血管に栄養剤を注射され、シアトルでひとり、ニューヨークでひとりが殺された。遺体がイタリアの物言わぬキャラクター「プルチネッラ」に似せて顔を塗られていること、使われた栄養剤が口から栄養を摂取できない患者用のものであることから、ＢＡＵは犯人が顎を負傷しているのではないかと推理。３人目の被害者が出た後、ＢＡＵは次のターゲット候補アルを見つけ出すが、彼は手に手榴弾を貼り付けられていた……。

ロサンゼルスで通勤バスにサリンの時限発生装置が仕掛けられ、10人が死亡する。バスの発着所で不審な行動を取っていた会社員チャーリーに疑いが掛かる。犯人にサリンを供給したのは会社をクビになった化学者ガイトマンと分かるが、間もなく、とある山荘で彼は遺体となって発見される。そしてその現場近くでチャーリーの姿が確認されていた。ロッシは、隠し事をしている様子のチャーリーを調査するようガルシアに命じ……。

人気ウェディングスポットとして有名なジョージア州サバナで、結婚目前の女性がバチェラーパーティーの夜に失踪し殺される事件が2件発生。さらに3人目の被害者が出ると、ＢＡＵは恋愛関係に失敗して精神を病む大柄な女性が犯人だとプロファイリングする。捜査線上に浮かんだのはフラワーショップで働くデイナ。彼女は中学時代にひと夏付き合ったライアンが同じ店で働きだしてから、彼と結婚する妄想を膨らませていた……。

ニューメキシコ州ラスベガスの深夜のダイナーで陰惨な強盗殺人事件が発生する。犯行後、店は放火された。この町では6年前にも似た事件が起きており、ＢＡＵは同一犯と模倣犯の両面から捜査を始める。さらに、6年の間に別件で逮捕され服役していた容疑者に絞り込むとデューク・メイソンとレスター・ターナーの2人が浮上。メイソンの子どもを産んだ元恋人に話を聞きに行くが、母子ともにメイソンにさらわれていて……。

再開発をめぐり緊張状態のデトロイトで、反対派のリーダー、ピアソンが殺された。ストリートアートのような演出が施された殺害現場には、社会派アーティスト、モルフェウスのサインが残っていた。デトロイトに向かうBAUのもとに乳児の誘拐事件の発生が報告される。開発業者の娘がさらわれたのだ。さらに事件に関与していると思われた地元のアーティストも惨殺され、どちらの現場にも同じサインが残っていた……。

非暴力的な性犯罪者たちを集めたコミュニティ、フロリダ州のグレンポート・ヴィレッジで、チアリーダーの衣装を着た住民が殺害された。さらに第2の殺人事件が起きる中、男手ひとつで2人の子どもを育てるデサリオ保安官は、非常事態として子どもたちを警察署に泊める。長女のライリーはこっそり抜け出して男友達と出掛けたものの、途中で車から下ろされてしまう。夜道を歩くライリーは隣家のマットに拾われるが……。

取材中に女子大学生の連続拉致事件に気付いたロッシの娘ジョイは、チャットルームで大学生たちに警告していたところ、バーニという女性の失踪事件が浮上した。捜査したロッシは、バーニの友人の証言や防犯カメラの映像からタクシー運転手のサムに加害者の嫌疑を掛けるが、彼にはアリバイがあった。諦め切れないジョイがサムに取材を申し込み、2人で拉致現場へ向かう。だが、人けのない路地でサムが豹変し、ジョイに襲い掛かる。

アリゾナ州で相次いで成人男性が誘拐され、ひとりは遺体で発見される。手首に縛られた跡があり、全身にヤケドと打撲を負っていた。激しい拷問を受けていたらしい。やがて2人目の被害者も殺害され、3人目の拉致事件が発生。被害者たちが大量のカフェインを与えられていたことから、BAUは睡眠絡みの事件を洗い出す。そこに浮上したのは3カ月前、休憩エリアでの仮眠中に5歳の娘を行方不明の後に失った男だった……。

ホッチは国家安全保障局（NSA）のトニー・アクセルロッドに呼び出され、麻薬取締局（DEA）の内部調査を依頼される。テキサス州で3人の潜入捜査官が失踪し、そのうちひとりが殺されたが、原因は局長補佐グラフから麻薬組織リベルタへの情報リークであるらしいという。ホッチはグラフが二重スパイかどうかを探るため「殺し屋ネットワーク関連の調査」という名目でDEAに乗り込むが、グラフはホッチを怪しみ……。

フロリダで病気を抱えた高齢の男性と、若くて健康な女性の遺体が発見される。男性には女性の血が輸血されており、さらにカメとクラゲのDNAが検出される。犯人がなんらかの医療行為を行なおうとしているとにらんだBAUは医療関係者を洗い、目的が長寿の実現であることを確信。マッド・サイエンティスト・クラブという学生グループのメンバーの証言や鳥の盗難記録などから、元医大生ボブ・ボールズが浮かび上がる……。

