BAUはストーカーを見つけ、無事メイヴを取り戻すことができるのか。

サンフランシスコで発生した連続殺人事件。発見された2体の遺体は生きたまま一滴残らず採血されていたため、死後、数時間で発見されたにもかかわらず顔が不自然に青白い。BAUが現地に向かっている最中に発見された被害者は生きたまま血を抜かれ、まぶたを切り取られていた。4人目の被害者がモデルだったことから、犯人は芸術に取りつかれ、血で絵を描き、さらに描くために殺しのペースが速まったのではないかと推測された。リードの分析で犯人は血友病Bのクリスマス病だと判明したが…。

幸せだった家族の時間は何の前触れもなく途切れた。メリーランドに住むブルース・モリソンの妻ジュディが突然失踪したちょうど1年後に、セラとケイティの姉妹の姿も消えた。妻の失踪と同じ状況の中、まず疑われたのは作家で教授のブルースだった。近所の住民の証言から姉妹が失踪した月曜の夜、酔ったブルースと娘たちがケンカしていたことが判明。そんな時、ケイティの通話記録から虐待ホットラインに何度か電話していることが分かった。いったい誰が被害者で誰が加害者なのか。そして暗闇から姿を現した真実とは？

テキサス州オースティンでパーティーから行方を絶った男女が相次いで無残な姿となって発見された。遺体には時計だけが残されており、BAUは時計に何かメッセージがあると考えた。犯人は遺体を捨てる前に、どの時計も6時22分にしていたことが判明した。犯人が残したメッセージは6：22でなく18:22だと気付いたリードはレビ記の18章22節にヒントがあると判断し、性的嗜好を転向する施設を見つけたが…。犯人の激しい憎悪を生み出した忌まわしい記憶とは一体何なのか。

BAU全員の行動を見張り、彼らが解決した事件を再演するレプリケーターが現れた。犯人は3つの州で3名を殺害している。口を縫われた男性の被害者、他人の脚を接合された身元不明者、関節を外され人間マリオネットにされた女性被害者の3名だ。さらにペンシルバニア州フィラデルフィアでは、全採血され、まぶたが切り取られた女性被害者が2名発見され、BAUが現場に到着してからさらに3人目の女性被害者が発見された。BAUへ悪意に満ちたメッセージを送る犯人は一体誰なのか…。

ストラウス部長の命令に従い、レプリケーターの事件は一時休止することになったBAU。彼らが新たな事件解決に向かったのはミネソタ州セントポール。2日間で2人の女性が舌を抜かれて殺害された。BAUが現地へ向かう途中、今度は兄と妹が自宅で殺害され、なぜか妹の舌だけが抜かれていた。女性3人の共通点がネットでアクティブに活躍していたことから、犯人はネット経由で被害者を知ったと判明。捜査を進めるうち、犯人はネットコミュニティーでサイコ物語を交換していたことが分かる。犯人の目的は一体…？

イリノイ州シカゴで男2人が続けて殺され、ＢＡＵが現地に飛んだ後さらに、今度は食堂前で新たな遺体が発見された。殺人現場に残されていた言葉“空を見上げろ”がモーガンの苦い記憶を呼び覚ました。モーガンの記憶から、犯人は長年、ユースセンター長をしていたカール・ビューフォードの被害者で、心に秘めていた強い怒りが何かの引き金で暴走したとＢＡＵは推測した。自分と同じ記憶を持つ誰かが、今も苦しみ、犯行に至ったのだと感じたモーガンは、犯人を探し出し、苦い記憶から救い出せるのか。

1988年、コロラド州ブロンソン・スプリングで夢と希望を未来へ託したタイムカプセルが埋められた。25年後の2013年、タイムカプセルの中から23歳のウェイド・バークの切断された頭部が出てきた。その2日後、もうひとつの斬首事件が発生。被害者は62歳の元保安官補チャーリーだ。検視の結果、２つの遺体には同じノコギリが使われていたことから同一犯であることが分かった。カプセルと共に封印されていたブロンソン・スプリングの過去とは？　足元に埋められていた25年前の恐怖が甦る。

サウスダコタ州で人種と体格が似た男性2人のバラバラ死体が発見された。連続殺人だと見たＢＡＵは現地に入る。検視の結果、死因はソラニンという強い毒性がある幻覚剤だったことから、犯人は薬草医や呪術師ではないかと疑われた。そんな中、被害者と似た体格の旅行者、チャド・デュモンが行方不明になった。捜査を進めていくうち、最近子供を失った女性が浮かんだ。代わりの子供を得るため彼女が被害者を生殖相手にしているのだとＢＡＵは推測した。チャドは無事に生きて発見されるだろうか？

過去5年間毎年、カリフォルニア沿岸の公園で子守と子供が誘拐され、一緒にいた子供は24時間以内に無傷で戻り、子守の遺体は公園のベンチで発見されてきた。拉致日は違っていても発見日は必ず同じ5月13日。3人目の被害者タラは自力で逃げ出し路地で倒れていたが犯人も監禁場所も覚えていなかった。“記念日”の2週間前、ＢＡＵがロサンゼルスに向かった時、子守のジーナと2歳のフィービーがグリフィス公園で誘拐されたという知らせが入る。一方、モーガンとＪＪは、解決の糸口を見つけるためにシアトルに飛んだ。

ＮＹで働くホッチナーの弟ショーンがトラブルに巻き込まれた。彼の目の前で目から血をふき出した女性が死亡した。ホッチナーが事件を調べたところ、すでに5人の女性がエクスタシーの過剰摂取で死亡とされていたが、その中には薬をやらない人間も含まれていた。大量殺人かもしれないと推測したＢＡＵはＮＹ入りする。捜査を進めるうち、今回のドラッグは既に国際市場に出始めたＰＭＭA、通称“ドクター・デス”で、アメリカで確認されたのは初めてだということが分かり、ショーンも捜査に協力することに。

遂にレプリケーターがその本性を現す。まず、ガルシアのシステムに侵入し、ＮＹではストラウスをドクター・デスの改造品で殺害した。次に襲われたのはロッシで、報告書に振りかけられていた毒で幻覚が見え、モーガンを殺しそうになった。犯人は生化学者でハッカーの政府職員ではないかと疑うBAU。司法省の職員を調べていくうち、疑われた職員ジョン・カーティスはブレイクの同期だった…。次々に襲いかかる罠がBAUをかつてない危機に突き落とす。敗れ去ってはならない。奪われた仲間の命に報いるために。