ニューヨークで起きた連続銃殺事件を捜査中のBAUメンバーに戦慄が走る。フェデラルプラザ近くで黒のSUV車が爆発。ホッチとFBIニューヨーク支局長ジョイナーが爆発の衝撃によって吹き飛ばされる。自らも負傷しながらも、大量出血しているジョイナーを必死に助けようとするホッチ。間もなく救急車や警察が到着するが、誰も救出に来る気配がない。「爆発地点には、安全確認されるまで近づくな。」それが、プロファイリングから導き出した対応ルールであり、ジョイナー自らが徹底させた命令だったのだ。一方、監視カメラの映像を調べたガルシアは、爆弾犯が今も現場にいることを突き止める。果たして、犯人たちの真の標的は…？

オハイオ州の小さな町で、女性が鈍器で殴られ暴行された上、殺された。腹部には死後にドライバーで刺されたと思われる穴が複数残されていた。被害者に付着していた精液のDNAを調べたところ、10年前に同じ町で起きた連続殺人事件の犯人のものと一致。ところが、エンジェルメーカーと呼ばれたその男は、1年前に死刑が執行されていた。死刑を生き延びた犯人が、また戻ってきたのではないかと怯える町の人々。そんな中、地元の新聞にエンジェルメーカーから手紙が届き、不安に追い打ちをかける。BAUが模倣犯の線で捜査を進めるうち、エンジェルメーカーが収監されていた刑務所の看守が容疑者として浮かび上がる。しかし、ほどなくその看守が殺害されているのが発見される。

コロラド州の児童局職員と共に、カルト教団“分離教会”の施設を訪問したプレンティスとリード。ここで暮らす15歳の少女から性的被害をほのめかす通報を受け、指導者サイラスが支配する教会の内情を調査するのが目的だった。少女たちとの面談を始めると間もなく、武装した州警察が突然強制捜査に乗り込んでくる。事態は警察と男性信者らとの激しい銃撃戦へと発展し、児童局職員が流れ弾の犠牲に。サイラスは幼い子供を含む信者全員と施設内に立てこもり、プレンティスとリードも巻き添えになってしまう。思いがけない事件の勃発をニュースで知ったBAUのメンバーは、人質救出部隊と共に直ちに現場に入り、ホッチは人質交渉人としてロッシを指名する。

ネヴァダ州リノ郊外で不審な交通事故が3件連続して発生。いずれも、道路の中央に停車していた普通車にトレーラーが衝突、普通車に乗っていた夫婦が死亡するというものだった。しかし、検視の結果、事故前にすでに死亡していたことがわかる。死因は鈍器による頭部損傷で、しかも妻のほうはレイプと拷問を受けていた。BAUでは、事故に見せかけた連続殺人とみて、捜査を開始。被害者夫婦は3組とも、事前予約なしに事故現場近くに滞在していた。間もなく、予定を過ぎてもリノから帰宅していない夫婦がいるという新たな情報が入る。一連の事件は失踪から事故まで48時間以内であったことから、BAUは夫婦の監禁場所の発見に全力を挙げる！

カリフォルニア州中部の複数の町で、強盗殺人事件が連続6件発生。現場に残されたDNAから、同一犯の犯行であることが確認される。犯人は、家に押し入り住人を殺害、金品を物色した後、そこで食事をし、シャワーを浴びるなど長時間過ごしていた。FBIサクラメント支局に特捜本部が設置され、BAUが指揮をとることに。特捜本部は、犯行現場が1本の道路に沿って点在していることから、犯人を“高速99号線キラー”と命名していたが、ホッチは捜査に先入観を与えることを避けるため、名前を取り消すよう指示。現場検証したロッシとモーガンは、犯人はホームレスで、移動手段は高速道路と並行して走る列車であることを導き出す。

ラスヴェガス入りして以来、たびたび悪夢に悩まされていたリードを心配したモーガンは、本来の捜査とは別に調査し、リードが4歳の頃、友達だったライリーという6歳の少年が性的暴行の末に刺殺されていたことを探り当てる。そして、悪夢の中の犯人が自分の父親だったことを引き金に、リードはラスヴェガスに残り真実を突き止める決心をする。リードは、17年前に別れた父親を、小児性愛の殺人容疑者として捜査しなければならないという過酷な試練に足を踏み入れていく。その心の内を見抜いて、手伝いを申し出るロッシとモーガン。一方、出産を3週間後に控えたJJは、トッド捜査官に引き継ぎの最中、急な陣痛が来て…。

