前編で、犯人から「ルールは1つだ、チームのメンバーだけで問題を解決すること」といわれていたBAUチーム。犯人はガルシアのパソコンをハッキングしたためFBI職員の個人情報をすべて手に入れていた。記者会見を行ったことに激怒してエルを襲った犯人。意識不明の重体に陥ったエルは息を吹き返すのだろうか・・・？そして、拉致された少女を見つける謎をリードは解くことができるのか？

元BAUプロファイラーで子供対象犯罪捜査班所属のコール捜査官から、BAUに捜査協力の依頼が入る。コールは1年前に小児性愛者サイトに公開されていた 少年を捜査するも、救出にいたっていなかった。 犯人の特定を急ぐチームは、画像が提供されたチャットルームを運営するウェブ会社を捜索、ガルシアはある男の情報を割り出す。

フロリダ州のジャクソンヴィルのある夫妻の元に、1枚のDVDが届く。差出人は写真を送ると言っていた娘で、そこに映し出されたのは驚きの映像だった。この地方では2年間で5件のレイプ殺人があったため、地元警察よりBAUに捜査の依頼がくる。ギデオンたちは、犯人がサディスト型レイプ犯で、複数による犯行だと、推測し、捜査にとりかかるが・・・。

ロサンゼルスで2ヶ月の間に4件の強盗が発生。黒いスキーマスクをつけ、用意周到で狡猾な手口で、人質の服を脱がせて、逃げないようにしてから犯行に及んでいた。被害者へ当初は暴行などしていなかったものの、徐々に暴行を加えるなど、犯行がエスカレートしていっていた。また、あまりに多忙な業務の中で長男ジャックの通院を忘れていたホッチは妻のヘイリーから・・・。

オハイオ州デイトンで、カトリック系大学の女子学生が被害者になる連続レイプ事件が発生。等間隔で行われていた犯行だが、ある日突然ストップする。その後また犯行が始まるが、今度はターゲット層が30代後半の女性になる。犯人が被害者に留守番電話にメッセージを残していた。また、仕事に復帰後、エルの様子がおかしいと気付いていたリードは・・・。

FBIの内部監査が終了し、リーに対するエルの発砲が正当防衛と認められたことをホッチが伝える。しかし、ホッチはエルに精神鑑定を受けるように命じ、その命令に憤慨するエル。翌朝エルは・・・。そんな折、テキサス州の人口2500人余りの平和な町で、子供ばかりを狙った連続殺人事件が勃発する。FBIは当面の安全対策のため、2人1組で行動するバディシステムを推奨するが・・・。

地元高校のフットボールチームが州大会の決勝戦に出場することになり、町を挙げての応援で盛り上がる。決勝戦で盛り上がる中、3人のサッカー少女が行方不明に。しかし応援に熱心で、それどころではない地元関係者。残された留守電の様子から、母親が誘拐と疑うが、うつ病でであることを理由に周囲から相手にされず、新聞記事でみたBAUのJJに捜査依頼のコンタクトを取ってきた。

ある日、全米の主たるニュース・ネットワークに同一内容の脅迫電話がかけられる。内容は、「すべてが始まった場所のバスが爆発する」というものだった。予告後まもなくシアトルで、ローカルバスが爆破される。マスコミの情報を操作するJJ。また、リードは犯人がかけてきた電話から、SF小説の「エンプティ・プラネット」を模倣したものであると気付く。

DEDEA (麻薬取締局) は、不審な民家に強制捜査に踏み込むが、人影が全くなく、開発中と見られる化学兵器の散布装置らしきものが放置されていた。そのアジトの主がグアンタナモ収容所に捕らえられている中東出身のテロリストであることを突き止める。

ある朝、出勤途中のリードが駅で男子高校生から話しかけられる。大学でリードの講義を聴講したという少年は、娼婦の連続殺人について興味を持っている様子で、謎めいた事件の詳細を言い残しその場を去る。不振に思ったリードが地元警察に問い合わせると、公表されていない事件の詳細と一致した。果たして、リードが逃した男子高校生とは？

母親の誕生日に毎年、シカゴに帰省するモーガン。家族との再会を楽しんでいた夜、突然刑事によって少年殺害の容疑で逮捕されてしまう。ホッチは部下の容疑を晴らすべく、BAUチームを同行しシカゴ入りする。次第に明らかになるモーガンの知られざる生い立ちと、封印された過去の罪…。

過去30年にわたって繰り返され、史上最多の犠牲者を生んだと思われる連続殺人。ネヴァダ州ゴルコンダを中継視点とし、惨殺な手口でバラバラ遺体が発見されていた。問い詰めるギデオンと、焦りも動揺もまったく見せない容疑者。80号線のハイウェイを共通点とするものとは？ゴルコンダを出発点とし、終着点とした30年の驚愕の結末とは？

