La squadra continua a indagare sugli 'indizi' che il Pescatore ha recapitato a ciascuno. Elle è in ospedale tra la vita e la morte e gli agenti sono molto demoralizzati. Gideon suggerisce di non mettere da parte il fatto che l'S.I. li abbia coinvolti personalmente, e di considerare il caso come qualsiasi altro file che arriva giornalmente sulle loro scrivanie. In realtà, proprio esplorando l'aspetto privato della cosa, Reid riesce a trovare la chiave per risolvere il mistero.

Il BAU riceve la richiesta di consulenza da un altro dipartimento, che si occupa di pedofilia su internet. L'unità è al comando di una ex profiler che chiede l'aiuto di Gideon per rintracciare un bambino che è stato messo 'all'asta'. Il tempo scorre veloce e mentre Elle e Reid analizzano lo stream video del piccolo rapito, Hotch e gli altri cominciano a stilare un profilo per interrogare possibili sospetti.

Una serie di rapine in banca richiede l'intervento del BAU quando il rapinatore, incurante di operare una fuga strategica, si trattiene sul luogo del crimine e indulge in comportamenti bizzarri con i clienti che detiene in ostaggio.

I profilers del BAU stanno indagando su uno stupratore seriale che, dopo aver focalizzato la sua attenzione su giovani donne iscritte a scuole religiose, cambia tipo di vittima. Elle è molto coinvolta dal caso e prende una decisione che potrebbe costarle il distintivo.

A Ozona, una piccola comunità del Texas, il BAU indaga sulla morte di tre bambini, ritrovati nei boschi. Mentre i profilers indagano insieme alla polizia locale, Hotch è rimasto in sede per chiarire la situazione di Elle. Tuttavia, nonostante abbia superato la valutazione psichiatrica del Bureau, Elle è ormai arrivata a un punto di rottura e decide di abbandonare il BAU.

Tre ragazze vengono rapite e rinchiuse in una cantina da un maniaco, il quale le informa che l'unico modo per salvarsi è decidere chi delle tre dovrà morire. La madre di una delle vittime si reca a Quantico di persona e chiede aiuto a J.J. la quale, sentendosi vicina alle ragazze che le ricordano se stessa da giovane, decide di chiedere personalmente alla squadra di intervenire.

Il BAU si reca a Seattle per identificare e catturare un dinamitardo che sta terrorizzando la città, facendo saltare in aria degli obiettivi specifici che hanno a che fare con la tecnologia. L'S.I. presenta il suo manifesto alla polizia e Reid si rende conto che il suo delirio si basa su un romanzo di fantascienza che ha letto da ragazzo. L'autrice del romanzo è una professoressa dell'università di Seattle e Gideon e Spencer chiedono il suo aiuto per ottenere una traccia.

In ufficio arriva una nuova agente, Emily Prentiss, figlia di un ambasciatrice molto potente che un tempo è stata il capo di Hotchner. Tuttavia ne' lui ne' Gideon hanno approvato il trasferimento di Prentiss e hanno delle riserve sulla sua validità come profiler. Nel frattempo, la squadra è chiamata a San Louis per indagare su due serial killer che sono in competizione e che si crogiolano nell'attenzione dei media. I profilers decidono di usare lo stesso mezzo per tendergli una trappola.

Gideon, Reid e Prentiss arrivano a Guantanamo Bay per interrogare il leader di una cellula terroristica dormiente che si è attivata negli ultimi giorni. Gideon si occupa personalmente del prigioniero e si affida alle capacità di Reid e alle conoscenze di Emily, che osservano l'interrogatorio su video, per ottenere indizi da utilizzare. Nel frattempo Hotch, Morgan e Garcia cercano di scoprire qual'è l'obiettivo del prossimo attacco.

La squadra si trova a Washington per indagare su una serie di omicidi le cui vittime sono tutte prostitute. Un teenager con gravi disturbi avvicina Reid per chiedergli aiuto e i sospetti cadono su di lui. Nel frattempo, una figura politica fa pressioni su Hotch perchè non coinvolga la stampa nelle indagini.

Mentre si trova nella sua città natale in visita dalla famiglia, Morgan viene arrestato per l'omicidio di un ragazzino. Il detective che ha effettuato l'arresto si è basato su un profilo stilato da Gideon anni prima e ora tutta la squadra entra in azione per scagionare il collega. Hotch parla con Derek, ma durante il colloquio si accorge che sta nascondendo qualcosa...