大学を訪れていたロッシとリードに、ロスチャイルド教授と名乗る男が話しかけ、写真を見せながら女性７人を殺したと告白する。さらに、他にもあと５人が９時間以内に死ぬことになっているが救出できるかと挑発。BAUへ連行される彼に、「なぜ自首するのか」と問うと、「ダ・ヴィンチも作品を発表した」と答える。間もなく、託児所経営の女性と子供４人誘拐のニュースが届き、この男によるものだということが判明。そんな中、ガルシアのコンピュータに誘拐された被害者らが監禁されている様子のライブ映像が映し出される。一方、リードは誘拐現場に残された奇妙なマークから、この事件の鍵が“黄金比”であると気づく。

ジョージア州で、裕福な家庭の娘が下腹部を切り裂かれ殺害される。彼女はその晩、妹と共に行ったクラブで白人男性に声をかけられ、一緒に帰ったことがわかっていた。殺害現場には、漂白剤、アンモニア、ゴミ袋が三角形に置かれており、被害者のツメからもそれらの薬剤が検出される。1年前に起きた2件の売春婦殺害事件にも同じ特徴が残されていたことから、同一犯によるものとして捜査を開始。BAUは当初、犯人の標的が売春婦から富裕層の女性へと変化していることに困惑する。犯人像がまったく違うため、2種類のプロファイルを必要とする初めてのケースだった。ところが、2つの犯人タイプは意外なところで交差して…。

アリゾナ州のフェニックス警察で、4日間に3名の警官が射殺される。いずれも首を撃たれ、バッジを盗まれていた。署長から協力要請を受けたBAUだったが、ギャングの犯行と決めつけている現場の警官たちは、BAUの介入を歓迎していなかった。そんな中、通報を受けて現場に駆けつけた警官が、またひとり射殺される。翌日、警察はBAUを無視してギャング団のリーダーを連行する。プロファイリングから彼が犯人ではないことに確信を持っていたモーガンは、自白させようとする警察を押しやって、手がかりとなる情報を聞き出すことに成功する。ところがそこへ、再び銃撃が発生。別のギャング団のメンバーが犯人と判明するが…。

カリフォルニア州で、高速道路を運転中の金髪女性が、後から走行してきたSUVに乗った男にショットガンで撃たれ、車は大破し下半身不随の重傷を負う。その後、高速道路での金髪女性銃殺事件が2件続き、メディアは犯人を“高速戦士”と呼び、市民をおびえさせていた。ホッチは、可能な限り具体的なプロファイルを公開し一般から広く情報を募る方針をとることに。犯人は何らかのトラウマを経験したことにより、それまで軟弱だった夫、もしくは父親としての自己が崩壊し、強い力を持った“戦士”になった妄想に陥っている可能性があった。プロファイルをマスコミに公表した直後、今度は一般道で男性2人が射殺される。

フロリダ州の高級住宅地で、女子大生がレイプの末に殺害される事件が3件起きていた。BAUが容疑者を確定できないまま1週間が過ぎようとする中、あらたな誘拐事件が発生。しびれをきらした地元警察は、ハリスという黒人弁護士の逮捕に踏み切る。誘拐現場で目撃されていたハリスは、プロファイルに一致する上、婦女暴行で逮捕歴があったが、確実な証拠には欠けていた。ロッシとモーガンはハリスを厳しく追及するが、弁護士である彼は、自信たっぷりな態度で容疑を否認。一方でハリスのパソコンを探っていたガルシアが、2人の人物が書き込んでいるブログを発見。そこへ、誘拐された少女の遺体発見の知らせが入り…。

BAUに、夫婦が殺害され、10歳の女児が誘拐されたという情報が入る。誘拐発生は8時間前。子供の誘拐の場合、24時間が生死の境目という統計があり、チームはアラバマ州の現場へ急行する。犯行現場は、繁華街から離れた住宅で、戸口にカラフルなガラス破片がばら撒かれていた。翌朝、誘拐された少女が山沿いの道路で無事発見される。少女の話から、犯人は10歳ぐらいの息子を連れたルーマニア系の家族らしいことが判明。リードは、東欧のジプシーの間に伝わる迷信や儀式との関連性を指摘。もしも犯人家族が特別な儀式に相応しい少女を物色しているのだとしたら…。そんな中、あらたに両親殺害と少女誘拐の事件が起ってしまう。

ワシントン州で、3ヵ月おきに4件の誘拐事件が起こっていた。被害者は金髪、青い目の20代女性。その内、最初に誘拐された被害者が、防腐処理を施された遺体で発見される。最後に誘拐されたブルックの母親は、霊能者を雇い、娘のネックレスから安否を読み取ってもらっていた。霊能者に対する不快感を露わにするロッシに対し、産休から復帰したJJは希望にすがる母親の気持ちに寄り添う。相次いで2人目、3人目の遺体が発見される。3体とも同じ髪形にされ、ピアスの穴が２つ開けられており、犯人が過去に愛した女性に似せて変身させている可能性が高まる。そんな中、ブルックと名乗る女性から助けを求める電話がかかり…。