「どうか止めて欲しい」残酷な殺人の直前にかけられた犯人からの一本の電話。一人がもう一方に支配された典型的な二人組みの犯行だった。久しぶりの休みを堪能していたBAUメンバーは休みを切り上げ、アトランタへ旅立つ。惨殺されたのは、地元の名士であるIT長者とその妻だった。リードとJJの、思いがけない捜査の先にあったものは・・・。

複数の人格を持った犯人の囚われの身となったリード。そこに待ち受けていたのは、果てしなく続く、虐殺といたわりの連鎖だった。犯人に芽生えた複数の人格の謎とは？また、拷問と現実逃避の合間に蘇る、リードの苦い過去。ガルシアの懸命のIT捜査によって、リードの居場所を突き止めることができるのか？ロシアンルーレットを突きつけられたリードの究極の選択とは？

ニューヨーク近郊の黒人少女を狙った連続殺人が発生。1つの国に暮らす人々を隔てる、人種という厚い壁。人権活動家の黒人牧師がメディアを使って訴える反人種差別。事態の収拾を急ぐ市長はBAUへ捜査を要請。憎悪犯罪なのか、性的犯罪なのか？やがて見えてきた一本の糸。歌手デビューを目指していた少女達の夢を奪ったものとは？

テキサスの治安の悪い地区で48時間に3人が首の骨を折られて殺されるという事件が発生。被害者は共通点がなく、目撃者もいなかった。難航するプロファイリング作業。現場付近の衛星写真に石を並べて綴った、「SOS」の文字。そこに浮かびあがってきた、ある経験の後遺症に苦しむ犯人の過去。交錯するアメリカの光と影は？

2005年8月、カトリーナ台風に直撃される直前のニューオーリンズで、3件の連続殺人事件が起きた。被害者はいずれも男性。ノドを切られ、内臓を抜き出されるという残忍な犯行。犯人からの手紙を受け取っていた担当刑事ラモンテーンは、捜査中に台風の被害で死亡。死に際に「ジョーンズ」という言葉を書き残していた。BAUは捜査を開始するが、プロファイリングは難航、次々と被害者が出てしまう。

サウスサンフランシスコで起きた連続放火殺人の捜査に乗り出したBAU。放火された家の主人がいずれも、環境保護団体EDFによってネット上で告発された会社に勤務していたことを突き止める。ギデオンはEDFの支部長であるアビーを現場に呼び出すが・・・その間にも、放火は続けられ被害者は増えていく。プレンティスの推理、ホッチの洞察力、ギデオンのプロファイリングが犯人を追い詰める。

プレンティスの母親が突然BAUに現われ、誘拐事件の捜査を依頼してきた。身代金は10万ドル。脅迫状には結婚指輪をはめた被害者の指が添えられていた。そして「6時間おきに別の部分を切り落として送りつける」と。身代金の振込先はロシアの銀行。ガルシアでもサーバーに入り込めない。ボルティモアに飛んだギデオンたちは、現地FBI支局の捜査官クレイマーと会い、ロシアン・マフィア絡みではないかとの分析を聞く。

ワシントン州で姿を消した若者がアイダホ州のボイジー国有林で他殺体となって発見された。類似の事件が1年半にも発生しており、いずれも胸を貫かれているが銃弾は落ちておらず、必死で逃げ回った痕跡があった。捜査協力を依頼されたBAUは、弓矢を使ったハンターの犯行であると推理、しかも2人以上で親族関係であると分析して捜査を開始する。そんな中、一人の若い女性が行方不明となる・・・。

ホームレス、娼婦、麻薬依存症者・・・カンザスシティのホームレス地区で63人もの人間が次々と失踪する事件が起こった。結果、犯罪件数が減ったために、担当刑事のキャル・マクギーは市長から表彰されるが、「恥を知れ」という脅迫めいた手紙が届く。手紙の消印は隣の州のもの。JJとホッチはこれが州をまたぐ犯罪であると主張しギデオンたちを呼び寄せる。BAUがプロファイリングした犯人像とは・・・。

ギデオンの大学時代の友人サラがギデオンが不在中に彼の部屋で惨殺死体として発見される。肋骨の切り取られ方から以前、ジェーンと共に姿を消した史上最悪のシリアルキラーのフランクの仕業だとわかった。そしてBAU面々の元にフランクから「ジェーンを返さないと全員殺す」と伝言を預かった一人の少年が現れ、ジェーン捜しにメンバーは動き出す。またギデオンの部屋にあった「今までに救った人々」を綴ったノートが破ら