親のもとから戻ったリードは、レストランで若い女と待ち合わせをする。相手はガルシアを狙う殺し屋ネットワークのひとりキャットだ。3日前、BAUは国家安全保障局のコクランから得た情報で殺し屋たちのサイトにアクセス、隠れ家に突入していた。殺し屋ネットワークのうち2人が死亡し、ひとりを保護したが、爆弾犯ボマーの割り出しは困難を極める。リードはキャットを手掛かりにしようと、依頼人を装い接触を試みたのだった。

アトランタ近隣のトラック休憩所で、便器に両手を縛り付けられ、耳を切り落とされた遺体が相次いで発見される。長距離トラックの運転手が犯人ではないかと考えられたが、犯行時間帯とのつじつまが合わない。殺し方は稚拙だが遺体の遺棄の仕方が巧妙だという矛盾もある。そんな中、3人目の被害者が見つかった。何も接点が見えなかった被害者が、すべてある家庭裁判所の法廷事案に関わっていたという共通点が浮かび上がり……。

セントルイスのとある民家の地下室に3人の娘たちが監禁されていた。8歳で誘拐され、現在18歳のジーナはある日、一番年下のシーラが危篤状態に陥ったため、意を決して逃げ出す。やがて監禁者トンプソンは逮捕され、最も監禁期間が長かったヴァイオレットも保護されて両親と対面し本名も教えられるが、トンプソンによる洗脳はなかなか解けない。そして、彼女たちの話からもう一つの監禁場所が存在することが判明し……。

モーガンはサヴァンナから話があるとディナーに誘うメールをもらうが、事件発生でお預けに。事件はロサンゼルスでのスプリーキラーによる殺人だった。2日間で2人の独居女性が窒息死、BAUが現場に向かう途中に3人目が、その後4人目の被害者も出てしまう。目撃者の証言から犯人の首にはクモの巣のタトゥーがあったことが判明する。さらに、犯人が警察無線を傍受し、凶悪犯罪の起きたエリアに住む女性を襲っていると分かる。

帰宅途中に何者かに拉致されたモーガンは、森の中の一軒家で十字架に縛り付けられた状態で目覚める。拷問されることを予測したモーガンは、痛みに耐えられるように意識を隔離した世界で、自分が10歳のころに殉職した父ハンクに出会う。父は息子に今までの人生を振り返らせ、犯人のプロファイリングを促すのだった。一方でBAUも総力を挙げて捜査を徹底し、犯人グループの素性を割り出す……。

拉致から半年、モーガンが職場に復帰する。復帰後初の事件はカンザス州での一家殺害事件。睡眠中に襲われた夫妻の目には砂が掛けられていた。ひとり息子も誘拐された揚げ句、遺体となって路上で発見される。陰惨な事件にモーガンは落ち込むが、程なく次の事件が起きる。夫が殺害され、ひとり娘は誘拐されるが、妻は一命を取り留めた。リードは2つの事件に関わる砂時計に注目する……。

病院の前でモーガンと談笑していたサヴァンナが何者かに狙撃され、すぐさま救急入口から手術室に運ばれる。弾の角度から見てサヴァンナとおなかの子どもは自分の身代わりになったと悩むモーガンに、ホッチは捜査を離れるよう命じる。しかし、狙撃犯がBAUへの通報に使った公衆電話から「赤が見えるか」と記されたメモが発見されると、その内容には心当たりがないと言いながらもモーガンはひとり犯人の待つ場所に向かう……。

インターポールのプレンティスからホッチに、2年前から追っている連続模倣殺人犯がアメリカへ渡ったという連絡が入る。有名シリアルキラーの手口、被害者のタイプ、犯行場所をまねた事件を起こしていて、ロンドンで切り裂きジャックの模倣が行なわれたとき、プレンティスは囮捜査に起用した女性刑事を犠牲にしていた。その罪悪感から半ば強引にBAUの協力を取り付けたがニューヨークで2件、事件が発生してしまう。

孫の誕生日でサンフランシスコを訪れたロッシは元妻ヘイデンと29年ぶりに再会。しかし話の途中でホッチから連絡が入り、ロッシはサクラメントへ向かう。顔に傷のある2人の女性の遺体が貯水タンクから発見されたのだ。やがて右頬に手製のインプラントを埋め込まれた3人目の被害者が見つかる。犯人は被害者の顔を醜く整形しているらしい。また3人とも薬物依存症の更生施設にいたことが判明、さらに4人目が拉致され……。

服役中の女性アントニアは元ソーシャルワーカーで、家出人向けのホットラインを開設。少年少女を救うふりをして寝泊まりさせ殺害していた。そのアントニア宛てに血染めの衣類が送られる。それは2年前に失踪した少年たちのものだった。共犯者は逮捕時に拳銃自殺しており、真相を知るのは彼女だけ。少年たちの救出に乗り出したBAUに、1対1という条件で面談を承諾した彼女だったが、謎めいたメモをよこすのみで……。

ある朝、ホッチが逮捕される。司法省の監査室に監禁されたホッチの無実を証明するため、BAUが「今日ですべてが変わる」という犯行予告めいた通報の洗い出しから捜査を始めると、通報は記者会見の音声から切り貼りされたものと判明。チャットの記録などからロードンという爆破犯が浮かび上がる。また、ホッチ名義で購入された材料で作られた爆薬が原理主義グループのアジトにあることが分かり、BAUが急行するが……。