休暇中のロッシは、オハイオ州の書店で自著のサイン会に出席。終了後、犯罪学を学ぶ女子大生のゾーイがロッシに声をかけ、最近のクリーヴランドでの殺人急増は連続殺人犯の犯行だと主張する。その話には取り合わなかったものの、彼女の熱意に感心し名刺を渡したロッシは、翌日、ゾーイが絞殺遺体で発見されたと知って、大きなショックを受ける。急遽BAUチームに連絡をとり、彼女が調べていた複数の殺人事件の調査を開始。被害者タイプ、凶器、死因には全く共通点がなく、同一犯とは考え難かったが、やがて分析が進むにつれ、それぞれの犯行が複数の有名な連続殺人の模倣である可能性が浮かび上がる。

テキサス州ダラスの高級ホテルの一室で、辣腕ファンドマネージャーが毒死する。被害者はこの日、現金１万ドルを引き出しており、高級売春婦と密会していた可能性があった。企業重役の不審死が2件続いていたが、テキサス州検事総長は、高級売春婦の周辺を調査することに二の足を踏んでいた。ホッチは、政財界の大物の名が挙がっても巻き込まないことを条件に、捜査を開始。すると、新たに3人目の企業重役が毒殺される。即座に顧問弁護士が現れて、事件が公表されることを阻止しようと必死になるのを見たBAUは、弁護士らを集めてプロファイルを公表、情報を引き出す作戦をとる。

プレンティスは、旧友のジョンから共通の友人マシューが心筋梗塞で亡くなったと知らされる。ジョンによるとマシューは、知り合いの男トミーが事故を装って殺され、自分も「奴らに殺される」、と言っておびえていたという。大切な友人の死の真相を突き止めたいと望むプレンティスの思いを汲んだホッチは、チーム全員で調査に協力することに。マシューとトミー両者には手首に縛られた跡があり、床にベッドが擦れたような傷が残されていたことが発覚。しかも、2人は同じ週にスペインの大聖堂を訪れていた。そんな中、同じく大聖堂に行っていた男性が死亡したという知らせが入る。何者かが“悪魔祓い”を行っている可能性があった。

ホッチは、死の床にある元刑事、ショーネシーに呼ばれ、衝撃の事実を知らされる。ショーネシーは、10年前にボストンで起きた通称“リーパー（死神）”による連続殺人事件の捜査中、犯人から“追わなければ殺さない”という取引を持ちかけられ、独断で応じたというのだ。但し、契約期間はお互いの命がある限り。ショーネシーが息を引き取ると間もなく、ボストンでカップルが殺害される。リーパーの犯行再開だった。男性被害者に、リーパーに襲われ唯一生き延びた男フォイエットのメガネがつけられていた。フォイエットに事情を聞きに行ったその晩、リーパーからホッチに電話が入る。同様の取引を持ちかけられたホッチは、断固拒否するが…。

インディアナ州の小さな町で起きた映画館の火事で19名が死亡。2日前にはレクセンターの火災で12名が死亡しており、10日前にもコンビニと飲食店で火災が起きていた。捜査要請を受けたBAUは、放火犯の線でプロファイリングを開始する。チームは、犯人が必ず犠牲者の葬儀に現れると予想していたが、葬儀の最中に近くのバーで放火が発生。ホッチはガルシアに、バーの火災で犠牲になった5名を徹底的に調べさせる。2日前にこのバーのオーナーと結婚したばかりだったティナは、子供の頃、火事で両親を亡くしていることが判明。ティナの兄トミーは、14歳の時に町から追われるようにして出ていったことを突き止める。

春休み中の男子大学生が、宿泊していたホテルで、レイプされた上に窒息死させられるという事件が発生。このホテルでは3日前にも、同様の事件が起きていた。被害者は2人とも体格がよく、手首に縛られた跡があるが、抵抗した形跡はなかった。BAUは、男女2人組の犯行で、女が誘い込んで縛り、男がレイプして殺害したと考える。ガルシアは、ホテルの防犯カメラ映像から、ホテル従業員アダムが事件の前日に、1人目の被害者とプールサイドでケンカしていたことを突き止める。容疑者として拘束されたアダムは、ホテル支配人ジュリーと話したいと言い出す。ジュリーはアダムをホテルに住まわせ、面倒をみていたことが判明。ジュリーとアダムの犯行なのか…。