Gideon affronta il più spaventoso e prolifico assassino che abbia mai incontrato. Quando Jason e Derek finalmente trovano il killer in una tavola calda nel deserto del Nevada, la polizia del luogo è impaziente di effettuare l'arresto. Tuttavia Frank, il diabolico serial killer, ha ancora un asso nella manica che gli consentirà di andarsene via indisturbato con l'unica cosa che vuole: Jane

Una coppia di sposi benestanti viene uccisa in casa sua e il video dell'omicidio viene trasmesso in rete. Il BAU è convinto che si tratti dell'opera di due S.I. ma il profilo non porta a nessun sospetto. Durante le indagini emerge la possibilità che si tratti in realtà di un'unica persona affetta da personalità multiple. Mentre si avvicinano sempre di più all'identità del killer, Reid viene rapito dall'S.I.

Tenuto prigioniero dall'S.I. Reid trova il modo di dare un indizio ai suoi compagni, che stanno assistendo alle sue torture via internet. Hotch capisce subito che Spencer sta cercando di comunicare con loro e insieme al resto della squadra elabora le nuove informazioni per raggiungere il suo giovane amico. Nel frattempo Spencer viene drogato da Tobias e nelle sue allucinazioni rivive frammenti di un'infanzia molto dolorosa.

Tre adolescenti di colore sono rinvenute assassinate con svastiche disegnate sui loro volti. La polizia, così come tutti, è convinta che si tratti di omicidi a sfondo razziale, e si teme una rivolta della comunità contro questi drammatici episodi di razzismo. In realtà, durante le indagini, i profilers scoprono che l'S.I. è in realtà un uomo afroamericano che attira giovani donne dotate di talento canoro, con la promessa di fama e successo. Nel frattempo Reid non riesce a superare lo stress traumatico dovuto al rapimento.

Il BAU si reca a Houston per indagare su una serie di omicidi avvenuti in un'area in costruzione. Le vittime sono casuali e le motivazioni del killer non sono chiare; il team sospetta che potrebbe trattarsi di un senzatetto che difende il proprio territorio. Nel frattempo il comportamento strano di Reid suscita preoccupazione tra i colleghi.

A New Orleans un serial killer sta copiando i delitti di Jack lo Squartatore, purtroppo tutte le prove e i file sono andati distrutti nell'uragano che ha sconvolto la città. L'unico indizio è la parola 'Jones' che il detective incaricato delle indagini ha scritto sul muro prima di morire. Nel frattempo Reid incontra un vecchio amico che ha lasciato l'FBI per seguire la sua passione per la musica.

Il BAU si occupa di una serie di incendi che prendono di mira le case di un quartiere di periferia. Il profilo determina che le famiglie rimaste vittime degli incendi sono collegate tra di loro attraverso una compagnia edile accusata di aver costruito su terreni contaminati.

La madre di Emily, l'Ambasciatrice Elizabeth Prentiss, arriva al BAU per chiedere l'aiuto di sua figlia e dei suoi colleghi per il caso di un rapimento che coinvolge un immigrato Russo.

Una serie di cadaveri viene rinvenuta in una remota regione dell'Idaho, una zona boschiva molto selvaggia. I ritrovamenti conducono i profilers del BAU a sospettare che multipli S.I. rapiscono le proprie vittime per usarle come 'prede' umane.

Un detective della polizia di Kansas City arriva al BAU per chiedere aiuto: dalle sue indagini risulta che un numero elevato di persone è scomparso nel giro di poche settimane nel distretto a lui assegnato, tuttavia, trattandosi di persone non desiderate, vagabondi, drogati e prostitute, il dipartimento non è convinto che si tratti di sparizioni collegate a eventi criminosi.

Frank, il serial killer sfuggito alla cattura del BAU, ritorna sulla scena e uccide un'amica di Gideon nell'appartamento di quest'ultimo. Jason fugge via dopo aver trovato il corpo e la polizia sospetta di lui. Hotchner e gli altri si mettono immediatamente a disposizione per cercare di aiutare il collega. Frank in realtà vuole riavere la sua Jane, la quale è scappata dopo che l'uomo è diventato violento nei suoi confronti.