ニュージャージー州で7歳の少年カイルが、夜中に寝室から誘拐される。近隣で発生した同じ手口の2件の誘拐事件では、被害者の少年たちの絞殺遺体が森で発見されていた。カイルの父親と幼なじみの刑事ビルは、3件の誘拐を同一犯による犯行と考えており、現場を調べたロッシも、そう確信する。容疑者が絞り込まれ、間もなくロリンズという男が逮捕される。カイルの居場所を問い詰められたロリンズは、川に捨てたと自供するが、ホッチはそれを嘘だと見破る。一方リードは、カイルが兄ダニーの2段ベッドで寝ていたことに気づく。しかし、荒らされていたのは、誰も使っていないカイルの部屋だった。誘拐現場が偽装された可能性が浮上する。

バッファローで女性が刺殺され、1週間後に殺害の様子を撮影した映像が警察に届く。そこには、別の殺害現場が映ったアナログ映像もあり、最後に“HELP ME（助けて）”の文字が綴られていた。ホッチたちは、撮影されていた犯人の行動傾向から、強迫性障害の可能性を指摘。周辺地域で起きた未解決の刺殺事件を洗い出し、金髪の30代女性が毎年春に刺殺されているパターンが見えてくる。ロッシとモーガンは、10人目の被害者の息子スタンリーに目撃情報を聞きに行くが、目が不自由な彼は何も見ていない上、犯人に姿を見られていたことがわかる。その晩、誕生日を迎えたスタンリーが突然姿を消してしまう。

オレゴン州で、12日間に2人の女性がひき逃げされる。2人ともはねられた後、バックしてきた車に再度ひかれていた。BAUが、捜査を開始して間もなく、今度は男性が駐車場でひき殺される。3件の被害者の共通点は、赤のクーペを所有していることだった。チームは、赤のクーペによる交通事故で重症を負った人物という、犯人のプロファイルを公表する。すると、その交通事故を起こしたのは自分かもしれないと、ギルという男が名乗り出る。一方、リハビリ施設での聞き取りで、プロファイルに一致する人物を探り当てるプレンティス。その男コークリーは、事故で妻を亡くしたが、彼自身が妻の赤いクーペを運転していて…。

アナポリス周辺の病院に、25人の急患が入院。全員が同じ時間に同じ公園にいたことがわかり、その夜、激しい咳に襲われ、皮膚に黒い病変ができていた。翌朝までに13人が肺不全で死亡。生物兵器として知られる炭そ菌より強力な、新種の菌が原因と判明する。陸軍との共同捜査が開始され、司令部の置かれたBAUは緊迫した雰囲気に包まれる。国防関係者が集まる中、プロファイルを発表すると、早速、生物兵器研究所を解雇されたニコルズ博士の名前が挙がる。博士の自宅を捜索するため、ひとりで家の中に入ってしまったリードがそこで見たものは、床に倒れて死んでいるニコルズ博士と飛散した白い粉。脅威の細菌に感染してしまったリードは…。

アメリカ‐カナダ国境で、カナダ側の守衛所に車が突っ込む。運転していた男ウィリアムは、イラクから帰還した元陸軍軍曹で、先月デトロイトで10人のホームレスを殺害、遺体をカナダに捨てたと自供。カナダ騎馬警察に拘束されたウィリアムは、FBIと話したいと要求する。ホッチに対面したウィリアムは、事故を起こした真の理由を語り始める。最近、デトロイトのストリートから失踪者が相次ぎ、ウィリアムの妹もその一人だった。しかし、警察は取りあってくれず、FBIに訴えるための強硬手段だった。BAUは、連続殺人事件として捜査を開始。現場で聞き込みをする中、あらたに売春婦ケリーの姿が見当たらないことがわかり…。

デトロイトで誘拐されたケリーの行方を追って、カナダにあるメイソン・ターナーの農場にたどり着いたBAUチームと地元警察。そこで四肢マヒでベッドに寝たきり状態であるメイソンを発見し呆然とする。彼が誘拐や殺人を犯すのは不可能だった。ところが、豚農場にあるゴミ箱から、血のついた靴が多数発見され、やはりここで殺人が行われた可能性が高まる。メイソンは、犯人は弟ルーカスだと主張。ルーカスの捜索を急ぐ一方、メイソンのＰＣを調べた結果、ある驚愕の事実が明らかになる。そして、事件は予想外の結末を迎え、カナダから自宅に戻ったホッチ。背後に不審な気配を感じた瞬間、「取引すべきだった」のひと言と共に、一発の銃声が響く…。